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高通量测序法微卫星不稳定性检测评价

分子诊断与治疗杂志 2021年第10期13卷 1565-1568,1573页

作者：贾铮徐任张文新黄杰曲守方中国食品药品检定研究院体外诊断试剂检定所北京100050 上海源奇生物医药科技有限公司上海201403

目的利用人类多基因突变联合检测试剂盒(可逆末端终止测序法)检测微卫星不稳定性(MSI)检测国家参考品,评价试剂盒的微卫星不稳定性检测性能。方法采用试剂盒对MSI国家参考品进行阳性参考品符合率、阴性参考品符合率和检测限项目的检测... 详细信息

目的利用人类多基因突变联合检测试剂盒(可逆末端终止测序法)检测微卫星不稳定性(MSI)检测国家参考品,评价试剂盒的微卫星不稳定性检测性能。方法采用试剂盒对MSI国家参考品进行阳性参考品符合率、阴性参考品符合率和检测限项目的检测。结果对MSI国家参考品中的62例样本进行检测,其中阳性参考品的结果均为微卫星高度不稳定,阴性参考品的结果均为微卫星稳定,LOD1及LOD3的20%、10%检测限参考品均检出微卫星高度不稳定,但其5%检测限参考品未检出相应的微卫星高度不稳定状态。LOD4、LOD5、LOD6及LOD7检测限参考品检测结果均为微卫星稳定。结论微卫星不稳定性检测国家参考品,适用于高通量测序法的试剂盒微卫星不稳定性检测性能评价。

关键词：微卫星微卫星不稳定性错配修复国家参考品高通量测序法

地黄生长过程中根际土壤挥发性有机物与细菌群落特征分析

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中国实验方剂学杂志 2022年第22期28卷 149-158页

作者：李伟峰耿晓桐龚海燕王丰青雷敬卫谢彩侠张重义河南中医药大学河南省中药质量控制与评价工程技术研究中心郑州450046 信阳农林学院河南信阳464000 河南农业大学郑州450046 福建农林大学福州350021

目的:分析地黄生长过程中根际土壤挥发性有机物(VOCs)、细菌群落特征的变化,以及VOCs与细菌群落结构的关系,为地黄连作土壤形成过程中的特征评价及连作土壤微生物的调控研究奠定基础。方法:以地黄7月、8月、10月3个主要生长时期的根际... 详细信息

目的:分析地黄生长过程中根际土壤挥发性有机物(VOCs)、细菌群落特征的变化,以及VOCs与细菌群落结构的关系,为地黄连作土壤形成过程中的特征评价及连作土壤微生物的调控研究奠定基础。方法:以地黄7月、8月、10月3个主要生长时期的根际土壤为研究对象,采用气相色谱-质谱法(GC-MS)测定根际土壤乙酸乙酯部位及二氯甲烷部位中VOCs的相对含量,运用高通量测序法测定其根际细菌群落结构特征,利用SPSS 24、SIMCA 14.1等分析3个时期根际土壤VOCs、细菌群落结构的差异性,筛选引起其差异的主要VOCs和标志性菌群,并分析VOCs与细菌群落结构的相关性。结果:地黄3个生长时期根际土壤不同部位中的VOCs存在差异,其中乙酸乙酯部位的VOCs差异物质有间苯二甲酸二辛酯、2-辛基-1-十二烷醇、对甲苯甲酸-2-乙基己酯,二氯甲烷部位的则包括间苯二甲酸二(2-乙基己基)酯、邻苯二甲酸二(2-丙基戊基)酯、对甲苯甲酸-2-乙基己基酯。地黄从苗期到块根膨大末期,其根际土壤中放线菌门、厚壁菌门和绿弯菌门等优势菌门的相对丰度逐渐降低,而且各生长时期的根际土壤均有可以表征自己特有的细菌群落。相关性分析表明,地黄根际土壤VOCs对根际细菌群落结构有影响,其中以酯类、醇类等成分对根际细菌群落结构的影响较大。结论:在地黄的生长过程中,根际土壤的特征表现为酯类和醇类等主要VOCs含量发生变化和主要有益菌群相对丰度的逐渐降低,而且根际土壤VOCs对细菌群落结构的塑造有一定作用。

关键词：地黄根际土壤气相色谱-质谱法(GC-MS) 细菌群落特征挥发性有机物高通量测序法连作障碍

基于高通量测序技术分析七种梨内生细菌多样性

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云南大学学报（自然科学版） 2021年第3期43卷 598-607页

作者：李秋桦尹敏裴妍任禛陈泽斌夏体渊胡靖祥徐胜光陈秀昆明学院农学与生命科学学院云南省高校生物炭工程研究中心云南昆明650214 云南大学医学院云南昆明650091

目前对于梨内生细菌多样性的研究几乎为零,这在很大程度上限制了梨内生细菌资源的开发和利用.为了探明梨内生细菌多样性,挖掘潜在的微生物资源及功能,研究采用高通量测序技术测定7个不同品种梨内生细菌菌群16S rRNA基因V4~V5区序列,并... 详细信息

目前对于梨内生细菌多样性的研究几乎为零,这在很大程度上限制了梨内生细菌资源的开发和利用.为了探明梨内生细菌多样性,挖掘潜在的微生物资源及功能,研究采用高通量测序技术测定7个不同品种梨内生细菌菌群16S rRNA基因V4~V5区序列,并进行生物信息学分析.在7个不同品种梨中获得有效序列数为30001~42255条,并聚成33~99个可操作分类单元(OTU),涉及17个门、28个纲、52个目、85个科以及120个属.此外,7个梨品种内生细菌的Shannon指数、Simpson指数和Chao指数分别在0.481~1.154、0.452~0.730和42.333~103.875之间,说明测定的7个不同品种梨含有丰富的内生细菌种类,其中丰水梨和水晶梨内生细菌最为丰富.不同分类阶元的统计结果表明,不同品种的梨在门、纲、目、科、属水平上的主要内生细菌类型相同,但具体占比不同.7种梨内生细菌多样性均较为丰富,且不同梨品种菌群结构存在一定差异.研究为进一步揭示梨与内生细菌之间的互作关系提供参考,为后续研究奠定基础.

关键词：不同品种梨植物内生细菌多样性高通量测序法

人参栽培对土壤原核微生物群落结构及其功能的影响

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吉林农业大学学报 2023年第3期45卷 298-306页

作者：张伟王威王丽郭冰珠潘静崔俊涛吉林农业大学资源与环境学院长春130118 长春职业技术学院长春130033 长春市朝阳区农业技术推广总站长春130012

针对人参连作障碍问题,以长白山区未开垦的森林土壤、林地栽培人参2年土壤和休闲2年的老参地土壤为供试材料,采用高通量测序方法,对3种土壤微生物群落结构及其功能差异进行研究,以期为人参连作障碍的理论和实践研究提供数据参考。共获... 详细信息

针对人参连作障碍问题,以长白山区未开垦的森林土壤、林地栽培人参2年土壤和休闲2年的老参地土壤为供试材料,采用高通量测序方法,对3种土壤微生物群落结构及其功能差异进行研究,以期为人参连作障碍的理论和实践研究提供数据参考。共获得24门、54纲、107目、199科、297属和374种原核微生物。结果表明:森林土壤开发成人参栽培土壤后,其原核微生物物种组成被改变,土壤微生物的Alpha多样性表现出增加的趋势,共18个土著原核微生物种随着人参栽培年限的延长,相对丰度不断降低;同时有19个外来原核微生物种随着人参栽培年限的延长,相对丰度不断升高。人参栽培改变了森林土壤原核微生物群落结构、能量代谢和物质代谢途径,群落能级表现出降低的趋势,物质代谢从碳水化合物代谢向脂类代谢和氨基酸代谢类型转变,进而改变了土壤的功能。提出土壤DNA提取和混样方法,即分别提取土壤样本DNA,再混合DNA进行样本混合。研究土壤微生物的群落结构不仅要关注相对丰度较高的种群,同时还要兼顾相对丰度较低种群的动态。

关键词：人参连作障碍原核微生物群落结构 KEGG 高通量测序法

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地龙饮片表面真菌的多样性研究

中国中药杂志 2019年第20期44卷 4433-4438页

作者：孟杰亲李红霞罗雪梅陈秀芬刘春生杨瑶珺北京中医药大学中药学院北京102488 长治市中医研究所附属医院山西长治046000

中药材在种植、采收、加工、运输及贮藏过程中容易受到真菌污染,2015年版《中国药典》规定检测地龙饮片的黄曲霉毒素,经查阅文献发现国内外目前尚未有学者对地龙饮片的表面真菌进行研究。该实验从北京市零售药店收集地龙饮片8批,采用传... 详细信息

中药材在种植、采收、加工、运输及贮藏过程中容易受到真菌污染,2015年版《中国药典》规定检测地龙饮片的黄曲霉毒素,经查阅文献发现国内外目前尚未有学者对地龙饮片的表面真菌进行研究。该实验从北京市零售药店收集地龙饮片8批,采用传统的平板法培养地龙饮片表面的真菌,顶端纯化法获得单一菌株,通过真菌的菌落形态、显微结构特征、DNA条形码3种方法鉴定真菌。同时,基于Illumina Hi Seq 2500高通量测序平台,分析地龙饮片表面真菌的多样性。结果显示,平板法共分离鉴定得到287株9种真菌,结合3种真菌鉴定方法,9种真菌中的8种可以鉴定,分别为黑曲霉菌、青霉菌、链格孢菌、黄曲霉菌、草酸青霉菌、腐质霉菌、Talaromyces purpurogenus和Aspergillus insuetus,1种真菌未得到结果。其中,青霉属、曲霉属真菌为主要污染菌。高通量测序结果于不同分类水平分属2个界、6个门、19个纲、44个目、98个科、127个属、121个种,优势真菌属为节担菌属、曲霉属和虫草属,相对丰度分别为63. 33%,15. 28%,10. 28%。通过对北京市零售药店的地龙饮片表面真菌进行多样性研究,可以为其安全贮藏和临床用药安全提供一定的参考依据。

关键词：地龙真菌平板法高通量测序法

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市售食用菌鲜品外源细菌的动态变化分析

食品科学 2017年第21期38卷 80-85页

作者：王琼英高巍赵梦然邬向丽陈强曲积彬黄晨阳中国农业科学院农业资源与农业区划研究所农业部农业微生物资源收集与保藏重点实验室北京100081

目前,市售食用菌鲜品大多保藏于常温条件下,食用菌因营养丰富、表面组织鲜嫩而更易滋生外源微生物。以市售常温保藏的金针菇、杏鲍菇、蟹味菇鲜品为材料,分析货架期内其外源细菌数量、种类、群落多样性的变化。结果表明,3种食用菌在货... 详细信息

目前,市售食用菌鲜品大多保藏于常温条件下,食用菌因营养丰富、表面组织鲜嫩而更易滋生外源微生物。以市售常温保藏的金针菇、杏鲍菇、蟹味菇鲜品为材料,分析货架期内其外源细菌数量、种类、群落多样性的变化。结果表明,3种食用菌在货架期内外源细菌数量明显增加,货架期5 d蟹味菇增长了29倍,金针菇、杏鲍菇分别增长了417、4 116倍。外源细菌种类及相对丰度在货架期呈动态变化,表现为优势菌在货架期1~5 d能够被检测到,蟹味菇假单胞菌属丰度增加和金针菇乳球菌属丰度降低。Shannon指数表明在货架期内,金针菇外源细菌多样性明显低于杏鲍菇和蟹味菇。主成分分析结果表明,3种食用菌各自在不同货架期内菌群结构呈现相似性,蟹味菇和杏鲍菇外源细菌菌群结构存在一定的相似性,金针菇外源细菌菌群结构与蟹味菇和杏鲍菇存在差异。

关键词：货架期高通量测序法多样性致病菌腐败菌

对德宏地区5485例孕妇耳聋基因检测结果的分析

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当代医药论丛 2022年第9期20卷 5-8页

作者：闫林霞徐芳姚李香阚雪梅陈智勤云南省德宏州人民医院产科云南德宏678400 上海市第一妇婴保健院生殖中心上海200125

目的:对德宏地区5485例孕妇所携带的常见耳聋突变基因进行检测与筛查,为降低该地区先天性耳聋儿的出生率提供流行病学依据。方法:选择2018年1月至2021年4月在云南省德宏州人民医院进行常规产检的5485例孕妇(无耳聋家族史且处于妊娠早期... 详细信息

目的:对德宏地区5485例孕妇所携带的常见耳聋突变基因进行检测与筛查,为降低该地区先天性耳聋儿的出生率提供流行病学依据。方法:选择2018年1月至2021年4月在云南省德宏州人民医院进行常规产检的5485例孕妇(无耳聋家族史且处于妊娠早期)作为研究对象。采集这些孕妇的静脉血,采用高通量测序法检测其有无耳聋相关基因突变位点,同时筛查其是否携带有常见的18种耳聋基因的95个突变位点。结果:在5485例孕妇中,有232例孕妇携带有耳聋突变基因,其耳聋突变基因的总携带率为4.23%(232/5485)。结论:德宏地区孕妇耳聋突变基因的携带率处于中等水平。采用耳聋基因高通量测序法能筛查出孕妇中的耳聋突变基因携带者。对孕妇进行产前耳聋知识宣教、遗传咨询、生育指导及耳聋基因筛查,能降低其先天性耳聋儿的出生率。

关键词：德宏地区孕妇耳聋基因早孕期筛查基因突变位点高通量测序法

高寒区不同地域燕麦根际土壤微生物多样性研究

维普期刊数据库评论

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草地学报 2020年第2期28卷 358-366页

作者：汪焱张英苏贝贝张志英道日娜青海大学农牧学院三江源区高寒草地生态省部共建重点实验室青海西宁810016

为探究燕麦(Avena sativa L.)在不同高寒地域栽培时植物根际土壤微生物群落多样性变化特征,本研究采用高通量测序技术对4个地域栽培的燕麦根际土壤微生物多样性进行了测定,并分析了微生物群落多样性与土壤理化性质的相关性。结果表明:... 详细信息

为探究燕麦(Avena sativa L.)在不同高寒地域栽培时植物根际土壤微生物群落多样性变化特征,本研究采用高通量测序技术对4个地域栽培的燕麦根际土壤微生物多样性进行了测定,并分析了微生物群落多样性与土壤理化性质的相关性。结果表明:各地域燕麦根际土壤理化性质差异显著(P<0.05),同仁县样地土壤的pH值(8.38)最大(P<0.05),同德县样地土壤的全磷、速效磷的含量显著高于其他样地(P<0.05);4个样地燕麦根际土壤中的细菌和真菌物群落多样性丰度较高并存在差异,细菌群落多样性同德县样地最高,真菌群落多样性河南县样地最高;在门分类水平上,细菌群落中变形菌门(Proteobacteria)最为丰富,在贵南县、河南县、同德县和同仁县样地中的相对丰度分别为78.76%,69.45%,66.86%,50.82%;真菌群落中子囊菌门(Ascomycota)最为丰富,在各样地中的相对丰度分别为58.38%,57.12%,41.22%,51.94%;燕麦根际土壤细菌和真菌群落多样性与土壤的理化性质间存在显著相关关系,其中主要的驱动因素是土壤pH、全磷、速效磷含量。

关键词：高寒地区燕麦微生物多样性高通量测序法

棉花长期连作对新疆农田土壤古菌群落演替的影响

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生态环境学报 2019年第4期28卷 769-775页

作者：张伟杜钰新疆特殊环境物种保护与调控生物学实验室/新疆师范大学生命科学学院新疆乌鲁木齐830054

为了解在新疆干旱半干旱土壤环境下,棉花连作对土壤古菌群落结构造成的影响,基于高通量测序法对阿克苏棉区30年连作期间以及玉米轮作一年后土壤古菌群落结构变化规律进行了对比分析。结果表明,当地原生态土壤古菌群落主要由Thaumarchae... 详细信息

为了解在新疆干旱半干旱土壤环境下,棉花连作对土壤古菌群落结构造成的影响,基于高通量测序法对阿克苏棉区30年连作期间以及玉米轮作一年后土壤古菌群落结构变化规律进行了对比分析。结果表明,当地原生态土壤古菌群落主要由Thaumarchaeota、SM1K20、Euryarchaeota、Aenigmarchaeota、Crenarchaeota和Marine_Hydrothermal_Vent_Group(MHVG)等6个门组成。棉花第一年种植就引起了土壤古菌群落Shannon等多样性指数和可检测到的种数快速提高,虽然各样品特有操作分类单元数(OUT,operational taxonomic units)相差较大,但各样品共有的核心OTU数仍高达232个,占主要部分。在棉花长期连作过程中,从门到属的不同分类水平上,都有部分组成在丰度上持续发生着调整,但改变的幅度逐年趋小,当连作10年后,新的古菌群落结构逐渐形成。玉米轮作一年古菌群落结构多样性指数和组成成分没有大变化,但Sulfolobaceae和GoM-Arch87两个属的丰度成倍增加。分析认为,当地土壤环境中孕育着极为丰富的特殊古菌资源,棉花长期连作导致新的古菌群落结构形成,作物轮作可以快速调整部分土壤古菌组成丰度。研究结果可为当地古菌资源的开发及耕地微生物群落结构的健康发展提供指导。

关键词：古菌群落棉花连作多样性高通量测序法