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共代谢作用下芦苇根际细菌多样性与群落组成

中国环境科学 2022年第4期42卷 1812-1818页

作者：洪志锋张旎晨阿丹仇荣亮林庆祺倪卓彪晁元卿中山大学环境科学与工程学院广东广州510006 仲恺农业工程学院资源与环境学院广东省普通高校农业产地污染综合防治工程技术研究中心广东广州510225 岭南现代农业科学与技术广东省实验室广东广州510642 华南农业大学资源环境学院广东省农业农村污染治理与环境安全重点实验室广东广州510642 中山大学环境科学与工程学院广东省环境污染控制与修复技术重点实验室广东广州510006

以对羟基苯甲酸(PHA)、对香豆酸(PCA)、咖啡酸(CA)和阿魏酸(FA)为代表性酚类根系分泌物(PREs),以对叔丁基苯酚(PTBP)作为典型烷基酚、以常见湿地植物芦苇为受试植物,结合高通量测序和生物信息学分析,研究PREs-PTBP交互作用下芦苇根际细... 详细信息

以对羟基苯甲酸(PHA)、对香豆酸(PCA)、咖啡酸(CA)和阿魏酸(FA)为代表性酚类根系分泌物(PREs),以对叔丁基苯酚(PTBP)作为典型烷基酚、以常见湿地植物芦苇为受试植物,结合高通量测序和生物信息学分析,研究PREs-PTBP交互作用下芦苇根际细菌多样性与群落组成的变化规律.结果表明,所有PREs均能有效提高根际细菌活性和有机碳降解,但只有单酚PREs(PHA、PCA、FA)可以促进PTBP的生物降解,而多酚PREs(CA)则不能.一方面,PREs作为碳源可以决定根际优势菌门,如变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)等碳源利用能力较强的菌种在PREs组种丰度升高,平均占比分别增加了15.34%和4.73%;而放线菌门(Actinobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)等解毒能力或耐受性较强的菌种在空白组丰度升高,平均占比分别增加了15.92%和9.99%.另一方面,PREs功能结构还可以决定根际功能菌属,如单酚PREs(PHA、PCA、FA)可以富集PTBP等单酚降解相关的假单胞菌属(Pseudomonas),占比可达1.45%~4.02%;而多酚PREs(CA)能够富集多酚降解相关的新鞘氨醇菌(Novosphingobium),占比可达3.71%.此外,PREs的结构越简单越有利于扩增序列变体(ASVs)的富集,PREs间的结构越相近则ASVs的种类越相似.不同处理组植物根际细菌群落的存在不是随机发生的,而是植物根系通过释放分泌物对根际微生物组的定向选择.

关键词：酚类根系分泌物对叔丁基苯酚芦苇根际细菌多样性群落组成

炉渣与生物炭施加对稻田土壤细菌多样性及群落组成的影响

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中国环境科学 2020年第3期40卷 1213-1223页

作者：周雅心王晓彤王广磊许旭萍王维奇福建师范大学生命科学学院福建福州350108 福建师范大学地理研究所福建福州350007 福建师范大学湿润亚热带生态地理过程教育部重点实验室福建福州350007

以福州平原稻田为试验基地,通过设置对照组、炉渣施加组、生物炭施加组、炉渣与生物炭混施组,探究它们对稻田土壤细菌相对丰度、多样性、群落组成的影响.结果发现,在晚稻生长期,废弃物施加处理条件下细菌群落多样性有所提高,与对照相比... 详细信息

以福州平原稻田为试验基地,通过设置对照组、炉渣施加组、生物炭施加组、炉渣与生物炭混施组,探究它们对稻田土壤细菌相对丰度、多样性、群落组成的影响.结果发现,在晚稻生长期,废弃物施加处理条件下细菌群落多样性有所提高,与对照相比,生物炭、炉渣处理组细菌多样性指数分别提高了2.55%、3.21%.早稻混施组与早稻对照组之间的群落结构差异最大,晚稻生物炭施加组与晚稻对照组之间的差异最大.废弃物施加处理均提高了早稻芽孢杆菌属(Bacillus)相对丰度,降低了晚稻芽孢杆菌属(Bacillus)相对丰度,但晚稻中Bacillus占比始终高于早稻.环境因子对稻田土壤细菌相对丰度有显著影响,其中,芽孢杆菌属(Bacillus)相对丰度与稻田土壤pH值呈极显著正相关(P<0.01).建议在晚稻生长期可进行表层废弃物单独施加管理,以通过微生物多样性的增加,改良土壤、提高土壤肥力并达到增产的效果,而对于早稻未来可尝试废弃物深施方式,并探讨其生态影响.

关键词：生物炭炉渣细菌多样性群落组成稻田

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黄河玛曲至临河段硅藻群落组成及水质评价

北京大学学报（自然科学版） 2022年第1期58卷 169-176页

作者：赵梦瑶梁恩航陈颖何一凡王佳文北京大学深圳研究生院环境与能源学院深圳518055 教育部水沙科学重点实验室北京大学环境工程系北京100871 西安理工大学水利水电学院西安710048

为深入了解黄河玛曲至临河段这一重要水源地的水质,于2015年春季和秋季分别在10个采样断面采集硅藻群落样品。利用形态学鉴定方法,共鉴定出硅藻2纲9目12科13属24种。NMDS和ANOSIM分析结果显示,硅藻群落组成具有显著的季节差异,春季硅藻... 详细信息

为深入了解黄河玛曲至临河段这一重要水源地的水质,于2015年春季和秋季分别在10个采样断面采集硅藻群落样品。利用形态学鉴定方法,共鉴定出硅藻2纲9目12科13属24种。NMDS和ANOSIM分析结果显示,硅藻群落组成具有显著的季节差异,春季硅藻的细胞密度和生物量均低于秋季。基于硅藻指示生物法和香农多样性指数(H)法进行水质评价,发现指示多污带的Nitzschia palea在临河、青铜峡、兰州和玛曲等站点均有检出,黄河玛曲至临河段的硅藻多样性较低,整体水质为轻-中度污染。此外,该河段春季的水质(H=1.91±0.67)稍好于秋季(H=1.58±0.49),可能与春季更高的光照强度有关。

关键词：黄河玛曲至临河段硅藻群落组成水质评价

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微塑料对沉积物细菌群落组成和多样性的影响

环境科学 2022年第5期43卷 2606-2613页

作者：李汶璐王志超杨文焕张博文李卫平内蒙古科技大学能源与环境学院包头014010

微塑料普遍存在于河口、海岸和深海沉积物中,能直接或间接地对沉积环境中细菌和真菌群落产生影响.为探究微塑料对沉积物细菌群落组成和多样性的影响,通过向沉积物中分别添加不同丰度(2%、5%、10%)和类型(PE、PVC)的微塑料颗粒,进行30 d... 详细信息

微塑料普遍存在于河口、海岸和深海沉积物中,能直接或间接地对沉积环境中细菌和真菌群落产生影响.为探究微塑料对沉积物细菌群落组成和多样性的影响,通过向沉积物中分别添加不同丰度(2%、5%、10%)和类型(PE、PVC)的微塑料颗粒,进行30 d的微塑料污染模拟实验,分析不同微塑料处理中微生物群落结构和多样性差异.结果表明,微塑料对菌群多样性无显著影响,但能降低群落丰富度,且添加PE和10%PVC下降最显著;添加微塑料使放线菌门、拟杆菌门和酸杆菌门等相对丰度上升,后壁菌门相对丰度显著下降;伯克霍尔德氏菌科和假单胞菌科等涉及氮循环的菌群在添加PE以及2%和10%PVC后相对丰度显著增加,而鞘氨醇单胞菌科等与多种有害污染物生物降解作用有关菌群的相对丰度明显下降;KEGG代谢通路预测显示,添加PE和较高丰度(5%、10%)PVC使菌群膜转运蛋白、细胞运动和外源物质生物降解等功能显著改善,氨基酸代谢、碳水化合物代谢和能量代谢等功能受到抑制.研究可为微塑料污染对沉积物养分转化和外源污染物降解的影响研究提供理论基础.

关键词：微塑料沉积物微生物群落组成多样性功能

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岱海水体及沉积物细菌多样性及群落组成特征

湖泊科学 2022年第6期34卷 2070-2082页

作者：张雨晴邵克强胡洋丁艳青张恩楼高光汤祥明中国科学院南京地理与湖泊研究所湖泊与环境国家重点实验室南京210008 中国矿业大学资源与地球科学学院徐州221116

采用高通量测序技术,研究了内蒙古岱海流域入湖河流、湖水及沉积物细菌多样性及群落组成.结果显示,细菌多样性从高到低依次为:沉积物>河流>湖泊.聚类分析表明入湖河流、湖水和沉积物细菌群落可分为明显不同的3支,说明这3种生境中细菌群... 详细信息

采用高通量测序技术,研究了内蒙古岱海流域入湖河流、湖水及沉积物细菌多样性及群落组成.结果显示,细菌多样性从高到低依次为:沉积物>河流>湖泊.聚类分析表明入湖河流、湖水和沉积物细菌群落可分为明显不同的3支,说明这3种生境中细菌群落结构有较大差异.物种注释结果表明,河流中优势细菌菌群为髌骨细菌(Patescibacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria);湖水中优势细菌菌群为放线菌门(Actinobacteria);而沉积物中优势细菌菌群为变形菌门和绿弯菌门(Chloroflexi).典范对应分析及Monte Carlo检验表明,电导率和悬浮物含量对水体中(河流与湖泊)细菌群落影响显著,二者共解释了细菌群落变化的86.5%;而冗余分析及Monte Carlo检验表明,泥深、磁化率和总有机碳对沉积物中细菌群落影响显著,三者共解释了细菌群落变化的47.9%.近30年来,岱海地区气候变化和人类活动导致湖水咸化,沉积物碳氮指标显著增长.岱海水体及沉积物细菌多样性及群落组成的差异及其主要驱动因子,反映了细菌对这种气候变化和人类活动共同作用的响应.

关键词：岱海细菌多样性群落组成沉积物盐度

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酱香型白酒酒醅中霉菌群落组成与功能酶活性

中国食品学报 2013年第8期13卷 239-247页

作者：孙剑秋刘雯雯臧威沈国娟平文祥绍兴文理学院生命科学学院浙江绍兴312000 教育部农业微生物技术工程研究中心哈尔滨150080 齐齐哈尔大学生命科学与农林学院黑龙江齐齐哈尔161006

为了研究酱香型白酒酿造过程中酒醅内霉菌的数量变化、群落结构与功能酶活性，在被誉为”北国茅台”的酱香型白酒北大仓的窖池中采集酒醅样本，通过平板培养技术和经典真菌分类方法，比较不同发酵阶段的酒醅中霉菌数量、种类组成及其多... 详细信息

为了研究酱香型白酒酿造过程中酒醅内霉菌的数量变化、群落结构与功能酶活性，在被誉为”北国茅台”的酱香型白酒北大仓的窖池中采集酒醅样本，通过平板培养技术和经典真菌分类方法，比较不同发酵阶段的酒醅中霉菌数量、种类组成及其多样性指数和相似性系数，检测每种真菌产生功能酶的种类和性能。研究发现：酱香型白酒窖池的上、中、下层酒醅中霉菌数量的变化规律基本一致，即发酵开始后霉菌数量急剧下降，发酵至第7天霉菌数量短暂回升，发酵后期菌体数量再次呈现出减少态势，直至发酵结束。从酒醅内分离到的霉菌被鉴定为13属23种，其中链格孢、曲霉、枝孢、散囊菌、地霉、红曲、脉孢菌、拟青霉、青霉、葡萄穗霉和毛霉等在酒醅发酵某个阶段的相对频率在10％以上，而曲梗霉和帚霉两个类群在酒醅中属于出现频率较低的稀有种类。根据多样性指数和相似性系数，在白酒酿造过程中酒醅内霉菌的种类组成表现出动态变化的特点。霉菌的总体多样性处于较高水平。酒醅内霉菌的最高多样性指数（2．57）出现在封窖初期，这时（1～3d）霉菌组成比较相似。几乎始终以较高频率存在于酒醅内的曲霉和青霉两类霉菌产生功能酶的种类比较丰富，与其它类群的霉菌协同作用．对北大仓白酒酿造原料的利用与风味物质的形成产生重要影响。

关键词：霉菌群落组成酶活性酒醅白酒

洪河自然保护区典型湿地植物群落组成及物种多样性梯度变化

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生态学报 2007年第9期27卷 3883-3891页

作者：娄彦景赵魁义马克平中国科学院东北地理与农业生态研究所湿地生态与环境重点实验室中国科学院植物研究所植被数量生态重点实验室北京100093

以洪河自然保护区两类典型湿地——河漫滩湿地与碟形洼地湿地的植物群落为研究对象,探讨其物种组成及物种多样性的梯度变化规律。结果表明,由沼泽至岛状林的梯度上:(1)各群落建群种、优势种和伴生种的种类及其优势度,地表覆盖藓类等组... 详细信息

以洪河自然保护区两类典型湿地——河漫滩湿地与碟形洼地湿地的植物群落为研究对象,探讨其物种组成及物种多样性的梯度变化规律。结果表明,由沼泽至岛状林的梯度上:(1)各群落建群种、优势种和伴生种的种类及其优势度,地表覆盖藓类等组成特征均变化明显;(2)群落的物种丰富度呈逐渐增加格局,丰富度指数分别为26、41、51、68和82;(3)群落的α多样性的变化格局与丰富度格局不太一致,Shannon-Wiener多样性与Pielou均匀度的变化格局基本一致,呈不规则"N"型格局,Simpson优势度的变化格局正好与它们相反,呈不规则倒"N"型格局;上述格局的两个"拐点"出现在沼泽化草甸群落和湿草甸群落中;(4)群落的β多样性——相异性系数和Cody指数均呈先降后升的格局,二者的最小值出现在沼泽化草甸群落和湿草甸群落之间,最大值出现在灌丛草甸和岛状林群落之间;研究认为,典型湿地植物群落物种组成和物种丰富度的梯度变化主要于生境的变化有关,α多样性的变化格局主要与生境的变化和优势种的生物学特性有关,β多样性的格局的原因比较复杂,尚需进一步探讨。

关键词：物种多样性群落组成典型湿地洪河自然保护区

青海上北山林场野生桃儿七根部内生真菌群落组成及多样性研究

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中国中药杂志 2016年第7期41卷 1227-1234页

作者：宁祎李艳玲周国英杨路存徐文华中国科学院西北高原生物研究所青海西宁810001 中国科学院大学北京100049 中国科学院生态环境研究中心北京100085 中国科学院藏药研究重点实验室青海西宁810001

该研究通过应用第二代测序技术（NGS）,即高通量测序方法测序青海野生桃儿七根内真菌宏基因组ITS 1区,并依据RDP中设置的分类阈值对处理后的序列进行物种分类,鉴定内生真菌的群落组成。研究结果显示,测序结果经过质量控制共获得有效条带... 详细信息

该研究通过应用第二代测序技术（NGS）,即高通量测序方法测序青海野生桃儿七根内真菌宏基因组ITS 1区,并依据RDP中设置的分类阈值对处理后的序列进行物种分类,鉴定内生真菌的群落组成。研究结果显示,测序结果经过质量控制共获得有效条带22 565条,依据97%的序列相似性做聚类相似性分析,获得全部样品的可分类操作单元（OTUs）共517个,RDP分类依据0.8的分类阈值鉴定出的全部真菌可归类为13纲、35目、44科、55属。3个样品LD1,LD2,LD3中共同的优势属真菌为Tetracladium属（所占比例分别为35.49%,68.55%,12.96%）,样品的香浓多样性指数和辛普森多样性指数分别在1.75~2.92,0.11~0.32。研究结果表明,青海上北山林场野生桃儿七根内内生真菌具有较高的多样性和较复杂的群落组成,蕴含着丰富的内生真菌资源,且高通量测序技术对于研究植物内生真菌群落组成及多样性具有显著的优势。

关键词：桃儿七内生真菌高通量测序群落组成多样性

黑潮对东海网采浮游植物群落组成与分布的影响

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海洋与湖沼 2023年第1期54卷 44-57页

作者：孙振皓江志兵詹琳朱元励曾江宁陈全震陈建芳自然资源部第二海洋研究所、自然资源部海洋生态系统动力学重力实验室浙江杭州310012 浙江省近海海洋工程环境与生态安全重点实验室浙江杭州310012 浙江省海洋科学院海洋空间资源管理技术重点实验室浙江杭州310012 自然资源部长三角海洋生态环境科学野外观测研究站浙江舟山316021

黑潮入侵深刻影响东海生态环境,但对其如何影响浮游植物群落组成与分布仍知之甚少。为此,于2011年四季对东海(26°~33°N,121°~128°E)共164个站位进行浮游植物拖网采集和环境因子测定,分析了浮游植物丰度和优势种组成及其对黑潮入侵... 详细信息

黑潮入侵深刻影响东海生态环境,但对其如何影响浮游植物群落组成与分布仍知之甚少。为此,于2011年四季对东海(26°~33°N,121°~128°E)共164个站位进行浮游植物拖网采集和环境因子测定,分析了浮游植物丰度和优势种组成及其对黑潮入侵的响应。调查共检出浮游植物9门509种(含变种、变型和未定种),其中硅藻305种、甲藻154种,蓝藻、定鞭藻、金藻、裸藻、绿藻、隐藻和黄藻种类数较少。秋季浮游植物细胞丰度最高(30496.91×10^(3)cells/m^(3)),高值区位于黑潮与长江冲淡水交汇形成的锋面处;夏季次之(28911.28×10^(3)cells/m^(3)),高值区分布与秋季相似;春季较少(19180.76×10^(3)cells/m^(3)),高值区位于舟山群岛东南部;冬季最低(472.36×10^(3)cells/m^(3)),高值区位于东海南部。冬季受黑潮表层水入侵影响,主要优势种为铁氏束毛藻(Trichodesmium thiebautii);春、夏季主要优势种为骨条藻(Skeletonema spp.),由于黑潮次表层水势力增强,入侵东海并携带丰富的磷酸盐,加之长江冲淡水输入大量无机氮,夏季浮游植物总丰度高于春季;秋季主要优势种为柔弱伪菱形藻(Pseudo-nitzschia delicatissima),受黑潮表层水势力增强和次表层水影响,磷酸盐浓度最高,浮游植物总丰度在四季中最高。种类数表现为秋季>冬季>夏季>春季,水平分布为由近岸向外海递增,种类数高值位于黑潮影响区域。相似性分析和多维尺度分析显示,浮游植物群落组成时空差异明显。由此可见,黑潮输送的磷酸盐促进了浮游植物的生长,且其携带的暖水种增加了浮游植物的种类多样性,使东海浮游植物群落组成表现出明显的季节、空间变化。

关键词：东海黑潮浮游植物群落组成季节变化