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一种高密度基因芯片的优化方法

生物技术 2000年第4期10卷 42-46页

作者：孙啸何农跃赵雨杰陆祖宏东南大学生物科学与医学工程系分子与生物分子电子学实验室江苏南京210096

Gene chip is the fusion of molecular biology,microelectronics and *** board is the key to high-density gene chip *** using masks ,DNA probes can be synthesized in situ with high density and accurate *** it is costly to make the masks.A method of chip optimization is proposed to reduce the number of masks needed for gene chip synthesis,to reduce the synthesiscycles,and then to increase the efficiency of chip *** is very important to gene chip applications.

关键词：基因芯片优化技术高密度基因芯片

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基于3K和48K SNP芯片进行高低种植密度下玉米株高相关性状的作图比较

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核农学报 2025年

作者：李阳婧杨泽兵罗洁池双红刘应红易强侯宪斌贵州大学农学院四川农业大学玉米研究所百色学院农业与食品工程学院

为了比较不同密度单核苷酸多态性（SNP）芯片的数量性状位点（QTL）作图效率，本研究基于Maize SNP 3K和48K芯片对来源于R08×掖478的271个重组自交系（RIL）群体进行基因分型，采用完备区间作图法定位四个环境和两种种植密度条件下玉... 详细信息

为了比较不同密度单核苷酸多态性（SNP）芯片的数量性状位点（QTL）作图效率，本研究基于Maize SNP 3K和48K芯片对来源于R08×掖478的271个重组自交系（RIL）群体进行基因分型，采用完备区间作图法定位四个环境和两种种植密度条件下玉米株高相关性状的QTL。结果表明，利用48K SNP芯片分型结果构建的遗传图谱分辨率高于3K（标记数：2 804个bin vs 683个SNP；图谱长：3 863.77 cM vs 1 786.06 cM；标记平均间距：1.38 cM vs 2.65 cM）。基于48K-遗传图谱在高低种植密度下定位到的QTL较3K-遗传图谱多近40%(86/62)，两者共定位到28个位置相同的QTL，约占48K-遗传图谱检测到QTL总数的32.6%和3K-遗传图谱检测到QTL总数的45.2%。利用48K-遗传图谱在高种植密度下检出51个QTL，低种植密度下检出60个QTL，其中密度钝感型QTL为25个。基于高密度标记芯片作图具有更高的效率，可用于高效解析玉米数量性状。本研究结果为玉米耐密候选基因的进一步精细定位提供了理论支撑。

关键词：高密度基因芯片玉米株高耐密性 QTL作图分辨率比较

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基因组学与人类疾病

遗传 2011年第8期33卷 807-808页

作者：周钢桥张学中国人民解放军军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室基因组学与蛋白质组学研究室北京100850 中国医学科学院基础医学研究所&北京协和医学院基础医学院医学分子生物学国家重点实验室医学遗传学系北京100730

近年来,以高密度基因芯片和高通量测序为核心的基因组学技术迅速发展,已广泛应用到生物医学的各个领域并取得突出进展,使我们对于疾病的分子与遗传学基础的认识达到了一个新的水平。

关键词：基因组学技术人类疾病高密度基因芯片遗传学基础生物医学高通量领域并测序

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高州野生稻重组自交系的构建与穗粒数性状的QTL定位

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广东农业科学 2024年

作者：霍兴于咏梅邱树青刘迪林孔乐柳武革王丰广东省农业科学院水稻研究所/华南优质稻遗传育种重点实验室(省部共建)/广东省水稻育种新技术重点实验室/广东省水稻工程实验室华南农业大学农学院武汉双绿源创芯科技研究院有限公司

【目的】野生稻（Oryza rufipogon）具有丰富的基因资源，通过构建野生稻重组自交系并进行数量性状基因座（QTL）分析，鉴定控制水稻穗粒数的QTL，进而为水稻遗传改良提供分子基础和遗传资源。【方法】通过高州野生稻和‘中花11’的杂... 详细信息

【目的】野生稻（Oryza rufipogon）具有丰富的基因资源，通过构建野生稻重组自交系并进行数量性状基因座（QTL）分析，鉴定控制水稻穗粒数的QTL，进而为水稻遗传改良提供分子基础和遗传资源。【方法】通过高州野生稻和‘中花11’的杂交和多代自交，构建了具有野生稻血缘的重组自交系群体。利用高密度基因芯片对群体进行基因型鉴定，并基于分子标记分析构建了高密度遗传图谱。进一步对群体穗粒数表型进行2年考察，结合表型数据和SNP标记信息，利用QTL IciMapping软件进行了QTL分析。【结果】成功构建了包含316个重组自交系的群体，表型观察显示群体具有丰富的遗传多样性，并在改良穗粒数上具有良好的应用潜力。检测到10个调控水稻穗粒数的QTL，其中2022年检测到4个QTL，2023年检测到6个QTL，第11号染色体上的1个QTL表型贡献率最高、为13.78%。位于2号染色体上的QTL在两年中均可稳定检测到。2年检测到的10个QTL中，有9个加性效应为正值。【结论】成功构建了高州野生稻重组自交系，揭示出高州野生稻在改良水稻穗粒数中的应用潜力，通过QTL分析揭示了控制水稻穗粒数的遗传基础。

关键词：野生稻重组自交系穗粒数高密度基因芯片 QTL分析遗传图谱