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Investigation of basement membrane proteins in a case of granular cell ameloblastoma

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International Journal of Oral Science 2012年第1期4卷 45-49页

作者： Puangwan Lapthanasupkul Sopee Poomsawat Jira Chindasombatjaroen Department of Oral and Maxillofacial Pathology Faculty of DentistryMahidol UniversityBangkokThailand Department of Oral and Maxillofacial Radiology Faculty of DentistryMahidol UniversityBangkokThailand

Granular cell ameloblastoma is a rare,benign neoplasm of the odontogenic epithelium.A case of massive granular cell ameloblastoma in a 44-year-old Thai female is reported.Histopathological features displayed a follicular type of ameloblastoma with an accumulation of granular cells residing within the tumor follicles.After treatment by partial mandibulectomy,the patient showed a good prognosis without recurrence in a 2-year follow-up.To characterize the granular cells in ameloblastoma,we examined the expression of basement membrane(BM) proteins,including collagen type IV,laminins 1 and 5 and fibronectin using immunohistochemistry.Except for the granular cells,the tumor cells demonstrated a similar expression of BM proteins compared to follicular and plexiform ameloblastomas in our previous study,whereas the granular cells showed strong positivity to laminins 1 and 5 and fibronectin.The increased fibronectin expression in granular cells suggests a possibility of age-related transformation of granular cells in ameloblastoma.

关键词：卵泡颗粒细胞成釉细胞基底膜膜蛋白层粘连蛋白蛋白质表达免疫组织化学良性肿瘤

膜蛋白研究中表面等离子体共振（SPR）技术的应用进展

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中华实验和临床病毒学杂志 2015年第1期29卷 95-96,F0003页

作者：王娇胡秦李泽琳曾毅北京工业大学生命科学与生物工程学院 100124

膜蛋白是一类能与生物膜结合或整合的蛋白质，承担着细胞内外物质交换、信号转导和调控等多种重要的生物学功能，是生物膜功能的主要执行者。膜蛋白依据结构和功能的不同可分为内在膜蛋白、外在膜蛋白和膜锚定蛋白，其中内在膜蛋白占膜... 详细信息

膜蛋白是一类能与生物膜结合或整合的蛋白质，承担着细胞内外物质交换、信号转导和调控等多种重要的生物学功能，是生物膜功能的主要执行者。膜蛋白依据结构和功能的不同可分为内在膜蛋白、外在膜蛋白和膜锚定蛋白，其中内在膜蛋白占膜蛋白总数的70％～80％。膜蛋白是目前最重要的药物靶标，其靶向药物约占市场药物的50％以上。然而膜蛋白的研究还面临诸多困难：（1）膜蛋白的丰度低、疏水性强，膜蛋白的表达和鉴定难度大；（2）膜蛋白的稳定性和功能受两亲性环境影响，一般蛋白质分析手段中使用的增溶剂很容易破坏膜蛋白的结构和功能。

关键词：表面等离子体共振膜蛋白生物学功能蛋白质分析应用药物靶标生物膜功能物质交换

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纳米盘——膜蛋白研究新平台

科学 2023年第1期75卷 29-30,4,35页

作者：张泽钰黄储涵魏鹏北京中医药大学东直门医院北京100010 中日友好医院北京100020 北京中医药大学中医学院北京100029

膜蛋白是生物膜上参与多种生物活动的蛋白质。然而,在体外难以模拟能够维持其正确构象的类膜环境。新型纳米材料——纳米盘采用同时具有亲水性和亲油性的膜支架蛋白,能够在水相中稳定磷脂分子,进一步使其组装成为类似生物膜的盘状结构,... 详细信息

膜蛋白是生物膜上参与多种生物活动的蛋白质。然而,在体外难以模拟能够维持其正确构象的类膜环境。新型纳米材料——纳米盘采用同时具有亲水性和亲油性的膜支架蛋白,能够在水相中稳定磷脂分子,进一步使其组装成为类似生物膜的盘状结构,可为研究膜蛋白的结构和功能提供稳定且可控的平台。

关键词：纳米盘膜蛋白心血管疾病

基于猪附红细胞体膜蛋白的间接ELISA检测方法的建立及初步应用

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基于猪附红细胞体膜蛋白的间接ELISA检测方法的建立及初步应用

作者：王淼延边大学

学位级别：硕士

猪附红细胞体（Mycoplasma suis）是能够引起猪贫血的一种病原体,在临床上可引起能明显威胁生命的溶血性贫血或轻度慢性贫血。猪附红细胞体病是一类全球性的疾病,对全世界的猪生产有着非常重要的经济影响,因此,必须建立有效的猪附红细... 详细信息

猪附红细胞体（Mycoplasma suis）是能够引起猪贫血的一种病原体,在临床上可引起能明显威胁生命的溶血性贫血或轻度慢性贫血。猪附红细胞体病是一类全球性的疾病,对全世界的猪生产有着非常重要的经济影响,因此,必须建立有效的猪附红细胞体病的检测方法,通过检测猪血清中猪附红细胞体抗体的含量是判定猪附红细胞体感染的一种重要方法。本试验建立了基于猪附红细胞体水溶性膜蛋白的间接ELISA检测方法,并进行了初步应用。首先用Tritonx-114提取方法对膜蛋白进行了提取,将猪附红细胞体膜蛋白提取出来后。结合SDS-PAGE电泳方法对提取后的膜蛋白进行了简单的蛋白分析,以猪附红细胞体水溶性膜蛋白为抗原建立间接ELISA检测方法并对其条件进行优化。根据间接ELISA检测方法的基本步骤,对抗原的包被浓度,包被条件,血清稀释度及反应时间,二抗稀释度及反应时间等条件进行优化,选取30份猪附红细胞体阴性样本进行间接ELISA检测,测定OD450nm值,确定该方法的阴阳性临界值,以弓形虫、猪大肠杆菌、猪肺炎支原体等病原体阳性血清为样本进行特异性试验。通过重复性试验评价所建立的间接ELISA检测方法的稳定性。结果显示:提取的猪附红细胞体水溶性膜蛋白的分子量主要集中在45-180Ku,猪附红细胞体脂溶性膜蛋白的分子量主要集中在25-35 Ku。ELISA结果表明,基于猪附红细胞体水溶性膜蛋白的间接ELISA检测方法最适试验条件为:膜蛋白最佳包被浓度为0.15μg/μL,4℃过夜为最佳包被条件,5%脱脂乳为最佳封闭液,封闭条件为37℃封闭2 h,用PBS将血清稀释320倍,37℃孵育1h,酶标二抗稀释2 000倍,37℃孵育1h,显色时间5 min,加入2M H2SO4终止反应,测定OD450nm值。该方法的阴阳临界值为0.376,所有包被抗原与猪大肠杆菌,弓形虫以及猪肺炎支原体等阳性血清无交叉反应,本试验所建立的间接ELISA方法的特异性较强。重复性试验结果表明变异系数均小于10%。临床样本检测显示,阳性检出率为47.5%。本试验建立了一种特异、敏感的猪附红细胞体的血清学检测方法,可适用于猪附红细胞体病的临床检测。

关键词：猪附红细胞体膜蛋白间接ELISA

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探索一种膜蛋白脂质体重组的实验流程与方法

探索一种膜蛋白脂质体重组的实验流程与方法

作者：方雪茹华中农业大学

学位级别：硕士

膜蛋白在生物体中大量存在,参与了各种生理过程,其如果发生异常,将会对生命活动产生影响,因此,膜蛋白成为近年来的热门研究对象。然而膜蛋白的研究存在难以获得蛋白、蛋白所处的磷脂双分子层环境复杂、蛋白不溶于水溶液三个问题。人们... 详细信息

膜蛋白在生物体中大量存在,参与了各种生理过程,其如果发生异常,将会对生命活动产生影响,因此,膜蛋白成为近年来的热门研究对象。然而膜蛋白的研究存在难以获得蛋白、蛋白所处的磷脂双分子层环境复杂、蛋白不溶于水溶液三个问题。人们选择构建膜模拟环境来解决膜蛋白所处环境为脂质双分子层环境这一问题。脂质体是由磷脂组成的囊泡,在水溶液中是由磷脂双分子层组成的球形。将蛋白与脂质体进行重组,成为蛋白脂质体,可以更真实的模拟膜蛋白在细胞中所处的脂质双分子层环境,进而对该蛋白进行研究,所以脂质体是在膜蛋白研究中一个很好的工具。能量耦合因子(energy coupling factor,ECF)转运蛋白是一种存在于原核生物的膜蛋白,主要转运生物体所需的微量元素,其主要由两个ATP水解核苷酸结合域(ECF-A和ECF-A’)和一个跨膜支架蛋白(ECF-T)以及一个底物结合蛋白S组分组成,核苷酸结合域和跨膜支架蛋白共同构成ECF模块。近年来对其的研究主要是在去垢剂环境中,主要原因是ECF转运蛋白过于动态,蛋白脂质体重组困难。本课题选择以ECF转运蛋白为实验对象,探索出一套可能具有膜蛋白普适性的蛋白脂质体构建方法,为ECF转运蛋白在生物膜上的结构和功能研究提供基础,同时为其它膜蛋白的脂质体制备提供参考。本课题合成了BtuM、LhaS和ECF-Pan T复合体的基因,并进行其表达纯化优化和蛋白脂质体构建优化,取得以下结果:(1)成功构建BtuM、LhaS和ECF-Pan T复合体的表达载体,通过对菌株、蛋白标签和位置以及表达方式等条件优化,ECF转运蛋白均成功获得较高表达量的表达条件。(2)通过筛选去垢剂和添加底物,BtuM和LhaS均能够获得纯度较高的蛋白,通过对纯化方式进行筛选,ECF-Pan T复合体能够获得纯度较高,组分均一的蛋白。(3)对BtuM、LhaS构建脂质体时的去垢剂种类和浓度以及磷脂种类和是否添加底物进行筛选,能够成功重组蛋白脂质体。经过SDS-PAGE和CD检测,蛋白状态正常且具有二级结构。综上,本课题通过以ECF转运蛋白为实验对象,摸索出一套从蛋白表达纯化到成功构建蛋白脂质体的实验条件优化流程,并成功构建到蛋白脂质体。为之后进行ECF转运蛋白结构和转运机制等研究提供基础,同时为其它膜蛋白脂质体重组提供实验参考。

关键词：膜蛋白蛋白脂质体脂膜重建膜蛋白表达纯化 ECF转运蛋白

Mitochondrial membrane protein Bcl-xL, a regulator of adult neuronal growth and synaptic plasticity: multiple functions beyond apoptosis

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Neural Regeneration Research 2014年第19期9卷 1706-1707页

作者： Han-A Park Elizabeth A.Jonas Department of Internal Medicine Section of EndocrinologyYale University

The B-cell lymphoma 2(Bcl2)family of proteins participates in cell death or survival through a mitochondrial pathway.The pro-apoptotic members of the Bcl2 family such as Bim,Bid,Bax and Bak trigger cell death by contributing to the enhancement of mitochondrial outer membrane permeability to pro-apoptotic factors such as cytochrome c,with

关键词： Bcl-xL 促凋亡因子突触可塑性神经元线粒体成人生长膜蛋白

基于机器学习的膜蛋白胞外域脱落预测方法研究

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基于机器学习的膜蛋白胞外域脱落预测方法研究

作者：邢泽铭吉林大学

学位级别：硕士

膜蛋白在现代医学中起着至关重要的作用。最近研究表明,一些胞外域脱落的膜蛋白可以作为疾病的潜在药物靶标和生物标志物。然而,目前能够预测膜蛋白胞外域脱落的有效工具仍然较少,因此,有必要开发能够高效地预测膜蛋白胞外域脱落的工具... 详细信息

膜蛋白在现代医学中起着至关重要的作用。最近研究表明,一些胞外域脱落的膜蛋白可以作为疾病的潜在药物靶标和生物标志物。然而,目前能够预测膜蛋白胞外域脱落的有效工具仍然较少,因此,有必要开发能够高效地预测膜蛋白胞外域脱落的工具。本文首先使用传统机器学习技术,提出了一个基于支持向量机(support vector machine,SVM)的模型来预测膜蛋白胞外域脱落。为了确保性能比较的公平性,本文使用已有研究中的数据集,并且对数据集中的每个蛋白质使用不同的工具计算蛋白质的属性特征,进而对于每个蛋白质可以得到由1523维特征元素组成的34种特征。然后,使用两阶段特征选择算法剔除不相关和冗余的特征元素,进而选择更多相关的特征元素。在第一阶段中,使用改进的最小冗余最大相关(minimum redundancy maximum relevance,mRMR)特征选择算法剔除不相关和冗余的特征元素;在第二阶段中,使用支持向量机递归特征消除(support vector machine-recursive feature elimination,SVM-RFE)算法对第一阶段得到的特征元素进行进一步排序。最后,选择前127个特征元素,并使用这些特征元素训练支持向量机分类器。通过实验,基于支持向量机的模型可以达到78.10%的准确性、75.26%的敏感性和80.95%的特异性,而已有模型的三项指标分别为71%、75%和67%。此外,对于两个独立的正测试集,基于支持向量机的模型的敏感性分别为89.47%和83.98%,而已有模型的敏感性分别为73.68%和65.80%。实验结果验证了本文提出的基于支持向量机的模型对于膜蛋白胞外域脱落的预测性能要高于已有模型。同时,本文还进一步使用双向长短期记忆网络(bidirectional long short-term memory networks,Bi-LSTM)和注意力机制构建了一个基于深度学习的模型来预测膜蛋白的胞外域脱落情况。首先,对于每一个蛋白质序列使用基于位置特异性迭代的基本局部比对搜索工具(position-specific iterated basic local alignment search tool,PSI-BLAST)在Uniref50数据集上进行比对分析,并从这些蛋白质的原始序列中得到位置特异性打分矩阵(position-specific scoring matrix,PSSM)。然后,使用含有记忆单元的双向长短期记忆网络来获取蛋白质序列远距离的关系,使用注意力机制获取蛋白质序列中的分类信号。在模型的训练过程中,使用Dropout、L2正则化和Bagging集成学习技术降低模型训练中过拟合的程度。通过实验,基于深度学习的模型的预测性能分别可以达到81.19%的准确性、77.32%的敏感性和85.04%的特异性,其预测性能要高于已有的预测模型和基于支持向量机的预测模型。此外,在测试集中使用本文提出的基于深度学习的预测模型,其准确性、敏感性和特异性分别可以达到83.14%、84.08%和81.63%,而已有模型的准确性、敏感性和特异性分别为70.20%、71.97%和67.35%。因此,本文认为,本文提出的基于深度学习的模型可以作为更为准确地预测膜蛋白胞外域脱落的模型。

关键词：膜蛋白胞外域脱落机器学习深度学习

滑液支原体WVU1853株免疫相关膜蛋白的初步分析

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畜牧兽医学报 2017年第2期48卷 316-323页

作者：包世俊丁小琴邢小勇伏小平薛慧文温峰琴甘肃农业大学动物医学院兰州730070

膜蛋白是病原菌膜结构的主要组分,其不仅在病原菌的生命活动中具有重要的生理功能,且部分膜蛋白还与病原菌的感染及免疫应答密切相关。因此,本研究旨在应用免疫蛋白质组学方法分离、筛选并鉴定出滑液支原体免疫相关膜蛋白,以期为滑液支... 详细信息

膜蛋白是病原菌膜结构的主要组分,其不仅在病原菌的生命活动中具有重要的生理功能,且部分膜蛋白还与病原菌的感染及免疫应答密切相关。因此,本研究旨在应用免疫蛋白质组学方法分离、筛选并鉴定出滑液支原体免疫相关膜蛋白,以期为滑液支原体感染和免疫机制的研究及相关疾病诊断和防治方法措施的建立奠定基础。笔者应用培养至对数生长中后期的滑液支原体(Mycoplasma synoviae,MS)WVU1853株全菌分别免疫鸡和新西兰兔,制备滑液支原体鸡多抗和兔多抗。提取滑液支原体WVU1853株的膜蛋白,应用二维电泳技术对其进行分离,继而应用所制多抗进行Western blot,筛选出免疫原性膜蛋白,并通过质谱分析进行鉴定。结果表明,在筛选的8个蛋白质点中,3个蛋白质点为延伸因子EF-Tu,其余蛋白质点分别是丙酮酸脱羧酶α亚基、β亚基、NADH氧化酶、组氨酰-tRNA合成酶和二氢硫辛酰胺脱氢酶。其中组氨酰-tRNA合成酶的质谱分析得分太低,尚需进一步验证,而丙酮酸脱羧酶α、β亚基与作为滑液支原体的免疫相关膜蛋白首次被证实。本研究筛选并初步鉴定出滑液支原体7种免疫相关膜蛋白,为深入研究目标蛋白质的生物学特性及新型亚单位疫苗和诊断试剂的研发奠定了基础。

关键词：滑液支原体免疫蛋白质组学膜蛋白鉴定

血清外泌体膜蛋白GPC-1在乳腺癌诊断中的应用价值探讨

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血清外泌体膜蛋白GPC-1在乳腺癌诊断中的应用价值探讨

作者：马伟立河北医科大学

学位级别：硕士

第一部分血清外泌体提取和鉴定目的:建立血清中外泌体的提取方法,并对提取产物中的外泌体进行鉴定。方法:研究对象为临床收集的新发乳腺肿块病人66例,其中良性病患者18例,乳腺癌患者48例,并收集同期健康体检者17例作为健康对照。1建立... 详细信息

第一部分血清外泌体提取和鉴定目的:建立血清中外泌体的提取方法,并对提取产物中的外泌体进行鉴定。方法:研究对象为临床收集的新发乳腺肿块病人66例,其中良性病患者18例,乳腺癌患者48例,并收集同期健康体检者17例作为健康对照。1建立血清外泌体提取方法,并在健康对照组、良性病组、乳腺癌组中分别取样本应用该方法提取外泌体。2利用透射电子显微镜观察提取产物中的外泌体形态。3应用western blot技术检测受试对象血清外泌体特异表面标记蛋白CD9。结果:建立以聚乙二醇8000的50%PBS-NaCl溶液提取血清外泌体的实验方法;电镜观察提取产物中包含典外泌体,为杯托样结构,直径100 nm左右;Western blot检测提取产物高表达外泌体特异表面标记蛋白CD9。第二部分血清外泌体GPC-1水平在乳腺癌诊断中的应用价值目的:检测健康对照、乳腺良性病患者、乳腺癌患者血清外泌体膜蛋白GPC-1含量,并探讨其在乳腺癌诊断中的应用价值。方法:1应用Western blot技术检测受试对象血清外泌体膜蛋白GPC-1的表达量,比较其表达水平在健康对照组、乳腺良性病组、乳腺癌组间有无差异。2以病理诊断结果为金标准,比较血清学肿瘤标志物、B超检查、钼靶射线检查、血清外泌体膜蛋白GPC-1表达水平诊断乳腺癌的应用价值。结果:1.GPC-1在健康对照组表达水平为(中位数0.635,四分位数间距0.145),在良性病组中表达水平为(0.661,0.169),乳腺癌组为(1.065,0.501)。采用Kruskal-Wallis H检验比较,发现三组GPC-1表达水平不全相同(H=32.051,P膜蛋白GPC-1表达水平高于健康对照和乳腺良性病组,含量与肿瘤分期正相关,且治疗后水平下降;GPC-1阳性患者较GPC-1阴性患者易出现淋巴结转移,临床分期较晚,肿瘤细胞增殖程度较高。3.血清外泌体膜蛋白GPC-1水平诊断乳腺癌的敏感度和特异度均较高,一致性较好,对乳腺癌的诊断有潜在应用价值。

关键词：外泌体膜蛋白 GPC-1 聚乙二醇乳腺癌