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长牡蛎(Crassostrea gigas)野生与选育群体的微卫星遗传多样性分析

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海洋与湖沼 2024年第2期55卷 462-470页

作者：李妍姚健涛张恩烁孙泽轩孙国华李彬杨建敏冯艳微王卫军鲁东大学农学院山东烟台264025 牡蛎种质创制与高效养殖山东省工程研究中心山东烟台264025 烟台市崆峒岛实业有限公司山东烟台264001 烟台市海育海洋科技有限公司山东烟台264004

为了评估长牡蛎(Crassostrea gigas)2个壳长性状(掌心形)快速生长选育群体(LY2-K4、LY2-K7)、1个壳高性状(速生型)快速生长选育群体(LY2-K11)和6个野生群体(QHD、LS、HD、ZH、WD、KTD)的遗传多样性和遗传结构,用21对多态性丰富的微卫星... 详细信息

为了评估长牡蛎(Crassostrea gigas)2个壳长性状(掌心形)快速生长选育群体(LY2-K4、LY2-K7)、1个壳高性状(速生型)快速生长选育群体(LY2-K11)和6个野生群体(QHD、LS、HD、ZH、WD、KTD)的遗传多样性和遗传结构,用21对多态性丰富的微卫星引物对9个长牡蛎群体的269个个体进行了遗传分析。结果显示:21个微卫星位点共检测出了460个等位基因(Na),平均等位基因数为21.905;21个微卫星位点的多态信息含量(PIC)均大于0.5,具有高度遗传多态性;选育群体LY2-K11的遗传多样性最低(Na=13,I=2.128,He=0.831,PIC=0.825),野生群体KTD的遗传多样性最高(Na=29,I=3.112,He=0.941,PIC=0.938);189个群体位点组合有66%偏离哈代-温伯格平衡,表明这些群体存在一定程度的杂合子缺失;9个群体间的遗传分化指数(F_(st))为0.012~0.064,处于较低的遗传分化水平;AMOVA分析显示遗传变异主要来自于个体内;PCoA分析结果与UPGMA聚类树一致,LY2-K11群体单独聚为一类,QHD和HD群体聚为一类,其他6个群体聚为一类。综上所述,长牡蛎3个选育群体和6个野生群体遗传多样性均较高,遗传分化水平较低;选育群体LY2-K11多样性略有下降,选育过程中应保证亲本的数量及质量,防止因近交衰退造成遗传多样性降低,苗种抗逆性变差。该结果将为长牡蛎新品种的选育和野生种质资源的保护提供科学指导。

关键词：长牡蛎(Crassostrea gigas) 选育群体野生群体微卫星遗传多样性

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山东省6个豆梨野生群体的遗传多样性分析

中南林业科技大学学报 2022年第1期42卷 138-145页

作者：李永涛王振猛杨庆山周健王莉莉刘德玺魏海霞山东省林业科学研究院国家林业和草原局滨海盐碱地生态修复工程技术研究中心山东济南250014 山东省林业科学研究院山东耐盐碱树种研究国家长期科研试验基地山东济南250014

【目的】探究山东省野生豆梨种质资源的遗传多样性及亲缘关系,为其种质资源收集、保存以及育种材料的选择提供理论依据。【方法】采用AFLP分子标记技术对山东省分布的6个群体61个野生豆梨单株的遗传多样性进行了分析。【结果】8对引物... 详细信息

【目的】探究山东省野生豆梨种质资源的遗传多样性及亲缘关系,为其种质资源收集、保存以及育种材料的选择提供理论依据。【方法】采用AFLP分子标记技术对山东省分布的6个群体61个野生豆梨单株的遗传多样性进行了分析。【结果】8对引物组合共扩增出清晰条带1344条,平均每对引物组合扩增出168条带,其中多态性条带有1340条,多态位点百分率为99.75%。扩增条带中包含特异性条带179条,通过这些特异性条带可对88.52%的野生豆梨单株进行鉴别。6个野生豆梨群体的多态位点百分率(PPB)、观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s多样性指数(H)及Shannon’s信息指数(I)的变化范围分别为24.07%~55.09%、1.2407~1.5509、1.1541~1.2378、0.0905~0.1455及0.1346~0.2271。AMOVA分析显示,12.53%的变异来自群体间,87.47%的变异来自种群内。UPMGA聚类分析得出,61个单株的遗传相似性系数介于0.7378~0.8843之间,平均值为0.8068。在遗传相似系数0.806处可划分为5组,其中部分来源于同一地区的单株并没有完全聚为一组,而在遗传相似性系数0.824处分割时,还可将第Ⅴ组分为8个亚组,且亚组中来源于同一地区的资源倾向于聚为一类,主效应分析结果和UPGMA结果基本一致。【结论】山东省野生豆梨群体间存在一定的基因交流,各群体内遗传分化程度大于群体间,且群体间的地理来源和遗传变异程度并没有严格的相关性。

关键词：豆梨野生群体遗传多样性 AFLP

基于新开发微卫星标记评价番红砗磲两个野生群体的遗传多样性及近缘种通用性检测

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水产学报 2020年第2期44卷 187-194页

作者：高红梅马海涛喻子牛张跃环肖述黄飘逸彭建军重庆师范大学生命科学学院中国科学院南海海洋研究所

采用磁珠富集和PCR筛选相结合的方法,得到番红砗磲的19个多态性微卫星标记。利用新开发微卫星标记对西沙群岛2个野生群体的遗传多样性进行比较分析,七连屿海域野生群体和永兴岛海域野生群体的平均观测等位基因数(Na)分别为11.105、11.8... 详细信息

采用磁珠富集和PCR筛选相结合的方法,得到番红砗磲的19个多态性微卫星标记。利用新开发微卫星标记对西沙群岛2个野生群体的遗传多样性进行比较分析,七连屿海域野生群体和永兴岛海域野生群体的平均观测等位基因数(Na)分别为11.105、11.895,平均有效等位基因数(Ne)分别为6.274、6.173,平均期望杂合度(He)分别为0.776、0.788,平均多态性信息含量分别为0.730、0.744,发现2个野生群体的遗传多样性都处于高度多态水平,说明其有效群体大小仍然保持在较高水平。Bonferroni校正后,在2个群体中各有4个位点偏离Hardy-Weinberg平衡。另外分析了这些引物在近缘种中的通用性情况,发现鳞砗磲中有7对微卫星引物具有通用性,6对具有多态性;无鳞砗磲中有3对微卫星引物具有通用性,1对具有多态性;诺瓦砗磲中有5对微卫星引物具有通用性,5对具有多态性;长砗磲中有9对微卫星引物具有通用性,8对具有多态性;砗蚝中有2对引物具有通用性,2对具有多态性。

关键词：番红砗磲微卫星标记野生群体遗传多样性通用性西沙群岛

基于线粒体DNA控制区的黄姑鱼养殖群体与野生群体比较研究

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中国海洋大学学报（自然科学版） 2021年第8期51卷 11-19页

作者：赵祥郑建高天翔宋娜海水养殖教育部重点实验室(中国海洋大学) 山东青岛266003 浙江海洋大学水产学院浙江舟山316022

黄姑鱼(Nibea albiflora)是我国重要的经济鱼类。由于受到过度捕捞和环境污染等因素的影响,野生黄姑鱼资源量急剧下降。为了解黄姑鱼野生群体与养殖群体的种质资源现状,本研究扩增了2个野生群体和2个养殖群体的线粒体DNA控制区高变区部... 详细信息

黄姑鱼(Nibea albiflora)是我国重要的经济鱼类。由于受到过度捕捞和环境污染等因素的影响,野生黄姑鱼资源量急剧下降。为了解黄姑鱼野生群体与养殖群体的种质资源现状,本研究扩增了2个野生群体和2个养殖群体的线粒体DNA控制区高变区部分序列,同时结合NCBI数据库中部分已发表序列进行分析。研究显示:173个黄姑鱼个体共检测到62个单倍型,其中养殖群体仅7个;养殖群体和野生群体之间仅存在1个共享单倍型;养殖群体单倍型多样度(0.4160~0.7123)明显低于野生群体(0.9130~0.9926)。基于线粒体DNA控制区单倍型构建的网络图未发现明显的谱系结构。群体间遗传分化指数FST显示,黄姑鱼养殖群体间以及养殖群体与野生群体间产生了较大的遗传分化。AMOVA分析结果显示,群体内部遗传变异占绝大部分。黄姑鱼野生群体的历史动态分析结果暗示,其可能经历过近期群体扩张事件。综合上述结果,黄姑鱼养殖群体遗传多样性显著降低,有必要开展黄姑鱼遗传多样性监测工作,并采用科学的人工繁育方法,保护黄姑鱼的优质种质资源。

关键词：黄姑鱼线粒体DNA控制区遗传多样性野生群体养殖群体

基于ISSR的地黄栽培品种与野生群体遗传多样性研究

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中草药 2020年第23期51卷 6054-6061页

作者：李翠翠胡赛文夏至河南农业大学农学院河南郑州450002

目的基于ISSR分子标记研究地黄Rehmannia glutinosa栽培品种与野生群体遗传多样性,比较它们的遗传多样性差异,构建它们之间亲缘关系,为地黄种质资源保护及新品种选育提供参考。方法应用ISSR分子标记技术对地黄栽培品种,野生群体及其近缘... 详细信息

目的基于ISSR分子标记研究地黄Rehmannia glutinosa栽培品种与野生群体遗传多样性,比较它们的遗传多样性差异,构建它们之间亲缘关系,为地黄种质资源保护及新品种选育提供参考。方法应用ISSR分子标记技术对地黄栽培品种,野生群体及其近缘种106个样品进行分析,利用POPGEN软件分析Nei’s基因多样性指数(H)等遗传信息参数,应用NTSYS软件构建亲缘关系UPGMA聚类图。结果 7条引物在所有取样群体中,共检测到85个位点,其中多态性位点83个,多态位点百分率(PPB)为97.65%。地黄栽培品种与野生群体及其近缘种的种群间H值为0.265 9,Shannon’s多样性信息指数(I)为0.412 5。地黄栽培品种的多态性位点26个,PPB为30.59%。河南省地黄野生群体多态性位点71个,PPB为83.53%。ISSR聚类分析结果显示地黄栽培品种,野生群体及其近缘种共分成7个组。结论 ISSR分子标记揭示地黄野生群体比栽培品种具有更高的遗传多样性,河南分布的野生地黄群体的遗传多性高于其他地区,与其作为栽培地黄的道地产区,具有一定的相关性。地黄野生群体间亲缘关系与其地理分布格局并无明显相关性。

关键词：地黄栽培野生群体 ISSR 遗传多样性

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草鱼野生群体遗传变异的微卫星分析

遗传 2013年第2期35卷 192-201页

作者：傅建军李家乐沈玉帮王荣泉宣云峰徐晓雁陈勇上海海洋大学农业部淡水水产种质资源重点实验室上海201306 江苏吴江国家级四大家鱼原种场吴江215221

利用12个微卫星标记,对来自长江水系（邗江、吴江、九江、石首、木洞和万州）、珠江水系（肇庆）和黑龙江水系（嫩江）的8个草鱼野生地理群体进行了遗传多样性及遗传结构等分析。遗传多样性分析显示,12个微卫星位点均为高度多态位点（PI... 详细信息

利用12个微卫星标记,对来自长江水系（邗江、吴江、九江、石首、木洞和万州）、珠江水系（肇庆）和黑龙江水系（嫩江）的8个草鱼野生地理群体进行了遗传多样性及遗传结构等分析。遗传多样性分析显示,12个微卫星位点均为高度多态位点（PIC=0.755~0.930）,8个草鱼野生群体显示出较高的遗传多样性水平（Ho=0.839~0.893）,其中长江水系的6个群体和肇庆群体的多样性水平高于嫩江群体。瓶颈效应分析显示,嫩江、肇庆群体及2个长江上游群体（木洞、万州）近期出现了瓶颈效应,群体数量发生下降。群体间遗传分化指数FST及AMOVA分析显示,群体间出现极显著遗传分化（P〈0.01）,整体分化水平较低（FST〈0.05）。遗传距离分析结果显示,长江水系的6个群体与肇庆群体遗传距离较近,与嫩江群体较远;基于此的UPGMA聚类树显示,长江水系下游、中游和上游的群体依次聚类,然后与肇庆群体聚类,最后与嫩江群体聚类,遗传距离与地理距离呈现出较强的正相关性。遗传结构分析显示,所有样本被划分为5个理论群,肇庆和嫩江群体中个体的遗传结构相对独立,而长江上游、中游和下游群体中个体的遗传结构则存在一定程度的混杂。综上所述,中国草鱼野生资源具有较高的遗传多样性,地理群体间存在遗传分化,具有进一步遗传改良的潜力;但部分群体出现的瓶颈效应也需要引起重视。

关键词：草鱼野生群体遗传多样性瓶颈效应遗传结构

基于EST-SSR分子标记的栀子野生群体遗传多样性研究

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中草药 2018年第2期49卷 431-438页

作者：邓绍勇朱培林温强李康琴王贤荣江西省林业科学院江西南昌330032 南京林业大学生物与环境学院江苏南京210037

目的研究栀子Gardenia jasminoides野生群体遗传多样性,为栀子野生植物资源的保护和合理利用提供科学依据。方法利用14对EST-SSR引物对栀子19个野生群体573个个体进行研究,计算遗传参数,分析遗传多样性,进行聚类分析。结果检测到75个等... 详细信息

目的研究栀子Gardenia jasminoides野生群体遗传多样性,为栀子野生植物资源的保护和合理利用提供科学依据。方法利用14对EST-SSR引物对栀子19个野生群体573个个体进行研究,计算遗传参数,分析遗传多样性,进行聚类分析。结果检测到75个等位基因,发现栀子野生群体有较高的遗传多样性水平(He=0.703),栀子野生群体的基因多样度(Nei)平均为0.603,Shannon多样性指数(I)平均为1.10;群体间表现为中等程度的遗传分化(Fst=0.141)和较高水平的基因流(Nm=1.523),AMOVA方差分析结果(0.124)显示群体变异主要以群体内变异为主,Mantle检验分析结果显示地理距离与遗传距离相关程度较低,TPM检验结果显示栀子73.7%的群体在历史近期经历过瓶颈效应。结论栀子野生群体目前保持有较高的遗传多样性水平。

关键词：栀子野生群体 EST-SSR 遗传多样性地理距离

金乌贼微卫星标记开发及两个野生群体遗传多样性比较

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大连海洋大学学报 2019年第4期34卷 482-491页

作者：王鹤李战军王亮王增东贺加贝刘永胜烟台市海洋经济研究院山东烟台264003 山东省水生动物资源养护管理中心山东烟台264003 山东安源水产股份有限公司山东烟台265617

为进一步了解金乌贼Sepia esculenta野生群体遗传多样性水平,采用磁珠富集法从金乌贼基因组中开发了微卫星标记,并应用青岛(QD)金乌贼野生群体对其多态性进行评价,进而比较了青岛和长江口(CJK)两个野生群体的遗传差异。结果表明:开发标... 详细信息

为进一步了解金乌贼Sepia esculenta野生群体遗传多样性水平,采用磁珠富集法从金乌贼基因组中开发了微卫星标记,并应用青岛(QD)金乌贼野生群体对其多态性进行评价,进而比较了青岛和长江口(CJK)两个野生群体的遗传差异。结果表明:开发标记的种群遗传学评价显示,在269个克隆子中,有192个含有微卫星序列(71.38%),基于该序列设计85对引物,其中20对通过筛选,完美型占60%,非完美型占10%,复合型占30%;经群体验证,表观等位基因数(A)为2~17不等,平均为8.15,观测杂合度(HO)分布范围为0.146~0.936,平均为0.630,期望杂合度(HE)分布范围为0.172~0.930,平均为0.702;其中5个位点不符合哈迪-温伯格(Hardy-Weinberg)平衡预期,存在零等位基因可能是其偏离平衡的原因;应用本研究开发的引物对2个近源种扩增,开发的20个标记位点中有6个在针乌贼Sepia andreana中表现为多态,4个位点在曼氏无针乌贼Sepiella maindroni中表现为多态;应用开发的11个位点对青岛和长江口两个野生群体进行遗传差异分析显示,所有位点中,青岛群体共检测到163个等位基因,长江口群体共检测到152个等位基因,每个位点的等位基因数为5~28和6~26不等,平均等位基因数分别为14.818和13.818;青岛群体独有等位基因19个,观测杂合度分布范围为0.250~0.936,平均为0.731,期望杂合度分布范围为0.265~0.930,平均为0.771,多态信息含量为0.223~0.946,平均为0.746;长江口群体独有等位基因8个,观测杂合度分布范围为0.500~0.896,平均为0.731,期望杂合度分布范围为0.623~0.960,平均为0.857,多态信息含量为0.614~0.948,平均为0.845;群体间遗传分化较弱(Fst值为0.032 5),群体分配分析结果表明,两个种群中所有个体正确分配到各自种群的概率分别为86.4%和84.0%。研究表明,本试验中开发的微卫星标记位点多样性水平略低于前人的研究,但有一定的跨种扩增通用性,长江口群体多样性水平略高于青岛群体,尽管两个群体间遗传分化程度不高,但存在明显差异。

关键词：金乌贼微卫星标记野生群体遗传多样性

凡纳滨对虾野生群体F1与近交群体杂交和自交子代的抗逆、生长性状比较

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中国水产科学 2018年第6期25卷 1227-1235页

作者：冀德伟胡利华闫茂仓罗奎陈相峰张敏浙江省海洋水产养殖研究所浙江省近岸水域生物资源开发与保护重点实验室

为了探究野生群体的引入对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)近交群体子代性状的影响,利用源自厄瓜多尔海区的野生群体群选F(EC)与自建的全同胞兄妹近交群体(ZG)双列杂交,构建了EC♂×EC♀(EE)、ZG♂×ZG♀(GG)、EC♂×ZG♀(EG)、ZG♂... 详细信息

为了探究野生群体的引入对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)近交群体子代性状的影响,利用源自厄瓜多尔海区的野生群体群选F(EC)与自建的全同胞兄妹近交群体(ZG)双列杂交,构建了EC♂×EC♀(EE)、ZG♂×ZG♀(GG)、EC♂×ZG♀(EG)、ZG♂×EC♀(GE) 4个子代群体,并对4个群体的仔虾进行了急性低盐度、亚硝酸盐暴露下的存活率和急性微囊藻毒素(MC-LR)暴露下的抗氧化酶活性分析,同时进行了养殖生长性状测试。结果显示:4个群体仔虾急性低盐度暴露下的存活率、急性MC-LR暴露下的抗逆性和生长性状都表现为EE>GE>EG>GG,急性亚硝酸盐暴露下的存活率GE>EE>EG>GG;杂交群体GE在急性低盐度、亚硝酸盐暴露和生长性状的杂种优势率分别为31.83%、77.01%和2.77%;而EG群体的杂种优势率分别为-19.21%、-8.01%和-8.14%,性状弱于双亲中值。4个群体的抗逆、生长性状总体表现为EE>GE>EG>GG。研究发现:凡纳滨对虾杂交群体的性状以母本遗传占主导优势,近交群体的性状衰退可能是导致以其为母本的杂交子代性状退化的主因;凡纳滨对虾选育工作可能需要每年补充外源基础群体,才能保持选育群体的优势性状。

关键词：凡纳滨对虾野生群体近交群体抗逆微囊藻毒素生长性状