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α螺旋和β折叠连接短肽的构象分析──蛋白质超二级结构模块（MOTIF）研究（Ⅰ）

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生物物理学报 1994年第2期10卷 289-296页

作者：孙之荣北京清华大学生物科学与技术系

对２４０个分辨率在２５Ａ以上较高度蛋白质结构中α螺旋和β折叠的连接短肽进行了系统分析。着重研究了一个至五个残基长的短连接肽，依它们所连接的二级结构分成四种类型分析，即αααβ和ββ。对非规则结构区，作者采用了五种残基... 详细信息

对２４０个分辨率在２５Ａ以上较高度蛋白质结构中α螺旋和β折叠的连接短肽进行了系统分析。着重研究了一个至五个残基长的短连接肽，依它们所连接的二级结构分成四种类型分析，即αααβ和ββ。对非规则结构区，作者采用了五种残基构象状态－ａ，ｂ，ｃ，ｌ，ｔ－，进行系统研究，识别出５０种发生频率在５次以上的非规则结构，其中出现次数多于２５次的有１１种类型。这１１种类型的连接多肽是较普遍发生的。此结果对揭示蛋白质非规则结构区的结构规律有一定意义为超二级结构结构模型和预测的进一步研究建立了基础。

关键词：连接短肽 α螺旋 β折叠超二级结构构象分析

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用人工神经网络方法预测蛋白质超二级结构

生物物理学报 1995年第4期11卷 570-574页

作者：孙之荣饶晓谦清华大学生物科学与技术系生物膜与膜工程国家重点实验室

蛋白质超二级结构，即由α－螺旋和β－折叠等二级结构单元和连接短肽组成的超二级结构，是蛋白质结构研究中的一个重要层次。目前蛋白质超二级结构的预测工作尚属摸索阶段，还没有成熟的方法。人工神经网络预测方法是近年来在二级结构... 详细信息

蛋白质超二级结构，即由α－螺旋和β－折叠等二级结构单元和连接短肽组成的超二级结构，是蛋白质结构研究中的一个重要层次。目前蛋白质超二级结构的预测工作尚属摸索阶段，还没有成熟的方法。人工神经网络预测方法是近年来在二级结构预测中发展起来的新方法。本文成功的将人工神经网络引入蛋白质超二级结构的预测工作中，结果表明蛋白质的超二级结构的发生与其局域的氨基酸的序列模式有重要联系，可以由蛋白质的一级结构序列预测该蛋白质是否包含某一结构形式的超一级结构（ＳｕｐｅｒｓｅｃｏｎｄａｒｙＳｔｒｕｃｔｕｒｅ），并且具有比二级结构高的结构预测精度。本文对神经网络的反向传播算法进行了修正，在计算中引入了动力因子，取得了良好的预测结果。

关键词：蛋白质神经网络方法超二级结构预测

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蛋白质中频繁发生的超二级结构模式

科学通报 1994年第24期39卷 2260-2263页

作者：孙之荣清华大学生物科学与技术系北京100084

近年来,高分辨X射线衍射的蛋白构象分析表明,超二级结构的构象类型是有限的.本文对240个分辨率在0.25nm以上的较高精度蛋白结构中的超二级结构进行了系统分析,识别出频繁发生的超二级结构模式.最普遍发生的共11种超二级结构.依其在蛋白... 详细信息

近年来,高分辨X射线衍射的蛋白构象分析表明,超二级结构的构象类型是有限的.本文对240个分辨率在0.25nm以上的较高精度蛋白结构中的超二级结构进行了系统分析,识别出频繁发生的超二级结构模式.最普遍发生的共11种超二级结构.依其在蛋白结构中的作用,它们属于4类.研究表明超二级结构模式与α螺旋和β折叠之间的连接短肽(Loop)的长度、与连接短肽残基的构象、与连接短肽所连接的二级结构元件的类型有关;

关键词：连接短肽超二级结构蛋白质数据库

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蛋白质超二级结构库的建立及其序列统计分析

蛋白质超二级结构库的建立及其序列统计分析

作者：李彩艳内蒙古工业大学

学位级别：硕士

蛋白质是生命活动的物质基础,生命活动几乎都是通过蛋白质实现的,而蛋白质的功能又与其结构紧密相关。所以知道一个蛋白质的结构对了解其功能是非常关键的。目前,在Swiss-prot(8.7版本)库中包含3421677个已知一级序列的蛋白质,而在PDB(2... 详细信息

蛋白质是生命活动的物质基础,生命活动几乎都是通过蛋白质实现的,而蛋白质的功能又与其结构紧密相关。所以知道一个蛋白质的结构对了解其功能是非常关键的。目前,在Swiss-prot(8.7版本)库中包含3421677个已知一级序列的蛋白质,而在PDB(2006.9.19)库中只包含38882个已知结构的蛋白质。实验测定的蛋白质结构比已知的蛋白质序列要少得多。实验测定蛋白质结构主要有X射线衍射法、核磁共振法等技术,但过程非常复杂,且代价较高。Anfinsen提出假说:蛋白质一级结构决定着蛋白质的空间结构。因此从蛋白质序列出发预测空间结构,揭示生物分子数据的内涵是生物信息学的重要研究课题。但直接从蛋白质的序列出发来预测高级结构仍很困难,尤其是三级结构的预测。已有报告表明蛋白质折叠主要由许多简单的超二级结构单元构成,由超二级结构获得的结构信息可用于三级结构的预测。如果知道了蛋白质简单超二级结构的模体构象,再预测三级结构,那么问题就会简单得多。所以蛋白质超二级结构预测是从一级序列预测三维结构的桥梁。本文主要工作是蛋白质超二级结构库的建立及其序列的统计分析:选取了SCOP数据库1.69版本中同源性小于40%的蛋白质6819,从PDB库中都找到每一个氨基酸对应的二级结构,在对蛋白质序列分析、整理基础上,给出五类超二级结构序列模式α-α、α-β、β-α、β-βhairpin和β-βlink共61824个;并根据Loop的长度进一步分类,建立了相应的蛋白质超二级结构数据库;并对五类蛋白质超二级结构序列所含20种氨基酸的概率作了统计分析,与相关工作做了比较,得到蛋白质超二级结构中的一系列有益信息;最后利用Fisher判别法对蛋白质超二级结构中Strand-Loop-Strand两类模体进行分类,得到较好效果。

关键词：蛋白质超二级结构数据库统计分析 Fisher判别法

基于组合的序列特征识别蛋白质复杂超二级结构βαβ模体

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内蒙古工业大学学报（自然科学版） 2015年第3期34卷 177-183页

作者：孙利霞胡秀珍李少波李昆内蒙古工业大学理学院呼和浩特010080

从已知蛋白质结构的氨基酸序列出发,利用DSSP和PROMTIF构建了蛋白质复杂超二级结构strand-loop-helix-loop-strand模体数据集。数据集含1458条蛋白质链,其中βαβ模体数为3632个,非βαβ模体数为3148个。将亲疏水组分、优化的位点氨... 详细信息

从已知蛋白质结构的氨基酸序列出发,利用DSSP和PROMTIF构建了蛋白质复杂超二级结构strand-loop-helix-loop-strand模体数据集。数据集含1458条蛋白质链,其中βαβ模体数为3632个,非βαβ模体数为3148个。将亲疏水组分、优化的位点氨基酸组分、预测的模体信息和二级结构信息共同作为序列特征输入支持向量机,5交叉检验的预测总精度和马氏相关系数达到了79.7%和0.59;独立检验的预测总精度和马氏相关系数达到了73.4%和0.47。

关键词： βαβ模体 SVM算法位点氨基酸亲疏水组分超二级结构

蛋白质超二级结构的分类及LOOP序列的统计分析

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内蒙古工业大学学报（自然科学版） 2008年第1期27卷 18-24页

作者：李彩艳胡秀珍内蒙古工业大学理学院呼和浩特010051

本文对6819个相似性小于40%的7个结构类的蛋白质序列进行分析、整理,给出五类超二级结构序列模式α-α、α-β、β-α、β-β hairpin和β-β link共61824个;并根据Loop的长度进一步分类,建立了相应的蛋白质超二级结构数据库,最后对五... 详细信息

本文对6819个相似性小于40%的7个结构类的蛋白质序列进行分析、整理,给出五类超二级结构序列模式α-α、α-β、β-α、β-β hairpin和β-β link共61824个;并根据Loop的长度进一步分类,建立了相应的蛋白质超二级结构数据库,最后对五类超二级结构中loop序列的氨基酸使用进行了统计分析,并与相关工作做了比较.

关键词：蛋白质超二级结构统计分析

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蛋白质超二级结构序列片段的统计分析

医学信息 2010年第3期23卷 667-668页

作者：李彩艳丁海麦马勇乌兰包头医学院药学系包头医学院生物化学与分子生物学教研室

从蛋白质的氨基酸序列出发,用统计分析的方法,对序列相似性小于40%、分辨率低于2.5?的4729个蛋白质中的超二级结构序列片断进行了统计分析,统计结果得到区分四类超二级结构的有用信息,这些统计结果对蛋白质超二级预测是非常有益的。

关键词：蛋白质超二级结构统计分析

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蛋白质中五类超二级结构模体的统计分析

安徽农业科学 2012年第26期40卷 12772-12772,12854页

作者：李彩艳丁海麦包头医学院药学院内蒙古包头014000 包头医学院生物化学与分子生物学教研室内蒙古包头014000

[目的]对蛋白质中的5类超二级结构模体进行统计分析。[方法]选取5类超二级结构模体序列片段为分析材料,对它们Loop位置上的20种氨基酸出现频率进行统计分析。[结果]5类模体在左1、右1、-3、-2、-1、1、2、3 6个位置上N、G、D、S、Q的含... 详细信息

[目的]对蛋白质中的5类超二级结构模体进行统计分析。[方法]选取5类超二级结构模体序列片段为分析材料,对它们Loop位置上的20种氨基酸出现频率进行统计分析。[结果]5类模体在左1、右1、-3、-2、-1、1、2、3 6个位置上N、G、D、S、Q的含量较低,而I、V、L、E含量变化较大。[结论]在区分5类模体时可重点考虑I、V、L、E在这6个位置的出现频率。

关键词：蛋白质超二级结构统计分析

蛋白质空间结构中的“超二级结构”“模体”和“结构域”概念浅析

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生命的化学 2022年第8期42卷 1604-1608页

作者：张海涛广东医科大学生物化学与分子生物学教研室湛江524023

生物化学教材中关于蛋白质结构中的“超二级结构”“模体”和“结构域”的概念存在着一些模糊区域。不同的教材对这些概念解释不一,甚至是相互矛盾的,导致学生理解这些概念相对困难,是教学的难点。作者根据蛋白质空间结构定义和教学经验... 详细信息

生物化学教材中关于蛋白质结构中的“超二级结构”“模体”和“结构域”的概念存在着一些模糊区域。不同的教材对这些概念解释不一,甚至是相互矛盾的,导致学生理解这些概念相对困难,是教学的难点。作者根据蛋白质空间结构定义和教学经验,对这些概念进行对比解析,提出理清这些模糊概念的基本方法。该文旨在促进这几个模糊不一的概念能在教学和研究中统一描述,便于教学和学术交流。

关键词：二级结构超二级结构模体结构域三级结构

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