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华南植物园“玉米OXS2基因家族、其编码蛋白及应用”获发明专利

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粮油与饲料科技 2020年第1期 45-45页

随着工业发展,越来越多土壤和水源受到重金属镉(Cadmium, Cd)的污染。这种重金属,不但威胁着人类食品的安全,也影响着人类粮食的产量。研究表明,当植物遭遇镉胁迫时,其光合效率、水分和营养吸收都会受到严重抑制,进而出现萎黄、难以生... 详细信息

随着工业发展,越来越多土壤和水源受到重金属镉(Cadmium, Cd)的污染。这种重金属,不但威胁着人类食品的安全,也影响着人类粮食的产量。研究表明,当植物遭遇镉胁迫时,其光合效率、水分和营养吸收都会受到严重抑制,进而出现萎黄、难以生长等症状,甚至死亡。可见,研究植物中耐镉胁迫的基因及其功能,对增加作物产

关键词：基因家族拟南芥华南植物园编码蛋白发明专利

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显花植物株型相关基因及其编码蛋白与应用

科技开发动态 2005年第8期 35-35页

作者：王蕾董丽薛勇彪中国科学院遗传与发育生物学研究所北京市海淀区中关村南一条3号中科院遗传发育所100080

该发明专利公开了一种拟南芥株型相关基因及其编码蛋白与应用。

关键词：编码蛋白相关基因显花植物应用株型发明专利拟南芥

circZKSCAN1调控内皮细胞功能和内膜损伤修复的作用和机制

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circZKSCAN1调控内皮细胞功能和内膜损伤修复的作用和机制

作者：邹露青岛大学

学位级别：硕士

背景和目的冠状动脉疾病(CAD)是全世界最常见的死亡原因之一。经皮血管重建术的引入显著提高了CAD患者的治疗效果。目前,经皮冠状动脉介入治疗(PCI),包括经皮腔内冠状动脉成形术(PTCA)和支架植入术和药物涂层球囊(DCB)等,大大降低了伴随... 详细信息

背景和目的冠状动脉疾病(CAD)是全世界最常见的死亡原因之一。经皮血管重建术的引入显著提高了CAD患者的治疗效果。目前,经皮冠状动脉介入治疗(PCI),包括经皮腔内冠状动脉成形术(PTCA)和支架植入术和药物涂层球囊(DCB)等,大大降低了伴随CAD的死亡率,尤其是那些与急性心肌梗死(AMI)相关的病例。但与此同时,支架后再狭窄(ISR)也逐渐成为PCI治疗CAD的主要难题和挑战。目前虽然有针对再狭窄的药物,但是这些药物的输送并不能完全根除ISR,仍然有血管内膜损伤和增生的风险,所以ISR新的治疗靶点和治疗方案的探索仍有待深入研究。环状非编码核酸(Circular RNAs)被报道与心血管疾病关系密切,其中,circZKSCAN1是近些年新发现的一个在血管内膜中高表达的环状RNA分子之一,但与内皮功能和内膜损伤的关系和调控机制未有报道。方法首先我们利用sanger测序、荧光半定量、放线菌酮实验验证circZKSCAN1的环状结构,在ISR临床样本和内膜损伤动物模型中检测circZKSCAN1含量。接着,构建大鼠颈动脉球囊损伤模型并注射sh-circZKSCAN1腺相关病毒进行治疗,收集颈动脉组织并进行HE、组化、免疫荧光和原位杂交实验验证病理变化。然后在人脐静脉内皮细胞(HUVECs)里过表达或敲低circZKSCAN1进行细胞功能实验,包括细胞增殖和迁移实验、流式实验和PI染色实验等,提取蛋白和RNA检测信号通路。最后,我们探索了circZKSCAN1的调控机制,首先通过生信分析预测出circZKSCAN1可能是IRES或者m6A调控翻译,我们分别设计并构建了IRES突变体和N6-甲基腺苷(m6A)突变体,然后进行了荧光素酶基因报告实验和western blot实验验证这两种突变体是否编码蛋白。最后,在编码蛋白被抑制的条件下进行内皮细胞功能实验。结果首先我们明确了circZKSCAN1是一个稳定的环状结构。在健康和支架后再狭窄股动脉里进行的荧光原位杂交和免疫荧光试验证实circZKSCAN1在血管内膜中特异性表达且表达差异显著。同时,circZKSCAN1在内皮细胞里含量明显多于血管平滑肌细胞。在接下来的体内治疗测试中,我们首先验证了circZKSCAN1在大鼠颈动脉球囊损伤模型中的敲低效率,HE和马松染色发现损伤血管内膜增厚,胶原沉积,而治疗组得到显著缓解。免疫荧光结果显示敲低circZKSCAN1可以显著抑制内皮细胞的增殖,同时,我们首次发现增厚内膜内坏死显著发生,且敲低circZKSCAN1后坏死标记物RIP3,p-RIP3,p-MLKL表达量都显著降低,即坏死得到抑制,这是首次发现内膜增生和坏死有关系。体外实验中,在HUVECs里过表达circZKSCAN1可以促进增殖、迁移和坏死,敲低circZKSCAN1时结果相反。接下来,我们探究了circZKSCAN1发生功能的分子机制。通过生信网站预测发现circZKSCAN1能够编码蛋白,我们设计并构建了带有flag序列的过表达质粒,western blot检测发现circZKSCAN1确实能够编码蛋白,我们把编码蛋白命名为circZKSCAN1-203aa。根据预测,circZKSCAN1可能通过IRES或m6A编码蛋白。所以,我们设计了IRES突变体,荧光素酶基因报告实验发现IRES没有活性,即circZKSCAN1不通过IRES编码蛋白。接下来我们对预测的两个m6A位点构建了突变体,WB检测发现m6A的325位点突变后flag条带表达量被显著抑制,即circZKSCAN1是通过m6A的325位点翻译蛋白。同时,m6A的325位点突变后,HUVECs的增殖、迁移和坏死也被显著抑制。最后,为了进一步明确调控m6A修饰的酶,我们敲低了m6A翻译起始因子eIF4G2和m6A读码蛋白YTHDF3之后,发现circZKSCAN1的编码蛋白显著减少,且HUVECs的增殖、迁移和坏死也被同时抑制。这一结果明确了eIF4G2和YTHDF3是调控m6A介导circZKSCAN1编码蛋白的主要调控酶。结论CircZKSCAN1能够通过影响HUVECs的增殖、迁移、坏死进而调控血管内膜的损伤修复。机制上,circZKSCAN1的功能主要是通过eIF4G2和YTHDF3调控m6A修饰介导的circZKSCAN1编码蛋白实现的。

关键词：环状RNA 编码蛋白坏死内皮细胞支架后再狭窄

环状RNA circEPB41L2在膀胱癌中的作用及机制研究

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环状RNA circEPB41L2在膀胱癌中的作用及机制研究

作者：孙恺青岛大学

学位级别：硕士

研究目的:膀胱癌(bladder cancer,BCa)是全球范围内最常见的泌尿系统恶性肿瘤之一,其发病率和死亡率居高不下。研究表明,环状RNA(circular RNA,circ RNA)在肿瘤进展中发挥重要作用,但其调控膀胱癌的作用机制尚未完全阐明。课题组前期通... 详细信息

研究目的:膀胱癌(bladder cancer,BCa)是全球范围内最常见的泌尿系统恶性肿瘤之一,其发病率和死亡率居高不下。研究表明,环状RNA(circular RNA,circ RNA)在肿瘤进展中发挥重要作用,但其调控膀胱癌的作用机制尚未完全阐明。课题组前期通过高通量测序分析12对膀胱癌组织及癌旁组织中circ RNA的表达谱,发现环状RNA circEPB41L2在膀胱癌组织中呈低表达。基于前期成果,我们将circEPB41L2作为研究对象,拟进一步探究circEPB41L2对膀胱癌生存、迁移、侵袭和体内增殖能力的影响,揭示其在调控膀胱癌发生发展中的分子机制。研究方法:1)通过实时定量聚合酶链反应(quantitative real-time polymerase chain reaction,q RT-PCR)在50对膀胱癌组织及对应癌旁正常组织中检测circEPB41L2的表达情况;体外培养膀胱癌细胞株和永生化膀胱上皮细胞SV-HUC-1,检测circEPB41L2在其中的表达水平。2)构建过表达circEPB41L2的慢病毒载体并转染入膀胱癌细胞株5637、T24中以构建稳转细胞株;通过PCR实验、抗RNase R酶降解实验及Sanger测序验证circEPB41L2慢病毒是否正确成环;通过核质分离实验及荧光原位杂交实验研究circEPB41L2在膀胱癌细胞株中的亚定位;通过存活实验、划痕实验、基质胶侵袭实验探究过表达circEPB41L2对膀胱癌细胞生存、迁移、侵袭能力的影响;使用si RNA沉默SV-HUC-1细胞中circEPB41L2的表达,通过存活实验、划痕实验探究circEPB41L2对SV-HUC-1细胞生存、迁移能力的影响。3)将过表达circEPB41L2的5637细胞接种至裸鼠的右侧腋窝皮下构建皮下成瘤模型,成瘤后测量瘤体大小并取瘤称重,探究circEPB41L2在体内对膀胱癌增殖能力的影响。4)通过生物信息学、蛋白质免疫印迹(Western blot)实验及蛋白质谱(LC-MS/MS)分析并验证circEPB41L2的蛋白编码能力,将该蛋白命名为circEPB41L2-240aa蛋白;通过免疫荧光实验检测circEPB41L2-240aa蛋白在膀胱癌细胞株中的亚定位;构建过表达circEPB41L2-240aa蛋白的质粒并转染入膀胱癌细胞株中,通过存活实验、划痕实验、基质胶侵袭实验探究上调circEPB41L2-240aa蛋白的表达对膀胱癌细胞生存、迁移、侵袭能力的影响。5)为了进一步探究circEPB41L2是否通过翻译circEPB41L2-240aa蛋白发挥作用,我们将翻译起始密码子突变的circEPB41L2-mutation慢病毒载体转染入膀胱癌细胞中,通过存活实验、划痕实验、基质胶侵袭实验探究失去蛋白翻译功能的circEPB41L2在膀胱癌中的生物学功能。研究结果:1)circEPB41L2在膀胱癌组织中的表达较癌旁正常组织低(p编码一段具有240个氨基酸的蛋白(约27KDa),Western blot实验结果证实过表达circEPB41L2的细胞在25～30KDa处存在明显条带,而空白对照组和circEPB41L2-mutation转染组没有条带;在25～30KDa波段的LC-MS/MS结果中,发现了一段由circEPB41L2编码的特异性蛋白序列“VTLLDGTEYSCDLEHK”;免疫荧光实验证明circEPB41L2-240aa蛋白主要分布在膀胱癌细胞的细胞质中;存活实验、划痕实验及基质胶侵袭实验证明上调circEPB41L2-240aa蛋白的表达可明显抑制膀胱癌细胞的生存(p编码circEPB41L2-240aa蛋白的能力,circEPB41L2-mutation虽仍具有抑制膀胱癌细胞生存、迁移及侵袭的能力,但其抑癌作用受

关键词：膀胱癌环状RNA circEPB41L2 编码蛋白 circEPB41L2-240aa蛋白

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霍乱弧菌山梨醇发酵相关基因序列特征分析

中华流行病学杂志 2005年第6期26卷 444-447页

作者：闫笑梅邹清华曾浔张建中中国疾病预防控制中心传染病预防控制所诊断室北京102206

目的比较霍乱弧菌流行株与非流行株山梨醇发酵相关基因的差异,为采用分子生物学方法快速区分两类菌株提供理论依据。方法采用基因测序的方法,分别对42株霍乱弧菌(O1群埃尔托型33株、O139群9株)流行株和非流行株的糖发酵激活蛋白、外周... 详细信息

目的比较霍乱弧菌流行株与非流行株山梨醇发酵相关基因的差异,为采用分子生物学方法快速区分两类菌株提供理论依据。方法采用基因测序的方法,分别对42株霍乱弧菌(O1群埃尔托型33株、O139群9株)流行株和非流行株的糖发酵激活蛋白、外周质麦芽糖结合蛋白、外周质磷酸盐结合蛋白和外周质氨基酸结合蛋白编码基因进行序列比较。结果糖发酵激活蛋白编码基因在霍乱弧菌流行株与非流行株共发现三个位置有单个碱基的差异,即第106、150和378位核苷酸(在流行株分别为A、A和T,而在非流行株分别为G、G和C)。第106位碱基的差异导致了氨基酸的不同(编码蛋白的第36个氨基酸在流行株和非流行株分别为苏氨酸和丙氨酸)。外周质麦芽糖结合蛋白和外周质磷酸盐结合蛋白编码基因各发现两个碱基的规律变化,外周质氨基酸结合蛋白编码基因未发现一致性碱基改变。结论在这些基因中存在着多个单核苷酸多态性,可能会成为快速区分两类菌株的重要依据。糖发酵激活蛋白第36位氨基酸的改变,可能会引起该蛋白活性的改变。

关键词：山梨醇发酵霍乱弧菌特征分析基因序列蛋白编码基因麦芽糖结合蛋白分子生物学方法单核苷酸多态性非流行株激活蛋白氨基酸糖发酵相关基因基因测序埃尔托型 0139 序列比较编码蛋白蛋白活性磷酸盐外周碱基

猪圆环病毒2型与猪圆环病毒相关性系统疾病的回顾及展望

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生物工程学报 2015年第6期31卷 880-891页

作者：顾金燕邢刚雷静刘斐周继勇南京农业大学动物医学院

猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)引起猪的免疫抑制,是猪圆环病毒相关性系统疾病(PCV2-systemic disease,PCV2-SD)的主要病原,给养猪业带来了巨大的经济损失。文中从PCV2的进化历程、编码蛋白、对免疫系统的影响及技术防... 详细信息

猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)引起猪的免疫抑制,是猪圆环病毒相关性系统疾病(PCV2-systemic disease,PCV2-SD)的主要病原,给养猪业带来了巨大的经济损失。文中从PCV2的进化历程、编码蛋白、对免疫系统的影响及技术防控四方面入手,对PCV2及PCV2-SD进行了全面回顾与展望。

关键词： PCV2 PCV2-SD 进化历程编码蛋白免疫

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p73基因与消化系统肿瘤

癌症 2004年第1期23卷 95-98页

作者：信涛方立萍哈尔滨医科大学附属第二医院肿瘤内科黑龙江哈尔滨150086

p73基因是肿瘤抑制基因p53家族的新成员,在编码蛋白的结构、功能等方面两者很相似,但在其它方面有非常显著的差异。许多研究发现p73基因异常与神经母细胞瘤、黑色素瘤、前列腺癌、肺癌有关。近年来还发现p73基因可能参与了一部分消化系... 详细信息

p73基因是肿瘤抑制基因p53家族的新成员,在编码蛋白的结构、功能等方面两者很相似,但在其它方面有非常显著的差异。许多研究发现p73基因异常与神经母细胞瘤、黑色素瘤、前列腺癌、肺癌有关。近年来还发现p73基因可能参与了一部分消化系统肿瘤的发生发展。本文综述了p73基因的研究现状及其与消化系统肿瘤的发生、发展、预后的关系及表达情况,从而认为,对p73基因的深入研究将有助于人们进一步认识肿瘤的本质,为肿瘤基因治疗提供新的靶点。

关键词： p73基因消化系统肿瘤编码蛋白肿瘤抑制基因

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化疗后卵巢癌组织中线粒体DNA的变化

中华妇产科杂志 2005年第7期40卷 469-471页

作者：史宏晖潘凌亚杨秀玉原野于晓丹中国医学科学院中国协和医科大学北京协和医院妇产科军事医学科学院细胞生物学研究室

目的探讨化疗后卵巢癌组织中线粒体DNA的变化。方法收集2002年11月至2003年8月北京协和医院收治的7例初治和9例化疗后复发的卵巢癌患者的肿瘤组织及其周围的正常组织标本,对其线粒体DNA全长测序,与基因库中数据对比,确定基因库中未记载... 详细信息

目的探讨化疗后卵巢癌组织中线粒体DNA的变化。方法收集2002年11月至2003年8月北京协和医院收治的7例初治和9例化疗后复发的卵巢癌患者的肿瘤组织及其周围的正常组织标本,对其线粒体DNA全长测序,与基因库中数据对比,确定基因库中未记载的新的多态性变化位点和突变位点。结果共发现69个新的多态性变化位点和17个突变位点,多态性变化在初治和复发卵巢癌患者的肿瘤组织和周围的正常组织中均存在,而突变仅在其肿瘤组织中存在。初治标本多态性变化位点平均2.7个,复发标本平均5.6个,两者比较,差异有统计学意义(P=0.01)。初治标本中编码蛋白的多态性变化位点为14个,其中3个(21%)引起了氨基酸的改变;复发标本中编码蛋白的多态性变化位点为41个,其中13个(32%)引起了氨基酸的改变,两者氨基酸改变的发生率比较,差异无统计学意义(P=0.700)。初治标本的突变率为5/7,突变位点有7个,其中处于蛋白编码区的4个突变位点中有3个(3/4)引起了氨基酸的改变;复发标本的突变率为5/9,突变位点有10个,其中处于蛋白编码区的5个突变位点全部(5/5)使氨基酸发生了改变,两者突变率和突变位点引起的氨基酸改变发生率比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。结论化疗后复发的卵巢癌组织中,线粒体DNA的多态性变化明显增加,而线粒体DNA的突变无明显增加。提示线粒体DNA突变可能是肿瘤固有的特性之一。

关键词：卵巢癌组织化疗后 2002年11月线粒体DNA突变突变位点 2003年8月卵巢癌患者肿瘤组织北京协和医院编码蛋白多态性氨基酸统计学突变率组织标本正常组织基因库编码区复发初治周围平均率比

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体液中microRNA的研究进展

中华病理学杂志 2010年第6期39卷 424-427页

作者：赵晨燕朱明华第二军医大学附属长海医院病理科上海200433

Lee等[1]和Wightman等[2]1993年发现在线虫体内存在一种RNA（lin-4）,其不编码蛋白但可以生成一对小的RNA转录本,每一个转录本能在翻译水平通过抑制一种核蛋白lin-14的表达而调节了线虫的幼虫发育进程.

关键词： microRNA 体液编码蛋白翻译水平转录本虫体内核蛋白