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鲤科鱼类SP1密码子的偏好性与进化

水产学报 2023年

作者：何志敏朱肖霞余清婷曾子豪肖阳钟高德李当唐建洲刘臻长沙学院生物与化学工程学院水生动物营养与品质调控重点实验室

特异性蛋白1（SP1）是Sp/KLF蛋白家族成员之一，是最早被发现的转录因子，参与基因的转录调控。为了解鲤科鱼类SP1在进化过程中形成的密码子使用模式及其与不同物种之间的亲缘关系，实现鲤科鱼类异源高效表达提供理论依据，本研究运用Co... 详细信息

特异性蛋白1（SP1）是Sp/KLF蛋白家族成员之一，是最早被发现的转录因子，参与基因的转录调控。为了解鲤科鱼类SP1在进化过程中形成的密码子使用模式及其与不同物种之间的亲缘关系，实现鲤科鱼类异源高效表达提供理论依据，本研究运用CodonW、ClustalX、MEGA 4.0及SPSS软件，对4种鲤科鱼类与其他10个不同物种的SP1序列进行密码子偏好性和进化分析。结果显示，4种鲤科鱼类SP1编码亮氨酸和异亮氨酸时分别对CUG和AUC密码子具有较强的偏好性。14个物种SP1的ENC(Effectivenumberofcodon)平均值为50.57，CAI(Codonadaptationindex)值介于0.184～0.379，均远小于1，表明该基因密码子偏好性较弱。4个鲤科鱼类SP1均表现出相似的密码子偏好性。ENC-plot分析发现SP1密码子偏好性主要受自然选择的影响。基于SP1序列的系统进化分析与相对同义密码子使用度RSCU(relativesynonymouscodonusage)聚类分析结果差异较小。大肠杆菌是草鱼SP1最佳的外源表达系统。研究表明，CUG和AUC为4个鲤科鱼类SP1最优密码子，物种之间密码子偏好性存在差异，自然选择是导致14个物种SP1密码子偏好性的主要影响因素。模式动物斑马鱼、小鼠均可作为草鱼SP1的遗传转化受体。本研究为鲤科鱼类SP1的分类、演化与表达提供了理论依据。

关键词：鲤科 SP1 密码子偏好性分子进化聚类分析

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四川裂腹鱼类一新种记述(鲤形目:鲤科)

四川动物 2022年第3期41卷 300-303页

作者：丁瑞华代元兴黄玉勇四川省自然资源科学研究院成都610015 四川省古蔺县农业农村局四川泸州646500 古蔺鱼洞沟冷水鱼养殖场四川泸州646507

本文报道采自四川省古蔺县箭竹乡大雄村白沙河的裂腹鱼属Schizothorax一新种,命名为古蔺裂腹鱼,新种Schizothorax gulinensis sp.nov.,对新种的形态特征进行了描述,与近似种的主要性状作了比较,并附图版。

关键词：鲤形目鲤科裂腹鱼属新种四川

6种鲤科鱼肌肉脂肪的脂肪酸组成比较及相关性分析

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中国油脂 2019年第10期44卷 29-34页

作者：林婉玲韩迎雪李来好杨贤庆吴燕燕黄卉郝淑贤中国水产科学研究院南海水产研究所国家水产品加工技术研发中心农业部水产品加工重点实验室广州510300 上海海洋大学食品学院上海201306 广东省渔业生态环境重点实验室广州510300

为研究鲤科鱼肌肉脂肪中脂肪酸组成及含量的差异,以鳙鱼、缩骨鳙鱼、翘嘴红鲌、鲢鱼、青鱼和脆肉鲩6种鲤科鱼为研究对象,利用气相色谱-质谱联用仪(GC-MS)测定其肌肉脂肪的脂肪酸组成及含量,再采用IBM SPSS Statistics 22.0对各脂肪酸组... 详细信息

为研究鲤科鱼肌肉脂肪中脂肪酸组成及含量的差异,以鳙鱼、缩骨鳙鱼、翘嘴红鲌、鲢鱼、青鱼和脆肉鲩6种鲤科鱼为研究对象,利用气相色谱-质谱联用仪(GC-MS)测定其肌肉脂肪的脂肪酸组成及含量,再采用IBM SPSS Statistics 22.0对各脂肪酸组成进行相关性分析和聚类分析。结果表明:6种鲤科鱼肌肉脂肪的饱和脂肪酸(SFA)含量为23.83%~36.35%,单不饱和脂肪酸(MUFA)含量为30.87%~54.34%,多不饱和脂肪酸(PUFA)含量为17.92%~35.07%,C20∶5+C22∶6(EPA+DHA)含量为0.58%~16.27%;主要组分间的相关性分析结果表明,C18∶0与EPA呈极显著正相关(相关系数r=0.900~1.000),EPA与DHA呈显著正相关(r=0.800~0.899),C18∶1与DHA呈极显著负相关,与EPA呈显著负相关;聚类分析将6种鲤科鱼分为2组,第一组为缩骨鳙鱼、翘嘴红鲌、青鱼和脆肉鲩,第二组为鳙鱼和鲢鱼。6种鲤科鱼肌肉脂肪中均含有较多的不饱和脂肪酸,具有较高的营养价值和开发利用潜力。

关键词：脂肪酸气相色谱-质谱联用鲤科相关性分析聚类分析

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鲤科墨头鱼属和盆唇鱼属鳞片显微研究

四川动物 2015年第4期34卷 505-510,517页

作者：周伟李明会李有兰谢思思西南林业大学、云南省森林灾害预警与控制重点实验室昆明650224

鲤科Cyprinda野鲮亚科Labeonina的墨头鱼属Garra和盆唇鱼属Placocheilus的分类地位一直存在争议,争议的焦点在于盆唇鱼属是否为一独立有效的属。本研究试图通过鳞片的显微结构比较,寻找新的分类学证据。结果显示,依据鳞片的形状、侧区... 详细信息

鲤科Cyprinda野鲮亚科Labeonina的墨头鱼属Garra和盆唇鱼属Placocheilus的分类地位一直存在争议,争议的焦点在于盆唇鱼属是否为一独立有效的属。本研究试图通过鳞片的显微结构比较,寻找新的分类学证据。结果显示,依据鳞片的形状、侧区鳞纹上粒状突的有无和鳞焦形态的组合,可将2个属的18种鱼划分为3类;依据鼻孔前方鼻突的有无和口吸盘后游离缘的发达程度,也可将这18种鱼划分为3群。比较前后两项结果,在类群的划分名录中仅有西藏墨头鱼和腾冲墨头鱼2种的位置不符,其余的种类均呈一一对应关系。研究结果提示,墨头鱼属和盆唇鱼属均应该是有效的独立属,但原来划分归入墨头鱼属和盆唇鱼属的种类有必要重新进行分类整理,以客观反映各物种真实和自然的分类归属。

关键词：墨头鱼属盆唇鱼属鳞片显微结构鲤科

中国鲃亚科金线鲃属鱼类一新种——黄田金线鲃(鲤形目:鲤科)

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Zoological Research 2011年第2期32卷 204-207页

作者：朱定贵朱瑜蓝家湖广西农业职业技术学院广西南宁530007 广西水产畜牧学校广西南宁530007 广西都安县水产畜牧兽医局广西南宁530007

该文记述了采自广西贺州市贺江水系——洞穴的鲤科鲃亚科金线鲃属鱼类一新种,命名为黄田金线鲃(Sinocyclocheilus huangtianensis Zhu,Zhu et Lan sp.nov.)。新种眼睛正常,背鳍末根不分枝鳍条柔软,后缘无锯齿,与属内同分布在贺江水系的... 详细信息

该文记述了采自广西贺州市贺江水系——洞穴的鲤科鲃亚科金线鲃属鱼类一新种,命名为黄田金线鲃(Sinocyclocheilus huangtianensis Zhu,Zhu et Lan sp.nov.)。新种眼睛正常,背鳍末根不分枝鳍条柔软,后缘无锯齿,与属内同分布在贺江水系的已知种季氏金线鲃及邻近漓江水系的桂林金线鲃相似,但新种侧线鳞为52～59枚,侧线上鳞17～23,侧线下鳞16～17,围尾柄鳞40～46,鳃耙9～10,眼径为体长的4.3%～5.4%,眼间距为体长的9.2%～9.6%,口宽为体长的6.0%～7.3%,与季氏金线鲃和桂林金线鲃有明显区别。

关键词：鲤科金线鲃属新种洞穴鱼类中国

鲤科盘鮈属鱼类系统发育及其历史地理分布格局解析

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动物分类学报 2011年第1期36卷 104-116页

作者：周伟郑兰平西南林业大学保护生物学院云南省森林灾害预警与控制重点实验室云南昆明650224

以盘鮈属鱼类作为内群,以巴马拟缨鱼作为外群。通过形态比较共筛选出85个稳定的特征,形成形态特征状态矩阵表。以PAUP4.0b软件,采用均权方式,在无序和有序状态下分别按Heuristic、Branch-and-Bound以及Bootstrap等3种方式计算和构树。... 详细信息

以盘鮈属鱼类作为内群,以巴马拟缨鱼作为外群。通过形态比较共筛选出85个稳定的特征,形成形态特征状态矩阵表。以PAUP4.0b软件,采用均权方式,在无序和有序状态下分别按Heuristic、Branch-and-Bound以及Bootstrap等3种方式计算和构树。每种方法计算均得到唯一的1棵树,最大简约树与严格一致树、Bootstrap值检测树呈现微小差异。但仅最大简约树体现了各种之间先后分化的次序以及各姐妹群之间的关系,所以选择最大简约树作为盘鮈鱼类的系统发育树。其结果显示,盘鮈具小吸盘的种类与具大吸盘的种类分别构成了A、B两支。B支又可分为C、D两支。其中,C支的种类以吻端形成1对明显珠星,甚至形成吻突而区别于同属中具大吸盘的其他种类。运用Component(2.0)软件计算,得到盘鮈属种类分布河流的唯一分支树,其结构基本与水系的地理分布成对应关系。盘鮈属鱼类祖先的形成时期应为第4纪中期之初或更早。古云贵高原是盘鮈属鱼类的起源、分布和分化中心。云贵高原面的抬升与河流的袭夺促成了盘鮈属鱼类的多次分化和扩散,由此形成了该属鱼类的现今分布格局。

关键词：鲤科盘鮈属系统发育起源地理分布

河南省舞阳县贾湖遗址出土的鲤科鱼类咽齿研究

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第四纪研究 2015年第1期35卷 192-198页

作者：中岛经夫吕鹏张居中中岛美智代模林启介袁靖日本冈山理科大学生物地球学部生物地球学科日本冈山700-0005 中国社会科学院考古研究所北京100710 中国科学技术大学科技史与科技考古系合肥230026 日本爱媛大学东亚古代铁文化研究中心日本松山790-8577

本文对贾湖遗址出土的鲤科鱼类进行了研究,发现有11种可以确定到属或种的鲤科鱼类.现在生存在中国南方的鲤科鱼类在贾湖遗址的出土,证明当时这个地区的气候比现在要温暖.这些鲤科鱼类是当时居住在贾湖遗址的先民有选择性地进行捕捞的.... 详细信息

本文对贾湖遗址出土的鲤科鱼类进行了研究,发现有11种可以确定到属或种的鲤科鱼类.现在生存在中国南方的鲤科鱼类在贾湖遗址的出土,证明当时这个地区的气候比现在要温暖.这些鲤科鱼类是当时居住在贾湖遗址的先民有选择性地进行捕捞的.该研究有助于推进考古遗址出土鱼类遗存的动物考古学研究.

关键词：贾湖遗址鲤科动物考古学

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鲤科鲫属鱼类多倍化基因组学研究

鲤科鲫属鱼类多倍化基因组学研究

2015中国遗传学会大会

作者：罗静柴静鲁斌王景陈自明 Robert W.Murphy 刘少军张亚平云南大学/云南省生物资源保护和利用重点实验室云南大学生命科学学院中国科学院研究生院中国科学院昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室皇家安大略博物馆生物多样性与保护生物学中心湖南师范大学生命科学学院

我们以天然、人工和特殊环境存在的鲫鱼多倍体为研究对象,探讨脊椎动物多倍化机制及其相关适应性机制。首先,我们针对鲫属鱼类极其相关的物种,即天然水体中共12种鲤科鱼类(包括鲤亚科、裂腹鱼亚科、野鲮亚科和鲃亚科)的核基因和线粒体... 详细信息

我们以天然、人工和特殊环境存在的鲫鱼多倍体为研究对象,探讨脊椎动物多倍化机制及其相关适应性机制。首先,我们针对鲫属鱼类极其相关的物种,即天然水体中共12种鲤科鱼类(包括鲤亚科、裂腹鱼亚科、野鲮亚科和鲃亚科)的核基因和线粒体基因组蛋白编码区进行了分析,为鲤科鱼类中的鲤族的异源多倍化起源提供了分子证据,确定了发生异源多倍化父母双方的系统发育位置,并估算了异源多倍化发生的可能时间和多倍化发生父母本及其随后各个物种的演化格局;我们还利用线粒体清楚而系统地解决了鲫属鱼类在欧亚大陆的遗传多样性分化格局。其次,脊椎动物中是否存在物种内多次多倍化是一个值得探讨的现象。我们同时采用线粒体DNA和核基因标记的研究表明:不同地理群体来源的群体中存在的多倍化个体散布在不同的线粒体枝上,表明存在多次多倍化的存在;同时核基因标记显示多次多倍化发生在鲫属指名复合种(Carassius auratus species complex)内部,确认了这些多次多倍化同时还是种内的同源多倍化;我们甚至发现滇池中不同倍性的鲫鱼与其污染存在有趣的相关性,这为多倍化与特殊生境的关系作了有意义的提示。再者,多倍化刚发生时在生物体各个层次的迅速而剧烈的改变是最终决定多倍化是否能存活的关键时期。脊椎动物多倍化初期的改变一直缺乏相关研究。我们以世界上首例通过红鲫和鲤鱼的属间远缘杂交获得两性可育并形成异源八倍体鲫鲤体系(F1-F24),在基因组水平、表观遗传学水平和细胞水平多层次全面深入地研究异源多倍化初期的基础理论问题,我们发现:以鲫属鱼类为代表的脊椎动物在基因组振荡和紊乱方面均强于植物多倍化基因组,提示为何脊椎动物难以形成存活并繁衍的多倍体。这些工作均显示:鲫属鱼类本身发生了异源四倍化,同时存在同源多次多倍化,不同倍性的个体显示不同的生态适应性。因而鲫属鱼类成为研究脊椎动物多倍化不可多得的模型。最后,鲫属鱼类不仅是具有重要的理论研究价值的研究对象,还是重要的经济淡水鱼类和观赏鱼类金鱼的祖先。据此,我们已完成了雌核发育红鲫全基因组测序拼装和注释,成为我们多项研究可用的参考基因组,同时评估表明获得的雌核发育基因组质量明显优于发表在Nature Genetics上发表的鲤鱼基因组。综上,基于鲫属鱼类探讨脊椎动物的形成机制,为云南及周边地区分布的数十种多倍化鱼类的形成及保护提供理论依据;同时为不同生境下的适应性机制提供线索,也为云南丰富多样的湖泊资源保护与合理开发利用提供有意义的理论基础。

关键词：鲤科鲫属多倍化基因组学

来源： cnki会议评论

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代表性鲤科鱼类青鱼的物种敏感性评价

代表性鲤科鱼类青鱼的物种敏感性评价