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肝细胞癌相关DNA甲基化诊断生物标志物的筛选及验证

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中国癌症防治杂志 2022年第1期14卷 45-52页

作者：秦小玲刘顺庞婷刘美良伍柳玉曾小云广西医科大学公共卫生学院南宁530021 广西中医药大学公共卫生与管理学院南宁530200 广西区域性高发肿瘤早期防治研究重点实验室南宁530021

目的筛选肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)相关的甲基化CpG诊断生物标志物。方法下载癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)中HCC的DNA甲基化和表达数据进行生物信息学分析,获得候选CpG位点。采用焦磷酸测序及qRT-PCR检... 详细信息

目的筛选肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)相关的甲基化CpG诊断生物标志物。方法下载癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)中HCC的DNA甲基化和表达数据进行生物信息学分析,获得候选CpG位点。采用焦磷酸测序及qRT-PCR检测50例早期HCC组织样本中候选CpG位点的甲基化率及其所在基因的表达量,并验证其诊断效能。在GSE54503、GSE89852和GSE56588数据集中评估候选CpG位点的诊断效能。结果生物信息学分析筛选出5个候选CpG位点(cg12614630、cg19786751、cg06131338、cg23371746和cg25340966),多变量联合诊断的受试者工作特征(receiver operating characteristic curve,ROC)曲线下面积(area under curve,AUC)为0.993。50例早期HCC组织中cg12614630(GPR182)、cg19786751(ACACB)和cg06131338(ACACB)的甲基化率高于癌旁组织以及对应基因的表达水平均低于癌旁组织,且位点甲基化水平与基因表达水平呈负相关(P诊断的AUC分别为0.903、0.812、0.844和0.934。结论cg12614630、cg19786751和cg06131338 CpG位点可能是HCC潜在的诊断生物标志物,联合检测这3个CpG位点具有良好的诊断效能。

关键词：肝细胞癌诊断生物标志物 DNA甲基化 CpG位点

特发性膜性肾病相关诊断生物标志物的研究进展

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右江医学 2020年第9期48卷 641-645页

作者：杜秀日林栩右江民族医学院附属医院肾内科广西百色533000 右江民族医学院研究生学院广西百色533000

特发性膜性肾病(idiopathic membranous nephropathy,IMN)是目前导致成人肾病综合征的主要病因,发病率逐年上升。IMN的发病机制复杂,病程迁徙,反复发作,可发展为终末期肾脏病,早期发现和干预治疗是改善患者预后的关键措施。近年来国内... 详细信息

特发性膜性肾病(idiopathic membranous nephropathy,IMN)是目前导致成人肾病综合征的主要病因,发病率逐年上升。IMN的发病机制复杂,病程迁徙,反复发作,可发展为终末期肾脏病,早期发现和干预治疗是改善患者预后的关键措施。近年来国内外学者对IMN相关诊断生物标志物的研究取得了重大进展,这对疾病的早期诊断有重要意义。

关键词：特发性膜性肾病诊断生物标志物抗原抗体蛋白质转录物代谢物免疫细胞

基于整合基因表达数据集筛选牙髓炎相关诊断生物标志物

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基于整合基因表达数据集筛选牙髓炎相关诊断生物标志物

SOCS3、IL6、PTGS2、FOS在腹主动脉瘤发生发展中的生物信息学研究

2020年中华口腔医学会老年口腔医学专业委员会第十五次...

作者：曾俊开陈明杨叶青陈婷吴补领南方医科大学南方医院·南方医科大学口腔医学院

目的 :牙髓炎的准确诊断对于确定合适的治疗方法至关重要。通过整合来自GEO数据库中的不同数据集,分析并筛选与牙髓炎相关的调控通路和诊断标志物。方法 :整合GEO数据库中的GSE77459和GSE92681两个数据集,鉴定在炎症牙髓和正常牙髓中差... 详细信息

目的 :牙髓炎的准确诊断对于确定合适的治疗方法至关重要。通过整合来自GEO数据库中的不同数据集,分析并筛选与牙髓炎相关的调控通路和诊断标志物。方法 :整合GEO数据库中的GSE77459和GSE92681两个数据集,鉴定在炎症牙髓和正常牙髓中差异表达的基因(DEG)。对其进行功能和通路富集分析,然后构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选关键基因进而筛选出诊断生物标志物。结果 :共鉴定出470个DEGs,其中上调394个,下调76个。DEGs主要涉及炎症反应、免疫反应、细胞凋亡、介导趋化因子活性等功能。富集的通路主要与细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路和NF-κB信号通路等。进一步的GSEA分析发现DEGs与补体系统、IL6/JAK/STAT3信号通路和炎症反应通路等相关。根据PPI网络,共鉴定出10个关键基因,筛选出8个候选诊断生物标志物:PTPRC、CD86、CCL2、IL6、TLR8、MMP9、CXCL8和ICAM1。结论 :通过生物信息学整合并分析不同的基因表达数据集,筛选出牙髓炎的候选生物标志物,其结果可为研究新的牙髓炎诊断方法提供参考。

关键词：牙髓炎生物信息学分析诊断生物标志物基因表达谱

来源： cnki会议评论

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临床医学进展 2024年第2期14卷 4743-4753页

作者：王琨辛海官笑梅邱德强李君青岛大学附属医院血管外科山东青岛

腹主动脉瘤(Abdominal aortic aneurysm, AAA)是一种主动脉疾病,通常无症状,但可导致主动脉进行性扩张和突然破裂。因此,死亡率很高。腹主动脉瘤受到许多与遗传和环境有关的因素影响,炎症和免疫系统的反应会导致这种疾病的发生和发展。... 详细信息

腹主动脉瘤(Abdominal aortic aneurysm, AAA)是一种主动脉疾病,通常无症状,但可导致主动脉进行性扩张和突然破裂。因此,死亡率很高。腹主动脉瘤受到许多与遗传和环境有关的因素影响,炎症和免疫系统的反应会导致这种疾病的发生和发展。除了手术干预,目前还没有专门有效的药物来治疗腹主动脉瘤的进展和破裂。可以通过对基因组和转录组数据的大规模评估来确定潜在的生物标志物和治疗靶点,以便更好地了解这种疾病的复杂分子途径和机制,并促进开发管理腹主动脉瘤的个性化医疗策略。

关键词：生物信息学分析腹主动脉瘤关键基因信号通路诊断生物标志物蛋白质–蛋白质相互作用

α-突触核蛋白在帕金森病患者血清中的磷酸化修饰

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中国组织工程研究 2023年第35期27卷 5577-5582页

作者：齐雪李家慧朱远峰禹璐王鹏北华大学基础医学院人体解剖学教研室吉林省吉林市132013 北华大学基础医学院神经退行性疾病研究室吉林省吉林市132013

背景:α-突触核蛋白翻译后修饰后形成的聚集体是帕金森病主要的病理学改变。α-突触核蛋白可通过血脑屏障由中枢进入外周血分布至机体各部,这成为帕金森病病理播散的重要途径。因此研究血液中的α-突触核蛋白变化对揭示帕金森病的机制... 详细信息

背景:α-突触核蛋白翻译后修饰后形成的聚集体是帕金森病主要的病理学改变。α-突触核蛋白可通过血脑屏障由中枢进入外周血分布至机体各部,这成为帕金森病病理播散的重要途径。因此研究血液中的α-突触核蛋白变化对揭示帕金森病的机制以及早期诊断尤为重要。目的:拟分析α-突触核蛋白在帕金森病患者血清中的磷酸化修饰位点及生成聚集体间的结构稳定性的差异。方法:构建重组人α-突触核蛋白原核表达系统,亲和层析法纯化蛋白,采用SDS-PAGE电泳和Western blot方法检测α-突触核蛋白单体纯度和特异性。收集北华大学附属医院神经内科住院的26例帕金森病患者血清和26例正常人血清,完成各组血清中α-突触核蛋白聚集体的制备;采用质谱SWATH方法检测帕金森病患者血清中α-突触核蛋白发生磷酸化修饰的修饰位点,并对不同位点的蛋白聚集体进行定量分析。将不同磷酸化修饰的蛋白聚集体免疫亲和层析法纯化后,Western blot方法检测帕金森病患者血清中各磷酸化修饰后聚集体的稳定性。结果与结论:①实验通过SDS电泳和Western blot方法检测显示得到纯度较高、特异性较高的α-突触核蛋白单体。②质谱SWATH分析结果显示,在帕金森病患者和正常人血清中均发生磷酸化修饰,其中帕金森病患者血清中磷酸化修饰的位点明显多于正常人,帕金森病患者血清中发生磷酸化的位点有丝氨酸(Serine,Ser)87、Ser129、酪氨酸(L-tyrosine,Tyr)125、Tyr133和Tyr136等。③帕金森病患者血清中孵育后的α-突触核蛋白中,Ser129位点磷酸化修饰占总磷酸化的53.65%,Tyr125,Tyr133,Tyr136和Ser87磷酸化各为17.21%,15.79%,15.79%,9.52%和1.03%。④Western blot检测结果显示,帕金森病患者血清中Ser129位点磷酸化修饰后形成的聚集体较Tyr125,Tyr133和Tyr136更为稳定。⑤上述数据证实,帕金森病患者血清中的α-突触核蛋白磷酸化修饰位点数量明显多于正常人;在诸多修饰位点中,血清α-突触核蛋白的Ser129位点经过磷酸化修饰后形成的聚集体最稳定,这可能为帕金森病早期诊断提供诊断标志物参考。

关键词： α-突触核蛋白帕金森病磷酸化血清丝氨酸酪氨酸聚集体诊断生物标志物

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尿源性脓毒症早期诊断指标的研究进展

中华泌尿外科杂志 2022年第8期43卷 632-636页

作者：丁西杰胡卫国青海大学附属医院泌尿外科青海大学研究生院西宁810000 清华大学附属北京清华长庚医院泌尿外科清华大学临床医学院北京102218

Sepsis-3定义在脓毒症诊断中的价值已被广泛接受和应用。白细胞(WBC)、血小板计数、C反应蛋白(CRP)、降钙素原(PCT)和白蛋白等指标在尿源性脓毒症早期预警和诊断中应用最为广泛和方便,PCT的特异性和敏感性相对更高,WBC急剧下降对脓毒性... 详细信息

Sepsis-3定义在脓毒症诊断中的价值已被广泛接受和应用。白细胞(WBC)、血小板计数、C反应蛋白(CRP)、降钙素原(PCT)和白蛋白等指标在尿源性脓毒症早期预警和诊断中应用最为广泛和方便,PCT的特异性和敏感性相对更高,WBC急剧下降对脓毒性休克具有很强的预警性,CRP的特异性相对低。IL-6、CD64、Presepsin、miRNA、PTX-3等是较新的更有价值的指标,具有更高的敏感性和特异性,但对检测技术要求较高,需要统一和规范的检测标准。多个生物标志物的组合以及与临床评分系统结合较单个生物标志物更具有临床应用价值。

关键词：脓毒症尿源性脓毒症诊断生物标志物多指标预测模型

代谢组学在脊柱结核血清诊断标志物筛选中的应用

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中华实验外科杂志 2023年第11期40卷 2220-2223页

作者：王超然娄才立施建党杨宗强牛宁奎宁夏医科大学总医院骨科银川750004 宁夏医科大学临床医学院银川750004

目的:分析脊柱结核(STB)患者血清代谢特征,筛选潜在诊断生物标志物。方法:收集2020年1月至2022年1月于宁夏医科大学总医院骨科确诊的25例STB患者作为实验组,25例健康体检者作为对照组。应用超高效液相色谱串联四极杆飞行时间质谱技术检... 详细信息

目的:分析脊柱结核(STB)患者血清代谢特征,筛选潜在诊断生物标志物。方法:收集2020年1月至2022年1月于宁夏医科大学总医院骨科确诊的25例STB患者作为实验组,25例健康体检者作为对照组。应用超高效液相色谱串联四极杆飞行时间质谱技术检测两组血清中的代谢物,结合两独立样本t检验等单变量统计分析方法和主成分分析、偏最小二乘判别分析等多元统计分析筛选STB患者血清中主要的差异代谢物,并进行受试者工作特征曲线分析评估其诊断效能。结果:共检测到4755种代谢物,实验组血清中差异表达的代谢物共有570种,其中343种上调,227种下调。生物信息分析结果显示,差异代谢物主要富集在不饱和脂肪酸的生物合成、卟啉代谢、组氨酸代谢、β-丙氨酸代谢、泛酸和辅酶A的生物合成等通路。磷脂酰胆碱(O-13:0/O-1:0)、溶血磷脂酰乙醇胺[(18∶1(11Z)/0∶0)]、Palmitoleoyl-ethanolamine在实验组的含量均低于对照组(493.170比123.463,t=-6.390,P诊断STB时,曲线下面积分别为0.997、0.995、0.981。结论:实验组和对照组代谢差异有统计学意义,磷脂酰胆碱(O-13:0/O-1:0)、溶血磷脂酰乙醇胺[(18∶1(11Z)/0∶0)]、Palmitoleoyl-ethanolamine对STB具有良好的诊断效能。

关键词：代谢组学脊柱结核诊断生物标志物

GPR35作为新型肿瘤标志物在前列腺癌诊疗中的临床应用研究

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GPR35作为新型肿瘤标志物在前列腺癌诊疗中的临床应用研究

作者：张天一石河子大学

学位级别：硕士

目的:应用生物信息学分析和免疫组化、ELISA技术,逐级观测评估GPR35在前列腺癌患者组织与血清中的表达变化,探究其在前列腺癌临床诊疗中的应用价值。方法:基于预实验和文献报道,初步确定GPR35为研究对象。通过TCGA数据库下载相关数据集... 详细信息

目的:应用生物信息学分析和免疫组化、ELISA技术,逐级观测评估GPR35在前列腺癌患者组织与血清中的表达变化,探究其在前列腺癌临床诊疗中的应用价值。方法:基于预实验和文献报道,初步确定GPR35为研究对象。通过TCGA数据库下载相关数据集,应用生物信息学比较分析GPR35在前列腺癌组织中和在其它肿瘤组织中的表达变化,进而分析GPR35与前列腺癌患者生存预后及其他病理资料的相关性。应用免疫组化染色方法对不同组间(前列腺癌组织25例、相配对正常组织10例和前列腺增生组织20例)的石蜡切片的GPR35表达情况及相关病理资料进行回顾性检测分析。在此基础上,针对59例行前列腺穿刺活检术的就检者,依据病理诊断分组:前列腺癌组34例、前列腺良性疾病组25例,以同期健康体检人员34例为对照组;收集各组血清样本,采用ELISA法检测GPR35的表达水平,化学发光法检测PSA、f PSA表达水平;比较GPR35在各组血清中的表达变化,进而分析血清GPR35表达水平与前列腺癌患者肿瘤大小(最大直径)、淋巴结转移、膀胱精囊腺转移、神经侵犯、TNM分期和Gleason评分等的相关性;采用受试者工作特征曲线分析评估GPR 35单独及联合PSA和f PSA检测诊断前列腺癌的效能。结果:生物信息学分析结果显示,GPR35在不同肿瘤中表达趋势不同,其在前列腺癌中的表达水平显著高于正常组织(P诊断前列腺癌的AUC为0.780,灵敏度为88.24%,特异度为57.63%。GPR35与PSA、f PSA三者联合检测诊断前列腺癌的AUC为0.927,敏感度为98.31%、特异性为73.53%。结论:GPR35对前列腺癌临床诊断具有一定价值,GPR35和PSA、f PSA联合检测可提高其临床诊断效能,GPR35有可能是新型的前列腺癌诊断生物标志物。

关键词：前列腺癌 G蛋白偶联受体35 诊断生物标志物预后灵敏度

基于生物信息学方法筛选ANCA相关性血管炎肾损害的关键分子靶点

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基于生物信息学方法筛选ANCA相关性血管炎肾损害的关键分子靶点

作者：唐润洪川北医学院

学位级别：硕士

目的:运用生物信息学方法筛选出差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),旨在了解抗中性粒细胞胞浆抗体相关性血管炎(ANCA-associated vasculitis,AAV)肾损害的发病机制及其关键分子靶点。方法:首先从GEO数据库中下载数据集... 详细信息

目的:运用生物信息学方法筛选出差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),旨在了解抗中性粒细胞胞浆抗体相关性血管炎(ANCA-associated vasculitis,AAV)肾损害的发病机制及其关键分子靶点。方法:首先从GEO数据库中下载数据集GSE108109和数据集GSE108112,利用R软件对下载的数据文件进行背景校正和标准化处理后再筛选出共表达DEGs。再利用cluster Profiler包进行GO和KEGG功能富集分析。然后利用STRING数据库构建这些差异基因的蛋白-蛋白互作网络,并利用cytoscape软件的Cytohubba插件筛选出hub基因。最后为了证明其对ANCA相关性血管炎肾损害的重要性,我们利用数据集GSE108113通过验证基因的表达量的方法,借助graphpad prism软件来绘制ROC曲线并计算曲线下面积。结果:1.对数据集GSE108109和GSE108112进行分析,经过筛选得到122个共表达差异基因,其中84个上调,38个下调。经过富集分析发现这些共表达差异基因主要集中分布在细胞外区域,与组织重塑、解毒、创伤炎症反应、血红素结合、结合珠蛋白结合、氧载体活性、肿瘤相关通路等关系密切。2.蛋白互作分析提示AAV与多种蛋白有关,运用cytoscape等软件分析后得到9个hub基因分别为TP53、EGF、TGFB1、FOS、TIMP1、BGN、COL3A1、TGM2、ZBTB16。3.经过ROC曲线分析验证得到具有诊断价值的基因分别为:TP53、EGF、TGFB1、FOS、COL3A1、TGM2、ZBTB16,其中基因EGF、TGFB1、COL3A1、TGM2有一定的诊断作用,TP53、FOS、ZBTB16诊断作用较高。结论:TP53、EGF、TGFB1、FOS、COL3A1、TGM2、ZBTB16可能是ANCA相关性血管炎肾损害的关键分子靶点。

关键词： ANCA相关性血管炎生物信息学 GEO数据库发病机制诊断生物标志物