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应用血清蛋白组学方法筛选和鉴定鼻咽癌肿瘤抗原

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应用血清蛋白组学方法筛选和鉴定鼻咽癌肿瘤抗原

作者：宋鑫四川大学

学位级别：硕士

目的:许多研究表明人类机体存在着抗肿瘤免疫应答,而且主要是特异性的免疫应答。人类肿瘤抗原的筛选与鉴定不仅有助于阐明肿瘤免疫的机制,而且也是建立新的肿瘤免疫学诊断和防治方法的基础,因此一直是肿瘤免疫学研究的热点与重点之一。... 详细信息

目的:许多研究表明人类机体存在着抗肿瘤免疫应答,而且主要是特异性的免疫应答。人类肿瘤抗原的筛选与鉴定不仅有助于阐明肿瘤免疫的机制,而且也是建立新的肿瘤免疫学诊断和防治方法的基础,因此一直是肿瘤免疫学研究的热点与重点之一。鼻咽癌是最具中国特色的恶性肿瘤,世界上大部分鼻咽癌病例发生在我国,是我国重点防治的十大肿瘤之一。目前,关于鼻咽癌肿瘤抗原的研究报道主要集中在EB病毒(Epstein-Barr Virus,EBV)相关抗原以及一些癌基因和抑癌基因编码的蛋白产物方面。因此本研究以整个鼻咽癌细胞的裂解产物作为肿瘤抗原来源,应用血清蛋白组学技术筛选鼻咽癌肿瘤相关抗原。方法:首先运用免疫印迹(Western blotting)技术筛选出能产生特异性免疫反应条带的鼻咽癌患者血清,再利用该血清与鼻咽癌细胞株(CNE1、HNE1)的裂解物进行免疫沉淀(Immunoprecipition,IP),富集肿瘤抗原,正常人血清作为对照,经凝胶电泳找出差异条带,通过质谱分析、数据库搜索和信息学分析鉴定差异蛋白。结果:应用此种方法找出明显差异条带1条,重复性较好,经质谱鉴定及生物信息学分析该条带为membrane-bound Ig M蛋白。结论:(1)采用上述方法筛选肿瘤抗原行之有效,可能成为肿瘤抗原

关键词：鼻咽癌肿瘤抗原血清蛋白组学免疫沉淀 membrane-bound IgM

基于TMT技术对脊髓型颈椎病（气虚血瘀证）患者与健康人间差异血清蛋白组学的研究

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基于TMT技术对脊髓型颈椎病（气虚血瘀证）患者与健康人间差异血...

作者：崔子正广西中医药大学

学位级别：硕士

目的:探讨脊髓型颈椎病(气虚血瘀证)与健康人的血清蛋白组学差异,寻找并鉴定脊髓型颈椎病(气虚血瘀证)的潜在生物学标志物。方法:分别采集30例脊髓型颈椎病(气虚血瘀证)患者和30例健康人的血清,前者为实验组(CSM-Q),后者为对照组(HC)。... 详细信息

目的:探讨脊髓型颈椎病(气虚血瘀证)与健康人的血清蛋白组学差异,寻找并鉴定脊髓型颈椎病(气虚血瘀证)的潜在生物学标志物。方法:分别采集30例脊髓型颈椎病(气虚血瘀证)患者和30例健康人的血清,前者为实验组(CSM-Q),后者为对照组(HC)。选用同位素相对标记与绝对定量技术(TMT)联合液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)技术进行蛋白组学分析,以此寻找并鉴定差异表达的蛋白质。采用Uni Prot GOA生成基因本体(GO)注释;京都基因和基因组百科全书(KEGG)数据库进行富集途径分析;利用STRING数据库(v.10.5)构建蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI)。结果:(1)TMT技术共筛选出78个显著差异蛋白,其中上调12个,下调66个。(2)基于GO通路富集分析,差异蛋白参与了蛋白激酶B结合、血管抑素结合、免疫球蛋白受体结合、质子跨膜转运蛋白活性、翻译延伸因子活性、亚铁结合、活性离子跨膜转运体活性、抗原结合、活性跨膜转运蛋白活性等分子功能。(3)基于KEGG通路富集分析,筛选出7条共同差异信号/代谢通路,分别为矿物质吸收、氧化磷酸化、血小板活化、中性粒细胞细胞外陷阱形成、亨廷顿舞蹈症等信号通路。(4)PPI分析表明,IGLC2、IGLC7、IGLL5、IGLV2-8、IGLV3-25、IGKV3D-11、ITGA2B、FGA、FGG、FGB和ALB等21种共同差异蛋白位于蛋白质互作网络节点,与免疫反应、炎症反应、凝血反应、氧化应激反应等生物过程紧密相关。结论:采用TMT联合LC-MS/MS技术成功筛选出脊髓型颈椎病(气虚血瘀证)与健康人群之间的血清差异表达蛋白,明确了免疫球蛋白、整合素、纤维蛋白原、内质网钙离子结合蛋白可能是脊髓型颈椎病(气虚血瘀证)的特异血清标志物。

关键词：脊髓型颈椎病气虚血瘀血清蛋白组学中医证候血清特异标志物

Ⅲ~Ⅳ期糖尿病肾病不同中医证型的血清蛋白组学研究

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湖南中医杂志 2020年第1期36卷 7-10页

作者：刘垠浩陈丽贞福建中医药大学附属漳州市中医院福建漳州363000

目的:探索Ⅲ~Ⅳ期糖尿病肾病(DN)患者血清差异蛋白,同时筛选不同中医证型的血清差异蛋白。方法:收集Ⅲ~Ⅳ期DN患者70例(气阴两虚证19例,脾肾气虚证18例,血瘀证16例,湿热证17例),同时选择健康受试者35例(健康对照组),应用表面加强激光解... 详细信息

目的:探索Ⅲ~Ⅳ期糖尿病肾病(DN)患者血清差异蛋白,同时筛选不同中医证型的血清差异蛋白。方法:收集Ⅲ~Ⅳ期DN患者70例(气阴两虚证19例,脾肾气虚证18例,血瘀证16例,湿热证17例),同时选择健康受试者35例(健康对照组),应用表面加强激光解吸电离-飞行时间-质谱(SELDI-TOF-MS)技术检测各组血清蛋白指纹图谱,并对差异蛋白峰进行对比分析。结果:1) DN组与健康对照组之间共有9个蛋白峰存在显著差异,质荷比(M/Z)分别为2042.57、3291.28、4986.15、5312.69、5564.09、9861.47、10786.53、13392.89、17395.27;2)气阴两虚证与脾肾气虚证之间共有4个蛋白峰存在显著差异,M/Z分别为2994.77、4986.15、7937.25、2758.91;3)气阴两虚证与血瘀证之间共有4个蛋白峰存在显著差异,M/Z分别为4986.15、16982.62、6819.69、9947.36;4)气阴两虚证与湿热证之间共有3个蛋白峰存在显著差异,M/Z分别为4986.15、11741.33、7001.54;5)脾肾气虚证与血瘀证之间共有3个蛋白峰存在显著差异,M/Z分别为3448.22、8063.43、9787.21;6)脾肾气虚证与湿热证之间共有5个蛋白峰存在显著差异,M/Z分别为2144.34、3992.01、8871.35、10568.32、14643.47;7)血瘀证与湿热证之间共有6个蛋白峰存在显著差异,M/Z分别为4233.15、5771.32、5987.18、8496.76、6651.25、13551.94。结论:Ⅲ~Ⅳ期DN组与健康对照组血清蛋白表达存在差异,该差异或可作为相关临床诊断的标志物,对探索DN的发病机制具有重要的参考价值;在不同中医证型之间能够找到差异血清蛋白,可能反映"证"的实质内涵,对今后建立诊断决策模型具有积极意义。

关键词：糖尿病肾病中医证型血清蛋白组学表面加强激光解吸电离-飞行时间-质谱技术

二噁英慢性低剂量暴露对雌性SD大鼠血清蛋白的影响

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中国工业医学杂志 2009年第3期22卷 163-167,F0003页

作者：陈曦汤乃军马世伟马晓明赵力军刘静张春梅天津医科大学公共卫生学院劳动卫生教研室天津300070 中国铁道科学研究院节能环控劳卫研究所北京100081 天津市疾病预防控制中心天津300011 天津市和平区卫生防病站天津300070

目的对慢性低剂量暴露于2,3,7,8-四氯二苯并二噁英(TCDD)的雌性SD大鼠血清蛋白改变进行研究,对TCDD毒性效应作进一步阐述。方法雌性SD大鼠随机分为3个染毒组和1个对照组[(n=8只/组,0 ng/(kg.d)、20 ng/(kg.d)、50 ng/(kg.d)、125 ng/(kg... 详细信息

目的对慢性低剂量暴露于2,3,7,8-四氯二苯并二噁英(TCDD)的雌性SD大鼠血清蛋白改变进行研究,对TCDD毒性效应作进一步阐述。方法雌性SD大鼠随机分为3个染毒组和1个对照组[(n=8只/组,0 ng/(kg.d)、20 ng/(kg.d)、50 ng/(kg.d)、125 ng/(kg.d)],灌胃染毒29周,采用双向凝胶电泳和基质辅助激光解吸飞行时间串联质谱技术对大鼠血清进行蛋白组学研究,寻找差异蛋白点,并对其肝脏进行组织病理学检测。结果上调的蛋白包括补体C4,载脂蛋白A-Ⅳ前体和低分子量的激肽原前体;触珠蛋白和补体C3仅在染毒组大鼠凝胶中被识别,而对照组未见;而α-抑制因子Ⅲ前体只在对照组的胶上被识别。肝脏组织病理学检测显示染毒组大鼠肝脏出现肝细胞的脂肪变性、空泡形成、肝细胞坏死等改变,并且随染毒剂量的增加严重程度增加。结论慢性低剂量染毒使得血清蛋白谱发生改变,所改变的蛋白质与TCDD的免疫毒性、肝毒性、氧化应激等效应有关。血清差异蛋白可为TCDD毒作用分子标志物的筛选提供依据。

关键词： 2,3,7,8-四氯二苯并二噁英血清蛋白组学基质辅助激光解吸飞行时间串联质谱双向电泳

结直肠癌肝转移血清蛋白指纹图谱诊断模型的建立及临床应用

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湖北医药学院学报 2012年第3期31卷 191-196页

作者：孙敏黄东李恒熊斌湖北医药学院附属太和医院普外科湖北十堰442000 武汉大学中南医院肿瘤科湖北武汉430071

目的:检测结直肠癌肝转移、结直肠癌和健康人血清中蛋白质质谱,筛选特异的生物标记物,构建结直肠癌肝转移血清蛋白指纹图谱的早期诊断模型。方法:利用表面增强激光解析/电离-飞行时间-质谱(SELDI-TOF-MS)技术检测76例血清标本的蛋白质质... 详细信息

目的:检测结直肠癌肝转移、结直肠癌和健康人血清中蛋白质质谱,筛选特异的生物标记物,构建结直肠癌肝转移血清蛋白指纹图谱的早期诊断模型。方法:利用表面增强激光解析/电离-飞行时间-质谱(SELDI-TOF-MS)技术检测76例血清标本的蛋白质质谱,其中结直肠癌肝转移8例,结直肠癌无肝转移58例,健康人10例。运用支持向量机(SVM)和判别分析法处理数据、建立和评估诊断模型。结果:⑴留一法交叉验证区分结直肠癌肝转移与健康人的诊断模型,训练集和测试集的敏感性和特异性均达到100%;⑵留一法交叉验证区分结直肠癌肝转移与结直肠癌无肝转移组的诊断模型,训练集敏感性和特异性均达到100%,测试集的敏感性87.5%,特异性98.28%;⑶留一法交叉验证区分结直肠癌肝转移组和对照组的诊断模型,训练集的敏感性、特异性分别为100%、98.53%,测试集的敏感性、特异性分别为75.0%、97.06%。结论:SELDI技术结合生物信息学分析工具,是筛选和鉴定结直肠癌肝转移候选标志物的非常有效方法,建立的诊断模型为结直肠癌肝转移的早期临床诊断尤其是定性诊断提供了新手段。

关键词：结直肠癌肝转移表面增强激光解析/电离-飞行时间-质谱支持向量机诊断模型生物标志物血清蛋白组学

Ⅲ～Ⅳ期糖尿病肾病气阴两虚证患者的血清蛋白质组学研究

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现代中西医结合杂志 2019年第7期28卷 701-704页

作者：刘垠浩陈丽贞苏小惠蓝元隆戴秀娟福建省漳州市中医院福建漳州363000

目的应用表面加强激光解吸电离-飞行时间-质谱(SELDI-TOF-MS)技术,从蛋白质组学角度筛选Ⅲ～Ⅳ期糖尿病肾病(DN)患者气阴两虚证的差异蛋白。方法采集37例Ⅲ～Ⅳ期气阴两虚证DN患者(DN气阴两虚证组)、33例Ⅲ～Ⅳ期非气阴两虚证DN患者(DN... 详细信息

目的应用表面加强激光解吸电离-飞行时间-质谱(SELDI-TOF-MS)技术,从蛋白质组学角度筛选Ⅲ～Ⅳ期糖尿病肾病(DN)患者气阴两虚证的差异蛋白。方法采集37例Ⅲ～Ⅳ期气阴两虚证DN患者(DN气阴两虚证组)、33例Ⅲ～Ⅳ期非气阴两虚证DN患者(DN非气阴两虚证组)和35例健康受试者(健康对照组)的血清样本,采用SELDI-TOF-MS技术检测各组血清蛋白表达谱,后运用Biomarker WizardTM和Biomarker PatternsTM软件进行数据分析,筛选出特异蛋白,建立诊断决策树模型。结果 DN气阴两虚证组与健康对照组共有8个蛋白峰比较差异有统计学意义(P均组与DN非气阴两虚证组共有11个蛋白峰比较差异有统计学意义(P均蛋白可能在Ⅲ～Ⅳ期DN气阴两虚证患者中呈特异表达;以质荷比为1 084. 57 Da等11个蛋白组成的证候决策树模型,敏感性为97. 3%,特异性为95. 6%。结论Ⅲ～Ⅳ期DN气阴两虚证的发生发展,可能是以质荷比为4 986. 15 Da蛋白的差异表达为物质基础的。

关键词：糖尿病肾病 SELDI-TOF-MS技术血清蛋白组学气阴两虚证

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去除血清中高、中丰度蛋白方法的优化

广西医科大学学报 2011年第2期28卷 250-252页

作者：胡蝶飞李国坚吴继周臧宁宁秋悦广西医科大学第一附属医院感染性疾病科南宁530021

目的:通过比较和优化血清样品制备方法,建立简便、灵敏的去除血清中高、中丰度蛋白的方法。方法:运用盐析法、有机溶剂法和亲和层析柱法去除血清中高、中丰度蛋白,经蛋白浓度测定和SDS-PAGE电泳分析,比较3种方法对高、中丰度蛋白去除效... 详细信息

目的:通过比较和优化血清样品制备方法,建立简便、灵敏的去除血清中高、中丰度蛋白的方法。方法:运用盐析法、有机溶剂法和亲和层析柱法去除血清中高、中丰度蛋白,经蛋白浓度测定和SDS-PAGE电泳分析,比较3种方法对高、中丰度蛋白去除效果及小分子蛋白的保留和分布情况。结果:乙腈沉淀法能去除血清样品中90%左右的高、中丰度蛋白,同时可残留更多15 ku以下的小分子蛋白;盐析沉淀法和亲和层析柱法均能去除血清样品中大部分高、中丰度蛋白,但所得的15 ku以下的小分子蛋白少于乙腈沉淀法所得到的相应蛋白。结论:用1.2倍体积乙腈沉淀法处理血清样品可去除绝大部分高、中丰度蛋白,同时收获更多的15 ku以下的小分子量蛋白。

关键词：血清蛋白组学高、中丰度蛋白乙腈沉淀法 SDS-PAGE

转录组测序结合蛋白组学技术筛选肝癌转移基因

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世界华人消化杂志 2015年第13期23卷 2050-2057页

作者：秦荔荣周怡邓小芳李洪涛臧宁何敏广西医科大学第一附属医院消化内科广西壮族自治区南宁市530021 广西医科大学医学科学实验中心广西壮族自治区南宁市530021 广西医科大学公共卫生学院广西壮族自治区南宁市530021 区域性高发肿瘤早期防治研究教育部重点实验室广西壮族自治区南宁市530021

目的:通过高通量转录组测序和相对定量血清蛋白组学技术筛选肝癌转移相关的关键基因.方法:利用Ion Proton.测序仪比较人肝癌细胞株(Smmc-7721)和正常人肝细胞株(L-02)的差异表达基因,对差异表达基因进行聚类分析、GO功能注释和富集分析... 详细信息

目的:通过高通量转录组测序和相对定量血清蛋白组学技术筛选肝癌转移相关的关键基因.方法:利用Ion Proton.测序仪比较人肝癌细胞株(Smmc-7721)和正常人肝细胞株(L-02)的差异表达基因,对差异表达基因进行聚类分析、GO功能注释和富集分析,获得肝癌细胞转移相关基因;收集10例肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者血清及匹配10例正常人血清,通过相对和绝对定量的同位素标记(isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ)联合基质辅助激光解吸电离串联飞行时间质谱(ma t r ixassisted laser desorption/ionization tandemtime of flight mass spectrometry,MALDITOF/MS)检测肝癌与正常对照组血清差异表达蛋白;将两组学结果进行交集分析,确定肝癌转移关键基因,并在76例HCC和癌旁组织中进行免疫组织化学验证.结果:对肝癌细胞及正常肝细胞进行转录组测序分析,共得到肝癌细胞差异表达基因618个,生物信息学分析差异表达基因主要聚集在转移相关、转录因子相关、氧化还原过程等14个分子功能,其中转移相关功能基因所占比例最大,达15.05%(93/618);血清蛋白组学分析共得到69个肝癌血清差异表达蛋白,其中在肝癌组上调33个,下调36个;将转录组测序筛选的与转移功能相关基因与蛋白质组学进行交集分析,发现有3个共同交集的差异因子,其中差异最明显的是肝癌中表达上调的热休克蛋白90 AA1(heat shock protein 90 AA1,HSP90AA1);免疫组织化学验证结果显示,HSP90α表达强阳性在门脉转移和无门脉转移HCC组织中的比例分别为66.7%(16/24)和25%(13/52)(P组织表达明显增高.结论:利用转录组结合血清蛋白组策略,发现HSP90AA1可能是在肝癌转移重要基因.

关键词：肝细胞癌血清蛋白组学转录组测序 HSP90AA1 转移

基于iTRAQ技术筛选阴虚“上火”人群血清生物标志物

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中华中医药杂志 2019年第4期34卷 1376-1381页

作者：陈娟甘静汪胡风徐莉范永升浙江中医药大学基础医学院杭州310053

目的:筛选阴虚上火人群血清差异表达蛋白,探讨阴虚上火的现代生物学基础,为上火机制的深入研究提供科学依据。方法:应用iTRAQ技术检测血清蛋白质,结合GO、KEGG及STRING等方法筛选血清差异蛋白,采用ELISA进行验证。结果:载脂蛋白C3(APOC3... 详细信息

目的:筛选阴虚上火人群血清差异表达蛋白,探讨阴虚上火的现代生物学基础,为上火机制的深入研究提供科学依据。方法:应用iTRAQ技术检测血清蛋白质,结合GO、KEGG及STRING等方法筛选血清差异蛋白,采用ELISA进行验证。结果:载脂蛋白C3(APOC3)、锌α2糖蛋白(ZA2G)和C-反应蛋白(CRP)等14个蛋白显著上调(P蛋白(GELS)、凝血酶原(THRB)、抗凝血酶-Ⅲ(ANT3)及血小板糖蛋白V(GPV)等25个蛋白显著下调(P蛋白变化与iTRAQ鉴定结果相符。结论:血清APOC3、ZA2G和GELS可作为阴虚上火人群潜在的生物标志物。

关键词：阴虚上火 iTRAQ-2D LC-MS/MS 血清蛋白组学生物标志物