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基于16S rRNA基因部分序列的长江口虾虎鱼科鱼类系统分类

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海洋渔业 2016年第1期38卷 17-25页

作者：吕杨宋超刘媛媛赵峰张涛高宇庄平南京农业大学无锡渔业学院江苏无锡214182 中国水产科学研究院东海水产研究所上海200090 上海海洋大学水产与生命学院上海201306

为了确定线粒体16SrRNA基因在长江口虾虎鱼科鱼类系统分类及物种鉴定中的作用，采用16SrRNA基因特异扩增测序及GenBank已有序列联合配对分析的方法，对长江口虾虎鱼科9属11种鱼类34个16SrRNA基因片段的序列进行比较和系统分类研究。统... 详细信息

为了确定线粒体16SrRNA基因在长江口虾虎鱼科鱼类系统分类及物种鉴定中的作用，采用16SrRNA基因特异扩增测序及GenBank已有序列联合配对分析的方法，对长江口虾虎鱼科9属11种鱼类34个16SrRNA基因片段的序列进行比较和系统分类研究。统计分析显示，虾虎鱼科鱼类该片段的A含量明显高于其它3个碱基含量，A＋T的平均含量高于G＋C的平均含量，第3密码子位点G＋C含量最高，其平均值为51．1％，变化范围为49．8％～53．2％。全部转换位点多于颠换位点，转换／颠换比值为1．45。依据Maximum Composite Likelihood模型，得出11种虾虎鱼科鱼类种问遗传距离平均值为0．151，种内为0．002，种间遗传距离是种内遗传距离的76倍。通过邻接法（Neighbor—joining，NJ）构建系统发育树，显示长江口虾虎鱼科鱼类为明显的单系群，并进一步佐证把传统形态分类中弹涂鱼科的青弹涂鱼（Scartelaos histiophorus）和大弹涂鱼（Boleophthalmus pectinirostris）及鳗虾虎鱼科的拉氏狼牙虾虎鱼（Odontamblyopus lacepedii）和红狼牙虾虎鱼（Odontamblyopus rubicundus）归属于虾虎鱼科的合理性。聚类结果显示红狼牙虾虎鱼和拉氏狼牙虾虎鱼聚在一起，其节点支持率达100％，两者可能为同种异名。本研究表明，线粒体16SrRNA基因序列作为分子标记对虾虎鱼科鱼类进行物种鉴定和系统分类是可行的，可为虾虎鱼类的亲缘关系分析提供基础资料。

关键词：虾虎鱼科 16SrRNA 分子系统分类

中国广东省虾虎鱼一新种——周氏吻虾虎鱼(Rhinogobius zhoui)(鲈形目:虾虎鱼科)

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Zoological Research 2009年第3期30卷 327-333页

作者：李帆钟俊生复旦大学生物多样性科学研究所生物多样性和生态工程教育部重点实验室上海200433 上海海洋大学水产与生命学院上海201306

记述了分布于广东省海丰县莲花山溪流中的吻虾虎鱼属一新种,定名为周氏吻虾虎鱼Rhinogobius zhoui。该新种可由如下特征区别于相近种:第二背鳍条I,8—9;臀鳍条I,7—8;胸鳍条16—18;纵列鳞29—31;背鳍前鳞10—12;椎骨数10+16=26;成年雄... 详细信息

记述了分布于广东省海丰县莲花山溪流中的吻虾虎鱼属一新种,定名为周氏吻虾虎鱼Rhinogobius zhoui。该新种可由如下特征区别于相近种:第二背鳍条I,8—9;臀鳍条I,7—8;胸鳍条16—18;纵列鳞29—31;背鳍前鳞10—12;椎骨数10+16=26;成年雄性个体第一背鳍无黑斑,各奇鳍具宽大的亮白色边缘,颊部与鳃盖膜无斑纹,体侧具6—8个红色斑块。

关键词：虾虎鱼科周氏吻虾虎鱼新种广东省

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福建吻虾虎鱼属一新种(鲈形目,虾虎鱼科)

动物分类学报 2007年第4期32卷 981-985页

作者：李帆钟俊生伍汉霖上海水产大学生命科学与技术学院上海200090

描述分布于福建省福州市北峰溪流中的一吻虾虎鱼新种,定名为网纹吻虾虎鱼Rhinogobius reticulates ***.。该虾虎鱼与***和***在头部斑纹上相似,但具有区别于此两种吻虾虎鱼的特征：纵列鳞27-29（平均27.7）;椎骨数26-27（平均26.5）;成... 详细信息

描述分布于福建省福州市北峰溪流中的一吻虾虎鱼新种,定名为网纹吻虾虎鱼Rhinogobius reticulates ***.。该虾虎鱼与***和***在头部斑纹上相似,但具有区别于此两种吻虾虎鱼的特征：纵列鳞27-29（平均27.7）;椎骨数26-27（平均26.5）;成体眼肩胛骨管通常于眼窝后具有两个感觉管孔ω和ω1;鳃盖条部具8-13条红色网状条纹;眼下缘具1红棕色条纹;全身密布黑褐色细点;体侧无斑块。

关键词：鲈形目虾虎鱼科吻虾虎鱼属新种

中国裸身虾虎鱼属(Gymnogobius)一新种(鲈形目:虾虎鱼科)

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水产学报 2007年第4期31卷 452-455页

作者：赵盛龙伍汉霖钟俊生浙江海洋学院海洋科学与技术学院上海水产大学生命科学与技术学院

以头部感觉管孔及颊部感觉乳突的排列规律为主要分类依据,综合形态特征,研究了采自浙江省舟山岛河溪的裸身虾虎鱼属(Gymnogobius)的一新种:舟山裸身虾虎鱼Gymnogobius zhoushanensis ***.。新种的形态特征及性状与产于浙江省苍南县的横... 详细信息

以头部感觉管孔及颊部感觉乳突的排列规律为主要分类依据,综合形态特征,研究了采自浙江省舟山岛河溪的裸身虾虎鱼属(Gymnogobius)的一新种:舟山裸身虾虎鱼Gymnogobius zhoushanensis ***.。新种的形态特征及性状与产于浙江省苍南县的横带裸身虾虎鱼Gymnogobius transversefasciatus(Wu&Zhou,1990)十分相似,头部均具4个感觉管孔(C,D,F,G),颊部具1条眼下感觉乳突线(L2),3条水平状的纵行感觉乳突线(L3,L4,L5)。但该新种具有口小,上颌骨后端仅伸达眼前缘的下方;纵列鳞、横列鳞和背鳍前鳞较少;头部密具许多小黑点的特征。

关键词：虾虎鱼科裸身虾虎鱼属新种舟山

基于线粒体COI基因部分序列的长江口虾虎鱼科鱼类系统分类

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淡水渔业 2014年第5期44卷 3-8页

作者：于亚男宋超侯俊利王妤庄平南京农业大学无锡渔业学院江苏无锡214182 中国水产科学研究院东海水产研究所上海200090

对采自长江口的7种虾虎鱼(Gobiidae)19个个体的线粒体COI基因进行测序,其他6种虾虎鱼的相应序列从Genbank中获得。序列分析结果显示7种虾虎鱼的COI基因部分序列密码子的第一位碱基的GC碱基含量最恒定,第三位碱基的GC含量最高,平均A+T的... 详细信息

对采自长江口的7种虾虎鱼(Gobiidae)19个个体的线粒体COI基因进行测序,其他6种虾虎鱼的相应序列从Genbank中获得。序列分析结果显示7种虾虎鱼的COI基因部分序列密码子的第一位碱基的GC碱基含量最恒定,第三位碱基的GC含量最高,平均A+T的含量要高于G+C的含量,与多种鱼类的COI基因的碱基特点相似。运用MEGA5.0计算13种虾虎鱼的种间遗传距离,表明拉氏狼牙虾虎鱼(Oxyurichthy tentacularis)与孔虾虎鱼(Chaeturichthys stigmatias)归属于近盲虾虎鱼亚科,根据种间遗传距离与系统发育树的结构特征推测,触角沟虾虎鱼和矛尾虾虎鱼可能具有共同的起源。

关键词：虾虎鱼科线粒体细胞C亚基(COI) 分子系统分类

苏州及邻近地区虾虎鱼科与鳗虾虎鱼科鱼类分类特征及区系组成

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水利渔业 2001年第4期21卷 3-5页

作者：秦伟戈志强苏州大学生命科学学院水产系苏州市浒墅关215151

根据多年实地调查和对照现有资料 ,首次报道了苏州及邻近地区虾虎鱼科和鳗虾虎鱼科鱼类的重新定名和种名的重新整理。共确认有 2个亚科、6个属、8个种 ,占全国 1 2 8种的 6 2 5%。其中纹缟虾虎鱼、矛尾虾虎鱼和阿匍虾虎鱼为本地区新记... 详细信息

根据多年实地调查和对照现有资料 ,首次报道了苏州及邻近地区虾虎鱼科和鳗虾虎鱼科鱼类的重新定名和种名的重新整理。共确认有 2个亚科、6个属、8个种 ,占全国 1 2 8种的 6 2 5%。其中纹缟虾虎鱼、矛尾虾虎鱼和阿匍虾虎鱼为本地区新记录的种 ,列出了虾虎鱼科和鳗虾虎鱼科鱼类的分类鉴定检索表。对其资源状况进行了评价。

关键词：虾虎鱼科鳗虾虎鱼科苏州地区分类特征区系组成

16S rRNA和COI基因序列对长江口虾虎鱼科鱼类种类鉴定和系统分类的对比研究

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水产研究 2016年第4期3卷 71-81页

作者：宋超吕杨赵峰侯俊利杨刚庄平中国水产科学研究院东海水产研究所农业部东海与长江口渔业资源环境科学观测实验站上海南京农业大学无锡渔业学院江苏无锡

为了对比线粒体16S rRNA和COI基因片段在长江口虾虎鱼科鱼类种类鉴定和系统分类研究中的适用性,本文运用PCR技术,扩增了虾虎鱼科7属8种24个个体的线粒体16S rRNA和COI基因片段,并对其种间的序列差异进行比较分析。经比对后得到16S rRNA... 详细信息

为了对比线粒体16S rRNA和COI基因片段在长江口虾虎鱼科鱼类种类鉴定和系统分类研究中的适用性,本文运用PCR技术,扩增了虾虎鱼科7属8种24个个体的线粒体16S rRNA和COI基因片段,并对其种间的序列差异进行比较分析。经比对后得到16S rRNA基因长度为535bp的序列,共编码178个氨基酸,24条16S rRNA序列共有12个单倍型,共检测到变异位点161个,约占总位点数的30.1%,插入/缺失位点15个,转换与颠换比值(Si/Sv)为1.51;同时,获得COI基因长度641 bp,共编码213个氨基酸,单倍型个数与16S rRNA序列相同,变异位点221个,所占百分比高于16S rRNA序列(约34.5%),无插入/缺失位点,转换/颠换值为1.29。两种基因的转换/颠换值均小于2,因此对其做了相应的突变饱和性分析,结果显示,两种基因在虾虎鱼科鱼类中不存在突变饱和现象。遗传距离结果显示,16S rRNA基因种间序列变异程度均小于COI基因,16S rRNA基因的种内和种间平均遗传距离分别为0.002和0.169,种间约为种内遗传距离的84倍,种间遗传距离最小值存在于纹缟虾虎鱼和髭缟虾虎鱼之间为0.100;而COI序列的种内和种间平均遗传距离分别0.001和0.215,种间为种内遗传距离的215倍。因此,16S rRNA和COI序列均适用于虾虎鱼科的种类鉴定。基于16S rRNA和COI基因序列获得的UPGMA系统树显示虾虎鱼科鱼类均可形成单系群,不同之处在于16S rRNA基因序列主要表现种、属间序列差异,而COI则突出表现种、属、科间序列差异。因此,在应用这两种基因片段做系统分类研究时,应根据研究的不同系统水平选择适当的分子标记。

关键词：长江口虾虎鱼科 16S rRNA COI 种类鉴定系统分类

基于16S rRNA基因部分序列的长江口虾虎鱼科鱼类系统分类

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基于16S rRNA基因部分序列的长江口虾虎鱼科鱼类系统分类

2015年中国水产学会学术年会

作者：吕杨宋超赵峰张涛高宇庄平南京农业大学无锡渔业学院中国水产科学研究院东海水产研究所

为了确定线粒体16S r RNA基因在长江口虾虎鱼科鱼类系统分类及物种鉴定中的作用,本研究采用16S r RNA基因特异扩增测序及Gen Bank已有序列联合配对分析的方法,对长江口虾虎鱼科9属11种鱼类34个16S r RNA基因片段的序列进行比较和系统分... 详细信息

为了确定线粒体16S r RNA基因在长江口虾虎鱼科鱼类系统分类及物种鉴定中的作用,本研究采用16S r RNA基因特异扩增测序及Gen Bank已有序列联合配对分析的方法,对长江口虾虎鱼科9属11种鱼类34个16S r RNA基因片段的序列进行比较和系统分类研究。结果显示,虾虎鱼科鱼类该片段的A含量明显高于其他3个碱基含量,A+T的平均含量高于G+C的平均含量;全部转换位点多于颠换位点,转换/颠换比值为1.45;11种虾虎鱼科鱼类种间遗传距离平均值为0.151,种内为0.002,种间遗传距离是种内遗传距离的76倍。NJ树显示长江口虾虎鱼科鱼类为明显的单系群,并进一步佐证把传统形态分类中弹涂鱼科的青弹涂鱼和大弹涂鱼及鳗虾虎鱼科的拉氏狼牙虾虎鱼和红狼牙虾虎鱼归属于虾虎鱼科的合理性。红狼牙虾虎鱼和拉式狼牙虾虎鱼聚为一支,其节点支持率达100%,两者可能为同种异名。本研究表明,线粒体16S r RNA基因序列作为分子标记对虾虎鱼科鱼类进行物种鉴定和系统分类是可行的,可为虾虎鱼类的亲缘关系分析提供基础资料。

关键词：虾虎鱼科 16S r RNA 分子系统分类

来源： cnki会议评论

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中国虾虎鱼科一新属新种

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