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应用随机pcr方法鉴定一株真养产碱杆菌

生物技术通报 2010年第12期26卷 222-225页

作者：姚四新赵淑秋王宪文王丽荣赵朴陈仕钧张兆沛王青刘兴友刘金华河南科技学院动物科学学院新乡453003 中国农业大学动物医学院北京100094

采用随机引物pcr技术从新建细胞培养室空气中获得一段长414bp的片段,通过克隆测序及序列分析,结果表明所测序列与真养产碱杆菌主要参考菌株的同源性分别高达79%-83%,由其推导的氨基酸序列与真养产碱杆菌主要参考菌株的同源性高达86.4%-8... 详细信息

采用随机引物pcr技术从新建细胞培养室空气中获得一段长414bp的片段,通过克隆测序及序列分析,结果表明所测序列与真养产碱杆菌主要参考菌株的同源性分别高达79%-83%,由其推导的氨基酸序列与真养产碱杆菌主要参考菌株的同源性高达86.4%-89.1%,从而确定所分离菌株为真养产碱杆菌。

关键词：植物真养产碱杆菌随机引物随机pcr

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随机pcr及其应用

中华疾病控制杂志 1997年第1期9卷 66-68页

作者：王红赵敏第一军医大学流行病学教研室广州510515

基于随机pcr的未知病毒检测方法的建立及应用

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基于随机PCR的未知病毒检测方法的建立及应用

基于宏基因组学的猪群样本病毒探测方法的建立

中国畜牧兽医学会信息技术分会第十届学术研讨会

作者：于春微王靖飞中国农业科学院哈尔滨兽医研究所动物疫病诊断与技术服务中心

【目的】为解决临床上新发病毒性传染病难以快速诊断的难题。【方法】本研究利用新城疫病毒阳性尿囊液样品对核酸酶使用量进行了摸索,确定了除去宿主和游离核酸的最佳核酸酶使用量,根据临床样品的特点,确定了富集临床样品中病原微生物... 详细信息

【目的】为解决临床上新发病毒性传染病难以快速诊断的难题。【方法】本研究利用新城疫病毒阳性尿囊液样品对核酸酶使用量进行了摸索,确定了除去宿主和游离核酸的最佳核酸酶使用量,根据临床样品的特点,确定了富集临床样品中病原微生物的差速离心策略,最终建立了基于随机pcr的未知病毒快速检测方法。利用该方法对1份野鸟粪便混合样本(36个)中的微生物进行了检测,并利用特异性pcr对随机pcr检测结果进行了验证和分析。【结果】在新城疫尿囊液阳性样品核酸酶使用量的探索中,发现在200μL样品中,加20μL DNase I和20μL RNase A对宿主核酸和游离核酸去除效果较佳。对野鸟样品的检测发现其中存在新城疫病毒基因,利用新城疫病毒特异性RT-pcr方法对检测结果进行验证,确认1份野鸟粪便样品为新城疫病毒阳性,证明随机pcr检测结果可信。【结论】本研究初步建立了基于随机pcr的畜禽未知病毒检测方法,为不明原因疾病和新发传染性疾病的快速诊断提供了技术手段。

关键词：未知病毒快速检测随机pcr 进化分析

来源： cnki会议评论

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cnki会议

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微生物学报 2013年第2期53卷 197-203页

作者：韩文罗玉子赵碧波孙元李素仇华吉中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室哈尔滨150001

极其多样的病毒广泛存在于我们周围的环境和动物体内,其中很多病毒是人类所未知的,而发现未知病毒常常受制于病毒常规检测技术的局限性。【目的】构建未知病毒检测技术平台。【方法】应用病毒宏基因组学的理念,结合新型分子诊断技术,首... 详细信息

极其多样的病毒广泛存在于我们周围的环境和动物体内,其中很多病毒是人类所未知的,而发现未知病毒常常受制于病毒常规检测技术的局限性。【目的】构建未知病毒检测技术平台。【方法】应用病毒宏基因组学的理念,结合新型分子诊断技术,首先利用过滤和核酸酶处理去除样品宿主核酸干扰,然后随机pcr扩增潜在的病毒宏基因组,最后通过大规模测序及序列分析获取病毒核酸信息。【结果】利用此技术我们对猪瘟病毒(CSFV)细胞培养物和猪圆环病毒2型(PCV2)感染猪病料进行了分析,分别检测到序列总长度1680 bp,占基因组13.7%的CSFV序列和序列总长度834 bp,占基因组47.2%的PCV2序列;利用此检测技术平台研究一未知病原细胞培养物,通过测序和序列分析,结果显示56条序列中有26条为副流感病毒5型(PIV5)同源序列,覆盖了其基因组全长的16.4%;此外,应用本研究建立的方法结合新一代高通量测序,我们在混合的7份病原未知的病猪组织样品中检测到了1.1%的病毒序列,包括CSFV、PCV2、猪细环病毒(TTSuV)、猪bocavirus(PBoV)和人腺病毒6型(Ad6)等的部分基因序列。【结论】本研究建立的基于病毒宏基因组学的未知病毒的检测方法突破了传统病毒研究方法的缺陷,对于猪群样本中病毒的检测具有较高的敏感性,有望为新发、突发感染性疾病的诊断和监测提供技术支持。

关键词：病毒宏基因组学随机pcr 未知病毒 DNA病毒 RNA病毒

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牛肠道病毒2型的分离与鉴定

畜牧兽医学报 2013年第5期44卷 823-828页

作者：彭小薇董浩吴丹张鹤晓吴清民吕艳丽中国农业大学动物医学院农业部动物流行病和人畜共患病重点实验室北京100193 北京出入境检验检疫局北京100026

本研究从北京某牛场发生严重腹泻的泌乳奶牛采集直肠拭子,接种MDBK细胞,分离获得1株病毒,命名为BJ001。理化特性鉴定结果表明,该病毒大小约30nm,为无囊膜的RNA病毒;用随机pcr方法对氯化铯梯度离心后的各区带扩增,扩增产物凝胶电泳后,回... 详细信息

本研究从北京某牛场发生严重腹泻的泌乳奶牛采集直肠拭子,接种MDBK细胞,分离获得1株病毒,命名为BJ001。理化特性鉴定结果表明,该病毒大小约30nm,为无囊膜的RNA病毒;用随机pcr方法对氯化铯梯度离心后的各区带扩增,扩增产物凝胶电泳后,回收"呈彗尾样拖带现象"最明显的区带2的500～1 500bp的片段进行序列测定与分析,结果显示,扩增片段与GenBank中已知的牛肠道病毒2型相似性较高;用BEV2型特异性引物对病毒进行RT-pcr扩增,并将扩增产物进行序列测定与分析,结果表明,其与BEV2相似性最高可达93%。故该病毒被确定为牛肠道病毒2型。将该病毒接种2头成年健康奶牛,均未出现肉眼可见的临床症状,但病毒可在接种奶牛体内持续存在,并产生较高滴度抗体。

关键词：牛肠道病毒2型分离与鉴定理化特性随机pcr

福氏2a志贺菌肠毒素ShET1/ShET2基因分型在同源克隆鉴定系统中的应用

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中国人兽共患病杂志 2002年第6期18卷 34-38,31页

作者：郝加虎王红叶冬青钟文龙夏桂枝王玉琴俞守义安徽医科大学公共卫生学院流行病学教研室合肥230032 第一军医大学流行病学教研室广东省江门市卫生防疫站

目的　对福氏 2a志贺菌肠毒素ShET1和肠毒素ShET2进行基因分型 ,提高福氏 2a志贺菌同源克隆鉴定系统的分析水平。方法　综合运用质粒DNA分析、16srRNA基因探针分析及随机pcr分析方法对 93株分离自不同地区 ,不同时间的福氏 2a志贺菌进... 详细信息

目的　对福氏 2a志贺菌肠毒素ShET1和肠毒素ShET2进行基因分型 ,提高福氏 2a志贺菌同源克隆鉴定系统的分析水平。方法　综合运用质粒DNA分析、16srRNA基因探针分析及随机pcr分析方法对 93株分离自不同地区 ,不同时间的福氏 2a志贺菌进行多生物学标志分型 ,同时引入志贺菌肠毒素ShET1/ShET2基因pcr分析法检测福氏 2a志贺菌。结果　质粒DNA分析、RAPD分析、16srRNA基因探针分析三种方法联合运用 ,可将 93株S flexneri 2a分成 19个克隆群 ,克隆分辨率为 2 0 4 3% (19/ 93) ,引入毒素ShET1/ShET2基因pcr分析 ,可新增加 8个克隆群 ,克隆分辨率为 2 9 0 3% (2 7/ 93) ,克隆分辨率提高 8 6 0 % (8/ 93)。 93株福氏 2a志贺菌按志贺菌肠毒素分为 4种基因型 ,即 12株ShET1(- ) /ShET2 (+) ,14株ShET1(+) /ShET2 (- ) ,5 9株ShET1(+) /ShET2 (+) ,8株ShET1(- ) /ShET2 (- )。结论　在应用多生物学标志进行福氏 2a志贺菌同源克隆鉴定系统研究时 ,肠毒素ShET1/ShET2基因pcr分析是不可或缺的分析指标。

关键词：克隆随机pcr 志贺菌肠毒素基因分型生物学细菌性痢疾

基因芯片技术检测重要人兽共患病病毒方法的建立

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中国生物化学与分子生物学报 2009年第11期25卷 1058-1063页

作者：李永强康晓平孙庆歌刘洪常国辉祝庆余杨银辉军事医学科学院微生物流行病研究所病原微生物生物安全国家重点实验室北京100071 中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室哈尔滨150001

为了建立能对25种重要人兽共患病病毒进行筛查及鉴定用的基因芯片技术,本实验首先设计针对每种病毒的寡核苷酸探针并进行探针特异性的生物信息学验证.然后探索病毒核酸随机扩增方法,优化杂交动力学条件,建立本芯片标准的数据处理分析方... 详细信息

为了建立能对25种重要人兽共患病病毒进行筛查及鉴定用的基因芯片技术,本实验首先设计针对每种病毒的寡核苷酸探针并进行探针特异性的生物信息学验证.然后探索病毒核酸随机扩增方法,优化杂交动力学条件,建立本芯片标准的数据处理分析方法.最后用细胞培养的病毒和模拟临床标本验证芯片的敏感性与特异性.结果表明,锚定随机pcr扩增法适合于本芯片病毒核酸的扩增;芯片杂交前用0.25%NaBH4进行封闭,最优杂交条件为51℃,2h及50%甲酰胺浓度;芯片具有较好的敏感性及检测特异性.初步结果表明,本实验所建立的基因芯片技术可应用于对25种重要人兽共患病病毒进行筛查及鉴定.

关键词：基因芯片技术人兽共患病病毒筛查及鉴定特异性随机pcr

基因探针和pcr方法在菌痢流行病学研究中的应用

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中国人兽共患病杂志 2004年第12期20卷 1062-1064,1067页

作者：夏桂枝叶礼燕王红白石山俞守义南京军区福州总医院儿科福州350025 广州第一军医大学流行病学教研室呼和浩特市解放军第253医院

目的　探讨基因探针和pcr方法在F2a志贺氏菌痢暴发的流行病学研究中的意义。方法　对 4 3株自患者粪便和食物中分离到的F2a志贺氏菌进行 16srRNA、ipaH基因Southern杂交 ,随机pcr和set1/set2毒力基因pcr分析。结果　随机pcr、ipaH基因S... 详细信息

目的　探讨基因探针和pcr方法在F2a志贺氏菌痢暴发的流行病学研究中的意义。方法　对 4 3株自患者粪便和食物中分离到的F2a志贺氏菌进行 16srRNA、ipaH基因Southern杂交 ,随机pcr和set1/set2毒力基因pcr分析。结果　随机pcr、ipaH基因Southern杂交将 4 3株F2a志贺氏菌分为两个不同的基因型 ,set1/set2毒力基因pcr分为三个不同的基因型 ,16srRNA基因Southern杂交均为同一基因型。结论　基因分型方法能更准确、深入地揭示菌痢暴发过程中各分离株之间的流行病学联系。其中set1/set2毒力基因pcr方法具有较高的分辨率 ,在F2a志贺氏菌的分子流行病学研究中具有重要的作用。

关键词：志贺氏菌基因探针随机pcr 志贺氏肠毒素

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两株真养产碱杆菌部分基因的克隆与序列分析

生物技术通报 2011年第4期27卷 158-161页

作者：姚四新赵淑秋李学斌王丽荣王宪文陈仕钧张兆沛王青刘兴友刘金华河南科技学院动物科学学院新乡453003 中国农业大学动物医学院北京100094

采用随机引物pcr技术从新建细胞培养室空气中获得两段长度414 bp及450 bp的片段。通过克隆测序及序列分析,结果表明,所测序列与真养产碱杆菌主要参考菌株的同源性分别高达79%-83%及79%-84%,由其推导的氨基酸序列与真养产碱杆菌主要参考... 详细信息

采用随机引物pcr技术从新建细胞培养室空气中获得两段长度414 bp及450 bp的片段。通过克隆测序及序列分析,结果表明,所测序列与真养产碱杆菌主要参考菌株的同源性分别高达79%-83%及79%-84%,由其推导的氨基酸序列与真养产碱杆菌主要参考菌株的同源性高达86.4%-89.1%,由两分离菌株所获得基因片段推导的氨基酸序列之间的同源性高达98.1%,从而确定所分离两菌株为真养产碱杆菌不同亚型的菌株。

关键词：真养产碱杆菌随机pcr 基因克隆序列分析