检索结果-南通市图书馆

基于转录组测序的四种鳜属鱼类微卫星标记开发

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

基于转录组测序的四种鳜属鱼类微卫星标记开发

作者：瞿春梅华中农业大学

学位级别：硕士

本研究以本实验室已获得的翘嘴鳜(♀)×斑鳜((?))杂种F1的转录组序列为基础,设计合成了388对引物,分六批次在翘嘴鳜、斑鳜、波纹鳜、暗鳜中进行微卫星分子标记的大规模挖掘。具体结果如下：1.引物1-54在39个野生翘嘴鳜个体中进行了多态... 详细信息

本研究以本实验室已获得的翘嘴鳜(♀)×斑鳜((?))杂种F1的转录组序列为基础,设计合成了388对引物,分六批次在翘嘴鳜、斑鳜、波纹鳜、暗鳜中进行微卫星分子标记的大规模挖掘。具体结果如下：1.引物1-54在39个野生翘嘴鳜个体中进行了多态性检测,其中29对有多态性。每个多态位点的等位基因数在2-13之间,观测杂合度和期望杂合度的范围分别为0.0500-1.0000和0.1522-0.8846。经过BLASTx检索后,这些包含多态位点的unigenes中有6条与已知基因具有显著的相似性。将这29对多态性引物在30个野生斑鳜个体中进行跨种扩增检测和多态性检测,其中27对能在斑鳜中成功扩增,23对具有多态性。2.引物55-108,171-180分别在37个野生斑鳜个体和30个野生翘嘴鳜个体中进行多态性检测。38对在斑鳜中有多态性,等位基因数在2-10之间,观测杂合度和期望杂合度的范围分别为0.0000-0.8378和0.4235-0.8771。36对在翘嘴鳜中有多态性,等位基因的数目从2-8个不等,期望杂合度和观测杂合度的范围分别为0.4624-0.8582和0.0000-0.8667。3.引物109-170分别在32个野生斑鳜个体和32个野生翘嘴鳜个体中进行多态性检测,共开发出46对多态性引物。其中43对在翘嘴鳜中有多态性,20对在斑鳜中有多态性。在翘嘴鳜中,每个多态位点等位基因的数目从2-8个不等,观测杂合度和期望杂合度的范围分别为0.1300-1.0000和0.3300-0.8500。在斑鳜中,等位基因的数目从3-9个不等,观测杂合度和期望杂合度的范围分别为0.1900-1.0000和0.2800-0.8800。这46对多态性引物在大眼鳜、波纹鳜、暗鳜和少鳞鳜中的跨种扩增结果显示,184个位点与物种的组合扩增中94%能够成功扩增,种问移植性很高。4.引物181-265在32个野生斑鳜个体中进行多态性检测,25对引物有多态性。每个多态位点的等位基因数在2-9之间,观测杂合度和期望杂合度的范围分别为0.0000-0.9688和0.1726-0.8596。跨种扩增结果表明：25对多态性引物在翘嘴鳜、大眼鳜、波纹鳜及暗鳜中有22对能扩增,少鳞鳜17对。5.引物266-338在30个野生波纹鳜样本个体中进行多态性检测,首次成功开发出29对多态性引物。每个多态位点的等位基因数从3-13不等,观测杂合度和期望杂合度的范围分别为0.0667-1.0000和0.2130-0.9006。6.引物339-388在28个暗鳜样本个体中进行多态性检测,开发出首批暗鳜的多态位点。这50对引物中有31对显示出多态性,每个多态位点的等位基因数从2-10不等,观测杂合度和期望杂合度的范围分别为0.0000-0.9643和0.1149-0.7506。这些新的微卫星标记将有利地促进鳜属鱼类遗传多样性和种群结构的评估、保护遗传学研究、高密度连锁图谱的构建以及分子标记辅助育种技术的建立。同时,实验结果也表明了分析转录组序列是一种快速、高效开发微卫星标记的方法。

关键词：翘嘴鳜斑鳜波纹鳜暗鳜微卫星标记转录组跨种扩增

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

刀鲚和凤鲚遗传多样性的微卫星分析

刀鲚和凤鲚遗传多样性的微卫星分析

作者：陈芳上海海洋大学

学位级别：硕士

鲚属(Coilia)鱼类隶属于鲱形目(Clupeiforms)、鳀科（Engraulidae），广泛分布于太平洋中西部和西部。一般认为分布于中国的鲚属鱼类有4种，即刀鲚(C. ectenes)、凤鲚(C. mystus)、短颌鲚(C. brachygnathus)和七丝鲚(C. grayii)，其中... 详细信息

鲚属(Coilia)鱼类隶属于鲱形目(Clupeiforms)、鳀科（Engraulidae），广泛分布于太平洋中西部和西部。一般认为分布于中国的鲚属鱼类有4种，即刀鲚(C. ectenes)、凤鲚(C. mystus)、短颌鲚(C. brachygnathus)和七丝鲚(C. grayii)，其中刀鲚和凤鲚是具有重要经济价值的种类。随着环境污染、过度捕捞等因素的影响，种群数量急剧下降，刀鲚和凤鲚资源的有效管理和合理利用显得非常重要，相关的基础研究工作亦应开展。本论文以刀鲚群体和凤鲚群体为研究对象，采用微卫星标记技术，对其遗传多样性水平、遗传结构特点和进化特征进行分析，以期进一步了解不同群体的变异特点，各群体间的遗传分化和进化关系;为鲚属资源，特别是刀鲚和凤鲚资源的管理和合理开发利用，提供一定的基础理论依据。主要研究结果如下： 1.刀鲚34对多态微卫星标记的开发及跨种扩增采用磁珠富集法构建了刀鲚基因组富集文库，通过克隆、测序获得了546条含有微卫星重复序列，成功设计了198对微卫星引物，最终获得34个多态的微卫星位点。共获得325个等位基因，等位基因片断大小在106到300bp范围内，每个位点的等位基因数变化范围在4-23之间，有效等位基因数（Ne）变化范围为2.15-10.65。观察杂合度(Ho)的变化范围为0.14至1.00，期望杂合度(He)的变化范围为0.54至0.91之间。用刀鲚的微卫星引物跨种扩增结果显示，除了9个位点(DJ232,DJ241,DJ310,DJ312,DJ568,DJ578,DJ588,DJ639,DJ670)在凤鲚群体和1个位点（DJ161）在湖鲚群体外，其它位点均能在凤鲚和湖鲚中稳定扩增出清晰的目的条带，结果表明这些微卫星引物对近缘种亦适用。这些微卫星标记可为刀鲚及近缘种的种质资源评估、遗传多样性和遗传结构分析、遗传连锁图谱构建等提供候选标记。 2.刀鲚10个地理群体遗传多样性分析利用10对微卫星引物对我国刀鲚10个地理群体285个个体进行了遗传多样性分析，10个位点在10个群体共检测到994个等位基因，每个位点的等位基因数变化范围在3-19之间，平均的等位基因数为9.94，其中平均等位基因数最高的是连云港（LYG）群体（Na=11.9），最低的为福州（FZ）群体（Na=6.5）;有效等位基因数（Ne）在1.29-15.02之间;Ho和He分别在0.08到0.88和0.23到0.93之间;平均观测杂合度为0.36-0.58，其中福州（FZ）群体最低，安庆（AQ）群体最高;平均期望杂合度(He)为0.65-0.88，其中福州（FZ）群体最低，鄱阳湖（PY）群体最高;PIC最高的为连云港（LYG）群体的DJ41位点(0.93)，最低的为福州（FZ）群体的DJ312位点(0.21)。分子方差分析(AMOVA)结果显示遗传变异中有15%的变异来自群体间，85%的变异来自群体内。遗传分化系数Fst表明FZ群体和其他群体的遗传差异较大，UPGMA聚类和主成分分析（Principal Component Analysis，PCA）还显示洞庭湖（DT）和武汉（WH）群体与其他群体间也有一定程度的分化，贝叶斯聚类（Bayesian Cluster）也支持这些观点。 3.凤鲚3个河口群体遗传多样性研究运用微卫星分子标记对凤鲚的3个河口群体（长江口-CJ、闽江口-MJ和珠江口-ZJ），共90个个体的遗传多样性水平及群体间的遗传分化进行分析。结果显示：1）8对微卫星引物共检测到720个扩增片段，等位基因大小在100bp-310bp之间，每个基因座的等位基因数从2-20个不等;各群体平均多态信息含量(PIC)在0.64-0.78之间;Ho和He分别在0-0.93和0.25-0.92之间，平均观测杂合度为0.21、0.09和0.12;平均期望杂合度为0.81、0.79和0.68;CJ群体和MJ群体的多态性水平比ZJ群体的要高。2）Fst值和主成分分析（PCA）结果表明三个群体间遗传分化非常显著，有可能达到了亚种的水平。

关键词：刀鲚凤鲚微卫星标记跨种扩增遗传多样性种群分化

红螯螯虾（Cherax quadricarinatus）微卫星标记筛选及群体遗传学分析

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

红螯螯虾（Cherax quadricarinatus）微卫星标记筛选及群体遗传学...

作者：谢雁南华东师范大学

学位级别：硕士

红螯螯虾(Cherax quadricarinatus)是原产于澳大利亚的重要淡水经济虾类。按照地理群态可分为“东”、“西”两个分支,据资料表明,只有“东”区分支被各国引种养殖(包括中国)。微卫星DNA是目前被广泛采用的一类分子标记,相关技术的成熟... 详细信息

红螯螯虾(Cherax quadricarinatus)是原产于澳大利亚的重要淡水经济虾类。按照地理群态可分为“东”、“西”两个分支,据资料表明,只有“东”区分支被各国引种养殖(包括中国)。微卫星DNA是目前被广泛采用的一类分子标记,相关技术的成熟使我们获取微卫星标记的成功率越来越高。本文采用磁珠富集法构建了红螯螯虾微卫星标记的富集文库,并从中先后筛选到48个微卫星标记位点,并利用这些微卫星位点对一个群体(36个个体)进行多态性分析,分型结果显示有7个位点显示为单态位点。余下的41个位点都具有较高的多态性,等位基因总数为157,每个位点的等位基因2-10个不等,平均值为3.8。表观杂合度在0.1724到0.9846之间,期望杂合度从0.3405到0.8687。其中两个位点CQ24、CQ32偏离了哈迪-温伯格平衡(a=0.0012, k=41,Bonferroni检测)。由于微卫星分子标记在近缘种中具有较高的通用性,我们还利用18个红螯螯虾微卫星位点进行通用性扩增,为近缘物种种群遗传学研究提供了更多的分子标记。另外,本研究还选用了28个微卫星标记对我国三个主要养殖群体进行了遗传学分析,这三个养殖群体分别取自中国的福建厦门、广东广州和上海崇明。此研究主要是为了加强对我国红螯螯虾主要养殖群体的分子遗传特征的了解。研究结果表明,与原产地野生种群相比,我国养殖群体虽然尚未出现种质退化,但其遗传多样性水平已有所下降;厦门养殖群体和广州养殖群体之间存在较大的遗传分化。

关键词：红螯螯虾微卫星标记跨种扩增群体分析

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

虎纹蛙微卫星位点的跨种引物筛选

湖北第二师范学院学报 2011年第2期28卷 37-40页

作者：陈东海邵晨王宇浙江师范大学生态研究所浙江金华321004 浙江大学生命科学学院杭州310058

利用近缘种中已发表的微卫星DNA标记引物,对虎纹蛙(Hoplobatrachus rugulosus)进行跨种PCR扩增,但是获得了较低的跨种扩增成功率。研究结果显示仅有10个(约33.3%)位点在虎纹蛙能够获得成功扩增,而其中仅有2个(约6.7%)位点的扩增结果是... 详细信息

利用近缘种中已发表的微卫星DNA标记引物,对虎纹蛙(Hoplobatrachus rugulosus)进行跨种PCR扩增,但是获得了较低的跨种扩增成功率。研究结果显示仅有10个(约33.3%)位点在虎纹蛙能够获得成功扩增,而其中仅有2个(约6.7%)位点的扩增结果是没有拖带和非特异性的物种特异性扩增;46.7%的位点完全没有扩增产物,而20%的位点产物为该位点的非特异性扩增。本文认为影响两栖纲无尾目物种跨种扩增成功率的因素除了与该类群物种的基因组大小有关外,还与两栖类物种间的亲缘关系远近有关。

关键词：微卫星跨种扩增基因组亲缘关系虎纹蛙