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米曲霉在产脱氨酶过程中的超微结构动态

微生物学通报 1989年第4期16卷 227-227,196,205页

作者：王程严自正中国科技大学生物系中国科学院微生物研究所

腺苷酸脱氨酶(AMP deaminase,EC 3.***.4.6)催化5′一腺苷酸脱氨生成5′一肌苷酸。核酸经5′-磷酸二酯酶降解后,用AMP催化其中5′一腺苷酸使其生成5′一脱苷酸。产脱氨酶高活力米曲霉菌株(Aspergillus oryzae)AS3.800,在制作麸麯过程中,... 详细信息

腺苷酸脱氨酶(AMP deaminase,EC 3.***.4.6)催化5′一腺苷酸脱氨生成5′一肌苷酸。核酸经5′-磷酸二酯酶降解后,用AMP催化其中5′一腺苷酸使其生成5′一脱苷酸。产脱氨酶高活力米曲霉菌株(Aspergillus oryzae)AS3.800,在制作麸麯过程中,当米曲霉分生孢子颜色由浅黄变为绿色时,酶活力下降。现对培养1.5、2、2.5及3天的麸麯进行了电镜观察与脱氨酶活性测定,希望能找到米曲霉菌体发育过程与产酶之间的相关性。

关键词：米曲霉脱氨酶超微结构

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脱氨酶介导的DNA中胞嘧啶修饰定位分析

脱氨酶介导的DNA中胞嘧啶修饰定位分析

作者：李俏莹武汉大学

学位级别：硕士

人类基因组计划的完成,标志着基因组测序研究在生命科学领域中越来越重要,挖掘功能基因的作用,揭示基因与疾病之间的联系。5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine,5m C)是DNA甲基化中最常见的一种,在哺乳动物中,大约占胞嘧啶总量的3-8%[1]。在t... 详细信息

人类基因组计划的完成,标志着基因组测序研究在生命科学领域中越来越重要,挖掘功能基因的作用,揭示基因与疾病之间的联系。5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine,5m C)是DNA甲基化中最常见的一种,在哺乳动物中,大约占胞嘧啶总量的3-8%[1]。在ten-eleven translocation(Tet)蛋白的作用下,5-甲基胞嘧啶会被逐步氧化成5-羟甲基胞嘧啶(5-hydroxymethylcytosine,5hm C)、5-醛基胞嘧啶(5-formylcytosine,5f C)和5-羧基胞嘧啶(5-carboxycytosine,5ca C)。为了深入了解每一个胞嘧啶甲基化修饰的生物学功能和意义,在全基因组上对胞嘧啶修饰的分布进行分析非常必要。这些修饰具有表观遗传调控的重要功能,为了深入研究这些修饰的生物学功能,需要精准的阐明其在基因组上的确切位置,获得它们的单碱基分辨率的定位信息。载脂蛋白B mRNA编辑酶催化多肽样基因(Apolipoprotein B mRNA editing enzyme,catalytic polypeptide-like,简称APOBEC)家族蛋白具有胞嘧啶的脱氨活性,近年来研究发现APOBEC3A蛋白除了能够对DNA上的C和5m C进行脱氨基外,对于5m C的氧化衍生物产物也具有一定的脱氨基活性。基于此,我们利用APOBEC3A蛋白的脱氨基活性,研究了APOBEC3A蛋白对C、5m C、5hm C、5f C和5ca C的脱氨活性,分别建立了DNA中5hm C和5ca C单碱基分辨率定位分析方法。具体内容如下:1、脱氨酶介导5hm C单碱基定位分析重组表达了APOBEC3A蛋白,利用限制性内切酶方法和高效液相色谱串联质谱鉴定APOBEC3A蛋白的活性。APOBEC3A可以轻易地对C、5m C和5hm C进行脱氨基,使其转化为相应的尿嘧啶(uracil,U)、胸腺嘧啶(thymine,T)和5-羟甲基尿嘧啶(5-hydroxymethyluracil,5hm U)。为了要检测DNA上的5hm C,我们利用T4噬菌体β葡糖基转移酶对DNA上5hm C进行标记,标记后的5hm C可以很好的抵御APOBEC3A的脱氨基作用。经过PCR扩增后,在测序过程中,原来的DNA模板上的C和5m C被读作T,而被保护的5hm C被读作C。结合二代测序可以得到基因组DNA上5hm C单碱基定位信息。2、脱氨酶介导5ca C单碱基定位分析方法通过酶促反应动力学考察了APOBEC3A蛋白对C、5m C、5hm C、5f C和5ca C的反应速率研究APOBEC3A对C、5m C、5hm C、5f C以及5ca C的脱氨基活性后,我们发现,APOBEC3A对5ca C几乎没有任何的脱氨活性,基于此,我们直接利用APOBEC3A对DNA进行处理,C、5m C、5hm C和5f C都会被APOBEC3A蛋白脱氨基形成相应的脱氨产物,经过PCR扩增后,在测序过程中,C、5m C、5hm C以及5f C都被读作成T,只有5ca C被读作为C。通过对基因组DNA中5ca C的富集,再结合二代测序就可以快速简便的获得5ca C的单碱基定位信息。总的来说,本论文利用APOBEC3A蛋白对不同胞嘧啶修饰的活性,分别建立了针对5hm C和5ca C的单碱基定位分析方法,研究工作为深入探索5hm C和5ca C的生理功能提供了基础。

关键词： DNA甲基化 5-羟甲基胞嘧啶 5-羧基胞嘧啶单碱基分辨率脱氨酶测序质谱分析

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三聚氰胺脱氨酶基因克隆表达及活性测定

食品与生物技术学报 2011年第2期30卷 234-238页

作者：涂追许杨季艳伟陶勇食品科学与技术国家重点实验室南昌大学江西南昌330047 南昌大学中德联合研究院江西南昌330047

从载体pUC57-MDA中获得经过大肠杆菌密码子偏好性优化的三聚氰胺脱氨酶编码基因,将该基因连接至表达载体6HisT-pRSET中,构建了重组表达质粒6HisT-pRSET-MDA,将其转化大肠杆菌BL21(DE3),得到重组工程菌BL-MDA并进行诱导表达,利用SDS-PAG... 详细信息

从载体pUC57-MDA中获得经过大肠杆菌密码子偏好性优化的三聚氰胺脱氨酶编码基因,将该基因连接至表达载体6HisT-pRSET中,构建了重组表达质粒6HisT-pRSET-MDA,将其转化大肠杆菌BL21(DE3),得到重组工程菌BL-MDA并进行诱导表达,利用SDS-PAGE对表达产物进行分析并测定酶活性。SDS-PAGE电泳分析结果显示,表达上清液在53 000处有明显的蛋白质条带,与理论相对分子质量的吻合,其脱氨酶活性达5.61 U。

关键词：三聚氰胺脱氨酶大肠杆菌重组蛋白

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脱氨酶AmnE的表达纯化及其结构解析

脱氨酶AmnE的表达纯化及其结构解析

作者：于丹天津科技大学

学位级别：硕士

微生物在污染环境的生物修复方面具有重要作用,它们对环境污染物的降解是通过一系列酶来进行的。因此,研究污染物降解过程中关健酶的作用机理,对于阐明微生物对污染物的生物降解过程以及生物修复机制具有重要意义。蛋白质晶体学是利用X... 详细信息

微生物在污染环境的生物修复方面具有重要作用,它们对环境污染物的降解是通过一系列酶来进行的。因此,研究污染物降解过程中关健酶的作用机理,对于阐明微生物对污染物的生物降解过程以及生物修复机制具有重要意义。蛋白质晶体学是利用X射线衍射技术对蛋白质的结构进行解析的一门学科,它能使我们从原子角度了解蛋白质的结构信息,结合蛋白质的功能特性,可以确定在实际催化过程中的功能基团及其作用方式,为定向改造提供重要信息。硝基苯是一种重要的化工原料和化学中间体,进入环境的硝基苯会长期残留在水体和土壤里,对人类健康造成严重的危害。本文以硝基苯代谢途径中的脱氨酶AmnE作为研究对象,利用Ni-NTA亲和层析及Resource Q离子交换层析对重组表达于大肠杆菌BL21 (DE3)中的AmnE蛋白进行纯化。利用悬滴气相扩散法和商业结晶试剂盒进行结晶条件的筛选和优化,并在0.2 M KCl、23% PEG3350、0.2 M Bis-Tris pH 7.5的结晶条件下获得了高分辨率的蛋白晶体。AmnE晶体的分辨率为2.09A,属于正交晶系,空间群为C2221,晶胞参数为a= 63.23 A、b= 88.93 A、c= 137.83 A。以假定起始翻译抑制剂ph0845作为分子置换的模板成功解析了AmnE蛋白的三维结构,AmnE晶体中每个晶胞中含有三个AmnE蛋白分子,而每个蛋白分子都由3个α螺旋和5个p折叠通过loop区域链接形成。本研究还进行了AmnE与其底物结构类似物的复合物结晶实验,但没有得到分辨率较好的晶体,需要进一步优化。目前,有关硝基苯降解途径中脱氨酶的研究仅限于在遗传特性和活性测定方面。因此,本研究不仅填补了结构方面的研究空白,还为我们理解其生物学功能以及定向的人工改造提供重要信息,并可应用于基因工程氨化菌的构建。

关键词：硝基苯脱氨酶表达纯化结晶结构解析

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脱氨酶对新型冠状病毒RNA编辑的研究进展

中国预防医学杂志 2021年第2期22卷 156-160页

作者：张文清武汉大学基础医学院湖北武汉430061

新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease-19,COVID-19)于2019年12月开始在湖北省武汉市暴发流行,传染性强,以呼吸道飞沫传播和密切接触传播为主。全球大部分国家和地区出现感染和死亡病例,疫情对全球的经济、社会、民生均造成重大影响。... 详细信息

新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease-19,COVID-19)于2019年12月开始在湖北省武汉市暴发流行,传染性强,以呼吸道飞沫传播和密切接触传播为主。全球大部分国家和地区出现感染和死亡病例,疫情对全球的经济、社会、民生均造成重大影响。新型冠状病毒(2019-nCOV)正进化出更多的突变株,从而降低了疫苗的保护效果。本研究就宿主脱氨酶与病毒之间相互作用的研究进展进行综述,以期为疫苗的研发以及开发有效治疗方案提供借鉴。

关键词：新型冠状病毒脱氨酶突变消融

丝羽乌骨鸡腺苷单磷酸脱氨酶1(AMPD1)基因多态性及其与肌苷酸含量相关研究

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畜牧兽医学报 2004年第6期35卷 605-607页

作者：张学余黄兆明苏一军沈晓鹏季从亮陈国宏中国农业科学院家禽研究所扬州225003 扬州大学动物科学与技术学院扬州225009

以丝羽乌骨鸡为研究素材,萧山鸡、白耳鸡、北京油鸡、茶花鸡、隐性白羽肉鸡为对照组,研究肌苷酸合成代谢过程中主要的催化酶鸡腺苷单磷酸脱氨酶1(AMPD1)基因在6个鸡品种中AMPD1基因序列多样性,结果表明:在525bp的片段中共存在10个多态位... 详细信息

以丝羽乌骨鸡为研究素材,萧山鸡、白耳鸡、北京油鸡、茶花鸡、隐性白羽肉鸡为对照组,研究肌苷酸合成代谢过程中主要的催化酶鸡腺苷单磷酸脱氨酶1(AMPD1)基因在6个鸡品种中AMPD1基因序列多样性,结果表明:在525bp的片段中共存在10个多态位点,其中120位的A→G、355位的A→G的碱基变化仅在肌苷酸含量较高的鸡品种如丝羽乌骨鸡、北京油鸡、茶花鸡出现,推测这2个位点与肌苷酸含量密切相关。

关键词：丝羽乌骨鸡酸含量肌苷酸北京油鸡茶花鸡脱氨酶品种腺苷相关研究基因多态性

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腺苷脱氨酶(ADA)在胸水中的诊断意义

北京医学 1989年第2期 115-128页

作者：高小培张文娟梁雪莲李峻亨李振甲中国人民解放军总医院中心实验室中国人民解放军总医院呼吸内科

腺苷脱氨酶沉淀有助于免疫缺陷病、恶性肿瘤及良恶性胸水的诊断和鉴别诊断。本实验着重对31例胸腔积液中ADA活力进行测定,结果如下。材料与方法一、病例选择及分组1.结核性胸水组:共21例。男16例,女5例,平均年龄28.5岁(19～65岁)。该组... 详细信息

腺苷脱氨酶沉淀有助于免疫缺陷病、恶性肿瘤及良恶性胸水的诊断和鉴别诊断。本实验着重对31例胸腔积液中ADA活力进行测定,结果如下。材料与方法一、病例选择及分组1.结核性胸水组:共21例。男16例,女5例,平均年龄28.5岁(19～65岁)。该组病人临床症状有发热,37.5～39℃,咳嗽,胸闷,乏力,5例有盗汗,体检、X线及B超均提示有胸腔积液,胸水常规检查为渗出液,李瓦他试验(+),细胞总数>500/mm,OT试

关键词：胸水 CE ADA 脱氨酶水解酶

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腺苷脱氨酶的全自动分析方法的建立

临床荟萃 2001年第13期16卷 615-617页

作者：陈敬捷杨小兵秦长明广西龙潭医院检验科柳州545005

氨酶(adenosine deaminase,ADA),广泛分布于体内组织中,它主要起催化水解腺苷生成肌苷和氨的作用,与细胞免疫功能有关.近年来,ADA在临床疾病实验诊断中的应用日益广泛,如鉴别结核性和非结核性胸、腹水以及肝病、肿瘤的诊断.目前国内多... 详细信息

氨酶(adenosine deaminase,ADA),广泛分布于体内组织中,它主要起催化水解腺苷生成肌苷和氨的作用,与细胞免疫功能有关.近年来,ADA在临床疾病实验诊断中的应用日益广泛,如鉴别结核性和非结核性胸、腹水以及肝病、肿瘤的诊断.目前国内多以改良Martineck法测定ADA酶促反应生成的氨量来推算ADA活性[1],百特公司产品即属此类,此方法虽对仪器设备要求低,但手工操作时间长,干扰因素多,难以获得快速准确的结果.目前国外有报道单一试剂的酶偶联法[2],但易受内源性氨的干扰,由于此方法中试剂用于测定氨,空气和样本中的氨会影响测定结果和试剂的稳定性.而我们设计的方法是将试剂中的谷氨酸脱氢酶作为第二试剂,从而使试剂的稳定性大大提高,测定中有效避免了内源性氨的影响,也可贮存空白反应曲线,所以本法的准确性和精密性明显提高.

关键词：腺苷谷氨酸脱氢酶 DH 脱氨酶水解酶 ADA 试剂反应

大肠杆菌胞嘧啶脱氨酶基因的克隆及其真核表达载体的构建

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实用肿瘤杂志 2003年第4期18卷 268-270页

作者：龚福生郑秋红谢云青郑天荣福建省肿瘤医院肿瘤分子生物室福建福州350014

目的　克隆大肠杆菌胞嘧啶脱氨酶 ( CD)基因 ,构建真核表达载体 ,本研究拟探索该基因在肿瘤基因治疗中的应用基础。方法　根据 Gen Bank数据库提供的 CD基因核苷酸序列 ,设计并合成一对引物 ,采用 PCR方法 ,从大肠杆菌基因组 DNA中扩增... 详细信息

目的　克隆大肠杆菌胞嘧啶脱氨酶 ( CD)基因 ,构建真核表达载体 ,本研究拟探索该基因在肿瘤基因治疗中的应用基础。方法　根据 Gen Bank数据库提供的 CD基因核苷酸序列 ,设计并合成一对引物 ,采用 PCR方法 ,从大肠杆菌基因组 DNA中扩增出 CD基因 ,并与 pc DNA3.1定向连接 ,构建受控于人巨细胞病毒启动子的重组真核载体 pc DNA3.1- CD,并用限制性内切酶、PCR和 DNA测序进行鉴定。结果　克隆了大肠杆菌 CD基因 ,并构建了真核表达载体 ,经限制性内切酶酶切、PCR扩增和 DNA测序证实了其正确性。结论　 pc DNA 3.1- CD真核表达载体构建成功。

关键词：大肠杆菌胞嘧啶脱氨酶基因克隆真核表达载体