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新疆的裂腹鱼亚科鱼类研究

干旱区研究 1998年第4期15卷 26-32页

作者：王德忠中国科学院新疆生态与地理研究所乌鲁木齐830011

作文对新疆境内裂腹鱼亚科鱼类的分布范围、系统进化特点进行了研究，分析了这一特殊类群对极端环境的生态适应性，提出了保护意见。

关键词：新疆裂腹鱼亚科鱼类分布特点

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裂腹鱼亚科中的四倍体—六倍体相互关系

Journal of Genetics and Genomics 1985年第2期 137-142+167-168页

作者：昝瑞光刘万国宋峥云南大学生物系昆明云南大学生物系

研究了重唇鱼、裂腹鱼、昆明裂腹鱼和大理裂腹鱼的核型。基于相互间以及与近缘类群的二倍体、四倍体和六倍体鱼类间进行的染色体数、染色体臂数和核DNA含量的比较,第一种被判定为四倍体,第二、三、四种被判定为六倍体。还讨论了裂腹鱼... 详细信息

研究了重唇鱼、裂腹鱼、昆明裂腹鱼和大理裂腹鱼的核型。基于相互间以及与近缘类群的二倍体、四倍体和六倍体鱼类间进行的染色体数、染色体臂数和核DNA含量的比较,第一种被判定为四倍体,第二、三、四种被判定为六倍体。还讨论了裂腹鱼亚科的起源以及该亚科中已研究过核型的鱼类的相互关系和进化分歧等问题。

关键词：裂腹鱼核型染色体数裂腹鱼亚科鱼类水生动物重唇鱼多倍体多元体染色体臂裂腹鱼属鲤科倍性

基于线粒体基因序列分析裂腹鱼亚科的系统进化关系及中国沿海银鲳群体的遗传结构

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基于线粒体基因序列分析裂腹鱼亚科的系统进化关系及中国沿海银鲳...

作者：乔慧莹上海海洋大学

学位级别：硕士

近年来，随着经济的不断发展，捕捞压力的逐年增加以及生态环境的不断恶化，我国的珍稀鱼种裂腹鱼亚科鱼类（Schizothoracinae）和名贵的海产鱼种银鲳（Pampus argenteus）的野生资源因此遭受到了比较严重的破坏。本文采用分子生物学和... 详细信息

近年来，随着经济的不断发展，捕捞压力的逐年增加以及生态环境的不断恶化，我国的珍稀鱼种裂腹鱼亚科鱼类（Schizothoracinae）和名贵的海产鱼种银鲳（Pampus argenteus）的野生资源因此遭受到了比较严重的破坏。本文采用分子生物学和生物信息学的手段对裂腹鱼亚科鱼类的线粒体全基因组序列和银鲳的线粒体Cytb基因序列进行了遗传进化分析，并在此基础上探讨了裂腹鱼亚科鱼类的系统发育关系及银鲳群体的种群历史。通过这些有关遗传多样性的研究，来更好地认识物种对环境的适应能力和种群的进化潜力，为裂腹鱼亚科鱼类和银鲳的进化遗传学提供更多的参考性依据，并为二者资源的保护和合理有效的管理提供基础的数据支撑，以促进鱼类资源的可持续发展。主要研究内容如下：1.四种裂腹鱼亚科鱼类线粒体全基因组序列的结构特征分析采用常规PCR直接测序法获得四种裂腹鱼亚科鱼类，温泉裸裂尻（Schizopygopsis thermalis），拉萨裸裂尻鱼（Schizopygopsis younghusbandi），软刺裸鲤（Gymnocypris dobula），纳木错裸鲤（Gymnocypris namensis）的线粒体基因组全序列。对四种鱼的线粒体全基因组序列进行结构特征比较发现，四种鱼的线粒体基因组包括37个编码基因和2个非编码基因，基因组各种基因的排列顺序基本相同，并与其他的硬骨鱼一致。13个蛋白编码基因中，COXI以GTG作为起始密码子，其余的12个蛋白编码基因则是以常规的ATG作为起始密码子，在COXII，Cytb，ND4这三个蛋白质中终止密码子为不完全的终止密码子TNN，其余的为TAA或者TAG;基因组中出现了不少的基因重叠;除了RNA基因区，线粒体全基因组各个分区，以及密码子位置均存在A+T碱基偏好性;识别氨基酸的密码子与通用密码子不完全一样，AUU（I）密码子的使用率最高;四种鱼的蛋白编码基因相似性在98%以上;tRNA基因除了个别长度差异，基本一致;非编码区中OL区在茎区稍有差异，控制区存在的差异主要在TA重复次数上。四种鱼的线粒体基因组序列相似性很高，亲缘关系较近。2.基于线粒体全基因组序列的裂腹鱼亚科的系统进化分析对已知的13种裂腹鱼亚科鱼类的线粒体全基因组序列的基本结构特征进行分析，发现不包含D-loop区的一致序列长度为15,800bp，变异率24.8%。13个蛋白编码序列中，编码ND2的基因的变异率和遗传距离值最大，分别为38.3%，0.188。分析发现所有基因的转换与颠换的比值都在适合进行进化分析的范围内（大于2.0）。自然选择检验的结果，Ka/Ks1，Z检验和T检验的结果均小于0，证明在进化过程中，四种裂腹鱼亚科鱼类的蛋白编码基因均受到强烈地负选择（即净化选择）作用。系统进化分析结果，用全序列（无D-loop区）和总的蛋白质编码基因获得的MP树和ML树基本一致，13种鱼中除了裸鲤属外，基本上按各自的属进行分支。进化树的结果支持特化等级学说，但高度特化等级与特化等级两个类群未在第一级分支中单独分开。线粒体不同区域对系统进化分析的适用性最好的是ND5、Cytb、ND2、COI，因此这四个线粒体基因是裂腹鱼亚科进行系统发育分析可以考虑首选的线粒体分子标记。3.基于线粒体Cytb基因全序列探讨中国沿海银鲳的种群遗传结构通过PCR扩增和直接测序法，获得了中国沿海6个银鲳群体的Cytb基因1137bp的全序列，180条序列共检测出47个单倍型。6个群体的核苷酸多样性指数低（0.00132（LYGYC）～0.00173（SDYC）），单倍型多样性指数高（0.752（DTYC/XPYC）～0.880（SDYC））。群体的分化指数Fst最高的为SDYC和LYGYC之间的0.00640，最低的为DTYC与XPYC之间的-0.01038。遗传距离值范围，群体内为0.0013-0.0017，群体间为0.0013-0.0016，二者非常接近。分子方差分析、系统进化分析以及中间连接网络图分析的结果一致，银鲳群体不具有显著的系统地理结构。另外中性检验和错配分布分析则表明6个群体整体上可能经历过在近期的种群扩张事件，且在DTYC和ZSYC中比较明显。

关键词：裂腹鱼亚科银鲳线粒体全基因组 Cytb 系统发育分析遗传多样性

怒江西藏段裂腹鱼亚科鱼类摄食及分布特征研究

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怒江西藏段裂腹鱼亚科鱼类摄食及分布特征研究

作者：王起华中农业大学

学位级别：硕士

西藏因其独特而复杂的气候和地形条件,已成为我国生物多样性保护的重要地区。裂腹鱼类是西藏鱼类的主要类群之一。本研究于2017年5月至2018年10月在怒江西藏段收集了四种裂腹鱼:怒江裂腹鱼(Schizothorax nukiangensis)、裸腹叶须鱼(Ptyc... 详细信息

西藏因其独特而复杂的气候和地形条件,已成为我国生物多样性保护的重要地区。裂腹鱼类是西藏鱼类的主要类群之一。本研究于2017年5月至2018年10月在怒江西藏段收集了四种裂腹鱼:怒江裂腹鱼(Schizothorax nukiangensis)、裸腹叶须鱼(Ptychobarbus kaznakovi)、热裸裂尻鱼(Schizopygopsis thermalis)和贡山裂腹鱼(Schizothorax gongshanensis)研究样本。对3种数量较多的怒江裂腹鱼、裸腹叶须鱼和热裸裂尻鱼开展摄食特征及消化器官形态的比较研究。结果如下:1.综合运用3种多元分析方法分析3种鱼类摄食及消化器官形态的种间差异,结果显示主要种间差异部位为头部及肠道;种间形态指标均为显著性差异(P裂腹鱼的头部形态已有了一定程度的分化。2.显微计数法分析肠道内容物成分,研究鱼类食物组成及食物竞争情况,结果表明,怒江裂腹鱼和裸腹叶须鱼属杂食性偏动物食性鱼类,两者食物重叠指数较高(0.91);热裸裂尻鱼属杂食性偏植物食性鱼类。食物多样性指数的种间差异明显。3种裂腹鱼营养及空间生态位均有分化,摄食与水温、流速和海拔等环境因素密切相关。研究结论可为西藏裂腹鱼类资源保护措施的制定提供参考。调查研究了怒江西藏段干流及主要支流裂腹鱼亚科鱼类的鱼类多样性、时空分布特征及其与环境因子的关系,摄食与分布的关系。结果如下:1.怒江西藏段现分布有怒江裂腹鱼、裸腹叶须鱼、热裸裂尻鱼、贡山裂腹鱼4种裂腹鱼亚科鱼类;怒江裂腹鱼、裸腹叶须鱼和热裸裂尻鱼为优势种(IVI=1702.48、3882.14、2777.93),贡山裂腹鱼为仅在左贡以下江段分布且相对重要的物种(IVI=16.19),怒江裂腹鱼在怒江西藏境内全江段均有分布。2.自上游至下游的纵向梯度,以渔获数量为基础获得的裂腹鱼类多样性指数呈上升趋势(0.0381～0.8566),鱼类多样性随海拔降低而逐渐升高;而季节间的多样性指数在1.0594～1.1240之间,无明显变化。3.聚类分析(Cluster Analysis)和多维尺度分析(MDS)表明,当Bray-curtis相似度矩阵值为28.13%时,鱼类群落分成上游、中游和下游3组河段,不同河段间鱼类群落结构存在显著差异性(Global R=0.855;P鱼类是怒江裂腹鱼、裸腹叶须鱼和热裸裂尻鱼。Monte Carlo test检验(999 permutations)表明季节因子对裂腹鱼亚科鱼类的分布无显著性差异(P>0.05)。4.典型对应分析(redundancy analysis,RDA)显示,海拔、溶氧、水温、河宽和底质类型是影响裂腹鱼类群落时空格局差异的主要环境因子。研究结论可为西藏裂腹鱼类资源保护措施的制定提供参考。

关键词：裂腹鱼亚科摄食消化器官多元分析食性时空分布怒江西藏

中国鲤科鱼类染色体组型的研究Ⅺ.裂腹鱼亚科二种鱼和鳅鮀亚科三种鱼的染色体组型

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水生生物学报 1987年第2期11卷 184-186,i003-i005页

作者：李渝成李康桂建芳周暾武汉大学生物系

裂腹鱼亚科(Schizothoracinae)鱼类主要分布于亚洲高原地区的江河上游，在我国分布有10属，54种和亚种。鳅鮀亚科(Gobiobotitaae)仅有1属3亚属，已知有16种和亚种，在我国分布构就有13种。我们考察的3种鳅鮀亚科鱼类即分属3个不同的亚属。

关键词：中国鲤科鱼类染色体组型裂腹鱼亚科鳅鮀亚科系统关系

五种裂腹鱼亚科鱼类外胚层发育不良因子A受体基因Edar的克隆和序列分析

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生命科学研究 2015年第1期19卷 49-53,67页

作者：郭新异谢玲张湑泽冀银发庞礴郭松长中国科学院西北高原生物研究所中国科学院高原生物适应与进化重点实验室中国青海西宁810008 中国科学院大学中国北京100049 青海民族大学中国青海西宁810007

裂腹鱼亚科鱼类具有丰富的体表附属器官变异,而Edar是控制这类结构发育的关键基因。以5种裂腹鱼的代表物种为材料克隆其Edar基因的编码区片段,序列分析表明:该基因编码的蛋白在裂腹鱼中存在长度不同的组氨酸重复序列,串联组氨酸插入可... 详细信息

裂腹鱼亚科鱼类具有丰富的体表附属器官变异,而Edar是控制这类结构发育的关键基因。以5种裂腹鱼的代表物种为材料克隆其Edar基因的编码区片段,序列分析表明:该基因编码的蛋白在裂腹鱼中存在长度不同的组氨酸重复序列,串联组氨酸插入可能与蛋白定位有关;基因树支持裂腹鱼与金线鲃具有最近的亲缘关系;分子进化分析未检测到正选择信号,裂腹鱼Edar基因的低复杂区可能是受选择区域。以上结果说明裂腹鱼Edar基因的结构变异可能与裂腹鱼表型变异和演化有关。

关键词：裂腹鱼亚科体表附属器官基因克隆序列分析

裂腹鱼亚科系统发育与适应性进化及祁连山裸鲤的分类地位

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中国水产科学 2023年第6期30卷 685-698页

作者：宋丹彭頔程起群中国水产科学研究院东海水产研究所上海海洋大学水产与生命学院

裂腹鱼亚科(Schizothoracinae)系统发育和适应性进化机制尚不明确,且祁连山裸鲤(Gymnocyprischilianensis)的分类地位尚存争议。本研究基于所有已公开的裂腹鱼亚科11属65种鱼类的线粒体全基因组序列进行分析,试图为阐明上述问题提供基... 详细信息

裂腹鱼亚科(Schizothoracinae)系统发育和适应性进化机制尚不明确,且祁连山裸鲤(Gymnocyprischilianensis)的分类地位尚存争议。本研究基于所有已公开的裂腹鱼亚科11属65种鱼类的线粒体全基因组序列进行分析,试图为阐明上述问题提供基因组学依据。结果如下:(1)系统发育。研究表明裂腹鱼亚科鱼类不是单系群,其分属于两个不同的支系,每个支系包含若干属种,其中原始类群的裂腹鱼聚为一支,特化类群和高度特化类群的裂腹鱼聚为另一支。(2)适应性进化。以裂腹鱼的分布海拔高度区间为划分标准,分为低、中、高3组,基于分支模型和位点模型的检测结果显示, 13个蛋白编码基因的ω比值都裂腹鱼亚科对高海拔缺氧环境的适应性进化机制。同时,分歧时间估算结果显示,原始类群裂腹鱼分化于3.200Ma前,特化类群裂腹鱼与高度特化类群裂腹鱼在5.972Ma前至5.320Ma前开始产生分化,处于晚中新世时期。(3)祁连山裸鲤分类地位。基于Kimura双参数模型计算遗传距离,结果表明与祁连山裸鲤遗传距离最近的为柴达木裸裂尻鱼(Schizopygopsiskessleri),遗传距离为0.0015;而祁连山裸鲤与花斑裸鲤(Gymnocypriseckloni)的遗传距离为0.0673,大于0.0600,已经达到了种的分化。从分子水平上明确了祁连山裸鲤为裸鲤属的一个独立种,并非花斑裸鲤的亚种,为解决长期以来祁连山裸鲤分类地位的分歧提供了佐证。

关键词：裂腹鱼亚科祁连山裸鲤系统发育适应性进化线粒体基因组

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新疆裂腹鱼类的系统发生关系及物种分化时间

遗传 2014年第10期36卷 1013-1020页

作者：海萨.艾也力汗郭焱孟玮杨天燕马燕武新疆水产科学研究所乌鲁木齐830000

文章采用线粒体COI、ND4、16S rRNA基因联合数据分析了新疆分布的裂腹鱼类4属10个种或亚种的分子系统发育,并通过鲤亚科的分化时间、黄河上游和青海湖隔离的地质时间来校正分子钟,进而探讨了裂腹鱼类分化时间与塔里木盆地周边地区主要... 详细信息

文章采用线粒体COI、ND4、16S rRNA基因联合数据分析了新疆分布的裂腹鱼类4属10个种或亚种的分子系统发育,并通过鲤亚科的分化时间、黄河上游和青海湖隔离的地质时间来校正分子钟,进而探讨了裂腹鱼类分化时间与塔里木盆地周边地区主要地质事件和气候变化的关系。结果发现,扁吻鱼属未能形成独立的分支,与塔里木裂腹鱼、厚唇裂腹鱼聚在一起。进一步基于COI基因序列,利用Kimura双参数模型计算遗传距离,发现扁吻鱼属和裂腹鱼属间的遗传距离未达到属间区别,扁吻鱼可能是裂腹鱼属内特化的物种;聚类分析结果不同于裂腹鱼属的形态学分类方法,不支持裂腹鱼属鱼类的亚属划分;原始等级裂腹鱼类(包括裂腹鱼属和扁吻鱼属)两个族群的分化时间(8.18 Ma)与新疆裸重唇鱼和斑重唇鱼的分化时间(7.67 Ma)均发生于晚中新世,这可能与8Ma左右青藏高原北缘和北天山抬升、塔里木盆地气候干旱化等重大地质事件和气候转型导致青藏高原北缘(昆仑山)和北天山水系间出现分离相关。而塔里木盆地裂腹鱼属鱼类现今的分布格局可能与第四纪喜马拉雅运动使盆地形成西高东低的地势、罗布泊成为塔里木盆地周边高山发源河流的汇水中心相关。

关键词：裂腹鱼亚科系统发育分化时间线粒体DNA

新疆叶尔羌河流域4种裂腹鱼多变量形态学对比分析

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水产学报 2023年第4期47卷 77-90页

作者：刘鸿牛建功胡江伟海萨·艾也力汗咸玉兰贺疆滔蔡林钢张人铭新疆维吾尔自治区水产科学研究所农业农村部西北地区渔业资源环境科学观测实验站新疆维吾尔自治区

为明确叶尔羌河流域4种裂腹鱼的表型差异，实验整合传统形态学和框架分析法2个数据体系，利用多变量形态学统计分析法对叶尔羌河流域裂腹鱼类(4种，494尾，48组参数)开展分析。单因子方差分析结果显示，9个参数同时在4种裂腹鱼中存在显... 详细信息

为明确叶尔羌河流域4种裂腹鱼的表型差异，实验整合传统形态学和框架分析法2个数据体系，利用多变量形态学统计分析法对叶尔羌河流域裂腹鱼类(4种，494尾，48组参数)开展分析。单因子方差分析结果显示，9个参数同时在4种裂腹鱼中存在显著差异，差异主要位于头部、前躯干部和后躯干部；主成分分析结果显示，重唇裂腹鱼与厚唇裂腹鱼形态数据在PC1轴上差异显著，主要反映头部特征；而框架数据结果显示，塔里木裂腹鱼和宽口裂腹鱼在第一主成分上差异较大，主要体现在后躯干部；2个数据体系逐步判别分析分别选取8个和6个主要参数建立判别公式，初始判别成功率分别为85.7%和75.7%，散点图组质心分离，样品重叠少；聚类分析结果显示，2个数据体系均分为2个分支，其中重唇裂腹鱼单独成一支，塔里木裂腹鱼与厚唇裂腹鱼在形态上距离较近，与宽口裂腹鱼次之。研究表明，2个数据体系中，形态数据表现较优于框架数据；叶尔羌河流域4种裂腹鱼外部形态存在显著差异，利用多元统计方法可以较好区分，但仍存在一定的重叠。

关键词：裂腹鱼亚科形态分析多元统计叶尔羌河流域