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基于核和细胞器基因组数据探讨豆科系统发育关系

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基于核和细胞器基因组数据探讨豆科系统发育关系

首届植物科学前沿学术大会

作者：张荣金建军李德铢伊廷双中国科学院昆明植物研究所中国西南野生生物种质资源库美国哥伦比亚大学生态进化和环境生物学系

重建生命之树是生物学重大挑战之一,是开展几乎所有进化生物学研究的先决条件。解析快速辐射演化类群的系统发育关系一直是系统学研究的重点和难点。豆科是被子植物第三大科,也是生态和经济价值最大的科之一。由于豆科主要分支经历了快... 详细信息

重建生命之树是生物学重大挑战之一,是开展几乎所有进化生物学研究的先决条件。解析快速辐射演化类群的系统发育关系一直是系统学研究的重点和难点。豆科是被子植物第三大科,也是生态和经济价值最大的科之一。由于豆科主要分支经历了快速辐射分化,是典型的分类和系统发育困难类群。豆科很多关键节点系统发育关系难以解析,很多族级分支的分类范畴和系统发育关系尚不清楚。本研究选择豆科所有74个族级分支485个代表属,整合浅层测序/杂交捕获测序获得的叶绿体基因组和线粒体基因序列,以及转录组核基因序列,利用最大似然和溯祖法重建了豆科系统发育关系,解析了豆科难以解析的关键节点及绝大多数族级分支间的系统发育关系。不同数据组或不同方法构建系统树存在冲突的15组关系进行系统发育信号分析,判断了可能的系统发育关系。此外,我们也从方法的和生物学的因素两方面对单基因树与物种树冲突及豆科系统关系难以解析的原因进行剖析,结果表明:平均靴带值越高、简约信息位点数目越多、基因矩阵越长、信噪比越高和缺失数据越少相关的基因树与物种树的冲突越小;相对组成频率差异、单基因树的分子钟违背程度和位点进化速率异质性越大的基因树与物种树的冲突越大;基因进化速率及GC含量对基因树与物种树的冲突没有显著相关性。难以解析的系统发育关系可能主要由于不完全谱系分选和基因流造成,但也不能排除分析过程中的其它系统误差。构建的高分辨和高支持的系统发育框架为豆科的分类、物种多样化、形态和功能演化、固氮等研究奠定了基础,也为辐射类群的系统发育关系解析提供了思路。

关键词：豆科冲突系统发育关系叶绿体族级系统系统误差快速辐射演化

来源： cnki会议评论

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豆科牧草与冬小麦间作的农田生态效应

生态学杂志 1993年第4期12卷 55-57页

作者：毛凯周寿荣四川农业大学

豆科牧草与冬小麦间作的农田生态效应毛凯，周寿荣（四川农业大学，雅安６２５０１４）ＥｃｏｌｏｇｉｃａｌＥｆｆｅｃｔｏｆＩｎｔｅｒｃｒｏｐｐｉｎｇＦｏｒａｇｅＬｅｇｕｍｅｓｗｉｔｈＷｉｎｔｅｒＷｈｅａｔ￥．ＭａｏＫａｉ，... 详细信息

豆科牧草与冬小麦间作的农田生态效应毛凯，周寿荣（四川农业大学，雅安６２５０１４）ＥｃｏｌｏｇｉｃａｌＥｆｆｅｃｔｏｆＩｎｔｅｒｃｒｏｐｐｉｎｇＦｏｒａｇｅＬｅｇｕｍｅｓｗｉｔｈＷｉｎｔｅｒＷｈｅａｔ￥．ＭａｏＫａｉ，ＺｈｏｕＳｈｏｕｒｏｎｇ（ＳｉｃｈｕａｎＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｌｙ，Ｙａａｎ６２５０１４）．ＣｈｉｎｅｓｅＪｏｕｒｎａｌｏｆＥｃｏｌｏｇｙ，１９９３，１２（４）：５５－５７．Ｅｃｏｌｏｇｉｃａｌｒｅｓｅａｒｃｈｅｓｏｎｔｈｅｉｎｔｅｒｃｒｏｐｐｉｎｇｏｆｆｏｒａｇｅｓｗｉｔｈｗｈｅａｔｗｅｒｅｃａｒｒｉｅｄｏｕｔｄｕｒｉｎｇ１９８９－１９９０．Ｔｈｅｉｔｅｍｓｉｎｃｌｕｄｅｒｅｌａｔｉｖｅｌｉｇｈｔｉｎｔｅｎｓｉｔｙ，ｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅ，ｔｅｍｐｅｒａｔｕｒａｌｖａｒｉａｔｉｏｎ，ｒｅｌａｔｉｖｅｈｕｍｉｄｉｔｙａｎｄｓｏｉｌｒｎｏｉｓ－ｔｕｒｅａｎｄｎｕｔｒｉｅｎｔｃｏｎｔｅｎｔｓ．Ｔｈｅｒｅｓｕｌｔｓａｒｅｓｕｍｍａｒｉｚｅｄｉｎｄｅｔａｉｌａｎｄｅｆｆｅｃｔｉｖｅｍｅａｓｕｒｅｓｆｏｒｓｏｉｌｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎａｒｅｍｅｎｔｉｏｎｅｄ．

关键词：豆科牧草小麦间作农田生态效应

豆科全基因组DGAT基因家族的鉴定与进化分析

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中国油料作物学报 2020年第5期42卷 807-817页

作者：魏晨丹于继高滕佳王金朋华北理工大学生命科学学院河北唐山063210

本文运用生物信息学方法在12个豆科植物基因组中对DGAT(甘油二酯酰基转移酶)基因进行了全基因组鉴定,发现在四倍体花生和大豆基因组中含有的基因拷贝数相对较多,分别为17、10,这可能是导致其油脂合成能力高于其他作物的重要因素。通过... 详细信息

本文运用生物信息学方法在12个豆科植物基因组中对DGAT(甘油二酯酰基转移酶)基因进行了全基因组鉴定,发现在四倍体花生和大豆基因组中含有的基因拷贝数相对较多,分别为17、10,这可能是导致其油脂合成能力高于其他作物的重要因素。通过对家族基因进行系统发育分析,发现DGAT基因在真双子叶植物分化之前已存在,在豆科植物中经历反复的全基因组加倍,使得家族得到扩张;并且串联重复对于家族扩增起到了不可忽视的作用,如葡萄中的两个旁系同源基因,由于串联重复使得基因拷贝数量提高了150%。大豆中DGAT基因在不同的组织中表达模式与其系统发育关系也表现出了关联性。该基因家族相对保守,与豆科基因组进化基本保持了一致的进化速率。本研究对于认识豆科植物DGAT基因进化过程具有重要的理论意义,同时在基因组学水平为大豆、花生等油脂合成品质改良提供了理论支撑。

关键词： DGAT基因家族豆科系统发育分析进化速率

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新疆西昆仑山豆科植物区系分析

干旱区研究 2016年第6期33卷 1235-1241页

作者：田丽娜吴玲阎平曹婷石河子大学生命科学学院新疆石河子832003

通过野外实地考察和标本资料,研究表明:新疆西昆仑山豆科植物共计有7族12属67种,分别占新疆豆科属、种总数的25.53%和15.51%。该区豆科植物多生于山地,区系中单种属(6属)和寡种属(4属)共计10属,所占比例较高,但多种属(棘豆、黄耆)2属含4... 详细信息

通过野外实地考察和标本资料,研究表明:新疆西昆仑山豆科植物共计有7族12属67种,分别占新疆豆科属、种总数的25.53%和15.51%。该区豆科植物多生于山地,区系中单种属(6属)和寡种属(4属)共计10属,所占比例较高,但多种属(棘豆、黄耆)2属含47种,分别占属、种总数的16.67%和70.15%,优势明显。植物生活型以地面芽植物(多年生草本)为优势,有55种,占82.09%;其他1啊生植物、灌木、半灌木、垫状灌木合12种,共占17.91%,有一定的适应性。该区豆科植物属的地理成分具明显的温带性质,其区系中温带及含温带分布的属有10属,占总属数的83.33%。本区与帕米尔高原豆科共有属有11属,属的相似性系数高达73.33%,表明两地豆科植物关系密切;而与喀喇昆仑山的相似性系数较低,5个共有属集中于高海拔区,表明两地高海拔区有较密切联系。

关键词：豆科植物区系西昆仑山新疆

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豆科黄檀属的二个新异名

热带亚热带植物学报 2012年第6期20卷 608-611页

作者：许东先宋柱秋李世晋张奠湘中国科学院华南植物园广州510650 中国科学院研究生院北京100049 广西壮族自治区自然博物馆南宁530012

在比较研究标本馆馆藏标本的基础上,确认Dalbergia esquirolii H.Lévl.与滇黔黄檀(*** Franch.),西盟黄檀(*** ***)与多裂黄檀(*** Roxb.)分别为同种植物,因此予以归并。

关键词： Dalbergia esquirolii 滇黔黄檀西盟黄檀多裂黄檀黄檀属豆科新异名

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豆科油料作物根瘤固氮与生物环境

中国油料 1992年第4期14卷 82-85页

作者：李向东吴爱荣山东农业大学山东省泰安市农业局

本文分析了豆科油料作物根瘤固氮与氮肥、有机肥及其他营养元素、土壤水分、光照、温度、土壤pH值、土壤质地等因素之间的关系。提出了保护生物环境、合理施肥、充分发挥豆科油料作物根瘤固氮的可行性措施与可能性设想。

关键词：豆科油料作物根瘤固氮生物环境

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豆科植物田菁农杆菌转化的研究

遗传 1992年第5期14卷 24-26页

作者：王慧中杜立群李安生邵启全中国科学院遗传研究所北京100101

本文报道一个简便的豆科植物田菁的转化试验。田菁子叶外植体能被含非致瘤性的Ti质粒载体的根癌农杆菌感染。该载体带有一个嵌合的npt-Ⅱ基因和胭脂碱合成酶基因。卡那霉素抗性愈伤组织经胭脂碱测定、NPT-Ⅱ酶活性检测和DNA分子杂交试... 详细信息

本文报道一个简便的豆科植物田菁的转化试验。田菁子叶外植体能被含非致瘤性的Ti质粒载体的根癌农杆菌感染。该载体带有一个嵌合的npt-Ⅱ基因和胭脂碱合成酶基因。卡那霉素抗性愈伤组织经胭脂碱测定、NPT-Ⅱ酶活性检测和DNA分子杂交试验证明外源基因已导入了田菁细胞。

关键词：田菁转化根癌农杆菌豆科

豆科与禾本科绿肥饲草作物混播增肥及改土效果研究

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中国草地学报 2012年第1期34卷 43-47页

作者：包兴国杨文玉曹卫东王婷刘兴春甘肃省农业科学院土壤肥料与节水农业研究所甘肃兰州730070 中国农业科学院农业资源与农业区划研究所北京100081 甘肃凉州区永昌镇农技站甘肃武威733017

采用四因素单形重心混料设计,对豆科与禾本科绿肥作物混播增肥改土效果及其混播技术进行研究,结果表明:箭筈豌豆、毛苕子、谷子混播为最佳混播方式,其用种量为箭筈豌豆75.0kg/hm2、毛苕子30kg/hm2、谷子20kg/hm2,在小麦扬花期撒播,鲜草... 详细信息

采用四因素单形重心混料设计,对豆科与禾本科绿肥作物混播增肥改土效果及其混播技术进行研究,结果表明:箭筈豌豆、毛苕子、谷子混播为最佳混播方式,其用种量为箭筈豌豆75.0kg/hm2、毛苕子30kg/hm2、谷子20kg/hm2,在小麦扬花期撒播,鲜草产量可达36138kg/hm2,较单播箭筈豌豆、毛苕子、谷子分别增产34.6%、1.9%、156.3%;鲜根量可达3534kg/hm2,较单播箭筈豌豆、毛苕子、谷子分别增加81.4%、67.2%、28.9%。混播区较单播区土壤有机质含量增加0.148～0.43g/kg,全氮增加-0.04～0.11g/kg,碱解氮增加2.1mg/kg,速效磷增加1mg/kg,全磷基本保持平衡,土壤容重减轻0.01～0.02g/cm3,土壤孔隙度提高0.33%～0.66%。

关键词：豆科禾本科混播鲜草产量改土

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豆科黄华属模式及其相关种名的考证(英文)

云南植物研究 2001年第1期23卷 41-42页

作者：萨仁陈家瑞中国科学院植物研究所标本馆北京100093

长期以来, Thermopsis lanceolata R. Br.被误认为是黄华属的模式。根据有关文献考证和国际植物命名法规, 作者认为T. lanceolata是一个不合法名, 黄华属的合法模式应为Thermopsis lupinoides (L.) Link。分布于东北亚, 花序具互生花的... 详细信息

长期以来, Thermopsis lanceolata R. Br.被误认为是黄华属的模式。根据有关文献考证和国际植物命名法规, 作者认为T. lanceolata是一个不合法名, 黄华属的合法模式应为Thermopsis lupinoides (L.) Link。分布于东北亚, 花序具互生花的黄华长期被误定为T. lupinoides (L.) Link, 应更正为Thermopsis fabacea (Pall.) DC.。

关键词：黄华属模式考证豆科种名