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菠萝AcSERK1启动子的转录起始位点及胚性细胞特异性鉴定

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园艺学报 2016年第11期43卷 2251-2256页

作者：栾爱萍何业华林文秋陈程杰冯筠庭谢桃龚雪夏靖娴华南农业大学园艺学院广州510642

AcSERK1是菠萝(Ananas comosus)体细胞胚发生初期特异表达的基因,为探讨其转录调控规律,对其5′上游调控序列的转录起始位点及启动特性进行了鉴定。采用hiTAIL-PCR技术从菠萝基因组DNA中克隆了AcSERK1完整的5′上游调控序列,利用5′RAC... 详细信息

AcSERK1是菠萝(Ananas comosus)体细胞胚发生初期特异表达的基因,为探讨其转录调控规律,对其5′上游调控序列的转录起始位点及启动特性进行了鉴定。采用hiTAIL-PCR技术从菠萝基因组DNA中克隆了AcSERK1完整的5′上游调控序列,利用5′RACE技术鉴定出其转录起始位点位于起始密码子(ATG)上游258 nt(G)处。以AcSERK1 5′上游完整调控序列取代pBI121中的CaMV 35S启动子,构建植物表达载体AcSERK1(–2090/+258)︰︰GUS,并在菠萝不同组织器官中进行瞬时转化分析,发现AcSERK15′上游完整的调控序列(–2090/+258)能够启动GUS在胚性细胞中特异性表达,与AcSERK1表达规律相同,说明该启动子为胚性细胞特异性启动子,对调控外源基因在体细胞胚早期特异表达有重要意义。

关键词：菠萝 AcSERK1 启动子胚性细胞特异性转录起始位点

基于滑动窗口的原核转录起始位点计算定位方法

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生物物理学报 2006年第5期22卷 360-366页

作者：杜耀华王正志倪青山国防科技大学机电工程与自动化学院长沙410073

转录起始位点的计算定位是基因转录调控研究的重要内容,但现有方法的识别性能较低。文章作者在已有原核启动子识别算法的基础上,提出了一种基于滑动窗口的原核转录起始位点计算定位方法,通过在合理限定的定位范围内对序列进行滑动扫描,... 详细信息

转录起始位点的计算定位是基因转录调控研究的重要内容,但现有方法的识别性能较低。文章作者在已有原核启动子识别算法的基础上,提出了一种基于滑动窗口的原核转录起始位点计算定位方法,通过在合理限定的定位范围内对序列进行滑动扫描,来预测转录起始位点的位置。首先根据窗口序列的交迭组分特征和启动子其它特征分别建立二次判别分类器,用其计算对应位置的似然得分,再利用转录起始位点与翻译起始位点的间隔经验分布信息对似然得分进行修正,最后依照似然得分的分布情况由阈值定位算法确定预测位置。对大肠杆菌真实序列数据的测试结果表明,该定位算法可实现对真实转录起始位点位置的有效预测,与已有算法相比,当敏感性指标同为0.85左右时,特异性指标可从0.20提高至0.65,从而使得定位准确率提高了约20个百分点。

关键词：原核基因组转录起始位点计算定位滑动窗口交迭组分特征

果蝇胚胎期不同表达模式基因转录起始位点上游核小体的定位

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生物物理学报 2014年第1期30卷 72-78页

作者：单秋甫丰继华卢英单增辉陈攀峰云南民族大学电气信息工程学院昆明650500

在研究果蝇胚胎期核小体定位时,发现不同表达模式基因上的核小体定位特征有着很大的差异。与以往研究结果不同的是,在果蝇胚胎期限制性表达基因的转录起始位点上游-1核小体位置上存在着H2A.Z核小体。有趣的是,与单细胞酵母基因上的核小... 详细信息

在研究果蝇胚胎期核小体定位时,发现不同表达模式基因上的核小体定位特征有着很大的差异。与以往研究结果不同的是,在果蝇胚胎期限制性表达基因的转录起始位点上游-1核小体位置上存在着H2A.Z核小体。有趣的是,与单细胞酵母基因上的核小体定位相比较发现,果蝇胚胎期限制性表达基因上的核小体排列与酵母极其相似。

关键词：核小体表达模式转录起始位点

肝氨甲酰磷酸合成酶I基因转录起始位点的测定

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科学通报 1990年第5期35卷 383-385页

作者：洪焰李士谔王智中国医学科学院基础医学研究所北京100730

氨甲酰磷酸合成酶I(CPSI)是尿素循环的第一个酶,主要存在于肝细胞线粒体中,是肝组织特异酶,与肝细胞的分化有关.我们曾观察到在大鼠肝癌诱发过程中,CPSI酶活性降低,实验证明癌变过程中CPSI基因表达的异常与基因转录调控可能有关.真核基... 详细信息

氨甲酰磷酸合成酶I(CPSI)是尿素循环的第一个酶,主要存在于肝细胞线粒体中,是肝组织特异酶,与肝细胞的分化有关.我们曾观察到在大鼠肝癌诱发过程中,CPSI酶活性降低,实验证明癌变过程中CPSI基因表达的异常与基因转录调控可能有关.真核基因的转录的调控是通过反式作用因子(trsns-acting factor)与顺式作用元件(cis-acting element)的相互作用而实现的.顺式作用元件多存在于转录起始位点的5′端上游。

关键词： CPSI基因转录起始位点测定

本氏烟Ⅰ型启动子的克隆及其转录起始位点分析

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中国生物工程杂志 2014年第1期34卷 28-35页

作者：李志英牟红珍高丁梅丁国平马婷王盛西部特色生物资源保护与利用教育部重点实验室银川750021 宁夏大学生命科学学院银川750021

启动子是转录水平上一个重要的调控元件,其决定着基因的表达模式和表达强度。Ⅰ型启动子具有高转录活性和种属间特异性等特点。如将其应用于植物RNA病毒载体表达系统,有利于提高表达系统的表达效率和生物安全性。本氏烟(Nicotiana benth... 详细信息

启动子是转录水平上一个重要的调控元件,其决定着基因的表达模式和表达强度。Ⅰ型启动子具有高转录活性和种属间特异性等特点。如将其应用于植物RNA病毒载体表达系统,有利于提高表达系统的表达效率和生物安全性。本氏烟(Nicotiana benthaminana)是一种被广泛地应用于植物生物反应器和植物病理学的模式生物,但是现有核酸数据库中尚没有其Ⅰ型启动子的相关信息。因此,克隆本氏烟Ⅰ型启动子并分析其转录起始位点就具有重要的应用价值。通过半巢式PCR获得了514 bp的本氏烟Ⅰ型启动子序列(KC352713);生物信息学分析初步预测其转录起始位点位于其核心序列TATA(G)TA(N)GGGGG中的第3位A处;通过植物RNA病毒表达载体和5'RACE技术在体内验证本氏烟Ⅰ型启动子转录起始位点与生物信息学预测结果一致。研究结果为深入研究Ⅰ型启动子和构建Ⅰ型启动子介导转录的植物RNA病毒载体表达系统奠定了基础。

关键词：本氏烟 I型启动子转录起始位点病毒载体

利用5'LongSAGE标签分析蜜蜂肌球蛋白调节性轻链基因MLC-2选择性转录起始位点

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江西农业大学学报 2010年第1期32卷 149-152页

作者：周沫玲孙亮先陈培山谢宪兵黄周英倪辉集美大学生物工程学院福建厦门361021 泉州师范学院福建泉州362000

使用西方蜜蜂雄蜂头部5’LongSAGE文库中的肌球蛋白调节性轻链基因MLC-2的标签序列,在蜜蜂全基因组序列上定位了该基因的转录起始位点(TSS),并进而预测了其启动子的结构。结果显示:蜜蜂MLC-2基因存在17个TSS,其中16个定位于MLC-2基因开... 详细信息

使用西方蜜蜂雄蜂头部5’LongSAGE文库中的肌球蛋白调节性轻链基因MLC-2的标签序列,在蜜蜂全基因组序列上定位了该基因的转录起始位点(TSS),并进而预测了其启动子的结构。结果显示:蜜蜂MLC-2基因存在17个TSS,其中16个定位于MLC-2基因开放阅读框上游100bp的范围内。MLC-2基因的各TSS的使用效率不同,其中有3个优势TSS,由之起始的转录本分别占该基因总转录本数量的9.76%、54.47%和11.38%。从碱基组成来看,蜜蜂MLC-2基因TSS的第1个碱基为A、G、T、C的概率分别为58.8%、29.4%、0和11.8%。MLC-2基因的启动子结构预测结果表明,在TSS上游的300bp区域内有3个核心启动子元件。研究结果对研究蜜蜂MLC-2基因的表达调控与确定其全长cDNA序列具有重要意义。

关键词： 5’LongSAGE 标签 MLC-2基因西方蜜蜂转录起始位点启动子

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转录起始位点预测方法的研究进展

信阳师范学院学报（自然科学版） 2024年第1期37卷 127-134页

作者：郝瑞杰李星雨马子菡李敏邵燕瑞晋朦朦杨稚萱杨柯华丁依菲李浩哲魏雪锋信阳师范大学生命科学学院河南信阳464000

详细介绍了计算定位法在转录起始位点(TSS)鉴定中的重要作用,并重点分析了不同计算方法的建模原理、DNA序列特征采集和运行效率等。最后,展望了预测工具的未来发展方向,为有效开展TSS定位及转录调控研究奠定了基础。

关键词：转录起始位点预测工具效果分析

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玉米MIR基因转录起始位点预测方法研究

河南农业大学学报 2013年第1期47卷 1-5页

作者：张芳芳王洪秋付志远李卫华丁冬河南农业大学农学院河南郑州450002

MIR基因是由RNA聚合酶Ⅱ指导转录的,其核心启动子区域具有保守的顺式作用因子,主要是基因-30的TATA和-75的CAAT的特征,开发出一种转录起始位点的预测方法.利用该预测方法,对用深度测序技术获得的玉米胚萌发阶段杂种优势相关miRNA的编码... 详细信息

MIR基因是由RNA聚合酶Ⅱ指导转录的,其核心启动子区域具有保守的顺式作用因子,主要是基因-30的TATA和-75的CAAT的特征,开发出一种转录起始位点的预测方法.利用该预测方法,对用深度测序技术获得的玉米胚萌发阶段杂种优势相关miRNA的编码MIR基因进行了顺式作用元件分析,得到了其转录起始位点和启动子区序列特征.同时,利用5’RACE技术对预测的一些转录起始位点进行了验证,证明该预测方法是可行的.

关键词：玉米 MIR基因转录起始位点基因表达调控

拟南芥叶片和花蕾表达基因转录起始位点的研究

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拟南芥叶片和花蕾表达基因转录起始位点的研究

作者：单倩茹河南师范大学

学位级别：硕士

转录起始位点(Transcription start site,TSS)是5’非翻译区(Untranslated region,UTR)对应到DNA序列上的首个碱基,是基因转录的重要位点。TSS上、下游各50 bp区间是核心启动子区域,是真核生物基因转录的主要调控区。因此TSS研究对阐明... 详细信息

转录起始位点(Transcription start site,TSS)是5’非翻译区(Untranslated region,UTR)对应到DNA序列上的首个碱基,是基因转录的重要位点。TSS上、下游各50 bp区间是核心启动子区域,是真核生物基因转录的主要调控区。因此TSS研究对阐明基因的表达调控至关重要。本研究采用野生型拟南芥幼苗期叶片及抽薹期花蕾为材料,采用脱帽-RNA接头法构建了两个组织的Cap-Seq文库(也称TSS文库),并采用CAGEr软件对TSS进行定位、TSS聚类得到TC(Tag cluster,TC)、两个组织的consensus cluster,进一步分析得到差异表达TSS,进而确定差异表达基因;本研究还发现了启动子移位现象。主要研究结果如下:(1)成功构建高质量的Cap-Seq文库。经高通量测序后,叶片和花蕾文库中分别有92.80%和92.12%clean reads比对到拟南芥基因组上,uniquely mapped reads占比高达89.79%和88.93%;叶片文库中,“A”碱基在TSS位点占比高达65%,花蕾中占比高达62%,与文献报道一致。(2)TC分布特征及实验验证。应用CAGEr软件中“cluster CTSS”功能对TSSs聚类得到TC,在叶片和花蕾中分别得到32597和33411个TC。位于5’UTR的TC数目最多,占比高达46.94%-50.91%,随后依次为CDS、启动子、基因间隔区、内含子区和3’UTR区。选取12个与官网注释的annotated TSS距离不同的novel TC进行cap-switching RACE实验验证,验证结果与Cap-Seq结果一致。这些TSS可以分为三类:基因的novel TSS;新基因的TSS;对官网注释的annotated TSS的纠正。此外,本研究发现有多个TC同时定位到同一基因不同区域的情况,我们选取了1个基因进行cap-switching RACE验证。结果证实了一个基因上确实有多个TC存在。(3)TC宽度特征及核心启动子序列motif分析。采用内分位数区间(q0.1-q0.9)分析TC的宽度,以TC width=20 bp为界将TC分为“sharp”和“board”两类。结果表明,在叶片和花蕾文库中尖峰型TC均占主要地位。对核心启动子序列进行motif分析,结果显示尖峰型TC上游TATA-box高度富集,与基因的高水平表达相关。(4)Consensus cluster分析,差异表达基因(DEGs)的鉴定和验证。将两个组织中的TC使用“aggregate Tag Clusters”功能合并得到consensus cluster,进一步筛选出差异TSS从而确定DEGs。对19个差异表达基因进行q RT-PCR验证,定量结果与Cap-Seq检测到的趋势一致。GO功能显著性富集分析表明这些DEGs主要参与应激反应、代谢过程、细胞过程。(5)发现并验证了组织间启动子移位现象。以dominant＿CTSS代表TC,利用CAGEr软件中的“get Shifting Promoters”指令分析了叶片和花蕾组织间的启动子移位现象,共发现49个基因发生了启动子移位现象。对其中的两个基因进行cap-switching RACE验证,结果证实了组织间存在启动子移位现象。总之,本研究揭示了拟南芥幼苗期叶片及抽薹期花蕾两个组织中TSS的特征,为进一步研究拟南芥组织间基因表达调控奠定了基础。

关键词：拟南芥转录起始位点核心启动子启动子移位转录调控