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高血压相关基因生物数据库平台的构建

高血压相关基因生物数据库平台的构建

作者：徐艳丽青海师范大学

学位级别：硕士

高血压是一种复杂的疾病,随着高血压疾病发病率的增加,高血压以及高血压的并发症严重威胁人类的健康。因此提高人们对高血压疾病的重视,对高血压疾病的早预防、早治疗起到关键的作用。随着生物学领域的不断发展,生物数据的不断增加,从... 详细信息

高血压是一种复杂的疾病,随着高血压疾病发病率的增加,高血压以及高血压的并发症严重威胁人类的健康。因此提高人们对高血压疾病的重视,对高血压疾病的早预防、早治疗起到关键的作用。随着生物学领域的不断发展,生物数据的不断增加,从而使大型数据库的数据量不断增长,增加了获得数据难度。为了方便研究人员更快捷高效的获得需要的数据,就要建立本地二级数据库,然后将整合相关的数据存放到本地数据库里。通过对高血压的数据与生物数据库的认识,关于高血压的相关生物数据库也比较少,内容也不够完整,为了能使高血压的数据库不断的更新与完善,将相关基因的数据存放到数据库中,可以通过搜索得到高血压的相关数据,所以设计高血压相关基因的生物数据库来存储这些相关数据,通过高血压数据库的平台,可以更好的获得相关基因数据,从而对高血压数据进行的相关分析研究提供方便。本文针对高血压疾病的研究,建立了本地二级数据库,高血压相关数据主要来自于网络数据库NCBI和实验采集获得的数据,根据高血压相关基因数据的属性特征,设计数据库模块,主要分为基本生物信息库和snp数据库两个模块,为每个数据库创建相关的数据表。高血压相关基因的数据库创建是在Linux操作系统下,搭建集成开发环境Xampp,该环境是Apache服务器,My SQL数据库和PHP编程语言等的集成,基于CS技术上创建以My SQL为基础的关系型数据库,将相关数据导入到数据表中,通过用PHP等相关的编程语言来实现对数据库的关键词的检索,而且该数据库也整合了Blast的搜索方法进行数据的相关检索,使创建的高血压相关数据库得到更好的应用。Bio Linux系统下搭建Bio Mart分析平台,配置Java环境,Cytoscape、JBrowse等分析软件的研究与应用。对样本采集数据进行了基因筛选、基因确定的分析操作和高血压相关数据的分析,对HIF1a基因序列用perl语言编程来实现genbank内容的可视化,对相关的基因序列进行序列比对来分析序列之间的相似性,通过对基因利用相关软件以及一些方法来进行分析,使我们对生物信息学的相关知识有了更好的认识。

关键词：高血压生物数据库高血压相关基因 MySQL perl

腺病毒介导高血压相关基因转移对兔颈动脉球囊损伤后新生内膜形成的抑制作用

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中华心血管病杂志 2004年第7期32卷 631-634页

作者：王贵松陈光慧郭艳红李黔霍勇高炜北京大学第一医院心内科 100034 北京大学心血管研究所北京大学第三医院

目的探讨腺病毒载体介导的新基因高血压相关基因(Hypertension-related gene,HRG-1)转移对兔颈总动脉球囊损伤后新生内膜形成的影响。方法兔颈总动脉球囊损伤后,经血管腔内转染含有HRG-1的腺病毒载体(AdHRG-1)或含有绿色荧光蛋白报告... 详细信息

目的探讨腺病毒载体介导的新基因高血压相关基因(Hypertension-related gene,HRG-1)转移对兔颈总动脉球囊损伤后新生内膜形成的影响。方法兔颈总动脉球囊损伤后,经血管腔内转染含有HRG-1的腺病毒载体(AdHRG-1)或含有绿色荧光蛋白报告基因的空载腺病毒载体(AdGFP),以生理盐水处理为对照。于术后3、7和28 d取材,分别进行外源基因表达检测、PCNA染色和定量组织形态学分析。结果应用逆转录-聚合酶链反应和免疫组织化学方法分别证实了基因转移后3 d HRG-1在兔颈动脉壁内的表达;PCNA免疫组织化学染色显示,转染AdHRG-1后7 d兔颈动脉内膜和中膜PCNA阳性细胞指数较转染AdGFP组明显降低[(21.4±2.5)％对(45.6±3.8)％,(6.4±1.1)％对(17.8±1.9)％,P基因转移后28 d血管壁定量组织形态学分析显示,转染AdHRG-1组血管新生内膜面积及内膜面积与中膜面积比均显著低于转染AdGFP组[(0.13±0.03)mm2对(0.45±0.14)mm2,0.19±0.02对0.70±0.15,P<0.01],血管腔面积则显著增加[(0.88±0.07)mm2对(0.57±0.27)mm2,P<0.01],而转染AdGFP组与生理盐水处理组间无显著性差异。结论以腺病毒为载体经血管腔内转染HRG-1可有效抑制球囊损伤后血管平滑肌细胞增殖和新生内膜形成。

关键词：血管内膜冠状动脉疾病哺乳动物腺病毒属高血压相关基因

降钙素基因相关肽对血管平滑肌表型转化和增殖的影响

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解剖学报 2007年第4期38卷 452-456页

作者：徐红涛杨芹王彩英焦磊王旻晨吴开云苏州大学医学院解剖学教研室苏州215123

目的探讨降钙素基因相关肽(CGRP)对大鼠血管平滑肌细胞(VSMCs)表型转化和增殖的影响以及它们之间的关系。方法取大鼠主动脉先体外培养8d后再贴块培养(VSMCs);对照组直接用贴块法培养细胞。实验分为CGRP作用组和无CGRP作用组。用5-BrdU... 详细信息

目的探讨降钙素基因相关肽(CGRP)对大鼠血管平滑肌细胞(VSMCs)表型转化和增殖的影响以及它们之间的关系。方法取大鼠主动脉先体外培养8d后再贴块培养(VSMCs);对照组直接用贴块法培养细胞。实验分为CGRP作用组和无CGRP作用组。用5-BrdU标记平滑肌细胞增殖变化;RT-PCR检测HRG-1和SM22α表达变化。结果血管经体外培养8d后再贴壁培养的平滑肌细胞可见大量棕黄色标记增殖的细胞核,HRG-1和SM22αmRNA表达明显减少;而CGRP作用组标记的血管平滑肌增殖细胞明显减少,HRG-1和SM22αmRNA表达明显上调。结论CGRP对VSMCs增殖有抑制作用并同时可使VSMCs从合成型向收缩型转化。

关键词：降钙素基因相关肽血管平滑肌细胞高血压相关基因 RT-PCR 大鼠

内皮素-1对大鼠血管平滑肌表型转化和增殖的影响

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解剖学杂志 2009年第2期32卷 162-165页

作者：徐红涛王旻晨杨亚安王晓春焦磊吴开云盐城卫生职业技术学院盐城224006 苏州大学医学院解剖学教研室苏州215123

目的:通过内皮素-1作用于大鼠血管平滑肌细胞(VSMC)及对内皮素-1受体信号的阻断,探讨内皮素-1对VSMC表型转化和增殖的影响及机制。方法:取大鼠主动脉贴块培养VSMC,用内皮素-1及其受体阻断剂BQ123分别作用于一般培养的VSMC和血清饥饿培养... 详细信息

目的:通过内皮素-1作用于大鼠血管平滑肌细胞(VSMC)及对内皮素-1受体信号的阻断,探讨内皮素-1对VSMC表型转化和增殖的影响及机制。方法:取大鼠主动脉贴块培养VSMC,用内皮素-1及其受体阻断剂BQ123分别作用于一般培养的VSMC和血清饥饿培养的VSMC。用BrdU标记细胞增殖;RT-PCR检测高血压相关基因-1(HRG-1)和SM22α表达变化。结果:内皮素-1作用后VSMC增殖显著增多,HRG-1和SM22αmRNA在一般培养和饥饿培养的VSMC中表达均明显减少;而加入阻断剂BQ123后增殖细胞大大减少,HRG-1和SM22αmRNA表达明显上调。结论:内皮素-1有促进VSMC增殖作用并可使VSMC从收缩型向合成型转化,并且内皮素-1对VSMC的作用是不可逆的;受体信号途径是内皮素-1对VSMC表型转化和增殖作用的机制之一。

关键词：内皮素-1 血管平滑肌细胞高血压相关基因 RT-PCR 大鼠