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酵母基因中转录正调控内含子序列特征的统计分析

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生物化学与生物物理进展 2003年第2期30卷 231-238页

作者：张静石秀凡云南大学应用统计中心昆明650091 中国科学院昆明动物研究所

大量实验研究显示 ,真核基因的许多内含子具有调控转录的功能 ,但是对此问题尚缺乏全面的研究 .观察一些酵母基因的转录频率与基因的内含子序列后 ,发现一个值得注意的现象 :转录频率高的基因内含子序列一般都比较长 ,而转录频率低的基... 详细信息

大量实验研究显示 ,真核基因的许多内含子具有调控转录的功能 ,但是对此问题尚缺乏全面的研究 .观察一些酵母基因的转录频率与基因的内含子序列后 ,发现一个值得注意的现象 :转录频率高的基因内含子序列一般都比较长 ,而转录频率低的基因内含子一般都比较短 .这提示高效转录基因的较长内含子中可能含有某些增强基因转录的特征性结构 .于是选取两组酵母基因的内含子进行详细研究 ,第一组的基因具有较高的转录频率 (>30 ) ,第二组的基因转录频率较低 (≤ 10 ) .对寡核苷酸 (主要是四核苷酸、五核苷酸 )的出现频率进行统计比较分析 ,探测到一批寡核苷酸 ,它们在第一组内含子中出现的频率显著高于在第二组内含子中出现的频率 ,同时也显著高于与第一组内含子相邻的外显子中的出现频率 .其中一些寡核苷酸与实验研究得到的转录调控元件相同 .从这批寡核苷酸在内含子和外显子序列中的分布看。

关键词：酵母基因转录正调控内含子序列特征基因转录频率寡核苷酸出现频率

酵母基因上游区与内含子可能的短程和长程转录协同增效作用

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生物物理学报 2005年第4期21卷 277-283页

作者：张昆林张静罗静初北京大学生物信息中心云南大学统计系云南大学应用统计中心昆明650091

根据实验观察到的DNA成环和弯折机制,以140bp为分界点,探讨高频转录基因上游区与内含子之间可能存在的短程和长程转录协同增效作用(synergy)。用与随机序列做对比的方法,抽提出最近距离在140bp以下的寡核苷酸对,以及最近距离在140bp以... 详细信息

根据实验观察到的DNA成环和弯折机制,以140bp为分界点,探讨高频转录基因上游区与内含子之间可能存在的短程和长程转录协同增效作用(synergy)。用与随机序列做对比的方法,抽提出最近距离在140bp以下的寡核苷酸对,以及最近距离在140bp以上的寡核苷酸对。仔细分析两种距离下的可能的协同寡核苷酸对的位置特征和碱基组分,发现短程协同作用的寡核苷酸对的平均最近距离都在110bp以下,位于上游区的CCAA是一个很明显的特征;而长程协同作用的寡核苷酸对的平均最近距离集中在250￣400bp,并且在多数寡核苷酸对中,位于上游区的寡核苷酸是GC丰富的正调控元件。

关键词：转录调控协同增效作用寡核苷酸对内含子酵母基因

酵母基因启动子序列结构与转录频率的关联性分析

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云南大学学报（自然科学版） 2010年第5期32卷 594-600,607页

作者：胡俊潘志锋张静云南大学生命科学院生物资源保护与利用重点实验室云南昆明650091 云南大学统计系云南昆明650091

分别基于Markov链模型、频率分析和加权Markov链模型分析k-mer(主要考虑k=6的情形)在DNA序列中的使用情况,并以此定义模糊相对熵度量2个DNA序列结构的差异程度.将转录频率较低的启动子序列作为对照,分析其它转录频率不同的酵母基因启动... 详细信息

分别基于Markov链模型、频率分析和加权Markov链模型分析k-mer(主要考虑k=6的情形)在DNA序列中的使用情况,并以此定义模糊相对熵度量2个DNA序列结构的差异程度.将转录频率较低的启动子序列作为对照,分析其它转录频率不同的酵母基因启动子序列与对照序列中k-mer隶属度的模糊相对熵的变化,发现基因转录频率与模糊相对熵存在线性正相关关系.一般地,转录频率相差越大的基因,其启动子序列结构的差异越明显.这提示酵母基因启动子序列结构与基因转录频率有一定关联性.与Markov链模型和频率分析法比较,加权Markov链模型的模糊相对熵能更有效地度量基因启动子序列结构的差异.

关键词：酵母基因启动子转录频率加权Markov链模型模糊相对熵

基于对数线性模型的酵母基因转录调控模体分析

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生物信息学 2011年第2期9卷 120-124,130页

作者：周荣阁张静云南大学数学与统计学院统计系昆明650091

识别真核基因的转录因子结合位点(或称模体)是后基因组时代的一项主要工作,对共表达或共调控的基因同时进行分析可以提高模体识别的准确性。本文基于2×2列联表的对数线性模型,以模体出现的基因条数计数,对酵母核糖体蛋白(RP)基因普遍... 详细信息

识别真核基因的转录因子结合位点(或称模体)是后基因组时代的一项主要工作,对共表达或共调控的基因同时进行分析可以提高模体识别的准确性。本文基于2×2列联表的对数线性模型,以模体出现的基因条数计数,对酵母核糖体蛋白(RP)基因普遍使用的转录调控模体进行分析,然后用U-检验进一步筛选出相对于背景序列来说过表达的模体。这些模体为酵母RP基因潜在的转录调控元件,与实验获得的转录因子结合位点的符合率达90%。本方法的优点在于用严格的统计标准在一组基因启动子中搜索普遍使用的模体,克服了以往分析中对模体使用普遍性的模糊判断。本文的方法也可以有效地搜索共表达基因族的组合调控模体对。研究中还发现一个现象:2×2列联表中反映属性相关程度的Pearson相关系数与对数线性模型的交互效应之间存在着明显的相关性。这一结果提示,可以用对数线性模型的交互效应来评价两属性的关联情况。

关键词：酵母基因启动子转录调控模体对数线性模型

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两种乙肝酵母基因疫苗免疫原性对比观察

中国公共卫生 1990年第1期 1-2页

作者：石桂荣张群弟井立臣张宛的李淑秋周宝森肖玉平胡宗汉宋珍珠中国医科大学卫生部药品生物制品检定所

目前使用的乙肝血源疫苗,来源有限,成本高,所以,寻求来源充足、免疫效果好的基因疫苗是我国迫切需要解决的问题。1986年12月,我们对Amgen公司和Smith公司生产的酵母基因疫苗的免疫原性进行了对比观察,为我国选购和引进有关技术研制基因... 详细信息

目前使用的乙肝血源疫苗,来源有限,成本高,所以,寻求来源充足、免疫效果好的基因疫苗是我国迫切需要解决的问题。1986年12月,我们对Amgen公司和Smith公司生产的酵母基因疫苗的免疫原性进行了对比观察,为我国选购和引进有关技术研制基因疫苗提供资料。

关键词：免疫原性基因疫苗乙肝乙型肝炎酵母基因对比观察

不同转录频率的酵母基因启动子序列结构差异性分析

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同方期刊数据库

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生物信息学 2010年第4期8卷 325-329页

作者：潘志锋张静云南大学数学与统计学院昆明650091

不同基因的转录效率一般会有差异,启动子序列的组织结构可能是造成差异的原因之一。本文分别基于出现频率、Markov模型以及加权Markov模型计算出所有6碱基片段(6-mer)在不同转录频率的酵母基因启动子序列中的分布,然后利用最大最小贴近... 详细信息

不同基因的转录效率一般会有差异,启动子序列的组织结构可能是造成差异的原因之一。本文分别基于出现频率、Markov模型以及加权Markov模型计算出所有6碱基片段(6-mer)在不同转录频率的酵母基因启动子序列中的分布,然后利用最大最小贴近度方法分析这些基因启动子序列结构的差异情况。结果表明,酵母基因的转录频率与启动子序列结构的确有关联,转录频率相差较大的基因,它们的启动子序列结构差异一般也较大。统计分析还表明,高阶(3阶和4阶)加权Markov模型可以更有效地反映基因启动子序列的结构特征。

关键词：酵母基因转录频率启动子 Markov模型

乙肝酵母基因和血源疫苗成人的二年免疫效果比较观察

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中国公共卫生 1990年第3期6卷 97-99页

作者：石桂荣李淑秋井立臣张群弟张宛的周宝森时景璞李晶肖玉平胡宗汉宋珍珠巩志立赵铠中国医科大学卫生部药品生物制品检定所卫生部北京生物制品研究所

我们于1985年10月对HBV血清感染指标阴性的大学生进行了北京生物制品研究所乙肝血源(A)、美国酵母基因(B)、美国血源(C)3种疫苗免疫效果比较观察。3组疫苗接种者1年时均无感染,对照组感染率为4.5％,保护率均为100％。A、B、C3组疫苗1年... 详细信息

我们于1985年10月对HBV血清感染指标阴性的大学生进行了北京生物制品研究所乙肝血源(A)、美国酵母基因(B)、美国血源(C)3种疫苗免疫效果比较观察。3组疫苗接种者1年时均无感染,对照组感染率为4.5％,保护率均为100％。A、B、C3组疫苗1年的抗-HBs阳转率分别为93.7％、96.9％和96.9％;2年为83.3％、84.7％和89.2％,各组间均无显著差异。GMT:1年为266.9、181.3和393.0;2年为145.1、82.0和311.1,各组间均有著显差异。

关键词：乙肝疫苗酵母基因血源免疫

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酵母基因可延长水果的货架期

中国食品学报 2010年第4期10卷 285-285页

作者：张欣然

普渡大学的研究人员发现．向番茄果实喷水可使货架期延长1周。园艺学教授Avtar Handa发现，向番茄中添加酵母基因能够延缓微生物引起的腐败。该研究发表在网络版的《植物杂志》上。该研究结果有望应用于更多的水果。

关键词：酵母基因货架期水果番茄果实研究人员园艺学微生物网络版

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欧洲生物工程公司支持酵母基因组序列测定

中国生物工程杂志 1991年第2期 53-54页

作者：禾子

科学研究中把酵母视为理想的模式系统,工业生产中也把酵母视为理想的生产菌株。酵母基因组有14500kb长度,这许多基因组都包裹得很是严实,几乎所有的遗传信息都能编码蛋白,但迄今人们对它们的研究是十分不够的。其基因组只有10％的比率... 详细信息

科学研究中把酵母视为理想的模式系统,工业生产中也把酵母视为理想的生产菌株。酵母基因组有14500kb长度,这许多基因组都包裹得很是严实,几乎所有的遗传信息都能编码蛋白,但迄今人们对它们的研究是十分不够的。其基因组只有10％的比率经过序列测定,基因组及其产物我们所知道的也不多,大约只占其中的20％。既然人们将它们视作最有价值的微

关键词：酵母序列测定遗传定位基因组染色体组酵母细胞酵母基因欧洲