检索结果-南通市图书馆

生物信息学 2011年第2期9卷 120-124,130页

作者：周荣阁张静云南大学数学与统计学院统计系昆明650091

识别真核基因的转录因子结合位点(或称模体)是后基因组时代的一项主要工作,对共表达或共调控的基因同时进行分析可以提高模体识别的准确性。本文基于2×2列联表的对数线性模型,以模体出现的基因条数计数,对酵母核糖体蛋白(RP)基因普遍... 详细信息

识别真核基因的转录因子结合位点(或称模体)是后基因组时代的一项主要工作,对共表达或共调控的基因同时进行分析可以提高模体识别的准确性。本文基于2×2列联表的对数线性模型,以模体出现的基因条数计数,对酵母核糖体蛋白(RP)基因普遍使用的转录调控模体进行分析,然后用U-检验进一步筛选出相对于背景序列来说过表达的模体。这些模体为酵母RP基因潜在的转录调控元件,与实验获得的转录因子结合位点的符合率达90%。本方法的优点在于用严格的统计标准在一组基因启动子中搜索普遍使用的模体,克服了以往分析中对模体使用普遍性的模糊判断。本文的方法也可以有效地搜索共表达基因族的组合调控模体对。研究中还发现一个现象:2×2列联表中反映属性相关程度的Pearson相关系数与对数线性模型的交互效应之间存在着明显的相关性。这一结果提示,可以用对数线性模型的交互效应来评价两属性的关联情况。

关键词：酵母基因启动子转录调控模体对数线性模型

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基于转录调控模体的人不同组织基因差异性的统计分析

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生物信息学 2014年第1期12卷 65-71页

作者：杨敏张静云南大学数学与统计学院统计系昆明650091

转录调控是基因表达调控的主要过程,而转录调控模体使用的差异性可能是导致基因组织特异性的因素之一。本文提出一种不同组织基因调控差异性的统计分析方法,首先结合泊松分布和主成分分析提取基因启动子中过表达模体作为潜在的转录因子... 详细信息

转录调控是基因表达调控的主要过程,而转录调控模体使用的差异性可能是导致基因组织特异性的因素之一。本文提出一种不同组织基因调控差异性的统计分析方法,首先结合泊松分布和主成分分析提取基因启动子中过表达模体作为潜在的转录因子结合位点。基于这些位点通过Wilcoxon秩和检验获得不同组织基因结构的差异性。再用超几何分布确定出现次数显著的模体作为组织基因的特有模体,并分析特有模体的碱基特征及在启动子序列中的位置分布。将特有模体与TRANSFAC数据库进行对照,得到潜在的调控组织特异性基因的转录因子结合位点。以人管家基因及30个组织特异性基因为分析对象,得到不同组织调控模体使用的差异性信息。

关键词：人组织基因转录调控模体泊松分布主成分分析秩和检验

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