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雪龙黑牛5个基因SNPs及表达量与经济性状关联分析

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雪龙黑牛5个基因SNPs及表达量与经济性状关联分析

作者：陈晓杰中国农业科学院

学位级别：硕士

本试验选取了雪龙集团304头利复牛与日本和牛杂交F2代雪龙黑牛（商品名）为试验群体，利用PCR-RFLP技术检测GH（Growgh hormone）、CAST（calpastatin）、CAPN1（u-calpain）、CTSB（cathepsin B）和CTSF（cathepsin F）5个基因的SNP位点，应用SAS9.0GLM过程，采用最小二乘分析SNPs标记对雪龙黑牛经济性状的影响。同时采用实时荧光定量技术分析了12头雪龙黑牛肌肉组织中GH基因的表达量，并将GH基因表达量与雪龙黑牛经济性状进行相关性分析。本研究旨在找到对雪龙黑牛经济性状有显著影响的分子标记，为雪龙集团培育生产“雪花牛肉”的专门化肉牛新品种提供科学的理论依据。主要结果如下： 1、应用PCR-RFLP技术检测GH-P3、CAST-UOG、CAPN1316、CTSB-AciⅠ以及CTSF-TaiⅠ位点的多态性，并与雪龙黑牛经济性状进行关联分析。研究表明：（1）GH-P3位点与三角牛腩厚极显著相关（P牛腩厚分别比AB型个体和BB个体型厚0.42cm、0.50cm;该位点还与上脑盖重、脂色等级显著相关（P牛腩厚和脂肪厚显著相关（P牛腩厚分别比AB型个体和BB型个体厚0.32cm和0.33cm;AA型个体脂肪厚分别比比AB型个体和BB型个体厚0.80cm和0.47cm。（3）CAPN1316位点与所研究的经济性状无明显的相关性。（4）CTSB-AciⅠ位点与脂肪厚显著相关（P雪龙黑牛经济性状进行相关性分析。结果表明：（1）AA型个体的表达拷贝数最高，其次是AB型个体，BB型个体最小。（2）GH-P3位点AA型表达拷贝数与三角牛腩厚显著正相关（P<0.05，r：0.9799）。BB型个体基因表达拷贝数与肉色等级显著相关（P<0.05，r：0.9753）。

关键词：雪龙黑牛 GH CAST CAPN1 CTSB CTSF

西门塔尔牛、雪龙黑牛两群体部分胴体性状全基因组关联分析

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西门塔尔牛、雪龙黑牛两群体部分胴体性状全基因组关联分析

作者：宋禹昕中国农业科学院

学位级别：硕士

随着高通量SNP基因分型技术的快速发展,全基因组关联分析(Genome-wide association analysis,GWAS)已经成为研究肉牛重要经济性状相关QTL的有力工具。目前,已经发现大量的SNP位点与肉牛重要经济性状显著相关。但在研究中发现一个问题:... 详细信息

随着高通量SNP基因分型技术的快速发展,全基因组关联分析(Genome-wide association analysis,GWAS)已经成为研究肉牛重要经济性状相关QTL的有力工具。目前,已经发现大量的SNP位点与肉牛重要经济性状显著相关。但在研究中发现一个问题:在一个肉牛群体中发现的显著SNP位点在另外一个群体中无法检测到,而我国肉牛育种的现状是品种多而杂,育种群规模小,如何将多个品种数据整合分析挖掘显著的SNP已成为目前研究的重点。本研究在我团队已建立的西门塔尔牛、雪龙黑牛两个参考群体的基础上,利用获得的770 K SNP基因型以及1217头西门塔尔牛和476头雪龙黑牛和尚头重、金钱腱重、后腱子重和腹肉重的表型数据,首先进行了单群体内全基因组关联分析,相互对照提高定位主效基因的准确性,然后探索性地对两个群体的混合群体进行了全基因组关联分析,得到如下结果:1、在西门塔尔牛群体中,发现了与和尚头重,金钱腱重,后腱子重相关的9个显著SNP和8个潜在显著SNP,分别位于牛的6号,14号和15号染色体上。其中,BovineHD1400007259(p-value牛和尚头重,金钱腱重,后腱子重三个性状显著相关,并且在金钱腱重的性状中可以解释高达8.6%的表型方差。2、在雪龙黑牛群体中,发现了与和尚头重、金钱腱重和腹肉重3个性状显著相关的位点17个,它们分别位于11个基因内;其中落在14号染色体上的6个显著SNP位点(BovineHD1400012244、BovineHD1400006323、Bovine HD1400015773、BovineHD1400015773、BovineHD1400013403和Bovine HD1400013205)与雪龙黑牛金钱腱重显著相关。3、西门塔尔牛和雪龙黑牛的混合群体GWAS分析发现,单群体中与金钱腱重性状显著相关的位点在混合群体中并未检测到,获得的较显著位点BovineHD1400011574(P-value=2.23E-06)未达到阈值,但也位于14号染色体上。综上所述,本研究发现14号染色体上的BovineHD1400007259(位于PLAG1基因内)和BovineHD1400012244位点附近可能存在着与牛金钱腱重显著性相关的主效基因或QTL。

关键词：全基因组关联分析西门塔尔牛雪龙黑牛混合群体

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雪龙黑牛屠宰重的影响因素分析

雪龙黑牛屠宰重的影响因素分析

ctsd、ctsl基因的多态性与“雪龙”黑牛胴体性状相关性研究

第九届（2014）中国牛业发展大会

作者：王泽昭张旭徐仙洲张智军吴蒙史远刚王雅春中国农业大学动物科技学院宁夏大学农学院雪龙黑牛股份有限公司

【目的】利用2007年012年大连雪龙黑牛股份有限公司12个育肥场的10620条育肥牛屠宰数据,以育肥天数(DOF)、屠宰日龄(AOS)和入栏重(IWT)为协变量,分析性别(SEX)、养殖场(FARM)、养殖舍(LAN)、公牛组(SIRE)、母牛品种(DAM)、出生年(BY)、... 详细信息

【目的】利用2007年012年大连雪龙黑牛股份有限公司12个育肥场的10620条育肥牛屠宰数据,以育肥天数(DOF)、屠宰日龄(AOS)和入栏重(IWT)为协变量,分析性别(SEX)、养殖场(FARM)、养殖舍(LAN)、公牛组(SIRE)、母牛品种(DAM)、出生年(BY)、出生月(BM)及各因素间化作对雪龙黑牛屠宰重的影响。【方法】结合混合线性模型采用SAS9.2软件GLM过程【结果】性别(SEX)、养殖舍(LAN)、公牛组效应(SIRE)、出生年和舍的互作(BY*LAN)、出生季节与舍的互作(BS*LAN)、性别养殖舍出生季节的互作(SEX*FS*BS)均对屠宰重的影响达到极显著水平(P牛品种性别(DAM*SEX)和出生年间的互作(DAM*SEX*BY)达到显著水平(P雪龙黑牛屠宰重受到许多因素影响,其中饲养舍之间的差异最为明显,应给予关注。对屠宰重进行协方差分析是有意义的。

关键词：雪龙黑牛屠宰重混合线性模型影响因素

来源： cnki会议评论

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中国农学通报 2012年第2期28卷 6-9页

作者：陈晓杰吴蒙张立敏陈翠刘喜冬周正奎张猛黄萌刘利高雪许尚忠李俊雅高会江张路培李姣中国农业科学院北京畜牧兽医研究所北京100193 大连雪龙产业集团有限公司大连116001

为了提高雪龙黑牛的胴体性状,进行新品种选育,以组织蛋白酶D、L(Cathepsin D,Cathepsin L)基因为候选基因,利用PCR-RFLP方法对114头雪龙黑牛F1代商品牛进行多态性检测,应用SAS9.2软件采用最小二乘拟合线性模型进行分析,结果表明,ctsd、c... 详细信息

为了提高雪龙黑牛的胴体性状,进行新品种选育,以组织蛋白酶D、L(Cathepsin D,Cathepsin L)基因为候选基因,利用PCR-RFLP方法对114头雪龙黑牛F1代商品牛进行多态性检测,应用SAS9.2软件采用最小二乘拟合线性模型进行分析,结果表明,ctsd、c581t位点与雪龙黑牛的经济性状无明显的相关性,ctsl基因Xma I位点与雪龙黑牛的三角牛腩厚显著相关,且AB型个体三角牛腩厚与AA和BB型个体三角牛腩厚差异显著。

关键词：雪龙黑牛 ctsd基因 ctsl基因胴体性状

雪龙黑牛GH、CAPN1和CAST基因多态性及其与经济性状的相关性研究

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中国畜牧兽医 2014年第12期41卷 190-196页

作者：赵敬贤陈晓杰高雪许尚忠李俊雅高会江张路培中国农业科学院北京畜牧兽医研究所北京100193

本研究以大连雪龙产业集团的F2代商品雪龙黑牛为试验动物,利用PCR-RFLP技术研究生长激素(GH)、钙激活蛋白酶(CAPN1)、钙蛋白酶抑制蛋白(CAST)基因的遗传多态性,并用最小二乘法拟合线性模型对各标记基因型与肉牛经济性状进行关联分析。... 详细信息

本研究以大连雪龙产业集团的F2代商品雪龙黑牛为试验动物,利用PCR-RFLP技术研究生长激素(GH)、钙激活蛋白酶(CAPN1)、钙蛋白酶抑制蛋白(CAST)基因的遗传多态性,并用最小二乘法拟合线性模型对各标记基因型与肉牛经济性状进行关联分析。结果显示,GH-P3、CAPN1 316和CAST-UoG SNPs位点属于中度多态。GH-P3位点与三角牛腩厚极显著相关(P牛腩厚分别比AB和BB基因型个体厚0.42、0.60cm,上脑盖重分别比AB和BB基因型个体重0.52、0.78kg,脂色等级分别比AB和BB基因型个体高0.95、1.16;CAST-UoG位点与三角牛腩厚和脂肪厚显著相关(P牛腩厚分别比AB和BB基因型个体厚0.32、0.30cm,脂肪厚分别比AB和BB基因型个体厚0.80、0.47cm;CAPN1 316位点与所研究的经济性状无明显的相关性(P>0.05)。因此,在雪龙黑牛选育过程中可以把AA基因型作为标记基因型进行品种选育。

关键词：雪龙黑牛 GH基因 CAPN1基因 CAST基因经济性状

卵巢存放温度及时间对雪龙黑牛卵母细胞成熟及囊胚发育的影响

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黑龙江畜牧兽医 2010年第4期 69-71页

作者：许红喜邢雪森吴蒙王秀利仇雪梅崔玉东李曦大连雪龙产业集团股份有限公司辽宁大连116001 大连水产学院辽宁大连116001 黑龙江八一农垦大学黑龙江大庆163319 中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室猪传染病研究室黑龙江哈尔滨150001

为了保存优良品种,加快优良品种的繁育进程,试验将雪龙黑牛卵巢分别于38.5,32,4℃3个不同温度放置4,8,12,24,48h观察卵母细胞成熟率、卵裂率及囊胚发育率。结果表明:雪龙黑牛卵巢在≤8h的运输途中可以于4～38.5℃下存放,≥12h的运输时间... 详细信息

为了保存优良品种,加快优良品种的繁育进程,试验将雪龙黑牛卵巢分别于38.5,32,4℃3个不同温度放置4,8,12,24,48h观察卵母细胞成熟率、卵裂率及囊胚发育率。结果表明:雪龙黑牛卵巢在≤8h的运输途中可以于4～38.5℃下存放,≥12h的运输时间,则仅能于4℃下存储,若≥48h,雪龙黑牛卵巢卵裂率及囊胚发育率极低,即停止发育。

关键词：卵母细胞卵裂率囊胚发育率雪龙黑牛

ctsd、ctsl基因的多态性与“雪龙”黑牛胴体性状相关性研究

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ctsd、ctsl基因的多态性与“雪龙”黑牛胴体性状相关性研究

GH、CAPN1和CAST基因的多态性与雪龙黑牛生长性能和胴体性状的相关性研究

第八届中国牛业发展大会

作者：陈晓杰吴蒙张立敏陈翠刘喜冬周正奎张猛黄萌刘利高雪许尚忠李俊雅高会江张路培李姣中国农业科学院北京畜牧兽医研究所大连雪龙产业集团有限公司

为了提高雪龙黑牛的胴体性状,进行新品种选育,以组织蛋白酶D、L(Cathepsin D,Cathepsin L)基因为候选基因,利用PCR-RFLP方法对114头雪龙黑牛F1代商品牛进行多态性检测,应用SAS 9.2软件采用最小二乘拟合线性模型进行分析,结果表明,ctsd、... 详细信息

为了提高雪龙黑牛的胴体性状,进行新品种选育,以组织蛋白酶D、L(Cathepsin D,Cathepsin L)基因为候选基因,利用PCR-RFLP方法对114头雪龙黑牛F1代商品牛进行多态性检测,应用SAS 9.2软件采用最小二乘拟合线性模型进行分析,结果表明,ctsd、c581t位点与雪龙黑牛的经济性状无明显的相关性,ctsl基因Xma I位点与雪龙黑牛的三角牛腩厚显著相关,且AB型个体三角牛腩厚与AA和BB型个体三角牛腩厚差异显著。

关键词：雪龙黑牛 ctsd基因 ctsl基因胴体性状

来源： cnki会议评论

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GH、CAPN1和CAST基因的多态性与雪龙黑牛生长性能和胴体性状的相...

华西牛与雪龙黑牛背最长肌重量的全基因组关联分析

中国畜牧兽医学会养牛学分会2011年学术研讨会

作者：陈晓杰吴蒙张立敏陈翠周正奎张猛黄萌刘利高雪许尚忠李俊雅高会江张路培李姣中国农业科学院北京畜牧兽医研究所大连雪龙产业集团有限公司

【目的】研究雪龙黑牛GH、CAPN1和CAST基因的遗传多肽以及各多态位点对生长性能和胴体性状的相关性,为分子育种提供科学依据。【方法】本试验究采用了分子标记辅助选择技术,以大连雪龙集团的F1代商品雪龙黑牛为试验动物,利用PCR-RFLP技... 详细信息

【目的】研究雪龙黑牛GH、CAPN1和CAST基因的遗传多肽以及各多态位点对生长性能和胴体性状的相关性,为分子育种提供科学依据。【方法】本试验究采用了分子标记辅助选择技术,以大连雪龙集团的F1代商品雪龙黑牛为试验动物,利用PCR-RFLP技术研究生长激素(GH)基因、钙激活蛋白酶(CAPN1)基因、钙蛋白酶抑制蛋白(CAST)基因的遗传多态性,并用最小二乘法拟合线性模型对各标记基因型与肉牛生长性能和胴体性状进行关联分析。【结果】结果发现:GH-P3位点与与肉色等级、脂色等级极显著相关(p牛腩厚显著相关(p牛腩厚的优势基因型。

关键词：雪龙黑牛 GH基因 CAPN1基因 CAST基因胴体性状生长性能

来源： cnki会议评论

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黑龙江畜牧兽医 2024年第6期 32-40页

作者：杜悦莹安炳星邓天宇杜丽丽梁忙李柯安宁曹晟高会江闵令江青岛农业大学动物科技学院山东青岛266109 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所北京100193

为了筛选华西牛和雪龙黑牛背最长肌重量相关的遗传标记和候选基因,试验以1478头华西牛和452头雪龙黑牛为研究对象,对其背最长肌重量性状进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),即测定其屠宰后背最长肌重量表型数据... 详细信息

为了筛选华西牛和雪龙黑牛背最长肌重量相关的遗传标记和候选基因,试验以1478头华西牛和452头雪龙黑牛为研究对象,对其背最长肌重量性状进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),即测定其屠宰后背最长肌重量表型数据,利用Illumina Bovine-HD(770K)芯片对其基因组进行基因分型,采用FarmCPU模型和GEMMA模型对质控后的芯片数据进行GWAS,挖掘与华西牛和雪龙黑牛背最长肌重量显著相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点和候选基因。结果表明:华西牛与雪龙黑牛群体背最长肌重量表型性状均符合正态分布,且二者芯片数据经过质控后分别得到607198,511320个SNP位点,这些SNP位点在二者各个染色体上的分布比较均匀;利用FarmCPU模型在华西牛与雪龙黑牛群体分别检测到12个和9个与其背最长肌重量显著相关的SNP位点,且华西牛群体的显著SNP位点分别位于1,5,7,11,12,13,15,16,22,23号染色体上,鉴定到KCNAB1、PFN2、RNF13、TTLL1、MCAT、CREB3L3、ZBTB7A、MAP2K2、CAMKMT、ZC3H13、OPTN、MCM10、UCMA、OVOL2、PET117、KAT14、MAML2、HHAT、FHIT和LY86共20个候选基因;雪龙黑牛群体的SNP位点分别位于4,16,27号染色体上,鉴定到PCLO、DCTD、WWC2共3个候选基因;利用GEMMA模型在华西牛与雪龙黑牛群体中分别检测到6个与其背最长肌重量显著相关的SNP位点,其中华西牛群体的SNP位点位于13号染色体上,鉴定到GATA3、TAF3、ODAD2、SNX5、MGME1、OVOL2、KAT14、PET117共8个候选基因;雪龙黑牛群体的SNP位点位于1,4,5,25号染色体上,但未鉴定到有效的候选基因。说明在华西牛和雪龙黑牛群体中分别检测到的18个和15个SNP位点与注释到的25个和3个候选基因可作为改良牛背最长肌重量的新的分子标记和候选基因。

关键词：全基因组关联分析(GWAS) 华西牛雪龙黑牛背最长肌重量候选基因