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TNFSF4基因多态性与系统性红斑狼疮的相关性研究

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中华皮肤科杂志 2012年第1期45卷 38-40页

作者：高婷婷宋继权 AhmadT．Khalaf 余想萍程艳丽高虎武汉大学中南医院皮肤科 430071

目的探讨湖北汉族人群OX40配体蛋白基因rs844648位点和rs3850641位点基因多态性与SLE的相关性.方法 SLE患者82例和正常人对照组100例,采用PCR及限制性片段长度多态性方法（PCR-RFLP）检测TNFSF4基因rs844648和rs3850641位点多态性分布... 详细信息

目的探讨湖北汉族人群OX40配体蛋白基因rs844648位点和rs3850641位点基因多态性与SLE的相关性.方法 SLE患者82例和正常人对照组100例,采用PCR及限制性片段长度多态性方法（PCR-RFLP）检测TNFSF4基因rs844648和rs3850641位点多态性分布.结果 ①SLE组rs844648位点AA、AG和GG基因型频率分别为20.7％、62.2％、17.1％,正常人对照组为14.0％、55.0％、31.0％.SLE组rs844648多态性位点A等位基因携带者显著高于正常人对照组[73.2％比69.0％％,x2=4.69,P＜0.05,OR值=2.182（ 1.068～ 4.458）],SLE组与正常人对照组间差异有统计学意义；②SNP位点rs3850641的正常人对照组AA、AG和GG基因型频率分别是76.0％、21.0％和3.0％,而SLE组分别为62.2％、31.7％和6.1％,SLE组rs3850641位点G等位基因携带者显著高于正常人对照组[37.8％比24.0％,x2=4.07,P＜0.05,OR值=1.925 （1.015 ～ 3.651）],SLE组与正常人对照组间差异有统计学意义.结论 TNFSF4基因rs844648和rs3850641位点存在单核苷酸多态性变异,该多态性与湖北地区汉族人群SLE的发病有相关性.

关键词：基因多态性系统性红斑狼疮相关性 TNFSF4基因限制性片段长度多态性 SLE患者基因型频率基因携带者

福建地区水痘-带状疱疹病毒临床分离株基因型分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2012年第7期32卷 614-616页

作者：陈婷婷王合王晓慧田雅兰吴宁俊王官清厦门大学附属中山医院皮肤科 361004

水痘一带状疱疹病毒（varicella-zostervirus，VZV）属人类疱疹病毒α亚科，称人类疱疹病毒3型（HHV-3），是水痘和带状疱疹的病原体。水痘减毒活疫苗预防接种显著降低了儿童水痘和老年带状疱疹后遗神经痛发生率。但疫苗接种后可发生水... 详细信息

水痘一带状疱疹病毒（varicella-zostervirus，VZV）属人类疱疹病毒α亚科，称人类疱疹病毒3型（HHV-3），是水痘和带状疱疹的病原体。水痘减毒活疫苗预防接种显著降低了儿童水痘和老年带状疱疹后遗神经痛发生率。但疫苗接种后可发生水痘样皮疹，接种的疫苗也可潜伏体内引发带状疱疹。而且，疫苗接种后发生的水痘或带状疱疹可能为野毒株或疫苗株感染所致。利用基于ORF62单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）的PCR限制性片段长度多态性（PCR—RFLP）技术鉴别VZV野毒株和疫苗株对水痘疫苗接种效果评价、安全性监测、质量控制等有重要意义。

关键词：水痘-带状疱疹病毒基因型分析临床分离株水痘减毒活疫苗限制性片段长度多态性带状疱疹后遗神经痛人类疱疹病毒单核苷酸多态性

巢湖西半湖北岸湖滨带蓝藻堆积处细菌多样性初步研究

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水产学报 2011年第12期35卷 1873-1880页

作者：宣淮翔安树青孙庆业刘梅安徽大学资源与环境工程学院南京大学生命科学学院

采用限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)方法,研究了巢湖西半湖北岸湖滨带蓝藻堆积处不同深度层次的细菌多样性。利用直接法提取了蓝藻堆积处3个不同深度层次样品(A层0～2 cm、B层2～10 cm、C层10～2... 详细信息

采用限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)方法,研究了巢湖西半湖北岸湖滨带蓝藻堆积处不同深度层次的细菌多样性。利用直接法提取了蓝藻堆积处3个不同深度层次样品(A层0～2 cm、B层2～10 cm、C层10～20 cm)中的细菌总DNA,并进一步构建各层细菌的16S rDNA克隆文库。结果表明,蓝藻堆积处各层细菌的Margalef丰富度指数(dMa)、Shannon-Wiener指数(H)和Simpson指数(D)均伴随深度的增加而减小。系统发育树分析显示,各层的细菌优势类群主要归属于厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria);且随深度层次的增加,归属于变形菌门的细菌比例减少,而归属于厚壁菌门的细菌比例增加;在A层样品中存在少量归属于蓝藻门(Cyanobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)、螺旋体门(Spirochaetes)类群的细菌;在C层样品中也存在少量归属于拟杆菌门(Bacteroidetes)类群的细菌。研究结果在一定程度上揭示了蓝藻堆积腐烂过程中细菌多样性和种类组成的变化。

关键词：蓝藻堆积处细菌多样性限制性片段长度多态性巢湖西半湖北岸湖滨带

中国部分地区绵羊肺炎支原体的基因多态性分析

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畜牧兽医学报 2011年第9期42卷 1295-1301页

作者：许健储岳峰赵萍高鹏程贺英剡根强逯忠新中国农业科学院兰州兽医研究所家畜疫病病原生物学国家重点实验室农业部草食动物疫病重点开放实验室甘肃省生物检测工程技术研究中心兰州730046 石河子大学动物科技学院石河子832000

为了解绵羊肺炎支原体(Mycoplasma ovipneumoniae,Mo)在我国部分地区的流行病学特征,采用随机扩增多态性DNA(RAPD)及限制性片段长度多态性(RFLP)方法对26株Mo基因多态性进行了研究,并利用NTsys-2.10e软件对获得的多态性图谱进行了聚类... 详细信息

为了解绵羊肺炎支原体(Mycoplasma ovipneumoniae,Mo)在我国部分地区的流行病学特征,采用随机扩增多态性DNA(RAPD)及限制性片段长度多态性(RFLP)方法对26株Mo基因多态性进行了研究,并利用NTsys-2.10e软件对获得的多态性图谱进行了聚类分析。结果在相似系数为0.70时,26株Mo可分成6个RAPD群或6个RFLP群;相似系数为0.90时,分成18个RAPD群或18个RFLP群;相似系数为1.00时,分成25个RAPD群或26个RFLP群。结果表明,我国Mo存在高度的基因多态性,这种多态性与地域差异相关,与宿主来源也具有一定的相关性。研究结果为了解我国Mo的分子流行病学特征打下了基础,也为建立有效的Mo诊断方法和疫苗研制提供了参考依据。

关键词：绵羊肺炎支原体随机扩增多态性DNA 限制性片段长度多态性基因多态性流行病学

PCR-RFLP法快速鉴定真菌性角膜炎的常见致病菌种

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PCR-RFLP法快速鉴定真菌性角膜炎的常见致病菌种

作者：马燕吉林大学

学位级别：硕士

背景:随着我国社会的飞速发展及医疗需求的提高、深入,真菌性感染越来越得到临床医生及研究人员的广泛关注。我国作为农业人口最多的发展中国家大国,真菌性角膜炎成为眼科感染的常见病,目前缺乏对真菌性角膜炎致病菌种的快速、有效鉴定... 详细信息

背景:随着我国社会的飞速发展及医疗需求的提高、深入,真菌性感染越来越得到临床医生及研究人员的广泛关注。我国作为农业人口最多的发展中国家大国,真菌性角膜炎成为眼科感染的常见病,目前缺乏对真菌性角膜炎致病菌种的快速、有效鉴定,且治疗真菌性角膜炎的药物种类相对少、副作用大,往往单纯依靠经验性治疗杀死致病真菌的过程缓慢;再加上患病人群的特殊性(以农业人口居多)、起病隐匿常被患者自身忽略,从而对疾病的及时、有效治疗尤其难能可贵。鉴于我国真菌性角膜炎患者丝状菌感染多为镰刀菌与曲霉菌,故曲霉菌及镰刀菌为主要实验对象。以往鉴定真菌性角膜炎的方法普遍为显微镜下观察真菌形态,共焦显微镜下寻找真菌菌丝,单纯依据真菌ITS(internal transcribed spacer)区域的通用引物进行的PCR(Polymerase Chain Reaction)扩增。这三种方法都有其明显的缺点。本实验旨在探索一种快速、有效的方法对常见真菌性角膜炎的致病菌种鉴定到种,从而为临床治疗提供方法学依据。目的:从临床送检角膜刮片标本中分离、提取已经根据其镜下形态鉴定为真菌感染的角膜刮片中的DNA,经过DNA的聚合酶链式反应,再结合限制性内切酶酶切的方法,建立快速鉴定角膜易感真菌种类的的检测方法(PCR-RFLP),以便实验研究及广泛临床应用。方法:依据在NCBI(National Center of Biotechnology Information)查到的镰刀菌及曲霉菌的COI(线粒体细胞色素C氧化酶亚基I)序列,用primer5.0软件合成其通用引物。取临床角膜刮片标本,分离真菌菌株并在显微镜下观察形态,取据镜下形态鉴定为镰刀菌、曲霉菌的菌种进行增菌处理。采用细菌质粒小提试剂盒提取基因组DNA。首先用通用引物(ITS1、ITS4)对提取出的基因组DNA进行扩增,测序后于NCBI数据库中进行同源序列比对,以便从基因诊断学上证明所用菌株的纯度,是对显微镜下观察菌株形态来鉴别真菌的一种补充方法。取已被确定为单一纯菌株的DNA进行COI通用引物的扩增,扩增后的片段进行纯化处理,保证下一步酶切反应的顺利。根据在DNAMAN软件中的酶切分析功能选定限制性内切酶Ssp I、Dra I及Vsp I消化COI引物扩增出来的目的片段,酶切反应结束后行3%TAE琼脂糖凝胶电泳,紫外线照相仪下留取电泳图片并分析三种限制性内切酶对不同菌种的作用特点所导致的电泳图像的差异性,初步鉴别其特异性。结果:临床角膜刮片标本纯化后小培养的显微镜下结果显示茄病、串珠、尖孢镰刀菌占多数,烟曲霉次之。经ITS1、ITS4扩增后得到的片段长度约为500bp,测序后于数据库中比对确保了实验菌种的纯度。各菌株基因组DNA经COI1(3’-ATCG-5’),COI2(5’-CGAT-3’)引物扩增后得到的目的片段长度约为440bp。根据COI扩增的目的片段的序列进行酶切位点分析,限制性内切酶Ssp I、Dra I及Vsp I的单用或组合可以切出不同的条带,从而电泳图像上体现出差异性,这些差异性的独特性可以将镰刀菌及曲霉菌鉴定到种。结论:本研究中7种菌16株均可用COI1(3’-ATCG-5’),COI2(5’-CGAT-3’)引物扩增,烟曲霉扩增后得到1500bp左右的片段,其余菌株均得到440bp左右的片段。将除去烟曲霉外的扩增出的DNA片段用Vsp I及Dra I、Ssp I三种限制性内切酶单一或组合消化,消化后的大小不一的片段在3%琼脂糖凝胶电泳上呈现多样性,将其分析得到一定的规律性,不同菌种DNA酶切后的电泳图像有其多态性又存在各自的独特性,根据不同菌株条带的独特性将镰刀菌属及曲霉菌属鉴定到种。PCR-RFLP法可用于快速、简便地将临床常见真菌性角膜炎易感菌种鉴定到种,在及时、有效地指导临床上发挥重要作用。

关键词：真菌性角膜炎 ITS COI 聚合酶链式反应限制性片段长度多态性

雌激素受体基因限制性片段长度多态性与子宫内膜异位症

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北京大学学报(医学版) 2001年第2期33卷 131-131页

作者：富琪魏丽惠关菁屠铮北京大学人民医院妇产科!北京100044

子宫内膜异位症是一种与遗传有关的疾病。基因限制性片段长度多态性(RFLP)不与某种疾病有直接关系，在多因素疾病发病机制的研究中是一个有力的工具。目前仅见一篇报道发现希腊妇女子宫内膜异位症患者与正常对照者之间雌激素受体等位基... 详细信息

子宫内膜异位症是一种与遗传有关的疾病。基因限制性片段长度多态性(RFLP)不与某种疾病有直接关系，在多因素疾病发病机制的研究中是一个有力的工具。目前仅见一篇报道发现希腊妇女子宫内膜异位症患者与正常对照者之间雌激素受体等位基因限制性内切酶PavⅡ多态性存在明显差异。

关键词：子宫内膜异位症限制性片段长度多态性酶切位点

肝癌高危人群中DNA氧化损伤与损伤修复酶基因多态性的关系

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肿瘤 2010年第9期30卷 782-787页

作者：唐耘天黄天壬王加生广西壮族自治区人民医院肝胆外科南宁530021 广西壮族自治区肿瘤医院实验研究部南宁530021 美国德克萨斯州理工大学环境与人类健康中心拉伯克tx79409

目的:探讨肝癌高危人群中DNA氧化损伤与损伤修复酶基因多态性的关系。方法:收集广西扶绥县550例乙型肝炎病毒携带志愿者的外周血和尿样,应用高效液相-电化学法和聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(polymerase chain reaction-restricti... 详细信息

目的:探讨肝癌高危人群中DNA氧化损伤与损伤修复酶基因多态性的关系。方法:收集广西扶绥县550例乙型肝炎病毒携带志愿者的外周血和尿样,应用高效液相-电化学法和聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP)检测法检测肝癌高危人群的尿8-羟基-2-脱氧鸟苷(8-hydroxy-2-deoxy-guanosine,8-OHdG)水平和外周血中DNA损伤修复酶基因多态性,分析2者之间的关系。结果:肝癌高危人群中尿8-OHdG水平男性低于女性(P多态性的结果发现,女性hOGG1 Ser326Ser和XRCC1 Arg194Arg者的尿8-OHdG水平较低(P=0.049,P=0.048)。将尿8-OHdG水平以中位数为基点分为高、低2组进行多因素分析发现,hOGG1突变型杂合子和突变型纯合子者的尿8-OHdG水平较高,尤其在女性研究对象中更明显(P多态性可以影响其编码的蛋白质的功能,影响机体对损伤DNA的修复作用,最终可能导致肿瘤发生的个体差异。

关键词：肝癌高危人群 DNA氧化损伤修复酶基因多态性关系 liver cancer DNA repair oxidative DNA damage DNA损伤修复 8-OHdG 限制性片段长度多态性外周血检测法 PCR-RFLP 突变型女性聚合酶链反应多因素分析肿瘤发生乙型肝炎

NADPH氧化酶p22^(phox)亚基基因多态性与急性动脉硬化性脑梗死的关联性研究

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中国临床神经科学 2017年第5期25卷 481-487页

作者：李晓曦刘文静姜文娟李瞿朱瑞霞刘旭何志义中国医科大学附属第一医院干诊神经内科 110001 中国医科大学附属第一医院神经内科 110001

目的探讨CYBA基因的多态性位点与急性动脉硬化性脑梗死的相关性。方法收集284例脑梗死患者(脑梗死组)及335例同期健康体检者(对照组),采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法检测CYBA基因rs4673和rs3180279位点的基因型... 详细信息

目的探讨CYBA基因的多态性位点与急性动脉硬化性脑梗死的相关性。方法收集284例脑梗死患者(脑梗死组)及335例同期健康体检者(对照组),采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法检测CYBA基因rs4673和rs3180279位点的基因型。结果 rs4673位点的基因型及等位基因频率分布在脑梗死组和对照组中差异无统计学意义(P>0.05)。脑卒中组男性患者rs3180279位点GC、GG基因型的频率低于对照组,CC基因型的频率高于对照组(P=0.034)。结论 CYBA基因的rs4673位点与中国北方汉族人群的急性动脉硬化性脑梗死无相关性,男性rs3180279位点GG+GC基因型的携带者较CC基因型携带者动脉硬化性脑梗死的发病率可能更低。

关键词：动脉硬化性脑梗死 CYBA基因基因多态性限制性片段长度多态性

中国贵州地区乙型肝炎病毒前S基因变异的研究

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中华肝脏病杂志 2007年第2期15卷 98-102页

作者：王梅丁静娟刘悦晖贵阳医学院附院传染科实验室 550004

目的研究HBV前S基因变异与基因型及疾病类型的关系。方法建立聚合酶链反应一限制性片段长度多态性检测HBV前S2起始码变异的方法；用聚丙烯酰胺凝胶电泳分析HBV前S区缺失变异；用直接测序验证方法的准确性。用S基因聚合酶链反应一限制性... 详细信息

目的研究HBV前S基因变异与基因型及疾病类型的关系。方法建立聚合酶链反应一限制性片段长度多态性检测HBV前S2起始码变异的方法；用聚丙烯酰胺凝胶电泳分析HBV前S区缺失变异；用直接测序验证方法的准确性。用S基因聚合酶链反应一限制性片段长度多态性确定HBV基因型。检测160份HBV感染者血清，并结合基因型、疾病类型分析。结果160份标本中B基因型81份，C基因型79份。C基因型前S2起始码变异的检出率为43．04％，高于B型的1．23％（P〈0．05）。前S区缺失变异在C基因型中的检出率也高于B型（36．71％与19．75%,P〈0．05）。前S2起始码变异在HCC、LC组的检出率分别为50．00％、39．47％，明显高于慢性肝炎组的8．00％、慢性无症状乙型肝炎表面抗原携带者组的0（P值均〈0．05）。前S区缺失变异检出率在HCC、LC组分别为53．13％和42．11％，也高于慢性肝炎组的18．00％及慢性无症状乙型肝炎表面抗原携带者组的7．50％（P值均〈0．05）。经多因素Logistic回归分析，C基因型和严重肝病是影响前S基因变异的重要因素（OR分别为6．26、11．99，P值均〈0．01）。测序结果与酶切、聚丙烯酰胺凝胶电泳结果一致。结论与B基因型相比，C型HBV感染者更易发生前S2起始码、前S区缺失变异，前S基因变异与肝病进展及预后相关。

关键词：肝炎病毒乙型基因型基因变异限制性片段长度多态性聚丙烯酰胺凝胶电泳