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金黄色葡萄球菌agr系统受体蛋白AgrC的跨膜结构分析

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生物物理学报 2009年第3期25卷 219-225页

作者：李巍王军华权春善郑维范圣第大连理工大学环境与生命学院大连116024 大连民族学院生物技术与资源利用国家民委-教育部重点实验室大连116600

金黄色葡萄球菌agr系统中,受体组氨酸蛋白激酶AgrC能够被同源或非同源自诱导信号分子(autoinducingpe ptides,AIPs)激活或抑制。通过TMHMM软件对四种agr型AgrC蛋白的氨基酸序列进行分析及跨膜结构预测,发现agrⅠ型和agrⅣ型AgrC蛋白可... 详细信息

金黄色葡萄球菌agr系统中,受体组氨酸蛋白激酶AgrC能够被同源或非同源自诱导信号分子(autoinducingpe ptides,AIPs)激活或抑制。通过TMHMM软件对四种agr型AgrC蛋白的氨基酸序列进行分析及跨膜结构预测,发现agrⅠ型和agrⅣ型AgrC蛋白可能在胞外的第二个Loop环与其AIP相互作用,agrⅡ型可能与AIPⅡ在胞外的第一个或第二个Loop环相互作用。

关键词：金黄色葡萄球菌群体感应系统 AgrC 跨膜结构

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鲍曼不动杆菌OmpA蛋白的生物学特性分析

贵州医药 2024年第3期48卷 339-344页

作者：赵丹李尼克李雯彭春红赵德刚张湘燕贵州省人民医院呼吸与危重症医学科贵州贵阳550002 国家卫生健康委员会肺脏免疫性疾病重点实验室贵州贵阳550000 贵州医科大学贵州贵阳550000 贵州大学农业生物工程研究院/山地植物资源保护与种质创新教育部重点实验室贵州贵阳550000

目的提取临床分离的鲍曼不动杆菌外膜蛋白A(OmpA)的基因,并进行生物学预测和分析。方法查询鲍曼不动杆菌OmpA基因序列,设计特异性PCR引物,以提取的鲍曼不动杆菌基因组DNA为模板,PCR扩增OmpA片段。回收目的片段,采用生物信息学软件分析O... 详细信息

目的提取临床分离的鲍曼不动杆菌外膜蛋白A(OmpA)的基因,并进行生物学预测和分析。方法查询鲍曼不动杆菌OmpA基因序列,设计特异性PCR引物,以提取的鲍曼不动杆菌基因组DNA为模板,PCR扩增OmpA片段。回收目的片段,采用生物信息学软件分析OmpA蛋白的生物学特性。结果12株鲍曼不动杆菌多位点序列分型(MLST)序列分析有6个ST分型,分别是ST 208、ST 229、ST 191、ST 195、ST540、ST 1145,鲍曼不动杆菌OmpA基因序列全长为1070 bp的,单核苷酸多态性(SNP)位点较少,预测蛋白为跨膜蛋白,具有6种三级结构,均由β-桶状结构组成的保守结构域。结论临床分离的不同鲍曼不动杆菌株OmpA蛋白为结构相对保守的跨膜蛋白,具有维持细胞的形状和稳定性,参与细菌耐药机制及免疫原性作用。

关键词：鲍曼不动杆菌外膜蛋白A 空间结构跨膜结构

膜蛋白Presenilin 1的跨膜结构及催化机制

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中国生物化学与分子生物学报 2007年第11期23卷 894-898页

作者：徐广伟张应玖吉林大学分子酶学工程教育部重点实验室长春130021

膜蛋白presenilin1(PS1)是γ分泌酶的催化组分,是催化产生β淀粉样蛋白(β-amyloid,Aβ)的关键蛋白酶,因此也是治疗阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)的主要靶点.PS1属于膜内裂解蛋白酶家族,这是一类在膜脂双层内部催化肽键水解断... 详细信息

膜蛋白presenilin1(PS1)是γ分泌酶的催化组分,是催化产生β淀粉样蛋白(β-amyloid,Aβ)的关键蛋白酶,因此也是治疗阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)的主要靶点.PS1属于膜内裂解蛋白酶家族,这是一类在膜脂双层内部催化肽键水解断裂的蛋白酶.PS1其独特的跨膜结构和催化机制虽然还未完全揭示,但近期相关的研究取得了重要成果:PS1有10个疏水区,跨膜9次,其N端位于胞内,C端位于胞膜外或者内质网腔内,亦或不同程度地插入膜内,2个起催化作用的天冬氨酸残基都位于疏水性的膜内,膜蛋白底物被催化水解时必须先结合到酶的疏水表面上来,然后再进入位于活性部位.虽然PS1的晶体从未获得,但2006年首次解析的膜内裂解蛋白酶GlpG的晶体结构和所提出的催化机理为PS1催化机理的揭示奠定了基础,也为设计和筛选PS1/γ分泌酶的特异性抑制剂提供了理论依据.

关键词： presenilin 1(PS1) γ分泌酶跨膜结构催化机制

大麦黄花叶病毒属成员UTR系统进化树分析及编码蛋白跨膜结构推测

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中国病毒学 2002年第4期17卷 344-349页

作者：陈炯陈剑平浙江省农业科学院

对大麦黄花叶病毒属成员的同源性和系统进化树分析表明 ,同一病毒RNA1和 2基因组 5′ UTR区域在进化上的相关性高于不同病毒同一RNA组分间的关系 ,而 3′ UTR则相反。蛋白质二级结构分析显示RNA1编码的P3和 14K蛋白存在跨膜结构。BaMMVA... 详细信息

对大麦黄花叶病毒属成员的同源性和系统进化树分析表明 ,同一病毒RNA1和 2基因组 5′ UTR区域在进化上的相关性高于不同病毒同一RNA组分间的关系 ,而 3′ UTR则相反。蛋白质二级结构分析显示RNA1编码的P3和 14K蛋白存在跨膜结构。BaMMVALS1分离物P3蛋白跨膜结构在大肠杆菌中原核表达时有致死作用。类比Potyviridae科其它属成员功能 ,此 2个蛋白可能与膜附着功能相关。RNA2编码的P2蛋白存在两个结构保守的跨膜区域 ,一些摩擦接种保存的大麦和性花叶病毒 (BaMMV)分离物和燕麦花叶病毒 (OMV)P2蛋白此两个结构(或一个 )缺失后 ,不能由介体禾谷多粘菌 (P .graminis)传播。

关键词：大麦黄花叶病毒属成员 UTR系统进化树分析编码蛋白跨膜结构

水稻高亲和硝酸盐转运蛋白OsNRT2.3跨膜结构初探

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水稻高亲和硝酸盐转运蛋白OsNRT2.3跨膜结构初探

作者：谭雅文南京农业大学

学位级别：硕士

已知硝酸盐运输基因(Nitrate transporter)OsNRT2.3有两个蛋白产物,OsNRT2.3a和OsNRT2.3b。其中过量表达OsNRT2.3b可以调高水稻产量和氮素利用效率,但过量表达OsNRT2.3a却没有相同效果。为了探索这两个蛋白在水稻中作用机制差异,我们利... 详细信息

已知硝酸盐运输基因(Nitrate transporter)OsNRT2.3有两个蛋白产物,OsNRT2.3a和OsNRT2.3b。其中过量表达OsNRT2.3b可以调高水稻产量和氮素利用效率,但过量表达OsNRT2.3a却没有相同效果。为了探索这两个蛋白在水稻中作用机制差异,我们利用了原核蛋白表达系统、原生质体瞬时表达系统,结合荧光显微镜检测、酶标仪检测、流式细胞仪检测等实验方法对这两个蛋白的跨膜结构进行了初步分析,得到如下实验结果:1)OsNR2.3a/b原始基因截断片段融合报告基因GFP、PhoA诱导表达后,荧光显微镜下观察,OsNRT2.3a的N134-GFP、N199-GFP均无荧光信号;OsNRT2.3b的N104-GEP、N169-GFP 也均无荧光信号。OsNRT2.3a 的 N134-PhaA、N199-PhoA 均无酶活性;OsNRT2.3b的N104-PhoA、N169-PhoA也均无酶活。这可能是由于四段基因在细胞膜内外均无表达,因此应当将密码子优化后再表达。2)将OsNRT2.3a/b的基因原核优化后的蛋白表达显示,OsNRT2.3a-N-GFP、OsNRT2.3b-N-GFP 均检测到绿色变荧光 OsNRT2.3a-N-PhoA、OsNRT2.3b-N-PhoA 都没有检测到酶活性。这一方面说明密码子原核优化能提高目的基因的表达效率;另一方面也验证了 OsNRT2.3a/b的N端是位于细胞膜内的。而OsNRT2.3a/b中间位点及C端的融合蛋白的表达结果显示,这两者之间的报告信号没有差异,与跨膜结构预测不符。推测是由于异源表达系统表达融合蛋白无法使其正确跨膜,因此我们决定将此基因置于水稻原生质体中表达。3)OsNRT2.3a/b全长基因序列C端及中间特定研究位点插入His蛋白标签6×His-tag(His-His-His-His-His-His)后在水稻原生质体中表达。流式细胞仪检测后发现:OsNRT2.3a((201His)未处理前即有较高FI值(Fluorence index,GFP阳性率FI = 检测到GFP荧光信号的原生质体数/过柱的全部原生质体数),处理后FI值未显著升高,与膜外位点阳性对照情况相同,所以,此处应位于细胞膜外;OsNRT2.3b(171His)未处理前FI值较低,处理后FI值显著升高,所以,此处应位于细胞膜内;OsNRT2.3a的C端融合蛋白表达后,与阴性对照情况相同,位于细胞膜内;OsNRT2.3b-C处理前后FI值均较高,位于细胞膜外。信号结果均符合跨膜结构的预测模型。综上所述,本实验采用目的基因融合报告基因,蛋白表达后检测报告基因信号来检测特定位点位于细胞膜内外的情况。OsNRT2.3a/b的初步检测结果与预测跨膜结构相符,证明OsNRT2.3a/b跨膜结构差异较大,此种蛋白结构的差异极有可能导致两种蛋白功能的差异,并可能最终影响水稻的田间产量。我们的实验也为OsNRT2.3b中pH位点的研究提供了结构证据,从而证明OsNRT2.3b在调节水稻细胞内的pH稳态方面意义重大。

关键词：水稻 OsNRT2.3a OsNRT2.3b 跨膜结构 GFP

TRPP家族的结构和功能及多囊肾疾病的研究进展

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浙江大学学报（医学版） 2010年第6期39卷 650-656页

作者：赵杰杨巍罗建红浙江大学医学院神经科学研究所浙江杭州310058

目的:TRPP亚家族是TRP(transient receptor potential)超家族中的一个重要成员。它有6个疏水跨膜结构,并且在第一和第二跨膜区间有一个大的胞外环,氨基端有2~4个锚蛋白重复区,羧基端则有较大的变异。TRPP包含有TRPP2、TRPP3、TRPP5等。... 详细信息

目的:TRPP亚家族是TRP(transient receptor potential)超家族中的一个重要成员。它有6个疏水跨膜结构,并且在第一和第二跨膜区间有一个大的胞外环,氨基端有2~4个锚蛋白重复区,羧基端则有较大的变异。TRPP包含有TRPP2、TRPP3、TRPP5等。它们在基本结构、激活方式及功能上均不完全相同。TRPP亚家族与多种生理学机制有关,它的结构异常也可以导致多囊肾的形成。该家族通道蛋白还与人类味觉系统密切相关。文中综述了近年来关于TRPP亚家族的最新研究成果,以及在多囊肾疾病中的相关研究,希望对此通道和相关功能有更深入地了解,为未来突破该疾病的治疗提供更多的思路。

关键词：亚家族结构和功能多囊肾疾病研究进展生理学机制研究成果相关研究味觉系统通道蛋白跨膜结构结构异常激活方式 receptor 锚蛋白超家族治疗外环羧基思路疏水

运用TMHMM软件对水稻水通道蛋白OsPIP2:6跨膜结构的分析

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河南农业 2017年第29期 59-59页

作者：姚清国石家庄学院化工学院 050035

水通道蛋白在植物的水分运输等生理活动中扮演者重要的角色。本文运用了跨膜域分析软件TMHMM对水稻水通道蛋白OsPIP2:6进行了分析,预测出该蛋白在质膜上具有六次跨膜结构,该研究为水通道蛋白的进一步深入研究提供了理论上的基础。

关键词：水稻水通道跨膜结构生物信息学

固氮斯氏假单胞菌铵载体amtB基因的功能和结构分析

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核农学报 2007年第6期21卷 572-576,566页

作者：侯胜强何升窦岳坦平淑珍林敏陈明中国农业科学院生物技术研究所北京100081

固氮斯氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri)A1501是分离自水稻根际的联合固氮细菌,属变形细菌γ亚族。全基因组序列分析表明该菌含有2个紧密连锁的的铵载体蛋白编码基因amtB1和amtB2,位于同一个操纵子中glnK基因下游。铵载体蛋白AmtB1和Am... 详细信息

固氮斯氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri)A1501是分离自水稻根际的联合固氮细菌,属变形细菌γ亚族。全基因组序列分析表明该菌含有2个紧密连锁的的铵载体蛋白编码基因amtB1和amtB2,位于同一个操纵子中glnK基因下游。铵载体蛋白AmtB1和AmtB2分别包含12和11个跨膜结构域。为研究amtB的功能,构建了amtB极性双突变株(PKOB1)。amtB极性双突变导致菌株生长缓慢;在铵浓度分别为3.3和10mmol/L条件下,其固氮酶活仍保持在0.01mmol/L的最佳固氮条件的87%和74%,而野生型已经基本尚失固氮能力。以硝酸盐为唯一氮源时,突变株细胞培养液的铵浓度可达到3.4mmol/L,而野生型并未检测到铵,表明AmtB可能参与了P.stutzeriA1501的铵离子转运,并与固氮酶活和氮代谢相关。

关键词：斯氏假单胞菌A1501 铵载体跨膜结构 amtB

具有微纳复合仿生结构的油水分离膜材料的制备及性能研究

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具有微纳复合仿生结构的油水分离膜材料的制备及性能研究

作者：朱锦龙新疆大学

学位级别：硕士

油水分离是工业领域面临的问题之一,而油水混合物的多样性增加了分离的难度。相较于传统油水分离手段,膜技术由于其能耗低、分离效率高得到了广泛关注和应用。微纳复合仿生结构的引入,大大提高了分离膜的分离效率。针对油水混合物形式... 详细信息

油水分离是工业领域面临的问题之一,而油水混合物的多样性增加了分离的难度。相较于传统油水分离手段,膜技术由于其能耗低、分离效率高得到了广泛关注和应用。微纳复合仿生结构的引入,大大提高了分离膜的分离效率。针对油水混合物形式的多样性,本论文设计制备了三种不同具有微纳复合仿生结构的油水分离薄膜。1.通过戊二醛对半互穿网络(semi-IPN)凝胶涂层中的线型高分子聚乙烯醇(PVA)进行交联,得到了具有互穿网络(IPN)凝胶涂层改性的不锈钢油水分离网膜。相较于semi-IPN凝胶涂层,IPN凝胶涂层具有更加粗糙的表面,这使其水下疏油性能得到提升。交联改性后网膜的接触角由141.50±0.50o增加至153.92±1.08o,同时对简单油水混合物的分离效率也由99.7%提升至99.8%。同时IPN凝胶涂层对于基底不锈钢网的粘附力更强,自身的强度也更大,最大压缩强度为97.00±7.69 kPa。2.通过Pickering乳液法制备了尺寸在百微米级的具有核壳结构的聚丙烯酰胺微凝胶,然后控制PVA湿膜的厚度制备了具有跨膜结构的油水分离膜。其中跨膜结构的存在大幅提高了薄膜的水通性能,相较于PVA薄膜水通量提升至2倍。同时微凝胶的核壳结构赋予了薄膜微纳复合仿生结构的表面,水下接触角同样从133o增加至142o。在常压和0.01 MPa两种操作压力下薄膜能够实现对水包油不稳定乳液的油水分离。在加压条件下,分离通量最高能达到1000 Lm-2h-1。对于所测试的大多数乳液,分离后的水中油含量小于100 ppm。3.在一定湿度环境下通过醋酸纤维素(CA)溶液的相分离和硅烷偶联剂的水解缩合反应制备了CA油凝胶,在溶剂置换后常温常压下干燥得到了有机无机复合气凝胶薄膜。薄膜表面具有微纳复合仿生结构,水滴在薄膜表面的接触角达到147.2±0.3o,同时油滴能在其上铺展。该气凝胶薄膜具有亚微米级的孔道尺寸,能够对稳定的油包水乳液有效分离。在0.01 MPa操作条件下,对直径约330 nm的油包水乳液分离通量达到1000-3000 Lm-2h-1,滤液中水含量低至100 ppm以下。

关键词：油水分离微纳复合仿生结构互穿网络跨膜结构气凝胶