检索结果-南通市图书馆

遗传 2020年第7期42卷 691-702,I0003页

作者：刘硕曾志曾凡才杜萌泽电子科技大学生命科学与技术学院成都611731 西南医科大学基础医学院分子生物与生物化学教研室泸州646000

随着测序技术的不断发展,产生了海量的基因组测序数据,极大地丰富了公共遗传数据资源。同时为了应对大量基因组数据的产生,基因组比较和注释算法、工具不断更新,使得联合多种注释工具得到更准确的蛋白编码基因的注释信息成为可能。目前... 详细信息

随着测序技术的不断发展,产生了海量的基因组测序数据,极大地丰富了公共遗传数据资源。同时为了应对大量基因组数据的产生,基因组比较和注释算法、工具不断更新,使得联合多种注释工具得到更准确的蛋白编码基因的注释信息成为可能。目前公共数据库的原核生物基因组测序和装配有些是10多年前的,存在大量预测的功能未知的编码基因。为了提升美国国家生物信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)数据库中基因组的注释质量,本研究联合使用多种原核基因识别算法/软件和基因表达数据重注释1587个细菌和古细菌基因组。首先,利用Z曲线的33个变量从177个基因组原注释中识别获得3092个被过度注释为蛋白编码基因的序列;其次,通过同源比对为939个基因组中的4447个功能未知的蛋白编码基因注释上具体功能;最后,通过联合采用ZCURVE 3.0和Glimmer 3.02以及Prodigal这3种高精度的、广泛使用且基于算法不同而互补的基因识别软件来寻找漏注释基因。最终,从9个基因组中找到了2003个被漏注释的蛋白编码基因,这些基因属于多个蛋白质直系同源簇(clusters of orthologous groups of proteins, COG)。本研究使用新的工具并结合多组学数据重新注释早期测序的细菌和古细菌基因组,不仅为新测序菌株提供注释方法参考,而且这些重注释后得到的细菌基因序列也会对后续基础研究有所帮助。

关键词：细菌重注释 Z曲线假定ORFs 非蛋白编码ORFs

来源：

维普期刊数据库

同方期刊数据库评论

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

Shewanella oneidensis MR-1基因组蛋白质编码基因重注释预测及功能分析

引用

德州学院学报 2016年第4期32卷 1-10页

作者：刘青斌任景于家峰德州学院山东省生物物理重点实验室济南250014 德州学院物理与电子信息学院山东德州253023 山东师范大学生命科学学院济南250014

公共数据库中蛋白编码基因错误注释问题影响了数据库的使用质量.通过综合运用多种计算方法对在生物能源及环境治理中具有重要应用的Shewanella oneidensis MR-1菌基因组蛋白编码基因进行了重注释,结果得到2个过注释基因,并发现了289个... 详细信息

公共数据库中蛋白编码基因错误注释问题影响了数据库的使用质量.通过综合运用多种计算方法对在生物能源及环境治理中具有重要应用的Shewanella oneidensis MR-1菌基因组蛋白编码基因进行了重注释,结果得到2个过注释基因,并发现了289个新基因.基于功能已知的蛋白质编码基因表明所采用的过注释算法得到的Ac、MCC、AUC分别为99.90%、0.9982和0.9999.基于BLAST和COG对预测得到的289个欠注释基因进行功能预测表明有152个欠注释蛋白质编码基因得到明确的生物学功能,为今后的深入研究提供了数据支持.

关键词：生物能源 Shewanella oneidensis MR-1 重注释

来源：

维普期刊数据库

同方期刊数据库评论

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

玉米AGPase小亚基基因的扩张分析

引用

玉米科学 2023年第5期31卷 25-33页

作者：鲁佳林陈娇李瑞雪王谢琴张红于小蓉刘汉梅四川农业大学生命科学学院四川雅安625000

采用生物信息学方法分析AGPase家族基因的系统发育关系和基因结构特征,基于玉米B73参考基因组(AGPv4)新鉴定玉米AGPase小亚基编码基因,同时根据序列比对结果重新注释基因组中发生扩张的AGPS片段基因。结果表明,新鉴定并重新注释的ZmAGPS... 详细信息

采用生物信息学方法分析AGPase家族基因的系统发育关系和基因结构特征,基于玉米B73参考基因组(AGPv4)新鉴定玉米AGPase小亚基编码基因,同时根据序列比对结果重新注释基因组中发生扩张的AGPS片段基因。结果表明,新鉴定并重新注释的ZmAGPS2-3、ZmAGPS2-4、ZmAGPS2-5基因包含1个序列高度相似的外显子,由祖先基因ZmAGPS2-2的多个外显子(无内含子)序列拼接形成。其编码蛋白的保守结构域存在不同程度的缺失,且这3个基因在染色体上的位置无共线性关系,也不相邻。因此推测,ZmAGPS2-3、ZmAGPS2-4和ZmAGPS2-5基因起源方式为反转录转座复制,在演化过程中丢失了部分序列后成为功能缺失的假基因。

关键词：玉米 AGPase小亚基重注释反转录转座复制

来源：

维普期刊数据库

同方期刊数据库评论

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中药植物基因组综合数据库的构建及中药基因组的注释

中药植物基因组综合数据库的构建及中药基因组的注释

引用

作者：梁定发贵州医科大学

学位级别：硕士

目的:应用现代生物信息知识和计算机技术,通过构建以中草药基因组为核心的数据库并将其嵌入辅助分析工具,为中草药研究人员提供基因组相关的数据资源和平台,以促进中药现代化的研究。方法:1.基于NCBI数据库的植物全基因组信息,通过数据... 详细信息

目的:应用现代生物信息知识和计算机技术,通过构建以中草药基因组为核心的数据库并将其嵌入辅助分析工具,为中草药研究人员提供基因组相关的数据资源和平台,以促进中药现代化的研究。方法:1.基于NCBI数据库的植物全基因组信息,通过数据处理,提取以下四类分子信息:中药的基因序列、RNA序列、蛋白序列、CDS序列;2.用egg NOG-mapper对所有蛋白序列进行KEGG注释,获得每个蛋白的通路或酶信息等,使本研究所构建的中药基因组数据库实现中药物种内、物种间的分子关联;3.根据现有中药相关数据库,找到中药的活性成分,并通过成分的化学式在KEGG数据库中找寻参与该成分反应的酶分子,从而探寻中药蛋白与中药活性成分的联系;4.利用中药基因组信息和注释信息构建序列相似性分析和基因组浏览工具。利用以上信息构建以中药基因组为核心的在线数据库。结果:通过上述数据库构建方法,对中草药植物基因组数据进行整合分析挖掘,建构数据库IGTCM(IGTCM:An Integrative Genome Database of Traditional Chinese Medicine Plant)。IGTCM数据库包含83种已注释的中草药全基因组,其中27种来自NCBI的Gen Bank数据库,56种来自Ref Seq数据库。中草药基因组数据包括基因序列3,610,350条、蛋白序列和CDS序列各3,534,314条和4,032,242条RNA序列。利用高通量注释工具egg NOG-mapper对所有蛋白进行KEGG注释,分别获得了1677个酶(enzyme)、16519个基因本体(GO)、58个功能层次分类(BRITE)、357个基因集与反应集功能单元(KEGG Module)、5763个同源功能(KEGG Orthology)、830个通路(KEGG Pathway)、2518个生化反应(KEGG Reaction)和909个反应类(KEGG rlass);通过整理可信度高的中草药相关数据库,如HERB、Sym Map v2数据库,得到非冗余中药活性成分1033条,利用其成分的化学式在KEGG化合物数据库中找到相关参与酶共1601个,其中有384个酶存在于IGTCM数据库中,使得中药活性成分与中药基因组存在相关性,弥补了国内外中医药基因组数据库存在的不足。结论:IGTCM数据库提供了一个完整、系统的中药植物基因组综合数据库,让用户可通过关联查询分子信息,探索基因与中草药成分的潜在作用机制,以便药物开发人员识别新的候选化合物。IGTCM数据库通过人工筛选NCBI数据库中的植物基因组,得到用于序列相似性分析的高价值基因组序列,弥补了当前已发表的基因组数据库中TCM-Blast、GPGD等数据库中数据不全面、不丰富的缺陷。此外,中药基因组与中药活性成分的关联为中草药品种的育种、培育和分子鉴定提供了坚实理论依据和高效的技术平台,为中草药有效成分的发现提供了便利。最后,中药基因组数据库实现了最小的互通性,每个基因和成分都使用egg NOG-mapper工具和KEGG数据库进行注释,以获得基因的通路信息和酶分类等,并通过这些特征实现物种内、物种间的联系,从而形成一条对中药基因组解析的完整闭合途径。因而,通过搜索IGTCM可以获得更多有趣的基因细节。

关键词：中草药基因组重注释数据库

来源：

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

欢迎您,

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：

通借通还

欢迎您,

建议与咨询 留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

请选择保存的检索档案： 新增检索档案 确定 取消

请选择收藏分类： 新增自定义分类 确定 取消

通借通还

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：