检索结果-南通市图书馆

中风与神经疾病杂志 2014年第2期31卷 181-182页

作者：宿俊杰靳玫刘晓利唐超智贾盼盼王文晟河南师范大学生命科学学院河南新乡453007 新乡医学院第三附属医院神经内科河南新乡453003

核苷酸重复序列普遍存在于真核生物基因组。在染色体上经常出现一些重复序列，如（CCG）n、（CCTG）n等。相比一般DNA序列，这些重复序列更不稳定。其拷贝数易增加或减少，导致重复序列扩展或缩减[1,2]。

关键词：重复序列神经退行性疾病突变 DNA序列真核生物基因组核苷酸染色体

絮凝基因内衔接重复序列与酵母菌絮凝特性多样性及遗传稳定性

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生物工程学报 2013年第7期29卷 871-879页

作者：岳峰郭雪娜何秀萍张博润中国科学院微生物研究所酵母菌分子遗传与育种实验室北京100101 中国科学院大学北京100049

存在于酵母菌细胞表面的絮凝蛋白与邻近细胞表面寡聚甘露糖链相互作用,从而使细胞相互聚集形成细胞团的生理过程称为酵母菌絮凝。编码絮凝蛋白的基因中存在大量衔接重复序列,这些重复序列的变化不但使酵母菌呈现出絮凝特性的多样性,而... 详细信息

存在于酵母菌细胞表面的絮凝蛋白与邻近细胞表面寡聚甘露糖链相互作用,从而使细胞相互聚集形成细胞团的生理过程称为酵母菌絮凝。编码絮凝蛋白的基因中存在大量衔接重复序列,这些重复序列的变化不但使酵母菌呈现出絮凝特性的多样性,而且由重复序列驱动的基因内或基因间重组使酵母菌的絮凝特性具有非常明显的遗传不稳定性。文中综述了基因内重复序列对酵母菌絮凝特性和遗传稳定性的影响,将为基于序列调控策略改进酵母菌絮凝特性及遗传稳定性奠定理论基础,为絮凝特性在发酵工业或环境修复过程中的可控应用提供新的解决策略。

关键词：酵母菌絮凝基因重复序列絮凝多样性遗传稳定性

志贺菌成簇的规律间隔短回文重复序列的检测及同源性分析

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吉林大学学报（医学版） 2015年第2期41卷 261-268,I0003页

作者：王鹏飞王颖芳段广才王琳琳郭向娇薛泽润郗园林杨海燕郑州大学公共卫生学院流行病学教研室河南郑州450001 河南科技大学医学院公共卫生教研室河南洛阳471003 新乡医学院分子诊断与医学检验技术河南省协同创新中心河南新乡453003

目的:检测志贺菌成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR),并与GenBank全基因组中志贺菌重复序列和间隔序列对比,分析其结构特征及同源性。方法:利用PCR法扩增获得志贺菌CRISPR,采用生物信息学方法对重复序列及间隔序列进行同源性分析;运... 详细信息

目的:检测志贺菌成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR),并与GenBank全基因组中志贺菌重复序列和间隔序列对比,分析其结构特征及同源性。方法:利用PCR法扩增获得志贺菌CRISPR,采用生物信息学方法对重复序列及间隔序列进行同源性分析;运用多序列比对分析间隔序列特点及其与侧翼序列间的联系;BLAST分析间隔序列与质粒和噬菌体的同源性;weblogo分析重复序列碱基频率及RNAfold预测其RNA二级结构;重复序列的同源聚类分析并用BLAST分析重复序列与其他细菌的同源性。结果:被测3株临床志贺菌及9株全基因组志贺菌中均含有不同数量CRISPR;同一个CRISPR中,间隔序列有的相似、有的完全不同,某些CRISPR间隔序列的部分序列与CRISPR侧翼序列存在同源性,某些间隔序列可能是信息基因和操纵基因的拼接重组;重复序列保守性不一致,可能与细菌进化存在一定的联系,重复序列碱基的差异影响茎的长度,从而影响二级结构的稳定性及CRISPR的功能。重复序列与个别远缘菌种具有较高的同源性。结论:志贺菌存在多样的CRISPR结构,不同CRISPR的重复序列保守性不同。某些间隔序列部分与CRISPR侧翼序列同源,某些间隔序列是多基因拼接而成。

关键词：志贺菌成簇的规律间隔短回文重复序列重复序列间隔序列同源性

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植物基因组重复序列研究进展

扬州大学学报（农业与生命科学版） 2019年第5期40卷 9-19页

作者：李晓宇徐文魁 Pat Heslop HARRISON 刘青中国科学院植物资源保护与可持续利用重点实验室/中国科学院华南植物园广州510650 中国科学院大学北京100049 华南农业大学生命科学学院广州510642 莱斯特大学遗传学和基因组生物学系英国莱斯特LE17RH

重复序列是指基因组中频繁出现的相同或对称的DNA片段,在植物基因组中占有很大比重。重复序列分为2种类型:一种是串联重复序列,主要分布在染色体着丝粒周缘区域、臂间区域和近端粒区域,某些短的串联重复序列均匀分布在基因组中;另一种... 详细信息

重复序列是指基因组中频繁出现的相同或对称的DNA片段,在植物基因组中占有很大比重。重复序列分为2种类型:一种是串联重复序列,主要分布在染色体着丝粒周缘区域、臂间区域和近端粒区域,某些短的串联重复序列均匀分布在基因组中;另一种是散在重复序列,主要是反转录转座子和DNA转座子,通常散布在染色体或多倍体物种某些(个)亚基因组染色体上。目前重复序列的发现和识别技术已成为基因组学的研究热点,归纳这方面的研究进展,概括相关工具的分析特点,总结重复序列功能研究及其在遗传分析中的应用案例,可为发掘重复序列存在的生物学意义及其在物种亲缘关系分析和种质资源鉴定中的应用奠定基础。

关键词：植物核基因组重复序列研究进展

黄芩叶绿体基因组重复序列及密码子偏好性分析

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分子植物育种 2018年第8期16卷 2445-2452页

作者：王文斌于欢邱相坡山西农业大学生命科学学院太谷030801

本研究应用REPuter、MISA和Codon W软件对黄芩叶绿体全基因组进行重复序列及密码子偏好性分析,统计了重复序列的数量及分布情况并计算了RSCU、氨基酸使用频率、ENC、GC3s以及GC总含量等一系列数值,确定了最优密码子。结果显示,黄芩叶绿... 详细信息

本研究应用REPuter、MISA和Codon W软件对黄芩叶绿体全基因组进行重复序列及密码子偏好性分析,统计了重复序列的数量及分布情况并计算了RSCU、氨基酸使用频率、ENC、GC3s以及GC总含量等一系列数值,确定了最优密码子。结果显示,黄芩叶绿体基因组重复序列多以正向重复(F)和回文重复(P)为主,且大多分布于LSC区;还检测到43个SSR大多分布于基因间隔区(IGS),单碱基重复序列最多占65.12%;由RSCU值及GC含量分析确定以UCU、UCA、AGU等31个密码子为最优密码子,几乎均以A/T结尾,使用频率最高的氨基酸是亮氨酸,最低的是半胱氨酸,ENC值为50.52,表明密码子偏好性较弱。研究结果为黄芩的分子标记的筛选提供了基础信息,并在其分子改造和遗传转化方面具有重要指导意义。

关键词：黄芩叶绿体基因组重复序列 SSR 密码子偏好性

副溶血性弧菌群中规律成簇间隔短回文重复序列的比较分析

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基因组学与应用生物学 2015年第8期34卷 1712-1722页

作者：葛彩云陆海霞曲道峰朱军莉袁冬霞冯立芳浙江工商大学食品与生物工程学院杭州310018 中国科学院水生生物研究所武汉430072

规律成簇间隔短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)是大多数细菌和古细菌在生存压力下进化出的一套抵抗噬菌体干扰的防御系统。本研究主要采用生物信息学的方法,对24株分离自人体且已完... 详细信息

规律成簇间隔短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)是大多数细菌和古细菌在生存压力下进化出的一套抵抗噬菌体干扰的防御系统。本研究主要采用生物信息学的方法,对24株分离自人体且已完成全基因组测序的副溶血性弧菌内CRISPR结构进行了分析,结果发现:只有16株细菌包含1个及以上的CRISPR结构,共计29个CRISPR;仅11个具有真座位特征的CRISPR结构含有前导序列;CRISPR结构中的重复序列所形成的RNA二级结构具有一大一小共两环或一大二小共三环的特征;目前未找到与区间序列高度同源的外源遗传物质;仅含前导序列的CRISPR结构侧翼区才存在cas基因。副溶血性弧菌的CRISPR结构可能以水平基因转移的方式整合到细菌的染色体中,CRISPR结构不适合作为细菌分类的一项指标。

关键词：规律成簇间隔短回文重复序列副溶血性弧菌前导序列重复序列区间序列

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川桑着丝粒与端粒重复序列及染色体定位

川桑着丝粒与端粒重复序列及染色体定位

作者：王圣西南大学

学位级别：硕士

重复序列是构成高等植物基因组的重要组成部分,不仅在维持染色体的空间结构、基因的表达调控、遗传重组等方面都具有重要作用,而且串联重复的DNA簇往往具有种属甚至染色体的特异性。因此,克隆和分析重复序列是研究高等植物基因组的有效... 详细信息

重复序列是构成高等植物基因组的重要组成部分,不仅在维持染色体的空间结构、基因的表达调控、遗传重组等方面都具有重要作用,而且串联重复的DNA簇往往具有种属甚至染色体的特异性。因此,克隆和分析重复序列是研究高等植物基因组的有效手段。川桑(Morus notabilis)基因组大小约为330Mb,含有128Mb的重复序列。本文首次对川桑着丝粒串联重复序列(Centromeric tandem repeat sequence,CTR)和端粒相关序列(Telomere associated sequence,TAS)进行了研究,并采用荧光原位杂交技术(Fluorescence in situ hybridization,FISH)将它们应用于川桑的核型分析中,获得的主要研究结果如下:1.采用生物信息学方法,对川桑基因组重复序列进行了由高到低的复杂度排序,筛选出拷贝数最多、排布区域最大的4条DNA序列的重复单元作为川桑候选着丝粒串联重复序列,分别命名为CCTR964、CCTR723、CCTR327、CCTR251。这4条序列与其他物种的着丝粒串联重复序列的相似性较低,介于1%至28%之间,具有较高的物种特异性。随后将其制备为探针,分别与川桑中期染色体进行荧光原位杂交,研究发现:(1)CCTR964在川桑1号、2号、4号、6号染色体的着丝粒及3号染色体的近着丝粒短臂上有杂交信号;(2)CCTR723定位于川桑2号染色体近着丝粒短臂和5号染色体的着丝粒上;(3)CCTR327在川桑3号、4号、5号染色体的着丝粒处有所分布,其中在3号、4号染色体的着丝粒处信号较弱,在5号染色体的着丝粒处信号强烈,此外,还在1号、2号染色体两臂的近着丝粒处成散在分布;(4)CCTR251在除6号染色体以外的其他染色体的着丝粒处都有分布,其中,在2号、3号染色体的着丝粒处的分布最为明显。因此,初步断定这4条序列均为川桑着丝粒串联重复序列。2.分别以拟南芥端粒简单重复序列(Telomere repeat sequence,TR)(TTTAGGG)4、(CCCTAAA)3为单引物,在川桑基因组中进行扩增,在前者扩增产物中获得1条长度为540bp的DNA序列,在后者扩增产物中获得1条403bp的DNA序列和1条420bp的DNA序列。将其依次命名为TAS1、TAS2、TAS3。经序列分析发现,这3条序列均富含AT,符合卫星序列的特点。此外,这些序列中除含有不同数目的拟南芥型端粒简单重复序列单元的突变体外,还存在着其他类型的重复单元,如家蚕TR单元CCTAA、番茄TR单元TTTGGG。同源性分析发现,TAS1、TAS2、TAS3与其他物种的端粒相关序列相似性均很低,同样呈现较高的物种特异性。荧光原位杂交研究结果显示:(1)T AS1在川桑2号染色体短臂末端,4号、5号染色体两端,6号染色体一端有明显分布,在其他染色体上几乎没有信号;(2)TAS2在川桑1号、6号染色体两端,2号染色体短臂、3号长臂、4号和5号染色体的一端有所分布,只在7号染色体上没有检测到信号;(3)在较高洗脱严谨度的条件下,TAS3在川桑7对同源染色体上均有所分布,但未涵盖所有染色体的末端,并且信号的强度均较弱。当提高洗脱强度时,无法检测到TAS3序列的定位信号,因此,推测TAS3在川桑染色体上具有较低的拷贝数。3.结合CCTR964、CCTR723、CCTR251及TAS1、TAS2探针在各条染色体上的杂交信号,建立了川桑标准染色体的核型模式图,给川桑的核型分析提供了新的依据,为川桑染色体的精确识别提供了借鉴和参考。

关键词：川桑重复序列着丝粒端粒

茸毛偃麦草1St染色体上重复序列分析与特异分子标记开发

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茸毛偃麦草1St染色体上重复序列分析与特异分子标记开发

作者：戴刚电子科技大学

学位级别：硕士

中间偃麦草(Thinopyrum intermedium,2n=6x=42,JJJsJsStSt)是小麦十分重要的野生近缘物种,属于小麦的三级基因库,具有非常多的优良基因,其适应环境以及繁殖能力都很强,是小麦品质改良过程十分重要的供体。茸毛偃麦草(Thinopyrum interme... 详细信息

中间偃麦草(Thinopyrum intermedium,2n=6x=42,JJJsJsStSt)是小麦十分重要的野生近缘物种,属于小麦的三级基因库,具有非常多的优良基因,其适应环境以及繁殖能力都很强,是小麦品质改良过程十分重要的供体。茸毛偃麦草(Thinopyrum intermedium ssp.Trichophorum)是中间偃麦草的一个新亚种。与中间偃麦草相比,它的不同之处在于不仅其穗部和叶片上都覆盖有茸毛,而且染色体上的异染色质条带也有着十分明显的差异。但是和中间偃麦草一样,茸毛偃麦草也免疫小麦三锈,另外它还对赤霉病表现为高抗。本研究通过分析茸毛偃麦草1St染色体上的串联重复序列,获知了该条染色体上串联重复序列的基本组成以及分布特征,并通过SLAF-seq技术开发得到了一些茸毛偃麦草1St染色体特异分子标记。本研究的具体内容和研究结果如下:1利用开放软件和自编程序对茸毛偃麦草1St染色体上的微卫星和小卫星序列进行了查找、统计和分析,发现该染色体基因组中包含1,390个微卫星和435个小卫星。2在微卫星中,发现重复数目最多的重复类型是二碱基重复,其次是三碱基重复,然后是单碱基重复,再往后依次是四碱基重复、五碱基重复和六碱基重复。在单碱基重复类型中,重复拷贝类型为A的重复数目最多;二碱基重复类型中,AT的重复数目最多,其次是AC和AG;三碱基重复类型中,以AAT为重复拷贝类型的重复数目最多。在重复序列的数目频率分布上,二碱基重复类型的重复序列数目近似为正态分布。3在小卫星中,主要的重复类型是三碱基重复和四碱基重复,占九成的比例。重复数目最多的重复类型是十四碱基重复,小卫星都是富含A/T的重复序列。小卫星的重复单位长度分布界限为7-36,集中分布在7-25之间。随着重复单位长度的增加,由对应的重复序列数目大致上呈递减的趋势。4基于SLAF-seq技术,获得了359个茸毛偃麦草1St染色体特异SLAF片段,随机选择114个特异片段,通过引物设计,聚合酶链式反应扩增以及非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,开发得到37个茸毛偃麦草1St染色体特异分子标记,效率达32.46%,这些分子标记可用于特异性检测不同小麦-茸毛偃麦草衍生材料中的1St染色体或片段。

关键词：茸毛偃麦草 1St染色体重复序列小卫星分子标记

VacA^+和CagA^+的幽门螺杆菌重复序列基因分型研究

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广东医学 2013年第7期34卷 999-1001页

作者：李晓华黄赞松黄衍强周喜汉韦鹏涯岑朝黄小凤右江民族医学院医学微生物学与免疫学教研室广西百色533000 右江民族医学院附属医院消化内科广西百色533000

目的探索VacA+和CagA+与幽门螺杆菌(Hp)重复序列基因分型的关系。方法采用PCR方法确定VacA+或CagA+Hp菌株,重复序列基因分型方法分别对26株VacA+和CagA+的菌株进行基因分型,并运用NTsys_2软件,根据相似性78%进行聚类分型。结果 VacA+和C... 详细信息

目的探索VacA+和CagA+与幽门螺杆菌(Hp)重复序列基因分型的关系。方法采用PCR方法确定VacA+或CagA+Hp菌株,重复序列基因分型方法分别对26株VacA+和CagA+的菌株进行基因分型,并运用NTsys_2软件,根据相似性78%进行聚类分型。结果 VacA+和CagA+的26株Hp均被分为6个基因型,分别是GroupⅠ、GroupⅡ、GroupⅢ、GroupⅣ、GroupⅤ和GroupⅥ,且每类聚集的菌株数相同,分别是3、3、8、4、6、2株。结论 VacA+和CagA+的Hp可以分成6大类基因型,VacA+和CagA+与Hp重复序列基因分型无密切关系。

关键词：幽门螺杆菌重复序列基因分型 VacA+ CagA+

富含亮氨酸重复序列免疫球蛋白样蛋白1在食管癌中的研究

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中华消化杂志 2013年第2期33卷 123-124页

作者：姜孝芳李卉王洪江李秀梅陈艳庞作良谌宏鸣李惠武新疆医科大学基础医学院科研中心乌鲁木齐830011 形态中心生物化学教研室组织胚胎学教研室新疆医科大学附属肿瘤医院胸外科

食管癌的发病具民族及地区特异性。我国的哈萨克族是食管癌高发民族，深入研究哈萨克族食管癌发病机制具重要意义。富含亮氨酸重复序列免疫球蛋白样蛋白（leucine-rich repeats and immunoglobulin like domainprotein, Lrig） 1是调控... 详细信息

食管癌的发病具民族及地区特异性。我国的哈萨克族是食管癌高发民族，深入研究哈萨克族食管癌发病机制具重要意义。富含亮氨酸重复序列免疫球蛋白样蛋白（leucine-rich repeats and immunoglobulin like domainprotein, Lrig） 1是调控表皮生长因子受体（epidermal growth factor tyrosine kinase receptor,EGFR）信号通路的上游因子，在大多数肿瘤中表达缺失。

关键词：食管癌组织免疫球蛋白重复序列亮氨酸表皮生长因子受体 receptor 促红细胞生成素哈萨克族