检索结果-南通市图书馆

中国输血杂志 2024年第10期37卷 1091-1100页

作者：朱林王琪琪徐玉莲黄杨高瞻何苗绵阳市中心血站四川绵阳621000 中国医学科学院北京协和医学院输血研究所四川成都610052 四川中医药高等专科学校四川绵阳621000

目的探索健康人血液中微生物和噬菌体的存在及其可能的相互作用,通过生物信息学深度挖掘探讨血液微生物生态系统的结构和功能。方法收集2012—2018年绵阳市中心血站的1600份献血者血浆标本,通过DNA提取和文库构建,使用Illumina Hiseq 4... 详细信息

目的探索健康人血液中微生物和噬菌体的存在及其可能的相互作用,通过生物信息学深度挖掘探讨血液微生物生态系统的结构和功能。方法收集2012—2018年绵阳市中心血站的1600份献血者血浆标本,通过DNA提取和文库构建,使用Illumina Hiseq 4500平台进行高通量测序后进行生物信息学深度挖掘。采用Bowtie2、Trimmomatic及Kraken等宏基因组分析软件对血液标本中的微生物丰度进行分析;随后进一步使用Megahit、geNomad、CheckV和eggNOG-mapper等软件进行噬菌体组分析,包括序列质控、组装、识别、聚类和功能注释,并通过使用iTOL、BLAST和PhaBOX等软件对发现的血液噬菌体构建系统发育树、物种注释分析以及宿主分析与预测。结果宏基因组测序结果从血浆标本中识别出36个菌门、151个菌目、338个菌科、338个菌属和3757个菌种的微生物。在种的分类水平上,丰度排名前11的菌种分别是炭疽芽孢杆菌(Bacillus cereus)、鼠杆菌属乳杆菌(Lactobacillus murinus)、约翰逊乳杆菌(***)、普劳兹氏梭杆菌(Faecalibacterium prausnitzii)、苏云金芽孢杆菌(***)、路氏乳杆菌(***)、痤疮丙酸杆菌(Cutibacterium acnes)、海迪茨氏菌(Dietzia ***16-p6b)、猪鼻炎支原体(Mycoplasma hyorhinis)、猪肺炎支原体(***)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)。通过噬菌体组分析鉴定了202个噬菌体操作分类单元(vOTU),物种注释揭示了24种噬菌体类型,通过病毒宿主数据库与宿主分析,完成15个潜在的噬菌体宿主的比对,包括嗜麦芽窄食单胞菌(Stenotrophomonas maltophilia)、湖红胞菌(Rhodoferax lacus)、海洋拟变形菌(Pseudoalteromonas marina)、Thalassotalea loyana、海藻糖弧菌(Vibrio alginolyticus)、塔斯马尼亚弧菌(***)、溶血弧菌(***)、假单胞菌(Pseudomonas sp.)、农杆菌(Agrobacterium ***15.13/040)、鸡肠球菌(Enterococcus gallinarum)、黄杆菌属(Flavobacterium sp.)、嗜油热袍菌(Thermotoga naphthophila)、赤杆菌属RU33C(Chryseobacterium ***33C)、酸鱼乳杆菌(***)和粘液奈瑟菌(Neisseria mucosa)。结论对健康人血液微生物宏基因组和噬菌体组的挖掘与分析研究,可揭示血液中的微生物和噬菌体的存在,可能对人类健康有深远的影响。

关键词：血液微生物组血液噬菌体组宏基因组高通量测序血液微生态

来源：

维普期刊数据库

同方期刊数据库评论

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

欢迎您,

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

在线全文

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：

通借通还

欢迎您,

建议与咨询 留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

在线全文

请选择保存的检索档案： 新增检索档案 确定 取消

请选择收藏分类： 新增自定义分类 确定 取消

通借通还

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：