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基于Pearson系数的芯片数据预处理方法

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计算机时代 2006年第11期 37-38页

作者：王修竹刘自伟齐阳鲍竞西南科技大学计算机科学与技术学院四川绵阳621010

数据预处理可以大大降低数据挖掘算法的成本和提高数据挖掘的效率,尤其对于海量和高维的基因表达数据更为重要。针对K-means算法对数据预处理手段敏感的问题,文章提出了一种以管家基因法初始化数据、Pearson系数度量芯片数据相似性的预... 详细信息

数据预处理可以大大降低数据挖掘算法的成本和提高数据挖掘的效率,尤其对于海量和高维的基因表达数据更为重要。针对K-means算法对数据预处理手段敏感的问题,文章提出了一种以管家基因法初始化数据、Pearson系数度量芯片数据相似性的预处理方法。具体的实验数据证明了该方法能很好地解决上述问题并有效地提高k-means算法的收敛速度。

关键词：管家基因法 Pearson相关系数 K.均值聚类芯片数据

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华盛顿勒索芯片数据进入关键期 016

华盛顿勒索芯片数据进入关键期

台积电“认怂” 美国强取芯片数据为哪般 008

环球时报

作者：张静青木尹野平张天行任重

美国以应对全球芯片危机为名，向芯片相关企业勒索机密数据，8日是其设定的最后期限。此前一天，台积电确认，已经“回应”美方要求，上交数据。台“经济部长”声称，有关行为属“自愿性质”，且台湾厂商都会“交卷”。过去一个多月，... 详细信息

美国以应对全球芯片危机为名，向芯片相关企业勒索机密数据，8日是其设定的最后期限。此前一天，台积电确认，已经“回应”美方要求，上交数据。台“经济部长”声称，有关行为属“自愿性质”，且台湾厂商都会“交卷”。过去一个多月，台积电几度挣扎，最终妥协，而台当局形同看

关键词：华盛顿商务部台积电台湾厂商关键期芯片数据商业机密民进党相关信息

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Sony发布BrightEra芯片数据投影机VPL-FE40和VPL-FX40

北京商报

作者：杨月涵

胳膊拧不过大腿，赶在11月8日的最后期限之前，全球最大芯片代工企业台积电“回应了美国商务部关于提供供应链信息的要求”。而在这之前，三星已经先一步败下阵来。一边是车企缺芯停工停产的现实，一边是核心技术遭遇中游企业的潜在威... 详细信息

胳膊拧不过大腿，赶在11月8日的最后期限之前，全球最大芯片代工企业台积电“回应了美国商务部关于提供供应链信息的要求”。而在这之前，三星已经先一步败下阵来。一边是车企缺芯停工停产的现实，一边是核心技术遭遇中游企业的潜在威胁，为保“霸权”的美国想要寻找一个突破口

关键词：台积电芯片数据

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中国电化教育 2007年第1期 121-121页

2006年12月,索尼中国专业系统集团在北京推出了两款"BrightEra"芯片数据投影机新品VPL-FE40和VPL-FX40。这一举动引起了市场的高度关注,它显示了Sony投影机将继续加大对中国市场的投入力度。

关键词： VPL-FX40 Sony 投影机 BrightEra 芯片数据 FE FX

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浅谈芯片数据提取在手机取证中的应用

黑龙江科技信息 2016年第14期 150-151页

作者：肖劲华广西北海市公安局网络安全保卫支队广西北海536000

移动终端设备已经成为人们日常生活、工作、学习和娱乐一个必备的工具,同时也成为部分不法分子的犯罪工具,因此对保存有大量个人信息和隐私数据涉案移动终端设备进行电子数据检验,成为案件侦查过程中办案人员查找嫌疑人犯罪线索或固定... 详细信息

移动终端设备已经成为人们日常生活、工作、学习和娱乐一个必备的工具,同时也成为部分不法分子的犯罪工具,因此对保存有大量个人信息和隐私数据涉案移动终端设备进行电子数据检验,成为案件侦查过程中办案人员查找嫌疑人犯罪线索或固定犯罪证据的重要手段。JTAG技术、ISP技术能有效解决取证工作人员在手机取证中的特殊需求。

关键词：芯片数据手机取证 JTAG技术 ISP技术

基于芯片和填充测序数据的肉鸡屠宰性状基因组选择准确性评估

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中国农业科学 2023年第15期56卷 3032-3039页

作者：尹畅朱墨陈艳茹童世锋赵桂苹刘杨南京农业大学动物科技学院中国农业科学院北京畜牧兽医研究所/畜禽营养与饲养全国重点实验室

【背景】畜禽育种工作的核心是基因组估计育种值的准确性。不同水平的遗传标记密度对估计育种值的影响较大，随着基因分型技术的发展和高通量测序价格的下降，基于重测序数据的基因组选择研究不断涌现。理论上，标记密度更高可获得更高... 详细信息

【背景】畜禽育种工作的核心是基因组估计育种值的准确性。不同水平的遗传标记密度对估计育种值的影响较大，随着基因分型技术的发展和高通量测序价格的下降，基于重测序数据的基因组选择研究不断涌现。理论上，标记密度更高可获得更高准确性的估计育种值。因为影响目标性状的数量性状基因座（quantitative trait loci, QTL）至少与覆盖全基因组范围的高密度标记中的一个标记处于连锁不平衡状态。所以，较高密度的标记水平，理论上标记与QTL之间的紧密连锁更好，从而保证了较高的预测准确性。但也有研究表明，填充测序数据与芯片数据相比，基因组预测的准确性提升并不明显。【目的】利用GBLUP方法，通过比较填充测序数据和芯片数据在肉鸡屠宰性状的基因组选择准确性，为肉鸡基因组选择育种的基因分型策略提供理论依据。【方法】依据芯片数据和填充测序(whole-genome sequence, WGS)数据，利用GBLUP方法，针对白羽肉鸡胸肌重、屠体重和腿肌重性状进行基因组预测，对其在基因组预测的准确性进行比较。首先，使用“京芯一号”鸡55 K SNP芯片对3 362只鸡进行基因分型，并从第7世代的第9批次中随机选取230只鸡进行全基因组重测序，然后利用Beagle 5.1软件将55 K SNP芯片数据填充至重测序数据水平。为避免染色体大小对填充准确性的影响，将选择鸡较大的3号染色体和较小的14号染色体来进行计算等位基因准确率（allele correct rate, CR）和基因型相关系数（correlation,Cor），并以此判断填充准确性。利用填充测序数据对3个屠宰性状的基因组育种值进行预测，并采用5-折交叉验证的方法评价预测结果的准确性、秩相关和无偏性。【结果】两条染色体的平均等位基因准确率为0.924，平均基因型相关系数为0.885，填充准确率较高，可以用于后期基因组预测研究。SNP芯片数据基因组育种值的预测准确性在0.2194—0.2629之间，填充测序数据基因组育种值的预测准确性在0.2110—0.2695之间。与55 K SNP芯片的结果相比，填充测序数据的基因组育种值预测的准确性差异不显著。【结论】与SNP芯片的结果相比，利用填充后的基因组数据对白羽肉鸡的3个屠宰性状（胸肌重、屠体重和腿肌）的基因组育种值预测准确性提升并不显著，该结论为畜禽遗传育种工作中的数据类型选择提供参考。

关键词：白羽肉鸡屠宰性状基因组育种值预测填充测序数据芯片数据评估

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北京黑猪全基因组ROH检测和选择信号分析

畜牧兽医学报 2024年

作者：田晶晶王晓庆李棉燕王海玲吴启钿王立贤张龙超赵福平中国农业科学院北京畜牧兽医研究所

旨在基于长纯合片段（ROH）和选择信号iHS分析北京黑猪群体的遗传结构，挖掘与经济性状相关的候选基因。本研究的对象为北京黑猪群体，平均日龄为210d。对729头北京黑猪的illuminaPorcine50K芯片数据进行质控和填充后，进行ROH和iHS的... 详细信息

旨在基于长纯合片段（ROH）和选择信号iHS分析北京黑猪群体的遗传结构，挖掘与经济性状相关的候选基因。本研究的对象为北京黑猪群体，平均日龄为210d。对729头北京黑猪的illuminaPorcine50K芯片数据进行质控和填充后，进行ROH和iHS的分析。本研究选择参与组成ROHs的前1%的SNPs作为ROH岛的阈值，将超过此阈值的区域称为ROH岛。保留标准化的|iHS|值中排在前1%的所有SNP位点，将位点上下游各延伸200kb作为选择信号iHS得到的强受选择区域。将选择信号的强受选择区域与ROH岛重叠的区段定为本研究的候选区域。本研究最终保留724个体和45 585个 SNPs，通过ROH分析共识别到10个ROH岛，这些岛内包含449个SNPs，iHS分析的结果显示，保留得分排在前1%的位点后，共有376个强受选择位点。最终，我们在5个iHS的强受选择区域与ROH岛的重叠的区域内，注释到18个基因，其中包括一些已知的影响猪肉质和生长发育过程的基因。本研究分析了北京黑猪群体ROH的分布，并结合选择信号，揭示了北京黑猪受选择的位点和候选基因，该研究结果为深入探讨北京黑猪的群体特性及经济性状的遗传机制提供重要参考。

关键词：北京黑猪芯片数据 ROH iHS

中医治疗肺腺癌脑转移用药规律和作用机制研究

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中医治疗肺腺癌脑转移用药规律和作用机制研究

作者：郭泽怀广州中医药大学

学位级别：硕士

目的:利用数据挖掘探究中西医联合治疗肺腺癌脑转移(Lung Adenocarcinoma-Brain Metastasis,LUAD-BM)的潜在获益患者的组方规律,为LUAD-BM的遣方用药提供参考;利用基因芯片数据库识别LUAD-BM患者的疾病靶点,为了解疾病发病机制及进一步... 详细信息

目的:利用数据挖掘探究中西医联合治疗肺腺癌脑转移(Lung Adenocarcinoma-Brain Metastasis,LUAD-BM)的潜在获益患者的组方规律,为LUAD-BM的遣方用药提供参考;利用基因芯片数据库识别LUAD-BM患者的疾病靶点,为了解疾病发病机制及进一步研究提供依据;通过网络药理学确定复杂中药的核心成分和靶点,探索核心处方治疗LUAD-BM的作用机制。方法:通过收集、整理2020年1月至2022年12月就诊于广州中医药大学第一附属医院肿瘤中心住院部中西医联合治疗潜在获益的LUAD-BM患者信息。统计性别、年龄、KPS评分、颅内无进展时间、住院及门诊中药处方内容、颅内无进展阶段首次西医治疗方案、抗癌中成药(包括注射液)等信息,并依据《中国药典》、《全国中草药汇编》、《中药大辞典》、《中华本草》等中药书籍录入中药性味归经及功效。通过R软件运算包进行无监督聚类分析和关联规则分析,并将支持度排名前100的关联药对总结出的药物组合作为核心处方。从GEO数据库中下载肺腺癌数据集(GSE68465和GSE43580)和LUAD-BM数据集(GSE14108)后,对三个数据集进行批次矫正、数据合并和基因差异分析。随后通过功能注释和单样本基因集富集分析(ssGSEA)明确LUAD-BM的可能机制。通过检索TCMSP数据库和已发表的文献,整理出核心处方的有效活性成分和作用靶点。将上述靶点与LUAD-BM疾病靶点取交集,得到中药治疗LUAD-BM的作用靶点。通过构建“中药-成分-靶点”网络和蛋白互作网络,并分别利用Analyze Network工具和CytoNCA插件提取出该网络中的关键靶点,两者取交集得到中医治疗LUAD-BM的核心靶点。结果:本研究共纳入了 71名患者,男性28名,女性43名;最小年龄25岁,最大年龄76岁,中位年龄59岁,平均年龄57.54岁;KPS评分处于50-90分区间,81%患者的KPS评分达到80分。颅内无进展生存时间最短为4.83个月,最长时间为57.9个月,平均时间为16.87个月,中位时间为13.33个月;首次西医治疗方案有44个方案,包括奥希替尼和培美曲塞+卡铂等;中药注射剂以鸦胆子油乳注射液和艾迪注射液为主,中药口服剂型以清金得生片和益肺散结丸为主。纳入的967首处方共涉及318味中药,超过500频次的药物有茯苓、甘草、浙贝母、半夏;中药四气以平、温、寒为主;五味以甘、苦、辛为主;归经以肺、脾、肝为主;功效分析显示,最高使用频次的功效是补益类药,其次为化痰止咳平喘药、清热药、以毒攻毒药等;聚类分析得到了 7个药物组合:聚类1为白术、茯苓、党参、陈皮、法半夏;聚类2为桃仁、壁虎;聚类3为肿节风、山慈菇、红豆杉;聚类4为僵蚕、地龙、苦杏仁;聚类5为炙甘草、猫爪草、薄树芝;聚类6为仙鹤草、桔梗;聚类7为浙贝母、甘草。通过对支持度排名前100个的药物组合进行可视化,获得了以“党参-白术-茯苓-甘草-陈皮-法半夏-浙贝母-红豆杉-壁虎”为核心的药物组合。芯片数据分析共获得了 789个差异基因,即LUAD-BM的疾病靶点。功能富集分析显示LUAD-BM基因在生物过程中主要富集在γ-干扰素产生的调节、白细胞与细胞粘附的调节、白细胞细胞粘附性等。信号通路主要集中在细胞因子-细胞因子受体的相互作用、神经活性配体与受体的相互作用、产生IgA的肠道免疫网络等。ssGSEA提示,脑转移癌相对于原发癌,免疫细胞(包括B细胞、巨噬细胞、肥大细胞等)和免疫功能(包括细胞因子-细胞因子受体相互作用、免疫细胞溶解活性、人类白细胞抗原等)都出现了下调。“党参-白术-茯苓-甘草-陈皮-法半夏-浙贝母-红豆杉-壁虎”共有202个活性成分和1301个靶点。其中槲皮素、山奈酚、芹菜素、β-谷甾醇、豆甾醇、柚皮素、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、棕榈酸和木犀草素是核心成分,PTGS2、MMP1、SELE和VCAM1是核心靶点,作用途径主要在TNF信号通路、IL-17信号通路、NF-kappa B信号通路等通路。结论:LUAD-BM患者属本虚标实,病机以肺脾两虚为主。用药多甘平缓补,兼有化痰祛瘀、清热解毒息风之意。核心处方“党参-白术-茯苓-甘草-陈皮-法半夏-浙贝母-红豆杉-壁虎”主要通过槲皮素、山奈酚、芹菜素等成分作用于PTGS2、MMP1、SELE和VCAM1等核心靶点,在TNF信号通路、IL-17信号通路、NF-kappa B信号通路等转导通路发挥抗肺腺癌脑转移作用。

关键词：肺腺癌脑转移组方规律芯片数据网络药理学

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科技

中国畜牧业 2021年第16期 12-13页

牧医所揭示不同尾型中国绵羊品种群体遗传差异近日,中国农业科学院北京畜牧兽医研究所利用高密度单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)芯片数据对我国不同尾型的地方绵羊品种进行了有效群体大小估计、全基因组长纯合片段... 详细信息

牧医所揭示不同尾型中国绵羊品种群体遗传差异近日,中国农业科学院北京畜牧兽医研究所利用高密度单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)芯片数据对我国不同尾型的地方绵羊品种进行了有效群体大小估计、全基因组长纯合片段(ROH)扫描及高频ROH基因组区段鉴定,检测出不同群体特有和共有的ROH基因组区段,为保护和开发利用我国地方绵羊品种、深度挖掘功能基因提供了重要参考。相关成果发表在《畜牧与生物技术杂志(Journal of Animal Science and Biotechnology)》(IF=5.032)上。

关键词：绵羊品种有效群体大小单核苷酸多态性功能基因纯合芯片数据尾型