检索结果-南通市图书馆

作者：王栋江南大学

学位级别：硕士

色氨酸是人体和动物生命活动的8种必需氨基酸之一,对人和动物的生长、发育和新陈代谢起着重要的作用,广泛应用于医药、食品和饲料等方面。如何提高色氨酸发酵产率是目前一个重要课题。为了从系统水平上描述、解释和预测色氨酸合成的行... 详细信息

色氨酸是人体和动物生命活动的8种必需氨基酸之一,对人和动物的生长、发育和新陈代谢起着重要的作用,广泛应用于医药、食品和饲料等方面。如何提高色氨酸发酵产率是目前一个重要课题。为了从系统水平上描述、解释和预测色氨酸合成的行为和功能,加深对生物代谢网络组织原则的理解,并最终用于指导菌种选取,发酵过程优化等,本文首先由基因组数据重建大肠杆菌的L-色氨酸(L-Try)合成代谢网络,并使用极端路径算法(EPs)分析此代谢网络的整体拓扑结构,网络模块化及其关键代谢途径。随后通过研究色氨酸合成数学模型以及基于惩罚函数的人工免疫网络(P-CoAIN)算法来解决约束优化问题。色氨酸数学模型为多约束优化问题,故将P-CoAIN算法应用在色氨酸合成模型上。具体实验工作如下:1.代谢网络的重构是对其进行结构和功能分析的前提,本文首先从KEGG等相关数据库中获取L-色氨酸在大肠环境中的基因组和所有代谢途径信息,参照Ma和Zeng在KEGG代谢反应数据库基础上进行的修正补充后得到的数据库并查阅相关文献对所得的网络进行必要的修正。最后有节点表示代谢物,连线表示代谢物之间的反应,箭头表示反应的方向,即通代谢物图来表示所得的代谢网络,完成色氨酸合成代谢网络的构建。2.使用极端途径方法对大肠杆菌的L-色氨酸合成代谢进行分析,描述其网络的关键途径和特点,并发现一组不同于传统实验方法所得L-色氨酸合成途径,有望为优化合成过程提供理论指导。3.提出了P-CoAIN约束优化算法,用于处理约束优化问题。由于在原有人工免疫网络中引入惩罚函数的协作机制,使得人工免疫网络细胞具有处理多约束问题能力。对多约束函数优化的测试表明P-CoAIN与各种进化策略以及遗传算法相比,在寻优能力和执行速度方面效果良好。4.构建研究色氨酸合成数学模型,通过改变模型中相关参数r与u R,调控色氨酸产物达到最优解。由于构建模型属于多约束优化问题,但当今众多算法解决的是无约束线性问题,故使用惩罚函数方法,通过惩罚函数,将目标函数改变为无约束优化问题。P-CoAIN应用到色氨酸合成模型中,以优化提高色氨酸的产量。

关键词：色氨酸合成代谢网络极端路径分析人工免疫网络约束优化

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极端路径分析及在色氨酸合成代谢网络中的应用

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计算机与应用化学 2009年第4期26卷 523-528页

作者：王栋刘丽赵志军须文波江南大学信息工程学院江苏无锡214122 江南大学食品科学与技术国家重点实验室江苏无锡214122

代谢途径分析在鉴别和量化生化反应网络中的大量代谢物变得越来越重要,其中极端路径分析是用来分析复杂代谢网络结构和功能的方法。本文主要论述了当今最常用的代谢途径分析方法,描述了极端路径算法的具体方法,并将这种方法用于色氨酸... 详细信息

代谢途径分析在鉴别和量化生化反应网络中的大量代谢物变得越来越重要,其中极端路径分析是用来分析复杂代谢网络结构和功能的方法。本文主要论述了当今最常用的代谢途径分析方法,描述了极端路径算法的具体方法,并将这种方法用于色氨酸合成代谢网络中,分析其代谢网络的结构和功能,并与传统的路径比较。

关键词：代谢网络极端路径分析色氨酸合成初步建模代谢路径

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微生物中邻氨基苯甲酸代谢与功能研究进展

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微生物前沿 2024年第3期13卷 175-186页

作者：陈博宋凯何亚文上海交通大学生命科学技术学院微生物代谢国家重点实验室教育部代谢与发育科学国际合作联合实验室上海

邻氨基苯甲酸(Anthranilic acid, ATA)是微生物产生的一种小分子化合物,是色氨酸合成途径的中间产物。近年来一些研究发现ATA是一类信号分子,影响微生物生理功能。本文首先概述了大肠杆菌和酿酒酵母中ATA与色氨酸合成的关系,随后详细介... 详细信息

邻氨基苯甲酸(Anthranilic acid, ATA)是微生物产生的一种小分子化合物,是色氨酸合成途径的中间产物。近年来一些研究发现ATA是一类信号分子,影响微生物生理功能。本文首先概述了大肠杆菌和酿酒酵母中ATA与色氨酸合成的关系,随后详细介绍了ATA在铜绿假单胞菌中的代谢与功能,以及ATA调控青枯雷尔氏菌的生理活动。最后结合其他微生物中ATA的最新研究结果,我们提出ATA可能参与微生物跨界交流。Anthranilic acid (ATA) is a small molecule produced by microorganisms and is an intermediate product of the tryptophan synthesis pathway. In recent years, it has been revealed that ATA is a new signaling molecule and has effects on microbial physiology. In this review, we first briefly outlined the relationship between ATA and tryptophan synthesis in Escherichia coli and Saccharomyces cerevisiae. We then summarized the metabolic network and biological functions of ATA in Pseudomonas aeruginosa, as well as the progress of ATA in regulating the physiology of Ralstonia solanacearum. Finally, we summarized the latest results describing the roles of ATA in other microorganisms and proposed that ATA may play a role in interkingdom communication.

关键词：邻氨基苯甲酸色氨酸合成信号分子跨界交流

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从蛋白组和转录组解析高温胁迫后香菇菌丝耐热相关基因表达模式

从蛋白组和转录组解析高温胁迫后香菇菌丝耐热相关基因表达模式

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中国菌物学会2016年学术年会

作者：王刚正马超君龚钰华周雁陈连福马晓龙边银丙华中农业大学应用真菌研究所农业部农业微生物资源利用重点实验室

高温不仅影响香菇（Lentinula edodes）产量和品质,也显著降低香菇抗杂菌的能力。本研究采用不同温度对香菇菌丝进行热处理,观察菌丝恢复生长的能力,从香菇24个栽培菌株和26个野生菌株中筛选出耐热菌株S606和热敏感型菌株Y3357。对香菇... 详细信息

高温不仅影响香菇（Lentinula edodes）产量和品质,也显著降低香菇抗杂菌的能力。本研究采用不同温度对香菇菌丝进行热处理,观察菌丝恢复生长的能力,从香菇24个栽培菌株和26个野生菌株中筛选出耐热菌株S606和热敏感型菌株Y3357。对香菇耐热菌株S606和热敏感菌株Y3357的菌丝40℃高温处理24h,菌丝显微观察表明,高温一定程度上破坏了菌丝细胞膜和锁状联合,细胞质出现流失的现象,但耐热菌株的细胞结构破坏情况较轻。对两个香菇菌株热处理前后转录组和蛋白组进行比较分析发现,40℃高温处理后大量热激蛋白（Hsp20,Hsp40,Hsp70和Hsp90）产生,且Hsp40,Hsp70和Hsp90在耐热菌株S606中蛋白含量明显高于热敏感型菌株Y3357的含量;涉及代谢、细胞器合成、定位、色素沉积和响应胁迫的基因在两个菌株中都显著上调,相关蛋白大量合成;海藻糖合成相关基因和一些氧化还原相关基因也在两个菌株显著上调,而相应的蛋白含量在S606上调更显著;Ca2+信号、c AMP、m TOR信号和MAPK信号通路相关基因发生上调;在两个供试菌株（S606和Y3357）中,分别发现19和21个转录因子具有显著变化。色氨酸代谢途径中关键酶邻氨基苯甲酸合酶Trp E在耐热菌株中显著上调,而热敏感型菌株中降至0,而trp E基因转录也表现为下调。外源添加试验表明,色氨酸和邻氨基苯甲酸能够提升耐热菌株S606抗高温能力,推测在色氨酸代谢途径中,邻氨基苯甲酸合酶TrpE在香菇耐高温过程中可能起到了重要的作用。

关键词：高温胁迫蛋白组分析转录组分析色氨酸合成邻氨基苯甲酸合酶TrpE

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