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基于信息技术的鹅膏科分类地位研究

基于信息技术的鹅膏科分类地位研究

作者：张璐吉林农业大学

学位级别：硕士

随着生物信息学的迅速发展,一些涉及到信息相关领域的应用技术在真菌分类领域中逐渐得到广泛运用,同时数理统计方法在真菌分类研究中也有着非常重要的作用。本研究共选取了鹅膏真菌下的68个物种及变种,并对这些分类单元的形态特征进行... 详细信息

随着生物信息学的迅速发展,一些涉及到信息相关领域的应用技术在真菌分类领域中逐渐得到广泛运用,同时数理统计方法在真菌分类研究中也有着非常重要的作用。本研究共选取了鹅膏真菌下的68个物种及变种,并对这些分类单元的形态特征进行了选取,其中包括菌盖表面菌幕残余、菌托颜色、菌托形状、菌褶颜色、中央菌髓宽度、中央菌髓菌丝直径、中央菌髓膨大细胞、亚子实层厚度、担子大小、担子小梗长度、担孢子、Q值、菌盖表皮厚度共13项形态学特征数据加以统计,对于颜色等非定量特征,则需要使用MATLAB软件对于各个鹅膏物种及变种进行图像灰度处理,通过得到的灰度图以及灰度矩阵,可以对相应的颜色特征进行赋予数值,从而有利于进行下一步的数理统计分析运算。对所得到的全部的数据信息进行灰色关联分析,分别得到关联度差异矩阵、关联度差异距离矩阵以及最终的灰色相似度关系矩阵,对灰色相似度关系矩阵进行分析可得到各物种及变种之间的关联关系。再依据形态学特征对各物种及变种进行主成分分析以及聚类分析,在确保特征值大于1且累积方差贡献率大于80%的前提下,对主成分进行分析得到得分图,从中可看出各个物种及变种受到各形态特征影响的大小情况。运用离差平方和法对68个物种及变种进行聚类分析,同上述结果具有一致性。结果显示,通过灰色关联分析得到的关联关系与实际划分的鹅膏属下的7个组相对应,与分类规律一致,同时通过主成分分析也较为直观的显示各个物种及变种与各形态特征之间的关系。

关键词：鹅膏分类灰色关联分析主成分分析

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鹅膏的多基因组研究进展

鹅膏的多基因组研究进展

中国菌物学会2018年学术年会

作者：罗宏杨祝良 Jonathan D.Walton 中国科学院昆明植物研究所 Michigan State University

鹅膏（Amanita）中的剧毒种是对人类威胁最大的蘑菇,国外90%以上的蘑菇致死案例由其导致,在我国这一数字也高达80%。鹅膏环肽毒素虽然致死率极高,却在癌症治疗等方面具有重要医药价值,其生物合成机制可用于人工环肽库的构建。研究组近... 详细信息

鹅膏（Amanita）中的剧毒种是对人类威胁最大的蘑菇,国外90%以上的蘑菇致死案例由其导致,在我国这一数字也高达80%。鹅膏环肽毒素虽然致死率极高,却在癌症治疗等方面具有重要医药价值,其生物合成机制可用于人工环肽库的构建。研究组近期扩建了已有的鹅膏多基因组数据平台,通过高通量测序获得了9个产鹅膏环肽毒素的蘑菇基因组,包括6种外生菌根鹅膏,即黄盖鹅膏（A. subjunquillea）、淡红鹅膏（A. pallidorosea）、裂褶鹅膏（A. rimosa）、灰花纹鹅膏（A. fuliginea）、致命鹅膏（A. exitialis）和***,以及3种腐生剧毒环柄菇,即肉褐鳞环柄菇（Lepiota brunneoincarnata）、近肉红环柄菇（***）和L. venenata。通过整合研究组先前获得的剧毒蘑菇基因组,包括双孢鹅膏（A. bisporigera）、绿盖鹅膏（A. phalloides）和纹缘盔孢伞（Galerina marginata）,本研究大幅扩充了已有的多基因组平台,搭建了一个共计12个基因组、囊括共生与腐生、可用于各项鹅膏研究的多基因组平台。该平台目前支持了超过5项鹅膏基因组、功能基因与系统进化方面的研究。其中,最新的成果表明,该平台对研究基因和代谢途径进化非常奏效,研究组已经得到了鹅膏产毒代谢途径水平基因转移的重要证据,为全面深入地解析该途径的演化历史提供了坚实条件。这一平台也为比较基因组工作的开展创造了机会,通过对毒素区域的综合分析,一些同线性区域已经被找到;在功能研究中该平台也发挥了关键作用,比如黄素单核苷酸（FMO）的工作得以加速进行。综上,鹅膏多基因组平台正在多个领域呈现出显著的研究价值。

关键词：鹅膏环柄菇鹅膏环肽基因组比较基因组

来源： cnki会议评论

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剧毒鹅膏环肽的生物合成

剧毒鹅膏环肽的生物合成

中国菌物学会2016年学术年会

作者：罗宏 Jonathan D.Walton Heather Hallen-Adams 中国科学院昆明植物研究所 Michigan State University University of Nebraska-Lincoln

剧毒鹅膏（Amanita spp.）所含环肽毒素直接导致90%以上的蘑菇致死案例,其环肽合成基因具有重要医药价值。对鹅膏基因组、转录组和遗传生化的综合研究证明,鹅膏环肽生物合成途径为真菌中首个报道的核糖体环肽合成途径,前体基因（MSDIN... 详细信息

剧毒鹅膏（Amanita spp.）所含环肽毒素直接导致90%以上的蘑菇致死案例,其环肽合成基因具有重要医药价值。对鹅膏基因组、转录组和遗传生化的综合研究证明,鹅膏环肽生物合成途径为真菌中首个报道的核糖体环肽合成途径,前体基因（MSDIN家族）含保守区及高变区,以组合式方式合成环肽。前体肽通过脯氨酸寡肽酶的切割和大环化作用高效转化为环肽,并由后修饰基因逐步加工成为活性环肽。基因组数据表明,在产生α-鹅膏毒肽的纹缘盔孢伞（Galerina marginata）中,鹅膏环肽生物合成基因构成一个"非典型"基因簇。通过基因敲除等遗传学分析,研究进一步证明多个未知基因参与了鹅膏环肽的后修饰,目前已经初步明确了两个细胞色素（P450）参与了重要位点的羟基化,其中Gm P450A完成脯氨酸残基的羟基化,Gm P450B可能作用于异亮氨酸残基。此外,一个黄素单加氧酶（Flavin-containing monooxygenase）可能参与了架桥和/或磺化的反应。研究还确定了其它多个未知基因与鹅膏环肽生物合成相关,功能研究工作已经展开。综合目前的研究结果,大致确定鹅膏环肽合成需要10个以上基因的参与,这些基因形成一个基因簇,多数基因已经专化并在代谢途径中行使独特功能。本研究为清晰勾勒鹅膏环肽合成的整体轮廓并揭示其合成机理,为开发利用这些基因资源奠定了坚实基础。

关键词：鹅膏环肽生物合成基因组基因簇

来源： cnki会议评论

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江西省毒蘑菇新记录种——赤脚鹅膏

江西科技师范大学学报 2020年第6期15卷 85-88页

作者：赵宽方洁钰曾青青江西科技师范大学生命科学学院江西南昌330013

采用详细的外部形态观察、内部显微结构比对以及基于翻译延长因子编码基因(tef1-α)序列的分子系统发育分析相结合的方法,鉴定出江西鹅膏属真菌的1个新记录种——赤脚鹅膏Amanita gymnopus,标本采自江西九江柘林湖南岸。主要鉴别特征为... 详细信息

采用详细的外部形态观察、内部显微结构比对以及基于翻译延长因子编码基因(tef1-α)序列的分子系统发育分析相结合的方法,鉴定出江西鹅膏属真菌的1个新记录种——赤脚鹅膏Amanita gymnopus,标本采自江西九江柘林湖南岸。主要鉴别特征为:菌盖乳白色至污黄色,附着淡黄色菌幕残余;菌肉白色,伤后变褐色;菌柄污白、基部膨大;孢子无色、淀粉质;有硫磺味。

关键词：江西省新记录种毒蘑菇鹅膏

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多基因组在鹅膏研究中的应用

多基因组在鹅膏研究中的应用

韩国科学家在黄盖鹅膏中发现幽门螺杆菌抑制剂

中国菌物学会第七届全国会员代表大会暨2017年学术年会

作者：罗宏杨祝良 Jonathan D.Walton 中国科学院昆明植物研究所 Michigan State University

鹅膏属（Amanita）中的剧毒种含有致命的鹅膏环肽毒素,直接导致90%以上的蘑菇致死案例。然而,环肽合成基因具有重要医药价值,合成机制可用于人工环肽库的构建。当前,鹅膏多基因组数据平台正逐步建立,比较基因组的探讨正逐步深入,为研究... 详细信息

鹅膏属（Amanita）中的剧毒种含有致命的鹅膏环肽毒素,直接导致90%以上的蘑菇致死案例。然而,环肽合成基因具有重要医药价值,合成机制可用于人工环肽库的构建。当前,鹅膏多基因组数据平台正逐步建立,比较基因组的探讨正逐步深入,为研究鹅膏产毒代谢的整体框架与新毒素基因带来了契机。基于高通量测序,本研究新近获得了3个产鹅膏环肽毒素的蘑菇基因组,包括两种外生菌根鹅膏,黄盖鹅膏（***）和淡红鹅膏（A. pallidorosea）,以及一种腐生剧毒蘑菇,即近肉红环柄菇（Lepiota subincarnata）。整合研究组先前获得的剧毒蘑菇基因组,包括双孢鹅膏（A. bisporigera）、绿盖鹅膏（***）以及纹缘盔孢伞（Galerina marginata）,本研究搭建了一个共计6个基因组、囊括共生与腐生、可用于各项鹅膏研究的多基因组平台,该平台目前支持了多项鹅膏产毒代谢与系统进化方面的研究。其中,研究通过对基因组产毒基因所在区域的比较,确认了多个基因组之间的共有基因,并进一步确定了多个毒素合成新基因,还发现在腐生和共生的蘑菇中,毒素基因所在区域存在一定的相似性。此外,多基因组平台也为系统研究鹅膏产毒代谢途径的起源与演化提供了条件。本研究利用已知毒素基因结构,通过高度相似的外显子与内含子结构准确推断出直系同源毒素基因的结构,并利用该信息推演鹅膏环肽合成途径的演化历史,为未来开展鹅膏系统基因组学等方面的研究奠定了基础。

关键词：鹅膏环柄菇鹅膏环肽基因组比较基因组

来源： cnki会议评论

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中国食用菌 2022年第8期41卷 75-75页

据韩国林务院国家森林科学院近日消息,韩国林务厅国立森林研究所与成均馆大学药学院金基贤教授、药学院安美贞教授共同发现了黄盖鹅膏中抑制幽门螺杆菌生长的天然物质。幽门螺杆菌会诱发胃癌和胃溃疡。联合研究小组从黄盖鹅膏提取物中... 详细信息

据韩国林务院国家森林科学院近日消息,韩国林务厅国立森林研究所与成均馆大学药学院金基贤教授、药学院安美贞教授共同发现了黄盖鹅膏中抑制幽门螺杆菌生长的天然物质。幽门螺杆菌会诱发胃癌和胃溃疡。联合研究小组从黄盖鹅膏提取物中分离出7种脂肪酸衍生物和3种类固醇类化合物,并宣布其中两种化合物对幽门螺杆菌的生长抑制高达80%。

关键词：幽门螺杆菌天然物质脂肪酸衍生物胃溃疡生长抑制成均馆鹅膏药学院

用高压液相色谱法定量红天狗蘑菇中的鹅膏蕈氨酸及蝇蕈醇

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预防医学情报杂志 1986年第1期 44-45页

作者：刘万忱齐齐哈尔市卫生防疫站

在毒蕈的红天狗蘑菇(Amanita muscaria)中,含有生理活性的异噁唑化合物的鹅膏蕈氨酸[3-羟基5-(α-氨基)乙酸异噁唑]和蝇蕈醇(5-氨甲基3-羟基异噁唑)。蝇蕈醇是鹅膏蕈氨酸的脱羧衍生物,这些作用于中枢神经系统的γ-氨基丁酸受体,可引起... 详细信息

在毒蕈的红天狗蘑菇(Amanita muscaria)中,含有生理活性的异噁唑化合物的鹅膏蕈氨酸[3-羟基5-(α-氨基)乙酸异噁唑]和蝇蕈醇(5-氨甲基3-羟基异噁唑)。蝇蕈醇是鹅膏蕈氨酸的脱羧衍生物,这些作用于中枢神经系统的γ-氨基丁酸受体,可引起精神错乱、幻觉等症状,在药理学上也是很有趣的化合物。

关键词：蘑菇化合物鹅膏高压液相色谱法天狗

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毒蘑菇的组学研究

菌物学报 2019年第12期38卷 2087-2098页

作者：罗宏中国科学院昆明植物研究所

毒蘑菇似乎是一个永恒的话题:一方面毒蘑菇每年在世界范围内造成相当数量的人中毒甚至死亡事件;另一方面,毒蘑菇的价值也逐渐被认识,应用毒素进行癌症等疾病治疗的研究取得了重要成果。近年来,毒蘑菇的基因组等组学研究迅速升温,极大地... 详细信息

毒蘑菇似乎是一个永恒的话题:一方面毒蘑菇每年在世界范围内造成相当数量的人中毒甚至死亡事件;另一方面,毒蘑菇的价值也逐渐被认识,应用毒素进行癌症等疾病治疗的研究取得了重要成果。近年来,毒蘑菇的基因组等组学研究迅速升温,极大地促进了这一领域的研究,揭示了一些毒素的生源合成基因及合成机制,几种毒素合成的进化历史也日益清晰。本文总结了近10余年来毒蘑菇研究在基因组、转录组、蛋白组学等方面取得的最新研究进展,归纳了研究的主要方向和动态,并展望了未来的发展趋势。

关键词：鹅膏基因组转录组蛋白组

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河南有毒蘑菇(Ⅰ)

河南科学 1984年第2期 50-62页

作者：薛金鼎河南省科学院生物研究所

河南有毒蘑菇前人尚未进行过系统报导。笔者经多年来野外调查、采集、整理、鉴定,按照安斯沃斯(***)分类系统,河南有毒蘑菇分属13科21属47种。其中有1属15种系河南新记录。文中包括有毒蘑菇的种类、分布与生境、中毒类型,可供采食蘑菇... 详细信息

河南有毒蘑菇前人尚未进行过系统报导。笔者经多年来野外调查、采集、整理、鉴定,按照安斯沃斯(***)分类系统,河南有毒蘑菇分属13科21属47种。其中有1属15种系河南新记录。文中包括有毒蘑菇的种类、分布与生境、中毒类型,可供采食蘑菇、土产收购、卫生防疫及教学、科研工作参考。

关键词：菌柄柱形近园胃肠炎胃肠病子实层体菌褶菌盖中毒类型河南菌肉鹅膏秦岭伏牛山菌托囊状体黄粉末牛肝菌鬼笔鹅膏菌毒伞半球形毒蕈毒蘑菇