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米氏凯伦藻18SrDNA和转录间隔区序列分析

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上海海洋大学学报 2009年第6期18卷 680-685页

作者：郑俊斌张凤英马凌波陆亚男中国水产科学研究院东海水产研究所农业部海洋与河口渔业资源及生态重点开放实验室上海200090 上海海洋大学水产与生命学院上海201306

对赤潮多发藻米氏凯伦藻（Karenia mikimotoi）核糖体18SrDNA及其转录间隔（ITS）区序列PCR扩增并测序，获得18SrDNA和ITS基因序列长度分别为1690bp和654bp。结合12种甲藻和1种硅藻作序列比较分析，分别在ITS1、ITS2序列寻找到适宜设计... 详细信息

对赤潮多发藻米氏凯伦藻（Karenia mikimotoi）核糖体18SrDNA及其转录间隔（ITS）区序列PCR扩增并测序，获得18SrDNA和ITS基因序列长度分别为1690bp和654bp。结合12种甲藻和1种硅藻作序列比较分析，分别在ITS1、ITS2序列寻找到适宜设计特异性引物探针区域，并用邻接法构建系统进化树，研究各藻种间亲缘关系。遗传距离分析结果显示米氏凯伦藻与短凯伦藻（Karena brevis）、微小卡罗藻（Karlodinium micrum）等分类学上较近的藻种18SrDNA序列相似度为97％～99％，远大于微小原甲藻（Prorocentrum minimum）、海洋原甲藻（***）、塔玛亚历山大藻（Alexandrium tamarense）等在分类学上相距较远的藻种，各藻种间的ITS序列平均相似度明显低于18SrDNA序列。以18SrDNA与ITS序列构建的进化树拓扑结构相一致，18SrDNA序列相对保守，适合进行属以上关系的系统进化分析，而ITS序列变异较大，适合种属间鉴别分析，且ITS1和ITS2是变异很大的区域，适合种间的分子特异性鉴定，这为快速鉴别赤潮多发藻米氏凯伦藻提供了依据，进而为治理赤潮提供帮助。

关键词：米氏凯伦藻核糖体18S rDNA 转录间隔区系统进化分子鉴定

福木假尾孢菌Pseudocercospora elaeodendri的转录间隔区序列分析

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福建林学院学报 2010年第4期30卷 293-296页

作者：谢婉凤郭文硕冯丽贞黄秀萍福建农林大学金山学院福建福州350002 福建农林大学森林保护研究所福建福州350002 福建农林大学林学院福建福州350002

PCR扩增福木假尾孢菌的转录间隔区序列(ITS)并测序,获得的基因序列长度为581bp,相似性分析发现其与假尾孢属不同种之间的ITS序列相似度极高。进一步对相似度高的不同种、属菌的ITS序列采用Neighbor-joining法构建系统进化树。遗传距离... 详细信息

PCR扩增福木假尾孢菌的转录间隔区序列(ITS)并测序,获得的基因序列长度为581bp,相似性分析发现其与假尾孢属不同种之间的ITS序列相似度极高。进一步对相似度高的不同种、属菌的ITS序列采用Neighbor-joining法构建系统进化树。遗传距离分析结果发现,试验菌株仅与同源性为100%的未知种名的假尾孢菌聚为一类。比较不同种的ITS碱基序列,结果表明,试验菌株与其它种之间的差异碱基分布于ITS1和ITS2区域,说明ITS能够体现假尾孢属的种间变异。

关键词：福木假尾孢转录间隔区系统发育分子鉴定

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几种帘形目贝类rDNA ITS序列的比较

高技术通讯 2007年第4期17卷 435-440页

作者：刘相全包振民胡景杰王师方建光王如才中国海洋大学生命科学与技术学部青岛266003 山东省海洋水产研究所烟台264006 中国水产科学研究院黄海水产研究所农业部海洋渔业资源可持续利用开放实验室青岛266071

扩增并测序了4种帘形目和1种蚶目贝类（外群）核糖体DNA的转录间隔区（ITS）序列。帘形目贝类序列长度在874bp到1466bp之间,GC含量在62%到67%之间,ITS序列在相近的3种帘蛤科贝类之间表现出长度保守性和碱基组成的相似性。采用ITS1,ITS2... 详细信息

扩增并测序了4种帘形目和1种蚶目贝类（外群）核糖体DNA的转录间隔区（ITS）序列。帘形目贝类序列长度在874bp到1466bp之间,GC含量在62%到67%之间,ITS序列在相近的3种帘蛤科贝类之间表现出长度保守性和碱基组成的相似性。采用ITS1,ITS2,以及ITS1与ITS2的连接序列进行聚类,结果表明：2种蛤仔聚为一枝,表现出较近的亲缘关系,帘蛤科的3种贝类聚在一起,再与同属帘形目的缢蛏相聚。研究的结果揭示了帘形目贝类的系统发生关系。

关键词：帘形目核糖体DNA 转录间隔区系统发生

ISSR和ITS标记在白木香遗传变异研究中的应用

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华南理工大学学报（自然科学版） 2008年第12期36卷 128-132页

作者：申彦晶严萍赵翾庞启华赵树进华南理工大学生物科学与工程学院广东广州510006 广州军区广州总医院药学部广东广州510010

采用简单序列重复区间（ISSR）扩增技术和核糖体RNA基因（rDNA）转录间隔区（ITS）序列分析技术,对不同地区白木香的遗传变异、亲缘关系及分子鉴定进行研究.ISSR分析显示,筛选出的7条ISSR引物可扩增出80条DNA条带,其中多态性条带的比例... 详细信息

采用简单序列重复区间（ISSR）扩增技术和核糖体RNA基因（rDNA）转录间隔区（ITS）序列分析技术,对不同地区白木香的遗传变异、亲缘关系及分子鉴定进行研究.ISSR分析显示,筛选出的7条ISSR引物可扩增出80条DNA条带,其中多态性条带的比例是60.0%,白木香9个居群之间的遗传距离是***序列分析显示,白木香种内的9个居群中共有6个变异位点,种内遗传距离为0.0000-0.0110.两种标记得到的聚类图不一致,但大致趋势相同,都可以将白木香及其近缘种聚在不同的种群中,说明ISSR标记和ITS序列分析均可有效揭示白木香的遗传变异及亲缘关系.

关键词：白木香简单序列重复区间转录间隔区遗传变异

黑胫病感染对烟草茎秆及根际土壤真菌群落结构的影响

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菌物学报 2019年第12期38卷 2099-2111页

作者：向立刚汪汉成郭珍妮谢红炼蔡刘体余知和长江大学生命科学学院湖北荆州434025 贵州省烟草科学研究院贵州贵阳550081

烟草黑胫病是由寄生疫霉烟草变种引起的一种对烟草生产造成巨大经济损失的土传病害。本文以健康烟株与感染黑胫病烟株茎秆和根际土壤为研究对象,通过PCR技术扩增样本中真菌转录间隔区的ITS1区域,采用Illumina Miseq高通量测序技术对扩... 详细信息

烟草黑胫病是由寄生疫霉烟草变种引起的一种对烟草生产造成巨大经济损失的土传病害。本文以健康烟株与感染黑胫病烟株茎秆和根际土壤为研究对象,通过PCR技术扩增样本中真菌转录间隔区的ITS1区域,采用Illumina Miseq高通量测序技术对扩增片段进行测序,旨在了解黑胫病感染对于烟草茎秆和根际土壤真菌群落结构与多样性的影响。本研究20个测序样品,共获得755599条高质量序列片段,最短序列为200bp,最长序列为356bp,平均序列长度248bp。结果表明,健康烟株和发病烟株根际土壤的优势真菌为子囊菌门Ascomycota、接合菌门Zygomycota和担子菌门Basidiomycota,所有茎秆样品的优势真菌为子囊菌门、担子菌门。健康烟株与感染黑胫病烟株根际土壤样品相对丰度大于1%的属有镰刀菌属Fusarium、被孢霉属Mortierella、隐球菌属Cryptococcus、链格孢属Alternaria和赤霉菌属Gibberella等,其中,健康烟株根际土壤优势属为镰刀菌属(39.35%)和被孢霉属(14.19%),发病烟株根际土壤镰刀菌属和被孢霉属相对丰度分别为40.26%和20.77%;健康茎秆样品优势属为隐球菌属(31.12%)、链格孢属(18.28%)、镰刀菌属(15.67%)和红酵母属Rhodotorula(13.34%);病健交界茎秆样品优势属为镰刀菌属(41.36%)、隐球菌属(28.15%)和链格孢属(22.32%);发病茎秆优势属为隐球菌属(62.14%)和链格孢属(27.75%)。烟株感染黑胫病后,其根际土壤与茎秆样品真菌优势属种类与健康烟株无明显变化,但属水平的相对丰度变化显著。发病烟株茎秆与根际土壤样品真菌群落Sobs、Chao1、Shannon指数较健康烟株降低,Simpson指数上升,表明烟株发病后根际土壤真菌与茎秆内生真菌群落丰富度与多样性降低。该结果对于研究烟草黑胫病发生的微生态机制及其生物防治具有一定的理论指导意义。

关键词：寄生疫霉烟草变种 Illumina高通量测序真菌多样性转录间隔区

我国五大湖三角帆蚌群体ITS-1序列变异分析

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湖泊科学 2008年第2期20卷 208-214页

作者：王建军李家乐汪桂玲白志毅上海水产大学农业部水产种质资源与养殖生态重点开放实验室上海200090

对我国五大淡水湖:鄱阳湖、洞庭湖、太湖、巢湖、洪泽湖,鄱阳湖内包括进贤、余干、珠湖、都昌、湖口、永修,合计10个群体三角帆蚌78个个体核糖体DNA基因转录间隔子ITS-1进行PCR扩增、序列测定,获得78条长度为430 bp的同源序列.同源基因... 详细信息

对我国五大淡水湖:鄱阳湖、洞庭湖、太湖、巢湖、洪泽湖,鄱阳湖内包括进贤、余干、珠湖、都昌、湖口、永修,合计10个群体三角帆蚌78个个体核糖体DNA基因转录间隔子ITS-1进行PCR扩增、序列测定,获得78条长度为430 bp的同源序列.同源基因序列分析显示,五大淡水湖10个群体三角帆蚌78条ITS-1序列片段,G+C的含量都明显高于A+T的含量.鄱阳湖三角帆蚌的核苷酸多态性指数最高,而巢湖的核苷酸多样性指数最低.基于ITS-1序列片段的遗传距离表明,鄱阳湖内六个点群体间遗传距离很小,在0.0071到0.0092之间.五大湖间三角帆蚌群体遗传距离较远,在0.0752到0.1381之间,ITS-1序列片段构建系统树显示,鄱阳湖6个群体聚在了一起为单独一支,并与巢湖群体亲缘关系相近.洞庭湖群体和洪泽湖群体亲缘关系相近,单独为一支.太湖群体从鄱阳湖、巢湖群体分离开来,单独为一支.

关键词：三角帆蚌转录间隔区 ITS-1 遗传多样性亲缘关系

一株产蛇孢假单壳素真菌F02Z2172的形态和分子鉴定

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微生物学通报 2010年第8期37卷 1205-1210页

作者：李业英石英路新华崔晓兰马瑛赵颖刘静张华华北制药集团新药研究开发有限责任公司微生物药物国家工程研究中心河北省工业微生物代谢工程技术研究中心河北石家庄050015

从厦门武夷山自然保护区土壤样品中分离得到一株可产生蛇孢假单壳素(Ophiobolins)的丝状真菌,编号为F02Z2172。通过对其宏观特征、显微特征进行观察并对其ITS、Calmodulin和β-tubulin序列进行分子系统学分析,鉴定为伪弯头曲霉,并对伪... 详细信息

从厦门武夷山自然保护区土壤样品中分离得到一株可产生蛇孢假单壳素(Ophiobolins)的丝状真菌,编号为F02Z2172。通过对其宏观特征、显微特征进行观察并对其ITS、Calmodulin和β-tubulin序列进行分子系统学分析,鉴定为伪弯头曲霉,并对伪弯头曲霉与焦色组内其他菌种的关系进行了讨论。由伪弯头曲霉产生蛇孢假单壳素还是首次报道。

关键词：蛇孢假单壳素伪弯头曲霉转录间隔区钙调素基因 β-微管蛋白基因焦色组

褐牙鲆(♀)、夏鲆(♂)及其杂交子一代的ITS1序列特征分析

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中国水产科学 2015年第1期22卷 17-23页

作者：龚理徐晖李军孔晓瑜中国科学院南海海洋研究所热带海洋生物资源与生态重点实验室广东广州510301 中国科学院大学北京100049 中国海洋大学海水养殖教育部重点实验室山东青岛266003 中国科学院海洋研究所实验海洋生物学重点实验室山东青岛266071

以雌褐牙鲆(Paralichthys olivaceus)、雄夏鲆(***)及其子一代为研究对象,对其核糖体基因的ITS1序列进行比较分析。结果表明,ITS1序列具有明显的种间及个体内差异。在雄夏鲆ITS1序列中仅发现1种基因类型(X型),而在雌褐牙鲆及子一代ITS1... 详细信息

以雌褐牙鲆(Paralichthys olivaceus)、雄夏鲆(***)及其子一代为研究对象,对其核糖体基因的ITS1序列进行比较分析。结果表明,ITS1序列具有明显的种间及个体内差异。在雄夏鲆ITS1序列中仅发现1种基因类型(X型),而在雌褐牙鲆及子一代ITS1序列中发现两种差异显著的基因型(X型和Y型)。在亲本中未检测到两种类型的交换重组序列,而在子代中检测到4个X型与Y型的重组序列,说明子代ITS1区域更容易发生交换重组。进一步的遗传距离分析发现,母本与子代之间的遗传距离(0.059)明显大于父本与子代之间的遗传距离(0.018),且子代中X型片段出现的频率(85.5%)远大于Y型片段出现频率(8.7%),表明亲本双方ITS1区域的遗传信息都遗传给了子代并且X型片段的遗传信息明显占有优势,进而从分子水平上证明子代为褐牙鲆与夏鲆的杂交后代。本研究旨在分析牙鲆属亲本及子代的ITS1序列特征,为鱼类核糖体基因的研究积累数据。

关键词：牙鲆属核糖体转录间隔区基因型多态性假基因

一株分离自胶州湾的裸甲藻形态相似种的分子系统学研究

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海洋学报 2011年第1期33卷 153-162页

作者：朱霞甄毓于志刚中国海洋大学海洋生命学院山东青岛266003 中国海洋大学环境科学与工程学院海洋环境与生态教育部重点实验室山东青岛266100 中国海洋大学化学化工学院海洋化学理论与工程技术教育部重点实验室山东青岛266100

对一株分离自胶州湾的裸甲藻形态相似种(Gymnodinium ***)进行了分子水平的分类鉴定。提取基因组DNA后扩增核糖体小亚基和转录间隔区序列,经纯化、克隆并测序。将获得的序列分别进行Blastn同源性分析,并下载相关序列构建系统进化树,结... 详细信息

对一株分离自胶州湾的裸甲藻形态相似种(Gymnodinium ***)进行了分子水平的分类鉴定。提取基因组DNA后扩增核糖体小亚基和转录间隔区序列,经纯化、克隆并测序。将获得的序列分别进行Blastn同源性分析,并下载相关序列构建系统进化树,结果表明,该藻与共生藻(Symbiodinium)亲缘关系较近,而与裸甲藻(Gymnodinium)等其他甲藻亲缘关系较远,因此初步鉴定该藻为一种共生藻。用核糖体小亚基和转录间隔区序列分别对共生藻属构建系统进化树,分析各类群之间的关系,初步鉴定本藻属于共生藻属E类群。该藻分离自胶州湾,在f/2培养液中生长良好,表明胶州湾可能存在营自由生活的共生藻。

关键词：核糖体DNA(rDNA) 转录间隔区裸甲藻共生藻