检索结果-南通市图书馆

重庆教育学院学报 2001年第3期14卷 60-63页

作者：李宏重庆教育学院生命科学与化学系重庆400067

蛋白质相互作用图谱的研究是后基因时代的重要研究课题。本文介绍了蛋白质相互作用和蛋白质相互作用图谱的研究方法。

关键词：蛋白质相互作用图谱经典蛋白质组学逆向蛋白质学生命科学基因序列

基于生物信息学对肝细胞癌潜在枢纽基因的筛选及验证

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暨南大学学报（自然科学与医学版） 2021年第5期42卷 535-546页

作者：李攀龙郑小芳何进勇洪炜龙彭旭云杜聪梁伟铖邱东波中山大学附属第三医院生物治疗中心广东广州510630 中山大学附属第三医院疫苗研究所广东广州510630 中山大学附属第三医院急诊科广东广州510630

目的:筛选网络数据库中肝细胞癌组织与非癌性肝组织中差异表达的基因,并探讨其中适合作为早期筛查肝癌及治疗晚期肝细胞癌(HCC)的分子标记.方法:从GEO数据库中下载3个数据集GSE121248、GSE101685和GSE14520,筛选差异表达显著的基因(DEG... 详细信息

目的:筛选网络数据库中肝细胞癌组织与非癌性肝组织中差异表达的基因,并探讨其中适合作为早期筛查肝癌及治疗晚期肝细胞癌(HCC)的分子标记.方法:从GEO数据库中下载3个数据集GSE121248、GSE101685和GSE14520,筛选差异表达显著的基因(DEGs),并对其进行基因功能富集和信号通路富集分析,利用STRING网站构建对应蛋白的相互作用网络,导入Cytoscape软件后用CytoHubb插件筛选处于关键位置前10位的枢纽基因.利用Kaplan-Meier生存分析比较枢纽基因表达差异对肝癌患者平均生存率的影响,并通过GEPIA验证枢纽基因在肝癌组织中的表达变化情况,进一步分析各枢纽基因所涉及的信号通路.结果:数据集GSE121248、GSE101685和GSE14520分别筛选出为187、536和253个DEGs(|log2FC|>2, adj.P蛋白的相互作用网络中,筛选最大团中心性(maximal clique centrality, MCC)前10位的枢纽基因为CDK1、CCNB1、TOP2A、PRC1、ECT2、RACGAP1、DTL、RRM2、ASPM和***-Meier生存分析提示9个基因(CDK1、CCNB1、TOP2A、PRC1、ECT2、RACGAP1、DTL、RRM2和ASPM)高表达可能导致HCC患者的总生存期(OS)较差,而ESR1基因高表达时患者OS延长(P1,P<0.05).这10个枢纽基因所涉及的信号通路主要为p53信号通路、细胞周期和孕酮介导的卵母细胞成熟.结论:9个枢纽基因CDK1、CCNB1、TOP2A、PRC1、ECT2、RACGAP1、DTL、RRM2和ASPM的高表达以及ESR1的低表达与肝癌患者的不良生存率密切相关,提示它们作为检测对象预测肝癌预后及作为干预靶点改善肝癌预后的可能.

关键词：肝细胞癌生物信息学基因表达谱分析蛋白质相互作用图谱

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非梗阻性无精子症的生物信息学分析

中国男科学杂志 2021年第5期35卷 17-23页

作者：卢振权侯健梁松武易翔段永刚许祥罗兵锋袁渊程小宝廖苏才季瑞东吕娴媛罗光彦香港大学深圳医院泌尿外科广东深圳518000

目的利用整合生物信息学筛选非梗阻性无精子症(NOA)组织相关的生物标志物及其调控途径,揭示其潜在的分子机制。方法从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库中获得GSE145467,GSE25518和GSE9210的基因表达谱矩阵,提取了正常生精的睾丸活检... 详细信息

目的利用整合生物信息学筛选非梗阻性无精子症(NOA)组织相关的生物标志物及其调控途径,揭示其潜在的分子机制。方法从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库中获得GSE145467,GSE25518和GSE9210的基因表达谱矩阵,提取了正常生精的睾丸活检样本10例,无精子症患者睾丸活检样本76例。对这三个GEO芯片数据整合归一化并进行批次矫正后取交集。使用R软件鉴定正常生精样本组织(NS)与NOA之间的差异表达基因(DEGs),对差异表达的基因进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,获取关键通路。然后基于在线工具(STRING)构建蛋白质与蛋白质相互作用网络图(PPI)。最后利用Cytoscape中的Cytohubba对枢纽基因(HUB基因)进行筛选。结果共筛选出489个常见的DEGs,包括10个上调基因和479个下调基因。它们通过对一些重要的途径,包括糖代谢,脂肪酸代谢,炭代谢、氨基酸合成、细胞周期及肌肉萎缩等的调控来参与精子发生。利用在线生物信息学工具String成功构建PPI网络图并使用Cytoscape筛选出网络中前30个关键基因(HUB genes)。包括BUB1、BIRC5、TTK、HMMR、RACGAP1、NEK2、DYNLL2、PBK、KIF15、UBB、KIF18A、OIP5、PTTG1、SPAG5、CKS2、CEP55、CDKN3、HIST1H2BA、TYMS、KPNA2、SGOL2、KIF2B、H2AFJ、DNALI1、SYCP1、SMC1B、DNAI1、DYNLRB2、FKBP6、SYCP3,这些基因都是下调基因。结论识别上述HUB基因和通路将有助于我们更好地理解NOA的发生机制,并为疾病的诊治提供潜在的生物标记物和治疗靶点。

关键词：非梗阻性无精症基因表达谱功能富集分析蛋白质相互作用图谱生物标志物

基于网络药理学和分子对接技术探讨十九畏药对“郁金-丁香”抗肝纤维化作用机制

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安徽医药 2023年第6期27卷 1083-1087,F0002,I0001页

作者：汪居安王居义蔡叶李幸蓉吴凌伊艳敏檀啸王继洲中国科学技术大学附属第一医院肝胆外科安徽合肥241002 皖南医学院临床医学院安徽芜湖230001 安徽中医药大学中医学院安徽合肥230038 安徽理工大学医学院安徽淮南232001

目的通过网络药理学和分子对接技术探讨郁金-丁香药对抗肝纤维化的作用机制。方法于2022年1月8日检索中药系统药理学数据平台(TCMSP)获取郁金和丁香的有效活性成分及相关靶点并进行筛选和预测;肝纤维化相关靶点的数据通过NCBI基因数据... 详细信息

目的通过网络药理学和分子对接技术探讨郁金-丁香药对抗肝纤维化的作用机制。方法于2022年1月8日检索中药系统药理学数据平台(TCMSP)获取郁金和丁香的有效活性成分及相关靶点并进行筛选和预测;肝纤维化相关靶点的数据通过NCBI基因数据、OMIM数据库和Genecards数据库获取;运用软件Venny 2.1绘制药物-疾病靶点韦恩图,得到药物抗肝纤维化的作用靶点;运用Cytoscape 3.8.2软件构建药物-活性成分-靶点相互作用网络并分析其拓扑结构;运用String数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络图;利用David和Metascape数据库对关键靶点分别进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;利用PubChem和RCSBPDB数据库对关键成分和靶点进行分子对接。结果筛选得到郁金-丁香药活性成分44个,对应作用靶点200个,肝纤维化候选靶点3 951个,药物与疾病交集靶点155个。药物-活性成分-靶点网络和PPI网络分析显示槲皮素、山柰酚、柚皮素、β-谷甾醇等是药对治疗肝纤维化的关键成分,蛋白激酶B1(AKT1)、白细胞介素(IL)-6、IL-1β、牛胱天蛋白酶3(CASP3)等为治疗的核心靶点。155个潜在靶点经GO富集至1 889条生物学过程、44条细胞组分表达和94个分子功能相关的过程中。KEGG通路分析显示与133条通路有关,涉及癌症信号通路、乙型肝炎信号通路、TNF信号通路、Toll样受体信号通路等。分子对接表明关键成分与核心靶点结合良好。结论从网络药理学角度阐明了郁金-丁香药多成分、多靶点、多途径的整体调节特点,初步揭示了其抗肝纤维化的作用机制,为后续研究提供思路与依据。

关键词：肝纤维化十九畏郁金丁香网络药理学分子对接蛋白质相互作用图谱

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