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芝田硫化叶菌Ssh7蛋白的进化保守性及DNA结合特性

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中国科学（C辑） 2002年第4期32卷 321-328页

作者：陈绪林郭荣黄力 R.Hong 中国科学院微生物研究所微生物资源前期开发国家重点实验室北京100080 DepartmentBiology Pomona CollegeClaremont

嗜酸热古菌——芝田硫化叶菌（Sulfolobus　shibatae）合成大量7kD DNA结合蛋白***杂交结果显示,该菌基因组中含有两个编码Ssh7蛋白的基因,分别命名为ssh7a和ssh7b.对这两个基因进行了克隆、序列测定和在大肠杆菌中的表达.测序结果表明... 详细信息

嗜酸热古菌——芝田硫化叶菌（Sulfolobus　shibatae）合成大量7kD DNA结合蛋白***杂交结果显示,该菌基因组中含有两个编码Ssh7蛋白的基因,分别命名为ssh7a和ssh7b.对这两个基因进行了克隆、序列测定和在大肠杆菌中的表达.测序结果表明,两个Ssh7多肽仅在3个氨基酸位置上有差异;此外,ssh7a和ssh7b的顺式调控序列也十分相似,提示存在着维持两个基因的序列和表达都不变的选择压力.杂交结果还显示,与芝田硫化叶菌一样,硫磺矿硫化叶菌（Sulfolobus solfataricus）基因组中也含有两个编码7 kD蛋白的基因.结合其他报道,这一结果提示编码7kD蛋白的基因可能在硫化叶菌种间分歧形成之前发生了基因复制.采用电泳迁移率改变试验（EMSA）分析了天然及重组Ssh7蛋白与双链DNA片段之间的相互作用.天然和重组蛋白的EMSA行为相似,说明Ssh7与DNA的相互作用既不受发生在天然蛋白赖氨酸残基上的甲基化的影响,也不受两种多肽异构体之间在序列上的差异的影响.在所采用的实验条件下,Ssh7与双链DNA片段结合时的结合位点大约为6.6bp,表观解离常数为（0.7～1.0）×10-4mol/L.此外,Ssh7与负超螺旋DNA的结合强于与线性和松弛DNA的结合.

关键词：芝田硫化叶菌 Ssh7蛋白进化保守性 DNA结合特性极端嗜热古菌蛋白质DNA-相互作用 DNA结合蛋白

利用差减杂交分离具有进化保守性的睾丸表达的基因

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动物学报 2002年第6期48卷 833-836页

作者：黄晓郭一清程汉华周荣家武汉大学生命科学学院武汉430072

The mechanisms of sexual development and regulation display extraordinary diversity between phyla. However, recent studies show that there must be underlying evolutionary conservatism between different mechanisms. In order to examine evolutionary conservatism in molecular mechanisms of sex determination, the natural sex reversal process of the rice field eel (Monopterus albus) was used to identify conserved functional genes involved in sex determination and differentiation. Firstly, a mini cDNA library was constructed from the cDNAs expressed specifically in the human testis. The cDNA library was screened with first strand cDNA probes from the intersex gonads of rice field eels. Secondly, likely positive clones were arrayed onto two nylon membranes, which were then hybridized with the first strand cDNAs probes from rice field eel intersex and female gonads respectively. Two positive clones were obtained, which showed obvious differential expression between intersex and female gonads. DNA sequencing analysis reveal that the insert fragments of these two clones were 895 bp and 596 bp long respectively. BLAST results indicate that the 895 bp fragment is the 3′ part of the ***011779 gene, located on 6q21, encoding a homologue of yeast Sec63p protein. An interesting finding is that one member of the human Sec gene family, Sec61γ , is expressed in the testis and involved in the process of testis development. The 596 bp fragment was 97% identical with the ***723880 EST, located on clone RP11 12M5 of chromosome 1 This needs further study. We infer that these two genes should also play a role in sexual development.

关键词：差减杂交分离进化保守性睾丸性腺性别逆转基因分离

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基于进化保守性的蛋白质相互作用位点预测

计算机工程与设计 2011年第5期32卷 1833-1836页

作者：程节华程家兴杜秀全安徽大学计算智能与信号处理教育部重点实验室安徽合肥230039 安徽科技学院计算机系安徽凤阳233100

为了从蛋白质结构数据库中提取经验知识,进行蛋白质作用位点预测,提出了以蛋白质序列谱作为特征向量,采用支持向量机算法进行训练和预测蛋白质相互作用位点的方法。从蛋白质一级序列出发,以序列上邻近残基的序列谱为输入特征向量,采用... 详细信息

为了从蛋白质结构数据库中提取经验知识,进行蛋白质作用位点预测,提出了以蛋白质序列谱作为特征向量,采用支持向量机算法进行训练和预测蛋白质相互作用位点的方法。从蛋白质一级序列出发,以序列上邻近残基的序列谱为输入特征向量,采用支持向量机方法构建预测器,来预测蛋白质相互作用位点,预测精度达到70.47%,相关系数CC=0.1919。实验结果表明,利用蛋白质序列谱,结合支持向量机算法进行蛋白质相互作用位点预测的方法是有效的。

关键词：蛋白质相互作用位点进化保守性序列谱支持向量机蛋白质结构数据库

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北草蜥选择体温的进化保守性

杭州师范学院学报 2000年第3期22卷 37-40页

作者：杜卫国计翔周华松杭州师范学院生物系浙江杭州310012

在具连续温度梯度（范围１８～６０℃）的实验缸内测定北草蜥（Ｔａｋｙｄｒｏｍｕｓｓｅｐｔｅｎｔｒｉｏｎａｌｉｓ）的选择体温，实验动物来自浙江北麂岛、丽水和安徽滁洲．我们希望通过测定北草蜥选择体温的性别、地理和昼夜差异... 详细信息

在具连续温度梯度（范围１８～６０℃）的实验缸内测定北草蜥（Ｔａｋｙｄｒｏｍｕｓｓｅｐｔｅｎｔｒｉｏｎａｌｉｓ）的选择体温，实验动物来自浙江北麂岛、丽水和安徽滁洲．我们希望通过测定北草蜥选择体温的性别、地理和昼夜差异等来验证北草蜥选择体温在进化上是否具保守性．本实验结果显示来自浙江和安徽三个种群的北草蜥选择体温不存在明显的性别、地理和昼夜差异，因此，我们倾向于北草蜥选择体温具进化保守性的观点．

关键词：北草蜥选择体温进化保守性性别昼夜差异

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生物磁受体蛋白MagR/IscA研究进展

生物化学与生物物理进展 2016年第12期43卷 1115-1128页

作者：汪红霞向远彩张义国重庆大学生物工程学院细胞生化与基因拓扑生物学实验室重庆400040

铁硫簇蛋白是一类重要的线粒体功能蛋白,在细胞能量代谢、电子传递、底物结合与激活、铁/硫存储、酶促反应、基因表达调控等诸多过程中均发挥了关键作用.铁硫簇蛋白质组装及转运过程一旦发生障碍,必将严重影响细胞内铁的稳态及铁硫蛋白... 详细信息

铁硫簇蛋白是一类重要的线粒体功能蛋白,在细胞能量代谢、电子传递、底物结合与激活、铁/硫存储、酶促反应、基因表达调控等诸多过程中均发挥了关键作用.铁硫簇蛋白质组装及转运过程一旦发生障碍,必将严重影响细胞内铁的稳态及铁硫蛋白的功能.分子质量约11 ku的铁硫簇蛋白IscA,是铁硫蛋白亚家族hesB高保守性成员之一,能结合铁离子及[2Fe-2S]簇,参与铁硫簇蛋白质合成,因此IscA在铁硫簇组装蛋白与级联反应系统中具有重要的作用.更值得关注的是,2015年谢灿和张生家两个研究组发现IscA1具有磁受体(MagR/MAR)作用,此外,谢灿课题组揭示MagR能与Cry形成磁感应复合物行使磁感应器(magnetic sensor,MagS)功能.尤为重要的是,体内实验表明通过外磁场刺激活化MagR能调控相关磁基因表达,影响神经活动及行为定位.鉴于MagR磁受体的独特功能,张生家等将磁受体的基因定位与远程磁刺激相结合,发明了一种非损伤性的神经调控方法,称之为磁遗传学.本文简要介绍MagR/IscA及其同源基因的始初发现与鉴定历程、进化保守性、独特的生理生物学功能,并凝练出磁遗传假说机制调控模型,以解释MagR/IscA的磁遗传学功能.

关键词：铁硫簇蛋白IscA 铁硫簇线粒体磁遗传学(磁基因学) 进化保守性

FANCJ基因在成人急性髓系白血病中的突变图谱

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中国实验血液学杂志 2019年第2期27卷 348-353页

作者：刘松柏储小玲撖荣杜佳慧邱桥成薛胜利苏州卫生职业技术学院苏州检验医学生物技术重点实验室江苏苏州215009 苏州大学附属第一医院血液科江苏苏州215006

目的:检测分析急性髓系白血病(acute myeloid leukemia, AML)患者FANCJ基因突变情况,为研究FANCJ突变类型的AML疾病致病机理奠定基础,同时为其疾病防治提供指导。方法:在FANCJ基因蛋白编码区设计引物,采用PCR扩增及sanger测序法检测222... 详细信息

目的:检测分析急性髓系白血病(acute myeloid leukemia, AML)患者FANCJ基因突变情况,为研究FANCJ突变类型的AML疾病致病机理奠定基础,同时为其疾病防治提供指导。方法:在FANCJ基因蛋白编码区设计引物,采用PCR扩增及sanger测序法检测222例初诊AML患者骨髓细胞中FANCJ基因编码区突变情况,同时检测AML患者黏膜上皮组织FANCJ基因突变情况;采用NCBI Blast在线生物信息学软件分析FANCJ基因突变在不同物种中的进化保守性。结果:测序分析显示,FANCJ基因在蛋白编码区的11个位点出现突变,分别为exon5:c.G430A:p.A144T,exon6:c.A587G:p.N196S,exon9:c.C1255T:p.R419W,exon10:c.G1442A:p.G481D,exon11:c.C1609G:p.L537V,exon16:c.C2360T:p.P787L,exon17:c.C2440T:p.R814C,exon19:c.C2608T:p.H870Y,exon19:c.A2686G:p.I896V,exon19:c.C2830G:p.Q944E,exon20:c.G3412A:p.D1138N,其中A144T、N196S、R814C、I896V及Q944E突变存在复现性;另外,A144、R419、G381、L537、P787、H870、Q944及D1138位点在不同物种中高度保守。结论:在222例AML患者中发现26名患者中存在FANCJ突变,并且突变位点在不同物种中相对保守,功能重要,这为接下来研究FANCJ突变类型的AML疾病致病机理奠定基础,同时为疾病防治提供指导。

关键词： FANCJ 基因突变协同突变基因进化保守性

拟南芥CBF/DREB途径的研究进展及其在植物基因工程中的应用

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生物物理学报 2007年第2期23卷 101-108页

作者：王洋胡喆王崇英兰州大学生命科学学院细胞生物学研究所兰州730000

细胞膜感知低温环境信号,通过信号转导激活以CBF/DREB信号途径为主、兼与其他途径交谈和交叠所构成的信号网络,继而调控下游相应功能蛋白的表达,赋予植物低温抗性。文章重点介绍了拟南芥CBF/DREB信号传导途径的研究进展、CBF基因在高等... 详细信息

细胞膜感知低温环境信号,通过信号转导激活以CBF/DREB信号途径为主、兼与其他途径交谈和交叠所构成的信号网络,继而调控下游相应功能蛋白的表达,赋予植物低温抗性。文章重点介绍了拟南芥CBF/DREB信号传导途径的研究进展、CBF基因在高等植物中的保守性,以及构建CBF转基因抗冻植物所取得的成果,包括CBF的表达调控与作用的分子机制、影响CBF途径的一些重要蛋白和环境因子、组成性启动子以及冷诱导特异性启动子驱动CBF基因表达所获得的抗冻转基因植物的研究进展。同时,对该研究领域未来可能的发展方向进行了展望。

关键词： CBF信号途径基因工程进化保守性转基因抗冻植物拟南芥

两栖类、爬行类和鸟类存在一个新的Dmrt基因家族

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科学通报 2001年第14期46卷 1187-1190页

作者：任莉莉程汉华郭一清黄晓刘利周荣家武汉大学生命科学院遗传学系与发育生物学中心武汉430072

果蝇Ｄｏｕｂｌｅｓｅｘ基因、线虫Ｍａｂ－３基因和人类ＤＭＲＴＩ基因均含有一个新的具有ＤＮＡ结合能力的保守基序，即ＤＭ结构域．它们在性别决定和分化发育的调控过程中具有相似的功能．通过简并ＰＣＲ克隆技术，扩增和克隆了不同... 详细信息

果蝇Ｄｏｕｂｌｅｓｅｘ基因、线虫Ｍａｂ－３基因和人类ＤＭＲＴＩ基因均含有一个新的具有ＤＮＡ结合能力的保守基序，即ＤＭ结构域．它们在性别决定和分化发育的调控过程中具有相似的功能．通过简并ＰＣＲ克隆技术，扩增和克隆了不同进化地位的脊椎动物（东方蝾螈、秀丽锦龟、鹌鹑）基因组中的ＤＭ结构域．结果显示，具有ＤＭ结构域的基因形成了一个进化上保守的基因家族，具有５个基因亚族和１６个基因成员．提示该类基因家族的复杂性．

关键词： DM结构域简并PCR 基因家族系统发生两栖类爬行类鸟类进化保守性

7种植物K~＋/H~＋逆向转运蛋白的生物信息学分析

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基因组学与应用生物学 2011年第3期30卷 372-378页

作者：韩蕾宋志忠王莉苏彦华土壤与农业可持续发展国家重点实验室中国科学院南京土壤研究所南京210008 中国科学院研究生院北京100049

K+/H+逆向转运是普遍存在于几乎所有生物体内的重要离子平衡机制之一。该机制主要由多基因家族KEA(K efflux antiporter)介导。然而,长期以来对KEA的功能特征和生理意义的认识,除了在大肠杆菌中有零星的报道之外,绝大部分尚为空白。本... 详细信息

K+/H+逆向转运是普遍存在于几乎所有生物体内的重要离子平衡机制之一。该机制主要由多基因家族KEA(K efflux antiporter)介导。然而,长期以来对KEA的功能特征和生理意义的认识,除了在大肠杆菌中有零星的报道之外,绝大部分尚为空白。本文通过生物信息学分析,比较了7个植物物种KEA的同源和进化关系,发现KEA家族中的部分成员在物种进化过程中具有极高的保守性。以模式植物拟南芥为例,进一步研究了KEA的蛋白质跨膜结构、关键结构域和亚细胞定位预测等。结果表明,AtKEA大多具有10～12个跨膜结构,是典型的膜蛋白,在跨膜区的N端有多个丝氨酸磷酸化调控位点;都含有K+/H+交换结构域和相应的调控域,推测其能够介导K+/H+交换。基因芯片研究表明,AtKEA在根、茎、叶、花和荚果等不同组织器官的表达丰度不同,表明KEA基因家族各成员的生理功能具有时空分异性。上述结果可为进一步深入研究植物K+/H+逆向转运系统的功能提供借鉴。

关键词：植物K+/H+逆向转运蛋白进化保守性结构特征基因表达