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水稻线粒体coxⅡ基因转录本的编辑位点研究

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实验生物学报 2002年第2期35卷 123-126页

作者：易平孙清萍万翠香朱英国武汉大学植物发育生物学教育部重点实验室和武汉大学生命科学学院遗传研究所武汉430072

RNA编辑是指由RNA水平的核苷酸改变所引起的密码子发生变化的一种预定修饰,它的发现是近年来对分子生物学中心法则的重要补充。本文以红莲型(HL)水稻细胞质雄性不育系粤泰A,保持系粤泰B和杂种F_1(不育系A与恢复系71068的杂交一代)为材料... 详细信息

RNA编辑是指由RNA水平的核苷酸改变所引起的密码子发生变化的一种预定修饰,它的发现是近年来对分子生物学中心法则的重要补充。本文以红莲型(HL)水稻细胞质雄性不育系粤泰A,保持系粤泰B和杂种F_1(不育系A与恢复系71068的杂交一代)为材料,首次研究了线粒体基因coxⅡ转录本的编辑位点。coxⅡ基因的转录本有15个编辑位点,其中有14个发生在密码子的第一和第二位点。这14个位点的编辑可改变氨基酸的种类,并导致所编码蛋白的疏水性以及所编码蛋白在氨基酸序列上的保守性增加。

关键词：水稻线粒体coxⅡ 基因转录本编辑位点

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水稻线粒体功能基因转录本的编辑位点研究

科学通报 2002年第5期47卷 370-373页

作者：易平汪莉孙清萍朱英国武汉大学生命科学学院遗传研究所植物发育生物学教育部重点实验室武汉430072

RNA编辑普遍存在于高等植物线粒体中,是线粒体产生功能蛋白所必不可少的过程.以红莲（HL）型水稻细胞质雄性不育系A,保持系B及杂种一代F1为材料,研究了线粒体功能基因——atp6和coxⅡ转录本的编辑位点.结果表明,atp6和coxⅡ的转录本分别... 详细信息

RNA编辑普遍存在于高等植物线粒体中,是线粒体产生功能蛋白所必不可少的过程.以红莲（HL）型水稻细胞质雄性不育系A,保持系B及杂种一代F1为材料,研究了线粒体功能基因——atp6和coxⅡ转录本的编辑位点.结果表明,atp6和coxⅡ的转录本分别有18和15个编辑位点,其中导致氨基酸种类变化的编辑位点分别有15和14个.这些位点的编辑增加了编码蛋白的疏水性以及编码蛋白在不同物种中氨基酸序列上的保守性.

关键词：水稻线粒体功能基因转录本编辑位点 RNA编辑高等植物

红莲型细胞质雄性不育水稻线粒体atp6基因转录本的编辑位点研究

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红莲型细胞质雄性不育水稻线粒体atp6基因转录本的编辑位点研究

2007中国科协年会专题论坛“红莲型杂交水稻学术专题研...

作者：易平汪莉孙清萍朱英国武汉大学生命科学学院植物发育生物学教育部重点实验室

以红莲(HL)型水稻细胞质雄性不育系 A、保持系 B 及杂种一代 F为材料,首次比较研究了红莲型水稻线粒体 atp6基因转录本的编辑位点及各位点的编辑频率.结果表明 atp6基因的转录本有18个编辑位点,其中有15个发生在密码子的第一和第二位点... 详细信息

以红莲(HL)型水稻细胞质雄性不育系 A、保持系 B 及杂种一代 F为材料,首次比较研究了红莲型水稻线粒体 atp6基因转录本的编辑位点及各位点的编辑频率.结果表明 atp6基因的转录本有18个编辑位点,其中有15个发生在密码子的第一和第二位点上,这些位点的编辑最终会导致氨基酸种类的变化.18个编辑位点在 A、B 和 F中没有差异,但各位点的编辑频率在引入了核恢复基因的条件下发生了较大的变化,完全编辑的比例增加.这些结果首次证明 HL 型细胞质雄性不育与线粒体 atp6转录本的编辑有一定相关性,编辑不充分的转录产物最终会干扰线粒体功能的正常发挥.

关键词：线粒体 RNA编辑编辑位点编辑频率细胞质雄性不育

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水稻线粒体功能基因转录本的编辑位点研究

水稻线粒体功能基因转录本的编辑位点研究

The RNA editome of Macaca mulatta and functional characterization of RNA editing in mitochondria

2007中国科协年会专题论坛“红莲型杂交水稻学术专题研...

作者：易平汪莉孙清萍朱英国武汉大学生命科学学院遗传研究所植物发育生物学教育部重点实验室

RNA 编辑普遍存在于高等植物线粒体中,是线粒体产生功能蛋白所必不可少的过程.以红莲 (HL)型水稻细胞质雄性不育系 A,保持系 B 及杂种一代 F为材料,研究了线粒体功能基因——atp6和 coxⅡ转录本的编辑位点,结果表明,atp6和 coxⅡ的转录... 详细信息

RNA 编辑普遍存在于高等植物线粒体中,是线粒体产生功能蛋白所必不可少的过程.以红莲 (HL)型水稻细胞质雄性不育系 A,保持系 B 及杂种一代 F为材料,研究了线粒体功能基因——atp6和 coxⅡ转录本的编辑位点,结果表明,atp6和 coxⅡ的转录本分别有18和15个编辑位点,其中导致氨基酸种类变化的编辑位点分别有15和14个.这些位点的编辑增加了编码蛋白的疏水性以及编码蛋白在不同物种中氨基酸序列上的保守性.

关键词：线粒体 RNA编辑编辑位点细胞质雄性不育

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Science Bulletin 2017年第12期62卷 820-830页

作者： Ling-Qun Ye Hui Zhao He-JiangZhou Xiao-Die Ren Lin-Lin Liu Newton O.Otecko Zheng-boWang Min-Min Yang Lin Zeng Xin-Tian Hu Yong-Gang Yao Ya-Ping Zhang Dong-Dong Wu State Key Laboratory of Genetic Resources and Evolution Kunming Institute of ZoologyChinese Academy of SciencesKunming 650223China State Key Laboratory for Conservation and Utilization of Bio-Resources in Yunnan Yunnan UniversityKunming 650091China Key Laboratory of Animal Models and Human Disease Mechanisms of Chinese Academy of Sciences&Yunnan Province Kunming Institute of ZoologyChinese Academy of Sciences Kunming 650223China Kunming College of Life Science University of Chinese Academy of Scienceskunming 650204China Kunming Primate Research Center of the Chinese Academy of Sciences Kunming Institute of ZoologyChinese Academy of SciencesKunming 650223China CAS Center for Excellence in Brain Science and Intelligence Technology Chinese Academy of SciencesShanghai 200031China

RNA editing was first discovered in mitochondrial RNA molecular. However, whether adenosine-toinosine(A-to-I) RNA editing has functions in nuclear genes involved in mitochondria remains ***, we retrieved 707,246 A-to-I RNA editing sites in Macaca mulatta leveraging massive transcriptomes of 30 different tissues and genomes of nine tissues, together with the reported data, and found that A-to-I RNA editing occurred frequently in nuclear genes that have functions in mitochondria. The mitochondrial structure, the level of ATP production, and the expression of some key genes involved in mitochondrial function were dysregulated after knocking down the expression of ADAR1 and ADAR2, the key genes encoding the enzyme responsible for RNA editing. When investigating dynamic changes of RNA editing during brain development, an amino-acid-changing RNA editing site(I234/V) in MFN1, a mediator of mitochondrial fusion, was identified to be significantly correlated with age, and could influence the function of MFN1. When studying transcriptomes of brain disorder, we found that dysregulated RNA editing sites in autism were also enriched within genes having mitochondrial functions. These data indicated that RNA editing had a significant function in mitochondria via their influence on nuclear genes.

关键词：线粒体RNA RNA编辑酶猕猴特性编辑位点核基因体功能动态变化

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线粒体ATP酶复合体致烟草CMS机理研究

线粒体ATP酶复合体致烟草CMS机理研究

作者：范彦君湖南农业大学

学位级别：硕士

细胞质雄性不育(Cytoplasmic Male Sterility,CMS),影响雄性不育系的选育、核质互作、线粒体半自主遗传系统和作物杂种优势等。CMS是细胞质基因与细胞核基因相互作用的结果,其在作物中的相关效应研究引人关注。烟草作为一种重要的模式作... 详细信息

细胞质雄性不育(Cytoplasmic Male Sterility,CMS),影响雄性不育系的选育、核质互作、线粒体半自主遗传系统和作物杂种优势等。CMS是细胞质基因与细胞核基因相互作用的结果,其在作物中的相关效应研究引人关注。烟草作为一种重要的模式作物,而线粒体作为植物重要的功能细胞器,其ATP酶复合体至关重要。本研究选取具有相同核背景的保持系及其CMS系共三对品系的烟草作为材料进行研究,通过对比样本在线粒体ATP合酶中的5个亚基(orfB、orf25、atp9、atp1和atp6)的DNA、RNA序列差异、编辑位点差异、蛋白质各级结构差异以及蛋白互作差异,探讨ATP合酶与烟草雄性不育之间的关系。并对不育系及其同型保持系就关键基因编码蛋白互作进行酵母双杂交试验验证,深入探讨蛋白质互作与雄性不育的相关性。另外,由于RNA编辑与烟草CMS关系密切,且现阶段公布的烟草RNA编辑位点十分有限,于是我们利用相对完善的模式植物拟南芥、欧洲油菜和水稻的线粒体RNA编辑位点信息,结合自测的烟草线粒体ATP合酶编辑位点,基于非线性的特征筛选方法(High-dimensional Descriptor Selection Nonlinearly,HDSN)及非线性的建模方法支持向量分类(Support Vector Classification,SVC)构建出适用于烟草RNA编辑位点的高精度预测模型,以期为研究编辑相关的生物学现象提供帮助。相关研究表明:1)不育系中5个目的基因的序列分别存在1到12个不等的碱基突变,并分别导致1到10个不等的氨基酸变化;2)RNA编辑方式均为C→U的转换,其中atp6基因在不育系中发现6个编辑位点造成了6个编码氨基酸变化;3)氨基酸改变引起了蛋白质一级结构、二级结构、超二级结构和三级结构不同程度的差异,其中ATP6差异最显著;4)蛋白相互作用预测推测ATP酶中ATP9和ATP6两个蛋白间有相互作用,酵母双杂交实验证实较保持系而言,不育系中ATP6与ATP9蛋白互作更明显;5)构建出两个适用于烟草线粒体RNA编辑位点的高精度预测模型(Ina5和Ina6),独立测试精度分别达到0.91和0.87,优于以往同等效用模型。综上所述,序列、结构及蛋白质互作等多方面分析均支持atp6为线粒体ATP酶中关键基因且最可能与育性相关,并且我们构建的高精度线粒体RNA编辑位点预测模型在自测烟草ATP合酶的编辑位点预测方面表现优异,这些研究均为后期工作从ATP合酶扩展到线粒体组学层面打下坚实基础,为进一步解析作物CMS提供有力支撑。

关键词：细胞质雄性不育线粒体编辑位点 ATP合酶烟草

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基因组研究

生物学教学 2012年第8期37卷 76-77页

新技术揭示人转录组中存在大量RNA编辑据2012年2月13日《科技日报》报道,深圳华大基因研究院和台湾长庚大学科学家研发了一种对人类转录组中的RNA编辑位点进行测定和分析的新型计算方法,并发现人类转录组中存在大量的RNA编辑现象。研究... 详细信息

新技术揭示人转录组中存在大量RNA编辑据2012年2月13日《科技日报》报道,深圳华大基因研究院和台湾长庚大学科学家研发了一种对人类转录组中的RNA编辑位点进行测定和分析的新型计算方法,并发现人类转录组中存在大量的RNA编辑现象。研究成果于2012年2月12日在国际著名期刊《自然·生物技术》上在线发表,对进一步了解RNA编辑与人类发育及疾病等不同生理状态的关系具有重要作用。去年,美国科学家发现大量RNA与其模板DNA序列不一致,在外显子中发现了超过1万个不同位点,表明在遗传信

关键词：转录组 DNA 编辑位点 RNA 基因组

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许金荣教授团队在真菌研究中获重大发现

农药市场信息 2016年第11期 47-48页

作者：郑庆伟

西北农林科技大学许金荣教授团队近期在对禾谷镰刀菌的研究过程中发现了一种不依赖腺苷脱氨基酶(英文缩写ADAR)的A-to-I RNA编辑机制,这是首次在动物以外的真核生物中报道A-to-I m RNA编辑。该研究成果的论文已经在线发表在遗传学和分... 详细信息

西北农林科技大学许金荣教授团队近期在对禾谷镰刀菌的研究过程中发现了一种不依赖腺苷脱氨基酶(英文缩写ADAR)的A-to-I RNA编辑机制,这是首次在动物以外的真核生物中报道A-to-I m RNA编辑。该研究成果的论文已经在线发表在遗传学和分子生物学领域顶级期刊《Genome Research》(IF5:15.567)上(刘慧泉副研

关键词：禾谷镰刀菌动物编辑位点 RNA 真菌小麦赤霉病小麦病害脱氨基酶性发育荣教授

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章鱼通过编辑自己基因来学习新技能

科学大观园 2017年第11期 28-29页

作者：佚名

近日的一项新研究揭示了章鱼、鱿鱼和墨鱼等头足类动物拥有复杂行为能力的奇特演化路径。研究人员认为,章鱼和鱿鱼等动物能通过编辑自己的基因来学习新的技能,但这么做的代价就是演化速度的减慢。在此前的研究中,科学家发现鱿鱼的RNA(... 详细信息

近日的一项新研究揭示了章鱼、鱿鱼和墨鱼等头足类动物拥有复杂行为能力的奇特演化路径。研究人员认为,章鱼和鱿鱼等动物能通过编辑自己的基因来学习新的技能,但这么做的代价就是演化速度的减慢。在此前的研究中,科学家发现鱿鱼的RNA(核糖核酸,负责蛋白质合成的分子)编码区域表现出非常高的编辑率。在这些结果的基础上,来自美国芝加哥大学海洋生物实验室的科学家发现,乌贼大脑中超过

关键词：编辑位点头足类编码位点