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翘嘴鲌Runx2b基因的克隆与表达特征分析

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浙江农业学报 2024年第5期36卷 1024-1031页

作者：何昌熙郑建波马建波贾永义刘士力蒋文枰迟美丽程顺李飞上海海洋大学水产与生命学院农业农村部淡水水产种质资源重点实验室上海201306 浙江省淡水水产研究所浙江省淡水水产遗传育种重点实验室浙江湖州313001 余姚市水产技术推广中心浙江余姚315400

为探究Runx2b基因在翘嘴鲌肌间刺骨化过程中的调控作用,基于转录组数据和PCR扩增技术克隆获得了翘嘴鲌Runx2b基因全长编码序列。通过茜素红整体骨骼染色对肌间刺(IBs)形成的不同阶段进行了分期,同时采用qRT-PCR技术检测了Runx2b基因的... 详细信息

为探究Runx2b基因在翘嘴鲌肌间刺骨化过程中的调控作用,基于转录组数据和PCR扩增技术克隆获得了翘嘴鲌Runx2b基因全长编码序列。通过茜素红整体骨骼染色对肌间刺(IBs)形成的不同阶段进行了分期,同时采用qRT-PCR技术检测了Runx2b基因的时空表达水平。结果显示,Runx2b基因开放阅读框为1 401 bp,编码466个氨基酸,预测分子量为50.676 ku,理论等电点为9.35;氨基酸序列多重比对显示,翘嘴鲌Runx2b氨基酸序列与近源物种的同源性高达95%以上,且都具有高度保守的Runt和RunxI结构域;系统进化树分析表明,翘嘴鲌与团头鲂的亲缘关系最为接近。茜素红染色结果显示,在肌间刺发育前,翘嘴鲌的主轴骨骼和附肢骨骼已经发育完全;其中,孵化后15 d,尾部肌隔中开始出现小肌间刺;孵化后30 d,翘嘴鲌幼体的肌间刺发育完全。组织表达结果显示,Runx2b基因在翘嘴鲌各组织中均有表达,鳃中的表达量最高,其次是肌肉。此外,Runx2b基因在翘嘴鲌幼体不同生长阶段的表达模式与肌间刺骨化发生的时序保持一致,提示该基因与肌间刺骨化的相关性。研究结果可以为后续无肌间刺翘嘴鲌新种质的创制和肌间刺形成的分子机制提供基础数据。

关键词：翘嘴鲌肌间刺 Runx2b 基因表达骨化

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基于线粒体Cytb基因的江淮下游6个湖泊翘嘴鲌群体遗传多样性分析

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江苏农业科学 2024年第3期52卷 213-220页

作者：李大命杨子萍刘燕山唐晟凯谷先坤殷稼雯江苏省淡水水产研究所/江苏省内陆水域渔业资源重点实验室江苏南京210017 南京师范大学海洋科学与工程学院江苏南京210023

以线粒体Cytb基因作为分子标记对长江、淮河下游6个湖泊翘嘴鲌群体共262尾个体的遗传多样性、遗传分化及历史动态进行分析。结果显示,翘嘴鲌Cytb基因序列全长为1141 bp,碱基A+T的含量(55.9%)高于G+C含量(44.1%)。262条Cytb基因序列检出4... 详细信息

以线粒体Cytb基因作为分子标记对长江、淮河下游6个湖泊翘嘴鲌群体共262尾个体的遗传多样性、遗传分化及历史动态进行分析。结果显示,翘嘴鲌Cytb基因序列全长为1141 bp,碱基A+T的含量(55.9%)高于G+C含量(44.1%)。262条Cytb基因序列检出42个变异位点,定义46个单倍型,总群体单倍型和核苷酸多样性分别为0.916±0.010和0.00256±0.00008;6个群体的单倍型多样性为(0.798±0.059)~(0.927±0.019),核苷酸多样性为(0.00204±0.00027)~(0.00285±0.00018),表明翘嘴鲌遗传多样性属于高Hd和低Pi模式。基于单倍型构建的系统发育树和进化网络图显示,6个群体的单倍型未形成明显的地理格局。分子方差分析(AMOVA)显示,遗传变异主要来自于群体内部(91.64%),群体间遗传分化系数(F_(st))为0.08362(P翘嘴鲌群体在历史上经历过显著的种群扩张。整体来看,江淮下游湖泊的翘嘴鲌野生种质资源遗传多样性较低,长江水系群体和淮河水系群体间有显著的遗传分化,应采取措施恢复翘嘴鲌资源量及提高其遗传多样性,并将长江流域和淮河流域湖泊群体划分为不同的管理单元进行保护。

关键词：翘嘴鲌 Cytb基因遗传多样性遗传分化种群历史动态

翘嘴鲌生长激素受体1基因内含子1、2中微卫星多态性及与生长性状的关联分析

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水产学杂志 2022年第3期35卷 22-27页

作者：刘士力李飞贾永义郑建波迟美丽程顺卞玉玲顾志敏浙江省淡水水产研究所农业农村部淡水渔业健康养殖重点实验室/浙江省淡水水产遗传育种重点实验室浙江湖州313001 上海海洋大学农业农村部淡水水产种质资源重点实验室上海201306

本研究检测了120尾同批繁殖、同塘养殖的12月龄翘嘴鲌(Culter alburnus Basilewsky)生长激素受体1(Growth hormone receptor 1,ghr1)基因内含子1、2的8个微卫星位点的基因型,分析了ghr1基因内含子1、2微卫星多态性与生长性能的相关性,... 详细信息

本研究检测了120尾同批繁殖、同塘养殖的12月龄翘嘴鲌(Culter alburnus Basilewsky)生长激素受体1(Growth hormone receptor 1,ghr1)基因内含子1、2的8个微卫星位点的基因型,分析了ghr1基因内含子1、2微卫星多态性与生长性能的相关性,为进一步研究其生物学功能及分子标记辅助育种奠定基础。结果表明:7个微卫星位点具有多态性,微卫星标记平均等位基因数12.714,平均有效等位基因数5.839,平均期望杂合度0.625,平均观测杂合度0.535,平均多态信息含量0.608;除了ghr1-6和ghr1-7属于低度多态性位点(PIC0.5)。关联分析结果显示:ghr1-3位点中257/259型个体的体长和体质量均高于其他基因型,其体质量与245/261和259/259差异不显著(P>0.05),但显著高于另外5种基因型(P翘嘴鲌ghr1-3多态性与生长性状存在关联,可作为翘嘴鲌生长的候选辅助标记,有助于翘嘴鲌遗传资源的评价、鉴定和保护利用等分子生物学研究。

关键词：翘嘴鲌生长激素受体1基因微卫星生长性状性状关联

翘嘴鲌源维氏气单胞菌的分离鉴定及组织病理观察

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渔业科学进展 2022年第6期43卷 216-227页

作者：韩璐璐杨成年李芳阳龙江唐征县彭小倩朱成科吕光俊西南大学水产学院淡水鱼类资源与生殖发育教育部重点实验室重庆402460

为确定患病翘嘴鲌(Culter alburnus)的病原,本研究从患病鱼肝脏中分离到一株优势菌株CQ200825,对该菌进行形态学观察、生理生化鉴定、16S rRNA和gyrB基因序列分析、人工感染实验、毒力基因检测、组织病理观察以及药敏试验。结果显示,菌... 详细信息

为确定患病翘嘴鲌(Culter alburnus)的病原,本研究从患病鱼肝脏中分离到一株优势菌株CQ200825,对该菌进行形态学观察、生理生化鉴定、16S rRNA和gyrB基因序列分析、人工感染实验、毒力基因检测、组织病理观察以及药敏试验。结果显示,菌株CQ200825为短杆状的革兰氏阴性菌,通过16S rRNA和gyrB基因序列比对、系统进化树的构建和生理生化特性,确认为维氏气单胞菌(Aeromonas veronii)。人工感染实验组与自然发病鱼都表现为鳍条基部出血、肝脾肿大、有腹水等症状,同时从人工感染濒死鱼体内分离到与菌株CQ200825理化及分子特性一致的优势菌株,表明CQ200825为患病翘嘴鲌的病原菌,并计算出菌株CQ200825对翘嘴鲌的半数致死量为2.7×10^(6)CFU/mL。毒力基因检测结果显示,菌株CQ200825携带外膜蛋白(ompA)、溶血素(hlyA)、热稳定性肠毒素(ast)和细胞毒性肠毒素(act)4种毒力基因。组织病理观察发现,患病翘嘴鲌的肝、脾、肾和肠均有不同程度的病变,即肝细胞肿胀、坏死,血管中血细胞凝集,脾脏红白髓界限不清、胞核有轻微肿胀,肾小管上皮细胞发生颗粒变性,肠绒毛大部分坏死脱落。药敏试验结果显示,菌株CQ200825对多西环素等17种抗菌药物高度敏感,对复方新诺明等4种抗菌药物中度敏感,对阿莫西林等12种抗菌药物表现为耐药。本研究可为翘嘴鲌维氏气单胞菌病的诊断与防治提供参考依据。

关键词：翘嘴鲌维氏气单胞菌分离鉴定组织病理药敏试验

基于线粒体COⅡ基因序列的长江下游翘嘴鲌群体遗传多样性分析

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南方农业学报 2022年第7期53卷 2025-2032页

作者：张桂宁方弟安薛向平毛成诚彭云鑫中国水产科学研究院淡水渔业研究中心/农业农村部淡水渔业和种质资源利用重点实验室江苏无锡214081 上海海洋大学/水产科学国家级实验教学示范中心上海201306 南京农业大学南京210095

【目的】明确长江下游翘嘴鲌(Culter alburnus)群体遗传多样性的丰富程度和进化历史,为其育种及遗传改良打下基础。【方法】在长江下游水域(淀山湖、高邮湖、太湖、长荡湖及长江江苏段)设点捕获收集翘嘴鲌野生样本,基于线粒体COⅡ基因... 详细信息

【目的】明确长江下游翘嘴鲌(Culter alburnus)群体遗传多样性的丰富程度和进化历史,为其育种及遗传改良打下基础。【方法】在长江下游水域(淀山湖、高邮湖、太湖、长荡湖及长江江苏段)设点捕获收集翘嘴鲌野生样本,基于线粒体COⅡ基因序列分析5个翘嘴鲌野生群体的遗传多样性,使用DNASPv5计算群体单倍型并进行Tajima’s D和Fu’s Fs中性检验,运用Arlequin 3.5进行遗传多样性分析、群体分子方差分析(AMOVA)及计算遗传距离和基因流(Nm)。【结果】5个翘嘴鲌野生群体197个个体的COⅡ基因序列有效长度为425 bp,存在31个变异位点,变异率为7.29%;其碱基含量排序为T(29.61%)>C(28.03%)>A(24.19%)>G(18.17%),AT含量为53.8%,CG含量为46.2%。31个变异位点在197个个体中共定义出13种单倍型(hap1~hap13),单倍型多样性指数(Hd)为0.273~0.603,以长江群体和长荡湖群体的最高,太湖群体的最低;核苷酸多样性指数(Pi)为0.001~0.017,以长荡湖群体的最高,淀山湖群体的最低。5个翘嘴鲌野生群体间的遗传距离为0.002~0.015,即群体间无显著差异;不同群体间的Nm为2.443~54.325,以太湖群体与淀山湖群体间的Nm最大(54.325),长荡湖群体与淀山湖群体间的Nm最小(2.443);AMOVA分析结果显示,不同群体间的遗传变异为10.47%,而群体内的遗传变异为89.53%。在5个翘嘴鲌野生群体中,仅长江群体的Tajima’s D和Fu’Fs均为负值且具有显著意义,故推测该群体曾发生过群体扩张现象。【结论】长江下游翘嘴鲌群体表现出低单倍型多样性和高核苷酸多样性,遗传多样性较丰富,群体间存在遗传分化但分化程度差异不显著。因此,后续研究应增加野生翘嘴鲌群体的样品数量和调查水域,全面而系统地评估长江下游各水域翘嘴鲌的种质资源状况,为建立自然保护区及人工增殖放流提供科学依据。

关键词：翘嘴鲌 COⅡ基因遗传多样性遗传分化长江下游水域

黑龙江水域5个群体翘嘴鲌肌肉质构及营养成分比较分析

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大连海洋大学学报 2022年第6期37卷 977-984页

作者：葛一笑邹昊博夏邦华邹宇宁周群陈思淼杨宇关陶韩英东北农业大学动物科学技术学院黑龙江哈尔滨150030 中牧实业股份有限公司北京100070

为探究黑龙江水域不同群体翘嘴鲌Culter alburnus的肌肉质构特征及营养成分差异,对黑龙江(HLR)、乌苏里江(WSR)、松花江(SHR)和兴凯湖(XKL)4个翘嘴鲌野生群体及兴凯湖翘嘴鲌养殖群体(XKY)的基本营养成分、氨基酸、脂肪酸和质构等指标进... 详细信息

为探究黑龙江水域不同群体翘嘴鲌Culter alburnus的肌肉质构特征及营养成分差异,对黑龙江(HLR)、乌苏里江(WSR)、松花江(SHR)和兴凯湖(XKL)4个翘嘴鲌野生群体及兴凯湖翘嘴鲌养殖群体(XKY)的基本营养成分、氨基酸、脂肪酸和质构等指标进行了测定分析。结果表明:兴凯湖野生群体肌肉弹性和黏性显著高于其他群体(P翘嘴鲌群体均具有良好的肌肉品质和营养组成,是营养价值较高的优质鱼类,其中兴凯湖野生群体表现最佳,具有更高的食用价值和开发利用前景。

关键词：翘嘴鲌黑龙江质构营养组成

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安徽省翘嘴鲌野生群体的遗传多样性分析

生物学杂志 2022年第4期39卷 79-83页

作者：胡玉婷侯冠军安徽省农业科学院水产研究所水产增养殖安徽省重点实验室合肥230031

为探讨安徽省翘嘴鲌(Culter alburnus)野生群体的遗传多样性及亲缘关系,利用10对微卫星标记分析4个翘嘴鲌采样群体(巢湖、武昌湖、新安江和淮河干流)的遗传多样性与遗传结构。结果显示:4个群体的等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、... 详细信息

为探讨安徽省翘嘴鲌(Culter alburnus)野生群体的遗传多样性及亲缘关系,利用10对微卫星标记分析4个翘嘴鲌采样群体(巢湖、武昌湖、新安江和淮河干流)的遗传多样性与遗传结构。结果显示:4个群体的等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、预期杂合度(He)、多态信息含量(PIC)分别为10.4~12.2、5.9~6.9、0.654~0.800、0.739~0.778和0.689~0.738,均显示高度的遗传多样性;分子方差分析(AMOVA)群体内遗传变异占比95.71%,远高于群体间的4.29%;总群体遗传分化系数(F st)仅为0.043,成对群体间F st为0.025~0.056,表现为低度分化;群体间基因流值(N m)为4.21~9.75,表明群体间基因交流频繁;基于群体间遗传距离构建系统进化树显示,新安江群体与巢湖群体亲缘关系最近,与淮河群体最远。使用软件Structure 2.3.4遗传聚类分析结果显示其最佳聚类分组为4,但与各采样群体不相对应,群体间遗传相似个体交叉较多。研究表明:翘嘴鲌4个采样群体的遗传多样性高、遗传分化不显著,群体间可能存在种质混杂。

关键词：翘嘴鲌微卫星遗传多样性安徽种质混杂

基于线粒体控制区D-loop序列的洪泽湖翘嘴鲌遗传多样性分析

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南京师大学报（自然科学版） 2023年第2期46卷 70-76页

作者：杨子萍李大命刘燕山谷先坤杨家新南京师范大学海洋科学与工程学院江苏南京210023 江苏省淡水水产研究所江苏省内陆水域渔业资源重点实验室江苏南京210017

为掌握洪泽湖翘嘴鲌(Culter alburnus)种质资源遗传多样性状况,采集洪泽湖6个群体共233尾翘嘴鲌,采用线粒体控制区D-loop全序列进行遗传多样性分析.结果显示,翘嘴鲌线粒体D-loop序列长度为934 bp~936 bp,碱基(A+T)含量(66.0%)明显高于(G... 详细信息

为掌握洪泽湖翘嘴鲌(Culter alburnus)种质资源遗传多样性状况,采集洪泽湖6个群体共233尾翘嘴鲌,采用线粒体控制区D-loop全序列进行遗传多样性分析.结果显示,翘嘴鲌线粒体D-loop序列长度为934 bp~936 bp,碱基(A+T)含量(66.0%)明显高于(G+C)含量(34.0%).243条D-loop序列检出23个变异位点,其中有9个单一信息位点,14个简约信息位点.6个群体发现22个单倍型,全部群体的单倍型多样性(H_(d))和核苷酸多样性(P_(i))分别为(0.794±0.019)和(0.00251±0.00014),呈现出高H_(d)和低P_(i)的遗传多样性模式.6个群体中洪泽湖群体的遗传多样性最高(Hd:0.873±0.038,Pi:0.00295±0.00035),顾勒河群体的遗传多样性最低(H_(d):0.709±0.064,P_(i):0.00203±0.00031).分子方差分析表明,群体间的分子变异占比0.43%,群体内的分子变异占比99.57%,分子变异主要发生在群体内.群体间遗传分化指数F_(st)为-0.01912~0.02801(P>0.05),表明群体间没有出现遗传分化.单倍型系统进化树和单倍型网络结构图显示,群体间拥有多个共享单倍型,单倍型聚为一个进化分支,没有形成特定的地理遗传结构.中性检验结果表明洪泽湖翘嘴鲌群体没有经历显著种群扩张事件.研究结果表明,洪泽湖翘嘴鲌遗传多样性较低,6个群体间基因交流频繁,遗传分化不显著,可将6个群体作为一个管理单元进行保护,需采取措施提高翘嘴鲌遗传多样性及恢复其种群数量.

关键词：翘嘴鲌控制区序列遗传多样性洪泽湖

翘嘴鲌淀山湖和兴凯湖群体的胚胎发育及染色体核型比较

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水产科技情报 2023年第3期50卷 168-175页

作者：徐博文张国奇周陆张友良王军王成辉上海海洋大学农业农村部淡水水产种质资源重点实验室水产科学国家级实验教学示范中心上海水产养殖工程技术研究中心上海201306 上海松江水产良种场有限公司上海201616 上海市松江区水产技术推广站上海201616

为了解翘嘴鲌(Culter alburnus)南、北不同地理群体在繁殖和染色体核型方面的差异性,以翘嘴鲌南方(上海淀山湖)群体和北方(黑龙江兴凯湖)群体为研究对象,在上海地区同时进行了翘嘴鲌两个群体的人工繁育、胚胎发育观察和染色体组成比较... 详细信息

为了解翘嘴鲌(Culter alburnus)南、北不同地理群体在繁殖和染色体核型方面的差异性,以翘嘴鲌南方(上海淀山湖)群体和北方(黑龙江兴凯湖)群体为研究对象,在上海地区同时进行了翘嘴鲌两个群体的人工繁育、胚胎发育观察和染色体组成比较。结果显示,翘嘴鲌南方淀山湖群体的受精卵呈灰黄色,有黏性,为黏性卵,卵径为(1.11±0.05)mm;北方兴凯湖群体的受精卵呈青灰色,无黏性,为浮性卵,卵径为(1.21±0.03)mm。两个群体的相对繁殖力和受精率无明显差异。在(25±1)℃的水温条件下,两个群体的胚胎均可以在24 h内出膜,且胚胎发育特征及时序无明显差异。北方兴凯湖群体仔鱼的出膜后体长为(5.77±0.29)mm,极显著大于南方淀山湖群体[(3.40±0.14)mm](P翘嘴鲌南方淀山湖与北方兴凯湖群体在受精卵的特征及染色体核型上存在一定的差异,且北方兴凯湖水系翘嘴鲌可以在南方地区正常的繁育,其繁育性能不会因为环境变化而产生较大改变。

关键词：翘嘴鲌胚胎发育繁育核型分析