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利用荧光ssr标记分析中国油橄榄品种遗传多样性

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林业科学 2012年第6期48卷 47-55页

作者：李金花俞宁林木遗传育种国家重点实验室北京100091 中国林业科学研究院林业研究所北京100091

为研究我国53个油橄榄品种(13个引种驯化选育品种和40个引种品种)的遗传变异,利用ssr荧光标记技术对从甘肃的陇南、四川的西昌、广元和云南的永仁5个地点收集的107份材料进行遗传多样性分析。20对引物共检测出294个等位变异,每对引物的... 详细信息

为研究我国53个油橄榄品种(13个引种驯化选育品种和40个引种品种)的遗传变异,利用ssr荧光标记技术对从甘肃的陇南、四川的西昌、广元和云南的永仁5个地点收集的107份材料进行遗传多样性分析。20对引物共检测出294个等位变异,每对引物的等位基因数在9～26之间,平均为14.7个;多态性信息量PIC值平均为0.73(0.33～0.89)。基于Jaccard系数的NJ法聚类分析结果表明,参试材料分为2大组,选育品种与引种品种未被分开,但大多数具有相同品种名称的材料被分在同一组中,无论是选育品种还是引种品种均具有高水平遗传多样性。对来自5个国家的油橄榄品种群体进行分子方差分析(AMOVA)结果表明,品种内遗传变异(86.61%)远远超过了群体间和群体内不同品种间的遗传变异(13.39%),大规模引种过程中对品种的起源和来源地等信息并不完全,以及在长期引种栽培和苗木繁育过程中品种混淆和同名异种等,都是造成品种内遗传变异水平高的原因。

关键词：油橄榄荧光ssr标记遗传多样性分子方差分析(AMOVA)

利用荧光ssr标记分析元宝枫种质资源遗传多样性

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分子植物育种 2023年第24期21卷 8163-8171页

作者：臧真荣燕丽萍王因花王开芳梁燕仲伟国吴德军权志珣山东省林业科学研究院山东省林木遗传改良重点实验室济南250014 山东农业大学林学院济南250014

为了研究元宝枫种质资源遗传的多样性,本研究对所采集的元宝枫无性系群体DNA进行荧光PCR扩增,利用毛细管电泳法检测PCR产物,分析元宝枫的集中分布区域之间及同源无性系间的遗传差异和遗传多样性。用11对荧光标记ssr引物对250个元宝枫无... 详细信息

为了研究元宝枫种质资源遗传的多样性,本研究对所采集的元宝枫无性系群体DNA进行荧光PCR扩增,利用毛细管电泳法检测PCR产物,分析元宝枫的集中分布区域之间及同源无性系间的遗传差异和遗传多样性。用11对荧光标记ssr引物对250个元宝枫无性系进行分析,数据显示共102个等位基因,每个位点的等位基因数值4~16个不等,平均等位基因数为9.27;观测杂合度(Ho)为0.42~0.94,平均观测杂合度为0.66,期望杂合度(He)为0.45~0.88,平均期望杂合度为0.73。Shannon’s多样性指数(I)为0.916~6.875,平均值为2.078。多态性信息含量(PIC)为0.136~0.771,平均值为0.457。有2个ssr位点的Ho/He值大于1,说明其杂合度较高。对元宝枫9个主要分布区的250个无性系进行遗传多样性分析,结果表明:种源间存在着11%的遗传变异,同源内无性系之间具有85%的遗传变异。聚类分析和主坐标分析结果一致,9个主要分布区的元宝枫聚为3大类群:赤峰和泰安两个分布区的亲缘关系较近,聚为一大类群;北京、泗水、淄博、滕州、海阳和蒙山亲缘关系次近,聚为一类;四川的单独聚为一类。本研究结果为元宝枫种质资源保存和利用提供了理论支持。

关键词：元宝枫荧光ssr标记种质资源遗传多样性

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利用荧光ssr标记划分玉米杂种优势群研究

延边大学农学学报 2011年第4期33卷 229-235+247页

作者：董艺兰黄初女郑大浩李钟民延边农业科学院旱田研究所延边大学农学院农学系龙井市智新镇农业技术推广站

采用荧光ssr标记技术,对我国玉米育种中重要的32个代表性自交系进行遗传关系分析和杂种优势群划分.结果表明,兰卡斯特种质的自交系和唐四平头种质的自交系及这两种种质的自交系与其它种质的自交系遗传距离较大;而瑞德种质的自交系和旅... 详细信息

采用荧光ssr标记技术,对我国玉米育种中重要的32个代表性自交系进行遗传关系分析和杂种优势群划分.结果表明,兰卡斯特种质的自交系和唐四平头种质的自交系及这两种种质的自交系与其它种质的自交系遗传距离较大;而瑞德种质的自交系和旅大红骨种质的自交系遗传距离最近.所研究自交系划分为3大类群(Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ),其中2个类群分别为兰卡斯特群(类群Ⅰ)和唐四平头群(类群Ⅲ);而瑞德种质和旅大红骨种质的自交系及选自美国杂交种的自交系均划归同一个群(类群Ⅱ)中.

关键词：玉米自交系荧光ssr标记聚类杂种优势群

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内蒙古糜黍资源DNA分子身份证的构建

植物遗传资源学报 2024年

作者：冯智尊辛旭霞曹越郭娟王晓丹曹晓宁 Santra Dipak K 陈凌乔治军王瑞云山西农业大学农学院山西农业大学农业基因资源研究中心/农业农村部黄土高原作物基因资源与种质创制重点实验室/杂粮种质资源发掘与遗传改良山西省重点实验室内布拉斯加大学林肯分校农艺系小宗粮豆研究与推广中心

糜黍（PanicummiliaceumL.）是一种品种资源多样的古老作物，采用荧光ssr标记，对糜黍资源进行数字化的管理与分类，可将众多资源合理高效应用。本研究以258份内蒙古糜黍资源为材料，基于本课题组前期开发的85个常规ssr标记，经多次扩... 详细信息

糜黍（PanicummiliaceumL.）是一种品种资源多样的古老作物，采用荧光ssr标记，对糜黍资源进行数字化的管理与分类，可将众多资源合理高效应用。本研究以258份内蒙古糜黍资源为材料，基于本课题组前期开发的85个常规ssr标记，经多次扩增筛选、优化、加工（引物5′端添加荧光基团）获得荧光ssr核心标记。利用MapChart2.32绘制标记的染色体定位图，利用IDAnalysis4.0检测标记对材料的区分度，用PowerMarker3.25和PopGen1.32进行遗传多样性分析，用MEGA 11.0.10和NTSYSpc2.11a分别绘制聚类图和主成分分析图，最终应用草料二维码生成器构建材料的DNA分子身份证。遗传多样性分析发现，利用7个标记扩增258份材料，共有123个等位基因（Na），平均每个标记有17.5714个，处于8.0000～25.0000之间；有效等位基因数（Ne）变化范围在3.5868～16.2042之间，均值是7.4622；Shannon多样性指数（I）处于1.8361～2.8852之间，平均值为2.2270；观测杂合度（Ho）、期望观测杂合度（He）分别处于0.5303～0.9606、0.7229～0.9408之间，均值分别为0.8021和0.8372；Nei’s基因多样性指数（Nei）变化范围在0.7212～0.9383之间，均值是0.8353；多态性信息含量（PIC）为0.8266～0.9391，均值是0.8994。将毛细管电泳结果以特定方式进行编码处理，最终仅用7个荧光标记（RYW6、RYW8、RYW37、RYW40、RYW67、RYW124和RYW125）组合在一起生成全部材料的字符串和二维码DNA分子身份证，为内蒙古糜黍种质资源的分类管理及快速鉴定提供了分子检测工具和理论依据。

关键词：糜黍内蒙古荧光ssr标记毛细管电泳分子身份证

利用荧光标记ssr技术鉴定花生F1代杂交种

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花生学报 2009年第4期38卷 35-38页

作者：李双铃王辉任艳石延茂何国浩禹山林袁美山东省花生研究所国家花生工程技术研究中心山东青岛266100 College of Agricultural and Natural Science Tuskegee UniversityTuskegeeAL36088USA

杂种真实性的鉴定对花生杂交育种和遗传群体构建是非常重要的。利用IRD荧光标记ssr对亲本D145和D089及其F1单株进行分析。结果表明,在可扩增的41对引物中,6对在两亲本中表现多态性,多态性引物比率为14.6%。7个F1单株中,3株表现杂合带型... 详细信息

杂种真实性的鉴定对花生杂交育种和遗传群体构建是非常重要的。利用IRD荧光标记ssr对亲本D145和D089及其F1单株进行分析。结果表明,在可扩增的41对引物中,6对在两亲本中表现多态性,多态性引物比率为14.6%。7个F1单株中,3株表现杂合带型,为真杂种,4株为假杂种,表现母本带型或新带型。根据F2:3家系的网斑病抗性分离表现和农艺性状可知,表现杂合带型的为真杂种,表现母本带型或新带型的为假杂种,与ssr标记鉴定的结果一致。证明应用荧光标记ssr技术鉴定真假杂种是切实可行的。

关键词：花生荧光ssr标记杂种鉴定

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长柄双花木种群遗传结构及种群历史

林业科学 2020年第7期56卷 55-62页

作者：孟艺宏徐刚标卢孟柱姜小龙郭飞龙中南林业科技大学林木遗传育种实验室长沙410004 浙江农林大学杭州311300 中国科学院上海辰山植物园上海201602

【目的】分析长柄双花木种群遗传多样性和遗传结构,探讨其种群演化历史,加深对该物种进化过程的理解,为其遗传资源保护、开发利用提供理论基础。【方法】利用15对能获得高多态性扩增产物的ssr引物,采用TP-M13-ssr技术检测长柄双花木全... 详细信息

【目的】分析长柄双花木种群遗传多样性和遗传结构,探讨其种群演化历史,加深对该物种进化过程的理解,为其遗传资源保护、开发利用提供理论基础。【方法】利用15对能获得高多态性扩增产物的ssr引物,采用TP-M13-ssr技术检测长柄双花木全分布区12个自然种群261株个体的遗传多态性,应用Gene Marker软件进行基因分型,FSTAT估算遗传参数,ARLEQUIN进行分子方差分析,STRUCTURE对所有个体进行Bayesian聚类分析,Bottleneck检测种群遗传瓶颈效应。【结果】15个ssr位点共检测到129个等位基因,平均每个位点上的等位基因数和有效等位基因数分别为8.6和3.5,观测杂合度和期望杂合度分别为0.37和0.67;种群水平上,平均每个位点上的等位基因数和有效等位基因数分别为3.4和2.1,观测杂合度和期望杂合度分别为0.35和0.43;私有基因丰富度和种群内近交系数分别为0.15和0.19。除道县种群外,其他种群极显著偏离Hardy-Weinberg平衡,表现出杂合子缺失。种群间遗传差异极显著(P<0.001)。12个种群可归类为2个类群,大多数个体谱系清晰。在近期的进化过程中,种群遗传结构稳定,未经历遗传瓶颈事件。【结论】长柄双花木在物种和种群水平上,维持较丰富的遗传变异,具有较高的进化潜力。近期生境碎片化和遗传漂移对长柄双花木种群遗传多样性影响较小。种群间的自然屏障、气候变迁和人类干扰导致的种群生境碎片化,是其现代地理分布格局和种群遗传结构的主要成因,这可为该物种遗传资源保护策略的制定提供科学依据。

关键词：长柄双花木荧光ssr标记遗传结构种群历史

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明清板栗古树遗传多样性的ssr分析

林业科学研究 2016年第6期29卷 940-945页

作者：刘国彬曹均王金宝兰彦平北京市农林科学院林业果树研究所北京100093 北京市怀柔板栗试验站北京102206

板栗（Castanea mollissima Blume）属于壳斗科（Fagaceae）栗属（Castanea Miller）植物,广泛分布于全国23个省（区、市）[1],年产量约213.2万吨,是我国的传统木本粮食树种和优势经济林树种。

关键词：板栗古树荧光ssr标记遗传多样性种质鉴定

基于ssr标记的海南54份榴莲种质资源遗传多样性和群体结构分析

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中国果树 2023年第12期 90-98,F0002页

作者：邓会栋乔阳郭利军华敏谢圣华冀晓昊吴晓慧冯学杰王海波海南省农业科学院热带果树研究所农业农村部热带果蔬遗传资源评价利用重点实验室农业农村部海口热带果树科学观测实验站海南省热带果树生物学重点实验室海南省热带果树育种工程技术研究中心海口571100 中国农业科学院果树研究所

对海南省引种种植的54份榴莲种质资源采用荧光ssr分子标记技术,进行ssr多态性分析、聚类分析、群体结构分析、遗传多样性分析。结果表明,筛选获得19对多态性较高的ssr引物,通过DNA扩增共检测出117个多态性等位基因,平均多态性等位基因数... 详细信息

对海南省引种种植的54份榴莲种质资源采用荧光ssr分子标记技术,进行ssr多态性分析、聚类分析、群体结构分析、遗传多样性分析。结果表明,筛选获得19对多态性较高的ssr引物,通过DNA扩增共检测出117个多态性等位基因,平均多态性等位基因数为6.158个,平均有效等位基因数为3.398个,香农指数平均值为1.372,观察杂合度和期望杂合度的平均值均为0.689,多态信息指数平均值为0.643,表明具有一定的遗传多样性。基于UPGMA方法进行聚类分析,在遗传距离0.6处54份榴莲种质资源可以分成3个类群,第一类群共45份种质资源,包括引种于不同国家的不同榴莲品种;第二类群共8份种质资源,均为引种于不同国家的猫山王榴莲;第三类群共1份种质资源,是引种于泰国的红榴莲。以遗传距离0.3为阈值,第一类群又可以分为9个亚群。基于Structure可以将54份榴莲种质资源划分为5个亚群。综合聚类和群体结构分析,明确了部分未知种质资源的品种所属,对不同亚群的遗传变异、遗传距离和遗传分化分析发现,个体的变异是总变异的主要来源,亚群5与其他亚群的遗传距离和遗传分化程度最大,不同亚群整体基因流较大,遗传分化程度较低。

关键词：榴莲种质资源荧光ssr标记聚类分析群体结构遗传多样性遗传分化

寒地苹果资源遗传多样性及群体结构的ssr标记分析

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中国果树 2023年第5期 15-22页

作者：刘畅郭劲鹏高源胡颖慧杨悦宋宏伟卜海东于文全王昆顾广军黑龙江省农业科学院牡丹江分院寒地果树育种与栽培重点实验室157000 黑龙江省林业科学院牡丹江分院中国农业科学院果树研究所农业农村部园艺作物种质资源利用重点实验室吉林省农业科学院果树研究所

对49份寒地苹果资源采用荧光ssr分子标记技术,并利用GenAlEx 6.501软件进行遗传多样性分析,利用NTSYS 1.2软件进行聚类分析,利用STRUCTURE 2.3.4软件进行群体结构分析。结果表明:20对ssr引物通过DNA扩增共检测出278个多态性等位基因,平... 详细信息

对49份寒地苹果资源采用荧光ssr分子标记技术,并利用GenAlEx 6.501软件进行遗传多样性分析,利用NTSYS 1.2软件进行聚类分析,利用STRUCTURE 2.3.4软件进行群体结构分析。结果表明:20对ssr引物通过DNA扩增共检测出278个多态性等位基因,平均多态性等位基因数为13.850,平均有效等位基因数为6.649,香农多样性指数为2.065,观察杂合度和期望杂合度的平均值分别为0.569和0.799,具有较高的遗传多样性。楸子群体与中国苹果群体间遗传距离最小,为0.261,楸子群体与西洋苹果群体间遗传距离最大,为0.411,属于中度分化。基于UPGMA遗传距离的聚类分析,在遗传距离0.80处49份材料可以分成2个类群,第Ⅰ类包括18份资源,全部是中国苹果群体;第Ⅱ类包括31份资源,其中楸子群体10份,中国苹果群体16份,西洋苹果群体5份。在遗传距离0.81处,第Ⅰ类进一步分为Ⅰa和Ⅰb两个亚类,分别包含5份和13份资源。群体结构分组与聚类分析有相似的结果,发现遗传距离和类群归属与地理位置并不完全相关,各群体间存在基因渗透。

关键词：寒地苹果资源荧光ssr标记遗传多样性聚类分析群体结构