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非编码区单核苷酸多态性与噪声性听力损失关系研究进展

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中国职业医学 2022年第3期49卷 337-342页

作者：陈育全刘移民广州市职业病防治院职业病科广东广州510620

噪声性听力损失(NIHL)是一种严重危害劳动者健康的听力障碍,其是环境与遗传因素共同作用的复杂疾病。单核苷酸多态性(SNP)是最常见的可遗传变异,其与NIHL的发生发展有关联。微小RNA(miRNA)是一种非编码单链小分子RNA,其在耳蜗中大量表达... 详细信息

噪声性听力损失(NIHL)是一种严重危害劳动者健康的听力障碍,其是环境与遗传因素共同作用的复杂疾病。单核苷酸多态性(SNP)是最常见的可遗传变异,其与NIHL的发生发展有关联。微小RNA(miRNA)是一种非编码单链小分子RNA,其在耳蜗中大量表达,通过与靶信使RNA(mRNA)的3′-非翻译区结合来对基因进行调控的。miRNA的SNP是最常见的可遗传变异;非编码区SNP可通过导致miRNA募集异常,参与基因表达调控与表型产生的过程,进而影响NIHL的发生发展。NIHL的遗传易感基因包括氧化应激类基因、单基因耳聋基因和热休克蛋白基因等,其非编码区SNP与NIHL易感性存在相关性。miRNA SNP已被证实参与NIHL的发生发展,但不同miRNA SNP与NIHL的相关性存在差异。非编码区SNP通过影响miRNA的表达和功能,进而影响NIHL的易感性。

关键词：噪声听力损失非编码区单核苷酸多态性微小RNA 基因相关性研究进展

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中蜂囊状幼虫病毒非编码区对蛋白翻译的影响

病毒学报 2022年第6期38卷 1429-1437页

作者：王莹莹马跃宇费东亮李明孙莉马鸣潇锦州医科大学畜牧兽学院锦州121000

RNA病毒非编码区对病毒RNA的转译起始、稳定及病毒蛋白表达等方面均起着重要作用,为研究中蜂囊状幼虫病毒(Chinese sacbrood virus,CSBV)非编码区(Untranslated region,UTR)是否对蛋白翻译存在作用,将CSBV 5’UTR和3’UTR分别插入报告... 详细信息

RNA病毒非编码区对病毒RNA的转译起始、稳定及病毒蛋白表达等方面均起着重要作用,为研究中蜂囊状幼虫病毒(Chinese sacbrood virus,CSBV)非编码区(Untranslated region,UTR)是否对蛋白翻译存在作用,将CSBV 5’UTR和3’UTR分别插入报告基因绿色荧光蛋白(Enhanced green fluorescent protein,EGFP)5’端,通过观察绿色荧光强度研究CSBV非编码区对蛋白翻译的影响。此外,利用双荧光素酶检测试剂盒检测5’UTR和3’UTR对荧光素酶活性的影响。结果表明:CSBV 5’UTR和3’UTR能够有效抑制绿色荧光蛋白EGFP表达,其中3’UTR抑制绿色荧光蛋白表达作用更强;经双荧光素酶报告系统检测,质粒pGLl-3’UTR和pGL3-5’UTR中报告基因相对活性分别为对照质粒pGL3-control的0.39和0.69,差异极其显著(P<0.001)。由此可见,CSBV 5’UTR和3’UTR对其蛋白翻译存在抑制作用,且3’UTR作用更加明显。通过本研究,为深入认识CSBV 5’UTR和3’UTR在病毒复制和病毒蛋白翻译中的功能提供了帮助,也有助于对CSBV分子致病机制的研究。

关键词：中蜂囊状幼虫病病毒非编码区双荧光素酶抑制

新城疫病毒基因组非编码区调控外源基因表达的功能鉴定

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新城疫病毒基因组非编码区调控外源基因表达的功能鉴定

作者：关照西北农林科技大学

学位级别：硕士

新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)由于其转录的模块化性质、最小重组频率和复制过程中缺乏DNA相等特点,为活疫苗载体的构建提供了一种合适的选择,且以其为载体开发的疫苗具有广泛的应用性。但部分NDV载体疫苗由于外源基因(Forei... 详细信息

新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)由于其转录的模块化性质、最小重组频率和复制过程中缺乏DNA相等特点,为活疫苗载体的构建提供了一种合适的选择,且以其为载体开发的疫苗具有广泛的应用性。但部分NDV载体疫苗由于外源基因(Foreign Gene,FG)的表达量低,导致免疫原性不强,接种宿主后,仅提供部分保护。另外,由于NDV基因组是不分节段的且转录具有“极端衰减”的特性,导致NDV载体容量受到限制,疫苗多以二联为主,鲜有三联甚至多联疫苗的研究报道。在以NDV为载体研发疫苗时,利用不同的插入策略与位点往往会获得不同水平的基因表达。目前,应用最广泛的插入策略是将外源基因以额外的独立转录单元方式插入,通常只在FG的5’端和3’端添加病毒转录过程所识别的基因起始(Gene Start,GS)和终止序列(Gene End,GE)。研究报道,某些病毒基因组非编码区(Untranslated region,UTR)可增强信使RNA(messenger RNA,m RNA)与多聚核糖体的结合能力,增强m RNA的稳定性等功能,促进蛋白表达。NDV基因组的UTR序列是否能调控基因的表达尚不明确,是否能帮助重组NDV在最佳FG插入位点高效表达多个FGs尚不清楚。本研究以NDV编码基因两侧的UTR为研究对象,利用反向遗传技术在微基因组(Mini Genome,MG)水平与全基因组水平对UTR的调控功能进行了鉴定与比较。尝试建立以FG嵌合UTR的方式在重组病毒中降低外源基因的转录衰减,增强下游外源基因的表达量,并且高效表达多个FGs的方法。具体研究内容及结果包括以下几个方面。1.MG水平探究UTR调控FG表达能力。为确定影响FG表达效率的关键元件,基于NDV Spotted Dove株基因组的UTR序列,构建了FG侧翼嵌合不同的病毒编码单元侧翼的UTR、或将UTR缺失、截短的MG载体。将MG与表达NP、P和L的辅助质粒共转染BHK-21细胞后,通过荧光显微镜观察、Western Blot和流式细胞术检测FG表达情况,确定了NP基因的5’UTR是MG表达FG的必要元件,并定位了其中显著影响MG表达效率的关键位点24-30nts、30-36nts(5’-3’方向),证实了3’UTR敲除及替换对MG的FG的表达无显著影响。2.全基因组水平探究UTR对FG的调控作用。为了进一步确定NDV基因组UTR对基因表达的调控作用,利用反向遗传技术将病毒不同基因的UTR分别构建在FG的5’端与3’端,并进行相应重组病毒的拯救与生物学特性检测。结果表明,拯救毒株能够正确表达FG且具有良好的遗传稳定性与复制稳定性。通过荧光观察、WB和流式检测FG的表达水平,证实了在表达1个FG的情况下,NDV的UTR对外源蛋白的表达没有显著影响。3.基于UTR高效表达多个FGs的NDV反向遗传系统的构建。基于MG-FG高效表达的必要UTR元件鉴定结果,模拟NDV基因组结构将FGs顺次嵌合于NP5NP3、NP5P3、NP5L3的UTR中,插入MG,转染后验证了MG容纳多个FGs的可行性,证实了在MG水平FGs与UTR的嵌合能够上调多个FGs插入时,FGs在某些细胞中的翻译水平。进一步,将嵌合UTR的FGs以三个独立转录单元整合进感染性克隆载体,成功拯救出了4株能够表达两种或三种荧光蛋白的重组病毒。生长动力学实验表明重组病毒与亲本病毒具有相似的增殖能力;体外感染细胞后,对FGs表达效率进行了初步评价,荧光成像、q PCR、流式与WB结果均表明,重组NDV可以容纳所插入的三种FGs,且将FGs与UTR嵌合显著上调了下游FGs的表达效率,降低外源基因的转录衰减效应。综上所述,试验在MG水平对UTR的调控作用进行了比较;在全基因组水平对UTR调控基因表达的效率进行了验证;建立了嵌合UTR的方式结合独立转录单元在同一NDV载体高效表达三个FG的策略。说明了NDV基因组UTR可作为调控多个FGs表达,增强下游外源基因表达的重要元件,但其参与调控的具体机制还需进一步研究,为后续NDV多联载体疫苗的研发奠定基础。

关键词：新城疫病毒反向遗传微基因组非编码区基因表达调控

香蕉束顶病毒中国漳州分离物DNA 4的克隆及非编码区的启动子活性初探(英文)

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Acta Botanica Sinica 2002年第8期44卷 941-945页

作者：孙德俊魏红艳蔡文启田颖川中国科学院微生物研究所北京100080

应用PCR方法克隆了香蕉束顶病毒中国漳州分离物 (BananabunchytopvirusChineseZhangzhouisolate ,BBTV_ZZ)DNA 4。序列分析表明其序列全长为 10 39nt,归属于亚洲组。 5′RACE分析确定其转录起始位点是 2 6 9nt处的A。利用PCR方法亚克隆... 详细信息

应用PCR方法克隆了香蕉束顶病毒中国漳州分离物 (BananabunchytopvirusChineseZhangzhouisolate ,BBTV_ZZ)DNA 4。序列分析表明其序列全长为 10 39nt,归属于亚洲组。 5′RACE分析确定其转录起始位点是 2 6 9nt处的A。利用PCR方法亚克隆了BBTV_ZZDNA 4非编码区序列并将其插入到植物表达载体pCAMBIA 130 4中的gfp∶∶gus基因上游得到重组质粒pTA2。将含pTA2和pCAMBIA 130 4的根癌土壤杆菌 (Agrobacteriumtumefaciens)注射进烟草 (NicotianatabacumL .cv .XanthiNC)叶片 ,3～ 5d后剪下注射部位的叶片进行GUS和GFP的表达分析。pTA2 (含BBTV_ZZDNA 4非编码区 )、pCAMBIA 130 4 (含CaMV 35S启动子 )和未注射的烟草叶片的GUS活性分别为 1 0 0 70pmolMU·μg-1·min-1,2 .0 6 90pmolMU·μg-1·min-1和 0 .0 2 14pmolMU·μg-1·min-1。注射含pTA2和pCAMBIA 130 4植物表达载体根癌土壤杆菌以及未注射的烟草叶片的每毫克总蛋白的GFP间接ELISA在 4 90nm的吸光值分别为89 5 77、10 0 4 4 0和 3 2 87。

关键词：香蕉束顶病毒中国漳州分离物 DNA4 克隆非编码区启动子活性

丙型肝炎病毒非编码区ABC程序酶切分型研究

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中华肝脏病杂志 2004年第4期12卷 237-239页

作者：邱国华杜绍财孙南雄尤鹏范晓峰张永祥魏来北京大学人民医院肝病研究所 100044 南京医科大学第一附属医院传染病研究室美国Saint Couis大学内科学胃肠与肝病科病毒性肝炎研究中心

+目的为进一步了解中国是否存在HCV 3b基因及1a、2b和6a基因型感染,建立HCV 5′-端非编码区(5′-NCR)不同基因型的基因库。方法分型方法按ABC程序进行,A应用BHH′(BsrB Ⅰ、HaeⅡ、Hinf Ⅰ)复合内切酶消化5′-NCR cDNA,可将不同基因... 详细信息

+目的为进一步了解中国是否存在HCV 3b基因及1a、2b和6a基因型感染,建立HCV 5′-端非编码区(5′-NCR)不同基因型的基因库。方法分型方法按ABC程序进行,A应用BHH′(BsrB Ⅰ、HaeⅡ、Hinf Ⅰ)复合内切酶消化5′-NCR cDNA,可将不同基因型划分为5组:1a、1b,6a,2a、2b,3a,3b、4a。B应用BstU Ⅰ内切酶鉴别1a、1b。C应用HaeⅢ内切酶鉴别2a、2b、3b、4a及6a。电泳检测片段大小。结果 (1)1a、1b、2a、2b、3a、3b、4a、6a 8种基因型参比品的ABC分型结果表明,该8种基因型获得良好的分型效果。(2)93份HCV RNA阳性患者ABC分型结果表明,1b型感染率占66.67％,2a型18.28％,1b/2b型、3b型及2b型均为3.23％,2a/2b型和1b/2a型各为2.15％,1a型1.08％。结论结果表明应用HCV 5′-NCRABC分型技术既保证了HCV RNA检测的灵敏度,又能完成1a～6a型中的8种基因型的鉴别。

关键词：丙型肝炎病毒非编码区 ABC程序分型内切酶核糖核酸

戊型肝炎病毒摩洛哥株非编码区基因序列鉴定及基因型分型

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中华微生物学和免疫学杂志 2004年第10期24卷 828-833页

作者：陈国兵孟继鸿东南大学基础医学院病原生物学与免疫学系南京210009

目的　检测戊型肝炎病毒 (HEV)摩洛哥株非编码区 (UTR)序列 ,探讨HEV非编码区序列能否作为其基因型分型的依据。方法　使用基于RNA连接酶的cDNA末端快速扩增法 (RLM RACE)扩增HEV摩洛哥株 5′和 3′端片段并测序。所得序列使用LASERGENE... 详细信息

目的　检测戊型肝炎病毒 (HEV)摩洛哥株非编码区 (UTR)序列 ,探讨HEV非编码区序列能否作为其基因型分型的依据。方法　使用基于RNA连接酶的cDNA末端快速扩增法 (RLM RACE)扩增HEV摩洛哥株 5′和 3′端片段并测序。所得序列使用LASERGENE和PHYLIP软件包与其他 2 9株HEV序列比较。结果　只有基于甲基化帽子结构的RLM RACE扩增出了 5′端片段。HEV摩洛哥株 5′端UTR有 2 6个核苷酸 ,3′端polyA之前有 6 5个核苷酸。基于 3′端UTR序列的进化树与基于全基因序列的进化树不全相同。HEV 3′端至少需要 10 0个左右核苷酸长的序列才可进行HEV基因型分型。结论　HEV摩洛哥株 5′端有甲基化帽子结构。HEV 3′端UTR序列不能完全代替全基因组序列进行基因型分型。部分序列替代全基因组进行基因型分型时需要考虑其部位和长度因素。

关键词： HEV 分型戊型肝炎病毒基因型非编码区基因序列核苷酸 RACE cDNA末端快速扩增进化树

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科技

中国畜牧业 2024年第4期 12-13页

科研人员开发内源基因非编码区定向进化新技术近期,中国农业科学院植物保护研究所作物病原生物功能基因组研究创新团队开发了核酸酶LbCas12a介导的内源基因非编码区定向进化技术。相关研究成果发表在《植物通讯(Plant Communications)》。

关键词：定向进化功能基因组植物保护研究中国农业科学院病原生物科研人员内源基因非编码区

非编码区单核苷酸多态性与眼部疾病关系的研究进展

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眼科新进展 2016年第4期36卷 380-385页

作者：戎晗顾珊珊张国伟康丽华管怀进南通大学附属医院眼科江苏省南通市226001

单核苷酸多态性与眼部疾病的发生、发展和预后有关联。MicroRNA是一类长为18~25 nt的小分子非编码RNA,它们通过与靶mRNA的3’UTR区结合来调控基因表达。过去大量遗传关联研究发现,一些基因编码区的单核苷酸多态性与眼部疾病的易感性相关... 详细信息

单核苷酸多态性与眼部疾病的发生、发展和预后有关联。MicroRNA是一类长为18~25 nt的小分子非编码RNA,它们通过与靶mRNA的3’UTR区结合来调控基因表达。过去大量遗传关联研究发现,一些基因编码区的单核苷酸多态性与眼部疾病的易感性相关,但是很少涉及到一些基因非编码区如3’端非翻译区miRNA靶结合位点的遗传关联研究。本文就此研究进展作一简要综述。

关键词：单核苷酸多态性非编码区小分子RNA 眼部疾病

肠道病毒71型3′非编码区序列分析及重组病毒的构建

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中华实验和临床病毒学杂志 2019年第1期33卷 83-88页

作者：董祯王莉鸿刘子薇陈锐陶泽新赵丽王志玉温红玲山东大学公共卫生学院微生物检验学系感染性疾病防控重点实验室(山东省“十三五”高校重点实验室) 济南250012 山东省疾病预防控制中心山东省传染病预防控制重点实验室济南250012

目的对EV-A71的3′UTR核苷酸序列进行分析,并利用反向遗传学技术构建3′UTR置换的重组病毒,为研究3′UTR功能及其对毒力的影响奠定基础。方法提取分离病毒的RNA,对3′UTR核苷酸序列进行测定并分析。以SDLY107株全长感染性克隆为骨架,将S... 详细信息

目的对EV-A71的3′UTR核苷酸序列进行分析,并利用反向遗传学技术构建3′UTR置换的重组病毒,为研究3′UTR功能及其对毒力的影响奠定基础。方法提取分离病毒的RNA,对3′UTR核苷酸序列进行测定并分析。以SDLY107株全长感染性克隆为骨架,将SDLY1株的3′UTR替换到其相应部分,拯救重组病毒并鉴定。结果序列分析表明,9个EV-A71临床分离株的3′UTR核苷酸同源性为94%~100%,个别位点突变可能影响病毒的致病性。经PCR测序鉴定重组病毒的3′UTR成功替换,转染后出现典型的致细胞病变效应,可稳定传代并具有感染性。结论EV-A713′UTR可能与致病性有关。成功拯救重组EV-A71 SDLY107(1-3′UTR)株,为进一步研究3′UTR对其毒力的影响提供了基础。

关键词：肠道病毒71型非编码区重组病毒