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养阴活胃合剂对CAG大鼠胃内菌群稳态影响分析

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养阴活胃合剂对CAG大鼠胃内菌群稳态影响分析

作者：曙阿克·哈尔恒新疆医科大学

学位级别：硕士

目的:通过观察养阴活胃合剂对慢性萎缩性胃炎大鼠胃内菌群稳态的影响,来探讨养阴活胃合剂治疗CAG可能的作用机制;方法:选用SD雄性大鼠60只,随机分为空白组对照组10只、CAG造模组50只,空白对照组正常饲养,造模组采用五因素综合方案(MNNG... 详细信息

目的:通过观察养阴活胃合剂对慢性萎缩性胃炎大鼠胃内菌群稳态的影响,来探讨养阴活胃合剂治疗CAG可能的作用机制;方法:选用SD雄性大鼠60只,随机分为空白组对照组10只、CAG造模组50只,空白对照组正常饲养,造模组采用五因素综合方案(MNNG溶液+3%雷尼替丁制备的大鼠饲料+饥饱失常法+禁食日灌胃30%乙醇+禁食日灌胃Na Cl溶液)建立CAG大鼠模型,连续10周;取材进行病理切片染色后,明确CAG模型造模成功;将造模组的大鼠采用随机数字表法分为模型组、中药低、中、高剂量组及维酶素组进行干预治疗,连续灌胃给药8周,于第18周取材,观察各组大鼠大体表征、胃粘膜病理组织学改变、16sr RNA高通量测序技术检测胃内菌群组成差异及多样性;结果:1.CAG模型大鼠经药物干预后,精神状态改善、皮毛色泽柔顺;2.HE染色结果显示:养阴活胃合剂改善炎症反应,修复胃粘膜,改善腺体萎缩;3.菌群测序质控表与稀释曲线说明测序数据量足够,研究合理性高;Venn图结果显示中药高剂量组与空白对照组共有343个;群落的组成和物种差异分析结果显示在门到属水平上,中药各剂量组使厚壁菌门、毛螺菌科、瘤胃菌科、双歧杆菌属等菌丰度升高,使变形菌门、放线菌门、拟杆菌门丰度降低;通过Alpha多样性各项指数得到结果,中药各剂量组可显著增加胃粘膜菌群的多样性;丰度等级曲线分析结果示中药高剂量组与空白组多样性更接近;PCA分析结果显示空白对照组与中药低、高剂量组的群落组成相近;Lefse分析结果发现养阴活胃合剂各剂量组富集双歧杆菌等有益菌,增加拟杆菌门与厚壁菌门的比例,降低致病菌变形菌门的丰度;结论:养阴活胃合剂各剂量组增加有益菌的丰度,提高胃内菌群多样性,降低致病菌的丰度,改善炎症反应,修复胃粘膜,从而治疗CAG。

关键词：慢性萎缩性胃炎养阴活胃合剂胃菌群

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岩藻多糖对鼠胃幽门螺杆菌定植的影响

岩藻多糖对鼠胃幽门螺杆菌定植的影响

作者：张雪琳青岛大学

学位级别：硕士

目的:建立幽门螺杆菌（H.pylori,HP）感染小鼠模型,研究褐藻提取物岩藻多糖对鼠胃幽门螺杆菌定植的影响。方法:将22只8周龄C57BL/6品系小鼠,随机分为A对照组（灭菌双蒸水）:灌服等量灭菌的双蒸水,B单纯幽门螺杆菌感染组:灌服等量HP菌液,... 详细信息

目的:建立幽门螺杆菌（H.pylori,HP）感染小鼠模型,研究褐藻提取物岩藻多糖对鼠胃幽门螺杆菌定植的影响。方法:将22只8周龄C57BL/6品系小鼠,随机分为A对照组（灭菌双蒸水）:灌服等量灭菌的双蒸水,B单纯幽门螺杆菌感染组:灌服等量HP菌液,C单纯干预组（岩藻多糖）:灌服等量岩藻多糖水溶液,D预防干预组:灌服岩藻多糖进行预干预再感染幽门螺杆菌,E治疗干预组:感染幽门螺杆菌后再岩藻多糖干预,整个实验过程为5周,实验结束拉颈将各组小鼠干预杀死,收集其胃组织进行苏木精—伊红（hematoxylin-eosin staining,HE）染色、免疫组织化学染色和基因组测序分析。结果:1.干预后的各组小鼠体质量增长率的变化:小鼠灌胃后第4周,单纯幽门螺杆菌感染组B组小鼠体质量增长率低于对照组A组（P＜0.05）,预防干预组D组小鼠体质量增长率低于对照组A组（P＜0.05）;单纯岩藻多糖干预组C组小鼠体质量增长率显著高于单纯幽门螺杆菌感染组B组（P＜0.01）,治疗干预组E组小鼠体质量增长率显著高于单纯幽门螺杆菌感染组B组（P＜0.01）;预防干预组D组小鼠体质量增长率低于单纯干预组C组（P＜0.05）,治疗干预组E组小鼠体质量增长率相对于单纯岩藻多糖干预组C组无统计学差异（P＞0.05）;治疗干预组E组小鼠体质量增长率高于预防干预组D组（P＜0.05）。2.抑菌环实验:浸染岩藻多糖及水的滤纸片周围没有抑菌环,显示在本实验剂量范围及干预时间内,岩藻多糖无直接抑菌作用;左氧氟沙星滤纸片周围有直径约3.5 cm的抑菌环,表明左氧氟沙星有直接抑菌作用。3.HE染色炎症评分:单纯幽门螺杆菌感染组B组、预防干预组D组及治疗干预组E组小鼠炎症水平均显著高于A组（P＜0.01）;C组小鼠炎症水平低于单纯幽门螺杆菌感染组B组（P＜0.05）,预防干预组D组小鼠炎症水平显著低于单纯幽门螺杆菌感染组B组（P＜0.01）,治疗干预组E组小鼠炎症水平较B组无显著统计学差异（P＞0.05）;预防干预组D组小鼠炎症水平高于治疗干预组E组（P＜0.05）。4.定植评分:（1）HE染色图片镜下幽门螺杆菌定植评分:单纯幽门螺杆菌感染组B组、预防干预组D组及治疗干预组E组小鼠胃幽门螺杆菌定植水平均高于对照组A组（P＜0.05）;预防干预组D组小鼠胃幽门螺杆菌定植水平低于单纯幽门螺杆菌感染组B组（P＜0.05）,治疗干预组E组小鼠胃幽门螺杆菌定植水平显著低于单纯幽门螺杆菌感染组B组（P＜0.01）。（2）免疫组织化学染色图片镜下幽门螺杆菌定植评分:单纯幽门螺杆菌感染组B组、预防干预组D组及治疗干预组E组小鼠胃幽门螺杆菌定植水平均高于对照组A组（P＜0.05）;预防干预组D组及治疗干预组E组小鼠胃幽门螺杆菌定植水平低于单纯幽门螺杆菌感染组B组（P＜0.05）。5.采用16S rRNA基因测序法分析胃黏膜菌群:单纯幽门螺杆菌感染组B组小鼠胃黏膜菌群中Gardnerella菌相对丰度高于对照组A组、单纯岩藻多糖干预组C组、预防干预组D组及治疗干预组E组（P＜0.05）;岩藻多糖预干预的D组幽门螺杆菌感染小鼠胃黏膜菌群中金黄杆菌属（Chryseobacterium）相对丰度高于对照组A组、单纯幽门螺杆菌感染组B组、单纯岩藻多糖干预组C组及治疗干预组E组（P＜0.05）;单纯岩藻多糖干预的C组、岩藻多糖预干预的D组及治疗干预组E组的Alistipe、Erysipelatoclostridium有害菌的相对丰度低于对照组A组和单纯幽门螺杆菌感染组B组（P＜0.05）;单纯幽门螺杆菌感染组B组和治疗干预组E组的Alistipe相对丰度高于单纯岩藻多糖干预的C组（P＜0.05）;B组Lachnospiraceae＿NK4A136＿group的相对丰度高于单纯岩藻多糖干预的C组（P＜0.05）;治疗干预组E组的双歧杆菌（Bifidobacterium）相对丰度高于单纯岩藻多糖干预的C组（P＜0.05）;岩藻多糖预干预D组和治疗干预组E组两组的Faecalibaculum相对丰度高于对照组A组和单纯岩藻多糖干预组C组（P＜0.05）。结论:1.岩藻多糖干预能促进正常小鼠体质量增加。2.幽门螺杆菌的感染会促进胃黏膜炎症反应的发生,岩藻多糖干预能有效减少胃幽门螺杆菌定植量,且能缓解胃黏膜炎症反应。3.岩藻多糖干预能增加胃黏膜有益菌的丰度（如Bifidobacterium、Faecalibaculum和产丁酸的菌等）以及降低有害菌（如Lachnospiraceae＿NK4A316＿Group、Alistipe、Gardnerella、Chryseobacterium和Erysipelatoclostridium）的丰度。4.本研究剂量范围及干预时间内,未见岩藻多糖具有直接抑菌作用。

关键词：幽门螺杆菌（H.pylori,HP）岩藻多糖胃菌群

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胃癌进展相关的胃菌群特征分析

胃癌进展相关的胃菌群特征分析

作者：孙伟丽大连医科大学

学位级别：硕士

背景:胃菌群主要由变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)等细菌构成。在胃癌发生过程中,胃菌群的结构和组成发生持续性变化,表明胃菌群与胃癌... 详细信息

背景:胃菌群主要由变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)等细菌构成。在胃癌发生过程中,胃菌群的结构和组成发生持续性变化,表明胃菌群与胃癌发生密切相关,但目前尚缺乏胃癌进展相关菌群特征的研究。目的:本研究旨在分析进展期胃癌(advanced gastric cancer,AC)患者和早期胃癌(early gastric cancer,EC)患者菌群的结构和组成,利用随机森林(random forest,RF)算法筛选确定区分胃癌进展相关的细菌。方法:纳入60例胃癌患者,其中30例患者为AC组(实验组),30例患者为EC组(对照组),对两组患者分别进行年龄、性别分析。将癌性病灶切缘>5cm的正常胃黏膜组织进行细菌基因组DNA提取,扩增细菌16S r RNA后在Illumina Hi Seq 2500平台进行高通量测序分析。采用QIIME软件对两组患者胃黏膜菌群测序数据进行多样性分析;利用线性判别效应(Linear discriminant analysis effect size,LEf Se)分析AC组和EC组患者胃黏膜菌群的差异细菌;采用机器学习随机森林(random forest,RF)算法建立RF模型,筛选可以区分AC组患者和EC组患者的特征细菌;通过Gini系数(某一变量降低程度的总和)判断特定细菌在RF模型中的重要性;采用袋外错误率(out of bag error rate,OOB)评价机器学习RF分类模型的准确性;采用20次十折交叉验证评价RF模型质量;采用受试者工作特征(the receiver operating characteristic,ROC)曲线和曲线下面积(the area under,AUC)评估RF模型的敏感性和特异性。结果:1.通过对AC组患者和EC组患者一般临床资料进行统计学分析,结果发现AC组患者平均年龄为58.5±14.4岁,男女性别比为2.3:1;EC组患者平均年龄为60.1±11.5岁,男女性别比为3.3:1。采用独立样本t检验对两组患者的年龄、性别结果比较,差异无统计学意义(P>0.05;P>0.05)。2.通过对60例胃癌患者胃黏膜标本菌群进行高通量测序,结果共得到9,828,400条序列,其中优化序列为8,166,894条序列,平均每个样品获得68,058条序列。对测序结果进行质量评价,检测胃黏膜标本测序数据,覆盖率指数均>0.99,因此可以认为每个样本中至少检测到99%以上的物种,测序深度合理。3.通过对两组患者胃黏膜菌群多样性进行分析,对两组患者菌群α多样性比较,结果发现AC组患者胃菌群Shannon多样性指数为2.673,明显高于EC组患者胃菌群(2.454),结果具有显著差异(P=0.013),提示在胃癌发展过程中生物多样性增加;而比较Chao 1指数显示AC组患者胃菌群略低于EC组患者,但差异无统计学意义(P=0.538),表明在胃癌进展过程中胃黏膜菌群物种丰度无明显改变。采用非加权Jaccard距离矩阵对两组患者胃菌群β多样性进行分析,主坐标分析(Principal coordinate analysis,PCo A)显示两组患者胃菌群间可以明显相互区分,而各自组内菌群明显聚集,说明两组患者胃菌群物种的结构不同,具有明显差异(P=0.04)。这一结果说明在胃癌进展过程菌群结构发生明显改变。4.通过对两组患者胃菌群物种相对丰度进行分析,绘制物种组成柱状图,在门水平上两组患者菌群组成没有明显变化;通过Mann–Whitney U检验进一步对两组患者胃菌群门水平差异分析,结果发现两组患者菌群中Deinococcus-Thermus相对丰度差异最明显,在AC组菌群中的相对丰度(2.840)明显高于EC组菌群(0.868),表明Deinococcus-Thermus在胃癌进展过程中增加,说明其可能促进了胃癌发展。5.通过对两组患者菌群差异显著性进行分析,线性判别效应(linear discriminant analysis effectsize,LEf Se)分析结果显示有12个细菌属LDA值≥2.0,其中大多数属(8/12,包括:Thermus、Burkholderia、Pseudomonas、Brevibacillus、Stenotrophomonas、Salinivibrio、Uruburuella和Schlegelella)在AC组患者菌群中富集,LDA值最高的为Thermus属(LDA=4.06);而Bradyrhizobium、Nocardioides、Bacillus和Ochrobactrum在AC组患者菌群中降低。进一步对12个菌属相对丰度比较,结果发现在AC组中富集属的相对丰度变化均较显著;变化最显

关键词：进展期胃癌早期胃癌胃菌群线性判别效应分析随机森林算法

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胃癌进展相关胃菌群的特征分析

胃肠病学和肝病学杂志 2021年第10期30卷 1101-1106页

作者：孙伟丽刘居新王莉莉张秋月王鹏徐晓娜董全江大连医科大学附属青岛市市立医院中心实验室山东青岛266071 青岛大学医学院附属青岛市市立医院检验科青岛大学医学院附属青岛市市立医院中心实验室

目的分析晚期胃癌(advanced gastric cancer,AGC)患者和早期胃癌(early gastric cancer,EGC)患者菌群的结构、组成,进一步确定胃癌进展相关的菌群特征。方法本研究共纳入60例胃癌患者,黏膜标本取自于癌性病灶切缘>5 cm的正常胃黏膜组织... 详细信息

目的分析晚期胃癌(advanced gastric cancer,AGC)患者和早期胃癌(early gastric cancer,EGC)患者菌群的结构、组成,进一步确定胃癌进展相关的菌群特征。方法本研究共纳入60例胃癌患者,黏膜标本取自于癌性病灶切缘>5 cm的正常胃黏膜组织。提取组织基因组DNA,采用高通量测序分析胃黏膜菌群,以EGC组菌群为对照,利用线性判别效应(linear discriminant analysis effect size,LEfSe)分析AGC组和EGC组菌群组成差异;采用受试者工作特性曲线下面积-随机森林(optimizing the area under the receiver operating characteristic curve of the random forest,AUC-RF)算法建立随机森林(random forest,RF)模型,对胃癌进展相关菌群特征进行分析。结果EGC组菌群Shannon多样性指数为2.454,明显低于AGC组(2.673),差异有统计学意义(t=2.577,P=0.013),而Chao 1指数EGC组略高于AGC组,但差异无统计学意义(t=0.619,P=0.538)。主成分分析(principal coordinate analysis,PCoA)结果发现两组患者胃菌群出现明显集中,并可以相互区分(P=0.04)。LEfSe分析结果显示,LDA值≥2.0的细菌共12个属,分别为Thermus、Burkholderia、Pseudomonas、Brevibacillus、Stenotrophomonas、Salinivibrio、Uruburuella、Schlegelella、Bradyrhizobium、Nocardioides、Bacillus和Ochrobactrum。采用AUC-RF算法得到一个最优的24个细菌属组合能够最大限度地区分AGC组和EGC组(AUC=0.916,95%CI:0.841~0.990,灵敏性=0.800,特异性=0.767)。结论在胃癌进展过程中,胃菌群在组成及多样性方面发生明显改变,并发现了24个细菌属组合能够很好地区分AGC组和EGC组菌群,与胃癌进展密切相关。本研究从菌群角度为辅助临床判断胃癌进程,为探索胃癌进展相关的菌群变化提供新的理论依据和新路径。

关键词：晚期胃癌早期胃癌胃菌群随机森林线性判别效应

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正常胃黏膜菌群特征分析2例

世界华人消化杂志 2013年第13期21卷 1250-1255页

作者：王莉莉董开芯周建华于新娟贾盛佼董全江青岛大学医学院附属青岛市市立医院消化内科及中心实验室青岛市消化病重点实验室山东省青岛市266011 青岛大学医学院附属青岛市市立医院口腔医学中心山东省青岛市266011

目的:分析消化不良患者的正常胃黏膜菌群特征.方法:收集2例正常胃黏膜病理学消化不良患者的胃窦黏膜,提取黏膜组织基因组DNA,应用PCR方法扩增16S rRNA,进行二代454焦磷酸测序.测序数据应用操作单元(operational taxonomic units,OTU)聚... 详细信息

目的:分析消化不良患者的正常胃黏膜菌群特征.方法:收集2例正常胃黏膜病理学消化不良患者的胃窦黏膜,提取黏膜组织基因组DNA,应用PCR方法扩增16S rRNA,进行二代454焦磷酸测序.测序数据应用操作单元(operational taxonomic units,OTU)聚类分析、多样性分析和分类学分析等生物信息技术分析胃黏膜菌群的结构、多样性和丰度.结果:患者A和B胃黏膜菌群的高通量测序分析分别得到20565条和17487条优化序列,测序覆盖深度>0.98.经过97%相似度归并后分别得到638个OTUs和667个OTUs;菌群多样性分析显示正常胃黏膜菌群的chao指数和shannon指数均低于粪便菌群.患者A的胃黏膜菌群由58个属的细菌构成,归属于14个门,以变形菌门为主(99.49%),其次为放线菌门、硬壁菌门和拟杆菌门等.患者B胃黏膜菌群构成与患者A相似,由64个属的细菌构成,归属于19个门.粘质沙雷(氏)菌为正常胃黏膜菌群的优势主导菌.结论:正常胃黏膜菌群多样性丰富,以变形菌门为主,沙雷(氏)菌为优势主导菌.

关键词：胃菌群 454焦磷酸测序变形菌门沙雷(氏)菌属

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口腔、胃十二指肠菌群在肝硬化中的作用

胃肠病学 2019年第12期24卷 741-744页

作者：蒋颖溢张瑞黄晓铨陈世耀复旦大学附属中山医院消化内科

随着基因测序技术的发展,消化道菌群在肝硬化及其并发症中的作用逐渐引起关注。近年来,大部分研究着眼于肠道微生态变化、益生菌、抗菌药物疗法在肝硬化治疗中的应用,针对口腔、胃十二指肠菌群相关的研究较少见。本文就近年口腔、胃十... 详细信息

随着基因测序技术的发展,消化道菌群在肝硬化及其并发症中的作用逐渐引起关注。近年来,大部分研究着眼于肠道微生态变化、益生菌、抗菌药物疗法在肝硬化治疗中的应用,针对口腔、胃十二指肠菌群相关的研究较少见。本文就近年口腔、胃十二指肠菌群在肝硬化中的作用作一综述,从而为肝硬化及其并发症的菌群治疗提供新思路。

关键词：口腔菌群胃菌群十二指肠菌群肝硬化

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幽门螺杆菌相关慢性胃炎的胃微生态特征分析

实用临床医药杂志 2024年第1期28卷 56-61页

作者：牛占岳石岩岩李司柱薛艳北京大学第三医院消化科北京100191 北京大学第三医院临床流行病学研究中心北京100191

目的探讨幽门螺杆菌(H.pylori)相关慢性非萎缩性胃炎和慢性萎缩性胃炎的胃菌群特征及差异。方法采用前瞻性研究设计,将24例H.pylori感染的慢性胃炎患者分为慢性非萎缩性胃炎组(n=18)和慢性萎缩性胃炎组(n=6)。测定2组的胃黏膜菌群特征,... 详细信息

目的探讨幽门螺杆菌(H.pylori)相关慢性非萎缩性胃炎和慢性萎缩性胃炎的胃菌群特征及差异。方法采用前瞻性研究设计,将24例H.pylori感染的慢性胃炎患者分为慢性非萎缩性胃炎组(n=18)和慢性萎缩性胃炎组(n=6)。测定2组的胃黏膜菌群特征,并进行Alpha和Beta多样性分析及物种相关性分析。结果2组胃菌群均主要包括变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、放线菌门和梭杆菌门。2组胃菌群的物种多样性和丰度差异具有统计学意义(ANOSIM分析,P=0.046)。慢性萎缩性胃炎组的梭杆菌属(P=0.023)、纤毛菌属(P=0.047)、普雷沃菌属(P=0.016)、月形单胞菌属(P=0.042)和密螺旋体属(P=0.006)显著富集,H.pylori呈下降趋势(P=0.218)。胃黏膜菌群的部分菌属与H.pylori呈负相关性,且慢性萎缩性胃炎的胃黏膜菌群中与H.pylori负相关的菌属种类明显减少。结论慢性萎缩性胃炎的胃黏膜中梭杆菌属、纤毛菌属、普雷沃菌属、月形单胞菌属和密螺旋体属显著富集,与慢性胃炎进展相关。

关键词：幽门螺杆菌胃菌群幽门螺杆菌相关慢性胃炎慢性非萎缩性胃炎慢性萎缩性胃炎差异分析