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基于线粒体CoI基因序列的雀科鸟类分子系统发育

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基于线粒体CoI基因序列的雀科鸟类分子系统发育

作者：李涛陕西师范大学

学位级别：硕士

雀科（Fringillidae）是雀形目（Passeriformes）中物种数繁多的一科。除大洋洲外,几乎广布于世界各地,且以北半球的种类最为丰富。全世界目前已知有雀科鸟类152属677种。由于雀科鸟类缺乏明显的形态特征,在进化过程中出现快速辐射和频... 详细信息

雀科（Fringillidae）是雀形目（Passeriformes）中物种数繁多的一科。除大洋洲外,几乎广布于世界各地,且以北半球的种类最为丰富。全世界目前已知有雀科鸟类152属677种。由于雀科鸟类缺乏明显的形态特征,在进化过程中出现快速辐射和频繁的平行、趋同进化等现象,因此其系统发育关系及分类系统目前还存在着不同的观点。目前,对于雀科鸟类的分类系统主要有2个:Sibley等（1990,1993）基于DNA-DNA杂交技术而建立的分子分类系统和郑作新（1994,2000,2002）以形态学和生态学为基础建立的传统分类系统。在线粒体基因组中,基于Cytb基因作为分子标记应用于鸟类系统发育研究已经有很多报道,而国内利用CoⅠ基因的报道较少。有研究表明,CoⅠ基因由于具有以下:很少存在插入和缺失,有足够的变异位点,容易被扩增,密码子第3位碱基不受自然选择压力的影响,能够为研究系统发育关系提供足够的信息位点。基于上述原因,本文以线粒体DNA的CoⅠ基因作为分子标记,对雀科13属36种鸟类的CoⅠ基因部分序列（1300bp）的组成及其特点进行了测序与分析,以荒漠伯劳（Lanius isabellinus）和斑胸草雀（Taeniopygia guttata）作为外群,分别构建了单基因数据的Bayesian树、ML树和NJ树,并对其系统发育树进行了比较,在此基础上初步分析了雀科鸟类之间的系统发育关系,旨在为DNA编码库的构建积累基础资料,也为解决雀科分类中的争议提供一些分子生物学依据。结果与结论如下: 1.从测得的雀科36种鸟类的CoⅠ基因部分序列得知,该序列的变异位点为493个、简约信息位点为384个、保守位点为728个。38条序列（含外群）的碱基平均含量（T、C、A、G）分别为24.9%、30.5%、27.3%、17.4%,平均嘧啶含量（55.4%）明显高于嘌呤含量（44.7%）,其序列组成具有典型的高AT含量（52.2%）特征。转换以T→C、C→T为主,颠换以C→A、A→C为主。在雀科36种鸟类和2个外群的433个氨基酸中,保守氨基酸数是250个,变异氨基酸数为100个;Leu、Ser、Thr、Pro的出现频率较高;Cys、Lys出现的频率很低。 2.38种雀形目鸟类（含外群）的CoⅠ基因碱基转换/颠换（R）的值为2.0。转换值明显高于颠换值,转换和颠换仍有明显的上升趋势,说明CoⅠ基因序列的转换和颠换没有达到饱和。对数据组分别进行树长分布分析利PTP检验,两者均显示数据组包含较强的系统发育信号。 3.内群与外群之间的遗传距离（未矫正的P距离）是0.129-0.166。金翅雀属（Carduelis）内未矫正的P距离是0.039-0.085,朱雀属（Carpodacus）的是0.062-0.106,鹀属（Emberiza）的是0.021-0.112。雀类与鹀类之间未矫正的P距离是0.106（Carduelis flavirostris-Emberiza cioides）-0.157（Fringilla coelebs-Emberiza jankowskii）,雀类与锡嘴雀亚科（Coccothraustinae）的是0.095（Carduelis flavirostris-Eophona migratorjus）-0.147（Fringilla montifringilla-Mycerobasaffinis）,锡嘴雀亚科和鹀类的是0.097（Mycerobas affinis-Emberiza tristrami）-0.123（Mycerobasaffinis-Emberiza yessoensis/jankowskii）。 4.铁爪鹀属（Calcarius）与鹀属具有较近的亲缘关系,但不支持将铁爪鹀属划归到鹀属内;铁爪鹀（***）相对于鹀属较早分化出来,根据mtDNA序列变异以每百万年2%的速率进化,推测铁爪鹀与鹀属内其它各种鸟类的分歧时间约为4.7～5MYA。 5.蓝鹀（Latoucheornis siemsseni）与鹀属的亲缘关系较近。在NJ树、Bayes树和ML树中都可以看到蓝鹀和黄喉鹀（***）聚合到一起,形成姐妹关系,本文认为蓝鹀是鹀属内的一个种,不支持建立单独的蓝鹀属。 6.在NJ树、Bayes树和ML树中,苇鹀（***）与红颈苇鹀（***）首先聚合到一起,形成姐妹关系,该分支又与芦鹀（***）形成姐妹关系,这3棵系统发育树对于它们类聚关系的置信度较高。因此,本文认为苇鹀与红颈苇鹀之间的亲缘关系比苇鹀与芦鹀之间的更近一些。支持苇鹀与红颈苇鹀之间的姐妹关系。支持鹀属为单系群的观点。

关键词：雀科 CoI基因分子系统发育

雀科9种鸟类11个线粒体tRNA基因序列及二级结构比较研究

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辽宁师范大学学报（自然科学版） 2004年第1期27卷 80-84页

作者：王翔孙毅王黎于业飞李庆伟辽宁师范大学生命科学学院辽宁大连116029 蛇岛老铁山国家级自然保护区管理处辽宁大连116041

利用PCR方法对雀科9种鸟类11个线粒体基因组中3个主要的tRNA基因簇,即IQM(tRNAIle-tRNAGln-tRNAMet),WANCY(tRNATrp-tRNAAla-tRNAAsn-tRNACys-tRNATyr)和HSL(tRNAHis-tRNASer(AGY)-tRNALeu(CUN))进行扩增和序列测定,这些tRNA基因序列中可变核苷酸位点占15%,其中59%出现在环区,且存在插入核苷酸;茎区相对保守,其中一些变异如双链的互补性碱基突变,G-U配对等对于维系tRNA二级结构的稳定性非常重要.利用11个线粒体tRNA基因全序列,以鹌鹑为外群构建了雀科9种鸟类的系统发育树,结果表明:黄雀与其它物种关系较远;亚科中灰头与雀亚科关系最近,而小与三道眉草比较特化,这与根据二级结构特征得出的结论相吻合.利用茎区序列构建的NJ树在亚科物种的分类地位上存在分歧,可能是由于核苷酸数目较少,信息量小,在解决近缘物种间的分类地位时受到限制.结合线粒体tRNA基因二级结构特征比较和系统发育分析,初步认为线粒体tRNA基因二级结构特征对于推断雀科属间的分类地位具有较高的置信度.

关键词：线粒体基因 tRNA基因簇二级结构系统发育雀科二级结构基因序列

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鸟类核型研究 Ⅰ.雀科11种

动物学研究 1987年第4期 387-392+446-448页

作者：李庆伟卞小庄辽宁师范大学生物系辽宁师范大学生物系大连

本文报道了雀形目雀科(Fringillidae)11种鸟类核型。并将其他作者报道的该科其他种类的核型汇总做了配对分析比较。臂间倒位和小染色体相互融合在该科核型进化中起了重要作用。

关键词：雀形目雀科核型

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山西省雀科鸟类生态生物学的初步观察

四川动物 1984年第3期 21-27+30页

作者：刘焕金陈林娜山西省生物研究所

太原市南郊区雀科鸟类冬季群落生态的初步研究

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生态学杂志 1987年第6期 22-25页

作者：刘焕金卢欣苏化龙申守义郭东龙山西省生物研究所山西省生物研究所山西省生物研究所山西省生物研究所山西大学生物系教师

开展鸟类群落生态学的研究,可以更全面更深入地了解鸟类在自然界中的地位和作用,从而为鸟类资源的保护和利用提供科学依据。雀科(Fringillidae)鸟类与农、林业有较密切的关系,苏造文(1959)、刘焕金等(1984)曾有过报道,但通过定量分析反... 详细信息

开展鸟类群落生态学的研究,可以更全面更深入地了解鸟类在自然界中的地位和作用,从而为鸟类资源的保护和利用提供科学依据。雀科(Fringillidae)鸟类与农、林业有较密切的关系,苏造文(1959)、刘焕金等(1984)曾有过报道,但通过定量分析反映群落特征的工作,仅有杨兴家(1983)在长自山北坡对鹀类夏季群落结构所进行的研究,而冬季群落方面的资料较为匮缺。鉴于此,我们于1982—1984年3个冬季,在太原市南郊区对雀科鸟类的群落生态作了初步研究。工作区的自然概况已有说明(刘焕金等,1982),不再赘述。

关键词：鸟类雀科雀形目相似性指数群落动态群落生态南郊区太原市

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中国雀科鸟类分布聚类区的探讨

资源开发与市场 1988年第1期 3-6页

作者：刘成汉邝哲师华南师范大学

近几十年国外应用聚类分析法研究动物的分布,从其定性水平发展为定量水平。作者等近年来曾用此法对我国淡水鱼类、两栖爬行类进行了探讨;在鸟类方面国内以往尚未见有这方面的报导,本文选用我国雀科鸟类为代表,扼要报导以聚类分析法探讨... 详细信息

近几十年国外应用聚类分析法研究动物的分布,从其定性水平发展为定量水平。作者等近年来曾用此法对我国淡水鱼类、两栖爬行类进行了探讨;在鸟类方面国内以往尚未见有这方面的报导,本文选用我国雀科鸟类为代表,扼要报导以聚类分析法探讨其分布规律的初步结果。

关键词：鸟类亚种雀科雀形目亚区地理区划古北界聚类中华人民共和国

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长尾雀繁殖生态的研究

生态学报 1994年第1期14卷 57-61页

作者：徐照辉李世纯中国科学院动物研究所

长尾雀在长白山为留鸟，是典型的的“素食”鸟类，仅在育雏期有很少的动物性食物。繁殖期在筑巢适宜生境１．３对／ｈｍ￣２，冬季在繁殖期相同生境为０．０７４只／ｈｍ￣２。４月初开始有求偶追逐和争雌行为。５月下旬产卵。孵化期１... 详细信息

长尾雀在长白山为留鸟，是典型的的“素食”鸟类，仅在育雏期有很少的动物性食物。繁殖期在筑巢适宜生境１．３对／ｈｍ￣２，冬季在繁殖期相同生境为０．０７４只／ｈｍ￣２。４月初开始有求偶追逐和争雌行为。５月下旬产卵。孵化期１２－１３ｄ。６日龄喂雏３５次／ｄ，雏鸟在１０日龄后体温恒定。育雏期１３－１４ｄ。９月中旬后幼鸟换成成鸟羽色。

关键词：长尾雀繁殖生态学雀科鸟纲

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芙蓉鸟金丝鸟的饲养与繁殖

2000年

作者：陈恒赵德福

本书是作者饲养芙蓉鸟20多年的经验总结。内容包括芙蓉鸟种类、雌雄鉴别、种鸟选购、饲养前的准备、饲养与管理、繁殖前的准备、交配与繁殖、雏鸟喂养、疾病防治等。

ISBN: (纸本)7508210433

关键词：观赏型雀科学科:饲养管理

来源：汇雅图书（南通市图书馆... 评论

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芙蓉鸟