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灵芝酸A-靛红拼合物的合成、抗肿瘤活性及靶点预测研究

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中草药 2023年第7期54卷 2044-2055页

作者：贾怡李艳王晓琳尚海田瑜中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所北京100193

目的将灵芝三萜中的主要成分灵芝酸A与具有抗肿瘤作用的靛红片段进行拼合,对所得的拼合物进行体外抗肿瘤活性评价,分析构效关系,并对灵芝酸A及其拼合物的靶点进行预测。方法将灵芝酸A与1个单元或3个单元长度的聚乙二醇连接,再通过点... 详细信息

目的将灵芝三萜中的主要成分灵芝酸A与具有抗肿瘤作用的靛红片段进行拼合,对所得的拼合物进行体外抗肿瘤活性评价,分析构效关系,并对灵芝酸A及其拼合物的靶点进行预测。方法将灵芝酸A与1个单元或3个单元长度的聚乙二醇连接,再通过点击化学反应与靛红片段进行拼合,采用噻唑蓝(MTT)法考察合成拼合物对乳腺癌MCF-7细胞、肝癌HepG2细胞、骨肉瘤SJSA-1细胞和正常细胞系HK-2细胞的抗增殖活性。结果共合成16个不同长度及不同取代的灵芝酸A-靛红拼合物,确定结构,为结构全新的化合物。部分拼合物表现出良好的抗肿瘤活性,且靛红片段上的取代基对抗肿瘤效果影响较大,其中6位取代活性最优。反向找靶及分子对接结果表明,灵芝酸A及拼合物可能通过调控鼠双微体2/X蛋白(mouse double minute 2/X,MDM2/X)发挥抗肿瘤作用。结论该系列化合物对MCF-7细胞的选择性较强,化合物A11和A16具有进一步研究的价值,具有开发为双靶点或多靶点抗肿瘤化合物的潜力。

关键词：灵芝酸A 靛红拼合物抗肿瘤构效关系靶点预测

南海海绵Pseudoceratina sp.化学成分的细胞毒协同增效作用及靶点预测

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华东理工大学学报（自然科学版） 2021年第5期47卷 577-583页

作者：竺婷婷袁慧慧胡瑾怡蓝闽波华东理工大学化学与分子工程学院上海市功能性材料化学重点实验室上海200237

以肿瘤细胞毒活性筛选为导向,采用硅胶柱色谱及高效液相色谱等现代色谱技术对南海海绵Pseudoceratina sp.化学成分进行分离纯化,并利用电喷雾质谱和核磁共振波谱等波谱技术对化合物进行结构表征;采用磺酰罗丹明B(SRB)法评价化学成分对... 详细信息

以肿瘤细胞毒活性筛选为导向,采用硅胶柱色谱及高效液相色谱等现代色谱技术对南海海绵Pseudoceratina sp.化学成分进行分离纯化,并利用电喷雾质谱和核磁共振波谱等波谱技术对化合物进行结构表征;采用磺酰罗丹明B(SRB)法评价化学成分对人肺癌细胞A549、人肝癌细胞HepG2和人宫颈癌细胞HeLa的增殖抑制作用,分析化学成分和单一化合物的细胞毒活性,探讨可能的联合作用机制;采用Chemmapper Server对化合物进行靶点计算,推测作用靶点。结果表明,从南海海绵Pseudoceratina sp.中分离并鉴定得到溴代酪氨酸类生物碱hemifistularin-3(1)和11,19-dideoxyfistularin 3(2),2个化合物对3种肿瘤细胞的半数抑制浓度(IC_(50))均大于91.76μmol/L,而以一定配比时IC_(50)可达到8.71μmol/L,二者对肿瘤细胞的增殖抑制具有明显的协同作用;2个化合物作用靶点可能集中在热休克转录因子1和辣椒素受体1,而协同作用可能跟化合物的多靶标作用相关。

关键词：海绵Pseudoceratina sp. 细胞毒分离纯化协同作用靶点预测

一种通过代谢差异分析抑制SARS-CoV-2复制的靶点预测方法

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中国医学物理学杂志 2023年第12期40卷 1577-1584页

作者：齐瑜鹏赵言龙郑浩然中国科学技术大学计算机科学与技术学院安徽合肥230027

提出一种通过代谢差异分析抑制新型冠状病毒(SARS-CoV-2)复制进程的靶点预测方法。该方法基于肺宿主细胞的基因表达数据,重建病毒入侵后宿主细胞代谢系统发生变化的部分网络模型,并通过单基因敲除和细胞毒性测试识别候选靶点。此外,分... 详细信息

提出一种通过代谢差异分析抑制新型冠状病毒(SARS-CoV-2)复制进程的靶点预测方法。该方法基于肺宿主细胞的基因表达数据,重建病毒入侵后宿主细胞代谢系统发生变化的部分网络模型,并通过单基因敲除和细胞毒性测试识别候选靶点。此外,分析抗病毒靶点对目前已知的多种SARS-CoV-2变体的稳健性。结果表明,D-丙氨酸是影响SARS-CoV-2复制的关键代谢物,且适用于当前所有的SARS-CoV-2变体。调控D-丙氨酸的基因PLPBP是主要的基因靶点。本文方法具有通用性,适用于现有病毒及宿主细胞,为应对病毒性疾病提供新思路。

关键词： COVID-19 SARS-CoV-2 代谢差异分析靶点预测

玄参环烯醚萜苷类成分提取分离及其基于网络药理学的抗脑缺血靶点预测

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玄参环烯醚萜苷类成分提取分离及其基于网络药理学的抗脑缺血靶点...

作者：周炳文浙江中医药大学

学位级别：硕士

目的玄参环烯醚萜苷具有抗脑缺血活性,但目前对于其抗脑缺血活性的物质基础和作用机制不甚明确。基于以上原因设计三部分实验:(1)优化玄参环烯醚萜苷热回流法提取工艺,以期得到结构种类尽可能多的环烯醚萜苷类化合物;(2)对玄参化学成分... 详细信息

目的玄参环烯醚萜苷具有抗脑缺血活性,但目前对于其抗脑缺血活性的物质基础和作用机制不甚明确。基于以上原因设计三部分实验:(1)优化玄参环烯醚萜苷热回流法提取工艺,以期得到结构种类尽可能多的环烯醚萜苷类化合物;(2)对玄参化学成分进行系统分离,以期得到新的环烯醚萜类化合物;(3)预测玄参环烯醚萜苷抗脑缺血活性的主要作用靶点,探讨其抗脑缺血的主要作用机制。方法(1)响应面法优化玄参环烯醚萜苷类成分的热回流提取工艺通过单因素考察选定提取温度、提取时间、料液比作为响应面优化的自变量,采用Box-Behnken中心组合设计建立模型,以梓醇、桃叶珊瑚苷、哈巴苷、哈巴俄苷的总峰面积为响应值对提取工艺进行优化。(2)玄参化学成分的分离和鉴定采用大孔树脂、硅胶柱色谱、半制备高效液相色谱等分离纯化方法,对大孔树脂50%乙醇洗脱部分的化学成分进行分离纯化,并根据质谱、H-NMR、C-NMR、二维核磁共振波谱数据进行结构鉴定。(3)玄参环烯醚萜苷抗脑缺血活性的靶点预测针对TCMSP数据库中以及文献已报道的35个玄参环烯醚萜苷类化合物,通过chemdraw构建三维化学结构,上传至pharmmapper数据库,依据反向药效团匹配方法预测其活性成分靶点。借助MAS3.0生物分子功能软件靶点信息注释,采用Cytoscape软件构建化学成分-靶点-通路网络。通过脑缺血损伤机制与构建网络的比对,预测玄参环烯醚萜苷抗脑缺血机制。结果(1)响应面法优化玄参环烯醚萜苷类成分的热回流提取工艺结果显示,最优提取条件为无水甲醇为溶剂,料液比1:15,提取温度73℃,提取时间1.2h。(2)玄参化学成分的分离和鉴定本实验共分离得到7个化合物,通过波谱数据鉴定为Cinnamic Acid(1),6’-O-cinnamoylharpagide(2),8-O-E-p-methoxycinnamoylharpagide(3),Harpagoside(4),Harpagide(5),Geniposide(6),Acubin(7)。其中化合物3为首次从该植物中分离得到。(3)玄参环烯醚萜苷抗脑缺血活性的靶点预测蛋白预测结果显示,玄参35个环烯醚萜苷类成分共涉及164个作用靶点蛋白,其中Ras相关的C3肉毒毒素底物1(P63000)、细胞分裂调控蛋白42同系物(P60953)、信号转导和转录激活因子1-α/β(P42224)、Caspase-3(P42574)、酪氨酸蛋白激酶JAK2(O60674)、转化生长因子β-2(P61812)、酪氨酸蛋白激酶ABL1(P00519)、3-磷酸肌醇依赖性蛋白激酶1(O15530)、细胞凋亡蛋白酶激活因子1(O14727)等靶点蛋白出现频次较高,都在20次以上。靶点蛋白的通路注释和分析结果显示,玄参35个环烯醚萜苷类成分作用于64条重要通路(P预测玄参环烯醚萜苷类成分抗脑缺血靶点进行预测,充分体现出中药多成分、多靶点、多途径的作用特点,为深入探讨其抗脑缺血机制提供科学依据。

关键词：玄参环烯醚萜苷网络药理学脑缺血靶点预测

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基于文献的中医经方靶点预测模型研究

中华医学图书情报杂志 2021年第9期30卷 1-12页

作者：刘耀张琢鲍怡然中国科学技术信息研究所北京100038 香港城市大学香港999077 北京大学北京100871

由于经方由药材构成,药材又由成分组成,成分和靶点在靶点数据库中可以建立直接联系。因此先提取经方配方和经方成分;然后进行靶点提取,借助靶点数据库构建靶点筛选模型;最后将不同来源的靶点汇总,计算靶点置信度,绘制经方靶点预测。根... 详细信息

由于经方由药材构成,药材又由成分组成,成分和靶点在靶点数据库中可以建立直接联系。因此先提取经方配方和经方成分;然后进行靶点提取,借助靶点数据库构建靶点筛选模型;最后将不同来源的靶点汇总,计算靶点置信度,绘制经方靶点预测。根据经方到靶点的不同路径建立从经方到靶点之间的联系,构建经方靶点预测模型,并以芍药甘草汤和大黄黄连泄心汤为例进行综合实验验证预测模型的有效性。预测模型利用自然语言处理技术,借助外部数据库,从文献中发现经方靶点,可以减轻科研人员文献调研的负担。

关键词：文献分析中医经方成分提取靶点提取靶点预测

基于网络药理学的菊花舒心片治疗冠心病稳定型心绞痛的作用靶点预测

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中西医结合心脑血管病杂志 2016年第18期14卷 2084-2087页

作者：孙明月陆芳李睿曹唯仪高蕊中国中医科学院西苑医院北京100091

目的基于网络药理学预测菊花舒心片治疗冠心病稳定型心绞痛的作用靶点。方法综合利用Drugbank数据库、Therapeutic Target Database数据库及idTarget服务器的数据信息,Cytoscape3.2.1软件、ClueGO软件的分析功能,构建稳定型心绞痛的分... 详细信息

目的基于网络药理学预测菊花舒心片治疗冠心病稳定型心绞痛的作用靶点。方法综合利用Drugbank数据库、Therapeutic Target Database数据库及idTarget服务器的数据信息,Cytoscape3.2.1软件、ClueGO软件的分析功能,构建稳定型心绞痛的分子生物网络、菊花舒心片的成分-靶点网络及菊花舒心片成分-稳定型心绞痛靶点网络,从多个角度探索菊花舒心片治疗稳定型心绞痛潜在的分子机制。结果菊花舒心片可直接作用于12个稳定型心绞痛靶点及83个与稳定型心绞痛相关的靶点,这些靶点可通过抗氧化损伤、改善内皮功能、抗炎等发挥对心血管系统的保护作用。结论菊花舒心片可通过多靶点、多途径,直接或间接的发挥对稳定型心绞痛的治疗作用。

关键词：稳定型心绞痛网络药理学靶点预测蛋白质相应作用菊花舒心片心痛

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基于化学信息学方法预测药物靶点的研究进展

药学学报 2014年第10期49卷 1357-1364页

作者：方坚松刘艾林杜冠华中国医学科学院、北京协和医学院药物研究所北京100050 “药物靶点研究与新药筛选”北京市重点实验室北京100050 “天然药物活性物质与功能”国家重点实验室北京100050

网络药理学与多向药理学等新兴学科的出现迫使科学家们重新认识与探索已有药物新的作用机制。药物靶点的预测对阐释药物分子作用机制和老药新用等领域都具有重大意义。本文结合近年来国内外多个课题组的研究成果,主要综述了当前几种基... 详细信息

网络药理学与多向药理学等新兴学科的出现迫使科学家们重新认识与探索已有药物新的作用机制。药物靶点的预测对阐释药物分子作用机制和老药新用等领域都具有重大意义。本文结合近年来国内外多个课题组的研究成果,主要综述了当前几种基于化学信息学方法预测小分子潜在靶点的方法,包括基于配体结构特征的预测方法、基于蛋白结构特征的预测方法以及基于数据挖掘技术的预测方法,通过应用实例,说明这些方法的优势,并提出今后的发展方向。

关键词：化学信息学靶点预测数据挖掘相似性搜索

基于随机森林算法的川芎成分-靶点-疾病网络的预测研究

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中国中药杂志 2014年第12期39卷 2336-2340页

作者：苑婕李晓杰陈超宋向岗王淑美广东药学院中药学院广东广州510006

该研究搜集KEGG数据库中小分子药物及其酶、离子通道、G蛋白、核蛋白等4类药靶数据作为训练集,建立基于随机森林法的药物-靶点相互作用模型;采用十折交叉验证评价模型精度,获得4类药靶模型的预测正确率分别为71.34%,67.08%,73.17%,67.83... 详细信息

该研究搜集KEGG数据库中小分子药物及其酶、离子通道、G蛋白、核蛋白等4类药靶数据作为训练集,建立基于随机森林法的药物-靶点相互作用模型;采用十折交叉验证评价模型精度,获得4类药靶模型的预测正确率分别为71.34%,67.08%,73.17%,67.83%。利用该模型对川芎26个化学成分进行靶点预测,并构建其成分-靶点-疾病网络,所得结果得到了较好的文献验证。该文所建模型具有较高的预测精度,可用于发现其他中药成分的潜在作用靶点。

关键词：网络药理学靶点预测川芎心脑血管疾病

糖尿病肾病相关miR-130b-3p靶点的生物信息学预测

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重庆医科大学学报 2018年第6期43卷 788-792页

作者：常凯江忠勇任俊龙熊怡淞王艳艳叶雨笙朱紫衣熊杰中国人民解放军成都军区总医院检验科成都610083 西南医科大学临床医学院泸州646000

目的:预测miR-130b-3p靶基因,并对靶基因的分子功能、生物学进程和信号通路进行富集分析,为深入研究糖尿病肾病相关miR-130b-3p的靶基因功能提供理论基础。方法:通过NCBI和miRbase数据库检索基因。应用Vector NTI软件进行miR-130b-3p序... 详细信息

目的:预测miR-130b-3p靶基因,并对靶基因的分子功能、生物学进程和信号通路进行富集分析,为深入研究糖尿病肾病相关miR-130b-3p的靶基因功能提供理论基础。方法:通过NCBI和miRbase数据库检索基因。应用Vector NTI软件进行miR-130b-3p序列分析,应用Target Scan,pic Tar,RNA22,PITA和miRanda软件预测靶基因,通过DAVID和KEGG数据库进行靶基因功能与信号通路富集分析。结果:已知成熟的不同物种miR-130b-3p核酸序列高度保守。靶基因主要富集在核质和细胞溶质,分子功能主要富集在蛋白绑定和转录因子激活。经典的miR-130b-3p靶基因集合明显富集于KEGG数据库中的TGF-β、AMPK和内吞作用等7个信号转导通路。疾病富集分析与糖尿病高度相关。结论:成功预测miR-130b-3p靶基因,部分靶基因参与的功能及信号通路与糖尿病肾病发生发展过程密切相关。

关键词： miR-130b-3p 糖尿病肾病靶点预测信号通路富集分析