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环鄱阳湖地区池塘水体细菌群落结构特征及构建机制

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江西农业大学学报 2025年第1期47卷 178-192页

作者：侯明勇张燕萍余建芳阙祥尧吴子君徐先栋宋超章海鑫江西省水产科学研究所江西南昌330039 江西省渔业资源生态环境监测中心江西南昌330039 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心江苏无锡214125

【目的】为了解环鄱阳湖地区池塘水体细菌群落结构特征及其构建机制,以期为养殖池塘生态健康评价及养殖管理提供理论依据。【方法】于2022年6月(夏季)和12月(冬季)分别采集环鄱阳湖(九江市、南昌市、上饶市、抚州市、吉安市、宜春市)6... 详细信息

【目的】为了解环鄱阳湖地区池塘水体细菌群落结构特征及其构建机制,以期为养殖池塘生态健康评价及养殖管理提供理论依据。【方法】于2022年6月(夏季)和12月(冬季)分别采集环鄱阳湖(九江市、南昌市、上饶市、抚州市、吉安市、宜春市)6个地区共45个池塘水体样本,通过高通量测序技术分析池塘水体细菌群落结构特征,并利用中性模型和零模型探究其构建机制。【结果】(1)6月各采样地区池塘水体的平均水温(T)高于12月,平均氨氮(NH3-N)、总磷(TP)、总氮(TN)浓度均低于12月;池塘水体细菌群落的优势菌门均为放线菌门(Actinobacteriota)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidota)、蓝细菌门(Cyanobacteria),优势菌属为hgcI_clade、CL500-29_marine_group、Mycobacterium、Cyanobium_PCC-6307。(2)6月各地区池塘水体细菌群落α多样性指数无显著差异(P>0.05),12月九江市池塘水体细菌群落Ace、Chao指数与抚州市、上饶市均存在显著差异(P细菌群落Ace、Chao指数存在季节性显著差异(P细菌群落β多样性无显著地区性和季节性差异(P>0.05)。(3)除6月九江市池塘水体细菌群落与溶氧(DO)、南昌市池塘水体细菌群落与TN,以及12月九江市池塘水体细菌群落与T外,其他地区池塘水体细菌群落与环境因子T、pH、DO、NH3-N、TN、TP、总悬浮物(TSS)、高锰酸盐指数(CODMn)均呈正相关关系;6月对池塘水体细菌群落结构有显著影响的环境因子按影响程度大小排序为TP、T、NH3-N、CODMn、TN、pH,12月为TSS、TP、pH、TN、T。(4)6月池塘水体细菌群落构建主要由以扩散限制和漂变为主导的随机性过程(贡献率=62.68%)所决定,12月主要由以同质选择为主导的确定性过程(贡献率=65.04%)所决定。【结论】环鄱阳湖地区中九江市池塘水体细菌群落Ace、Chao指数存在季节性显著差异,且12月九江市与抚州市、上饶市存在地区性显著差异,其余各地区池塘水体细菌群落无地区性、季节性显著差异。有机物积累对池塘水体细菌群落结构稳定性和丰富度的贡献高于温度,6月池塘水体细菌群落构建机制主要是以扩散限制、漂变为主导的随机性过程,12月池塘水体细菌群落构建机制主要是以同质选择为主导的确定性过程。

关键词：养殖池塘细菌群落结构构建机制中性模型零模型

不同稻壳生物炭添加量对樟子松苗生长和根围土壤养分及细菌群落结构的影响

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吉林农业大学学报 2025年第1期47卷 151-160页

作者：宋小双遇文婧邓勋黑龙江省森林保护研究所黑龙江省森林草原火灾及病虫害防控重点实验室

为探究稻壳生物炭对樟子松苗生长和根围土壤养分及细菌群落结构的影响，为樟子松苗木的培育提供理论依据。在育苗基质中分别添加0(ck),0.5%(B05),1.0%(B10)和3.0%(B30)比例的稻壳生物炭，测定培养3个月后樟子松1年生苗的生物量和根围土... 详细信息

为探究稻壳生物炭对樟子松苗生长和根围土壤养分及细菌群落结构的影响，为樟子松苗木的培育提供理论依据。在育苗基质中分别添加0(ck),0.5%(B05),1.0%(B10)和3.0%(B30)比例的稻壳生物炭，测定培养3个月后樟子松1年生苗的生物量和根围土壤养分指标，同时利用高通量测序技术分析不同处理根围土壤细菌群落结构，并开展土壤养分指标和细菌群落结构的关联冗余分析。育苗基质中添加不同比例稻壳生物炭对樟子松1年生苗具有促生作用，其中1.0%稻壳生物炭促生效果最好，与对照相比，樟子松苗高、地上部分鲜质量、地下部分鲜质量、地上部分干质量和地下部分干质量指标分别增加33.11%,48.02%,73.79%,43.87%和45.68%。土壤有机质、全氮、速效氮、速效磷和速效钾分别提高29.34%,34.90%,57.95%,58.83%和23.39%。高通量测序结果表明，随着稻壳生物炭添加量的增加，细菌群落总数和丰度有所下降。单因素方差分析结果，不同处理间具有显著性差异的菌属主要包括假节杆菌属（Pseudarthrobacter）、地杆菌属（Geobacter）、苯基杆菌属（Phenylobacterium）、伯克氏菌属（Burkholderia）、赭黄嗜盐囊菌属（Haliangium）等。其中Pseudarthrobacter和Phenylobacterium在B05和B10稻壳生物炭处理相对丰度较高，而Geobacter在ck和B30相对丰度较高，主要差异细菌属相对丰度与土壤理化指标变化存在显著相关性，土壤养分指标与根围细菌群落结构的关联冗余分析结果表明，土壤养分指标全氮、速效氮、速效磷、全钾、速效钾、有机质和pH与1.0%稻壳生物炭处理组细菌群落结构变化正相关。育苗基质中添加稻壳生物炭可改变樟子松1年生苗根围细菌群落结构和土壤理化指标，促进樟子松苗木生长。

关键词：稻壳生物炭樟子松促生作用土壤养分细菌群落结构

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闽江河口湿地土壤细菌群落结构与多样性特征

西南林业大学学报(自然科学) 2025年第1期45卷 88-95页

作者：张马啸毛梦圆陈宇龙袁宗胜李树斌潘辉周丽丽福建农林大学资源与环境学院福建福州350002 闽江学院地理与海洋学院福建福州350108 福建农林大学林学院福建福州350002 闽江学院经济与管理学院福建福州350108

以闽江河口典型植被类型(秋茄、芦苇、短叶茳芏)为研究对象,光滩为对照,利用16S rRNA高通量测序技术,探讨不同植被类型湿地土壤表层细菌的多样性特征。结果表明:土壤样品中获得6 410个OTUs,分属97门、191纲、359目、468科、582属和170... 详细信息

以闽江河口典型植被类型(秋茄、芦苇、短叶茳芏)为研究对象,光滩为对照,利用16S rRNA高通量测序技术,探讨不同植被类型湿地土壤表层细菌的多样性特征。结果表明:土壤样品中获得6 410个OTUs,分属97门、191纲、359目、468科、582属和170种。在门水平上,优势菌门为Proteobacteria、Bacteroidota、Cyanobacteria、Firmicutes等,其中光滩土壤的主导菌门为Cyanobacteria,秋茄群落为Bacteroidota,芦苇群落和短叶茳芏群落为Proteobacteria;在纲水平上,Cyanobacteriia和Bacilli的相对丰度比例均为光滩>秋茄>芦苇>短叶茳芏;在目水平上,秋茄和芦苇群落中占主导地位的目均为Flavobacteriales;在科水平上,Flavobacteriaceae同为秋茄、芦苇和短叶茳芏土壤中的优势菌科,其相对丰度比例分别为29.60%、18.02%和6.17%;在属水平上,Flavobacterium均为3种有植被覆盖土壤中的主要优势菌属;在种水平上,Jeotgalibacillus malaysiensis为光滩中的特有菌种。不同植被群落的物种数量、Shannon指数、Simpson指数均表现为短叶茳芏>芦苇>秋茄>光滩,光滩与3种植被群落的土壤差异显著。闽江河口湿地细菌群落结构与多样性会根据有无植被覆盖及不同类型植被覆盖而表现出特定的环境偏好。

关键词：植被类型湿地表层土壤高通量测序细菌群落结构多样性

不同地区柑橘根际土壤细菌群落结构及功能预测分析

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耕作与栽培 2025年第2期45卷 8-18,36页

作者：袁昭弟蒋俊杰胡礼川段婷婷杨俊朱惠敏张海鸿张小夏朱利君付强绵阳师范学院生命科学与技术学院四川绵阳621000 凉山彝族自治州农业科学研究院四川凉山615000

为探究不同地区柑橘园土壤细菌群落的结构、功能与养分可用性,对绵阳市3个采样点9个样品进行土壤理化分析,结合高通量测序技术比较河边镇(A组)、黄土镇(B组)和花荄镇(C组)柑橘根际土壤细菌群落多样性、结构及功能的差异,并挖掘不同地区... 详细信息

为探究不同地区柑橘园土壤细菌群落的结构、功能与养分可用性,对绵阳市3个采样点9个样品进行土壤理化分析,结合高通量测序技术比较河边镇(A组)、黄土镇(B组)和花荄镇(C组)柑橘根际土壤细菌群落多样性、结构及功能的差异,并挖掘不同地区的优势细菌,分析环境因素对细菌结构和功能的影响。结果表明,柑橘根际土壤细菌群落丰富度A组显著高于B组和C组,而A组细菌群落多样性最高,其次为B组,C组最低。主成分分析表明,不同地区柑橘根际土壤细菌群落结构具有明显差异;冗余分析表明,土壤有机碳和pH值是影响柑橘根际土壤细菌群落结构和功能的重要因子。在门水平上,A、B、C组对应的优势菌门分别为酸杆菌门(Acidobacteriota)、变形菌门(Proteobacteria)以及拟杆菌门(Bacteroidota)。属水平上,未鉴定细菌属Vicinamibacterales、Gemmatimonadaceae是A组的优势细菌属,朱氏杆菌属(Chujaibacter)和芽孢八叠球菌属(Sporosarcina)是B组的优势细菌属,而C组优势细菌属为鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)和未鉴定细菌属Chitinophagaceae。根据PICRUST功能预测分析,土壤细菌的功能途径主要集中在新陈代谢、遗传信息处理和环境信息处理等方面。

关键词：柑橘根际土壤高通量测序细菌群落结构功能预测土壤理化

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臭鳜鱼发酵过程中细菌群落结构及功能预测

中国食品学报 2025年第2期25卷 411-422页

作者：周迎芹王浩黄晶晶罗格格鄢嫣谢宁宁安徽省农业科学院农产品加工研究所合肥230031 安徽省食品微生物发酵与功能应用工程实验室合肥230031 浙江海洋大学食品与药学学院浙江舟山316022 安徽科技学院食品科学与工程学院安徽滁州233100

以臭鳜鱼为研究对象,采用高通量测序技术解析臭鳜鱼发酵过程中的细菌群落结构变化,并利用PICRUSt预测细菌群落的代谢功能。结果表明,臭鳜鱼细菌群落主要由未分类鼠杆菌科菌属、卡氏伯克霍尔德菌属、乳杆菌属、嗜冷杆菌属、泛菌属、哈夫... 详细信息

以臭鳜鱼为研究对象,采用高通量测序技术解析臭鳜鱼发酵过程中的细菌群落结构变化,并利用PICRUSt预测细菌群落的代谢功能。结果表明,臭鳜鱼细菌群落主要由未分类鼠杆菌科菌属、卡氏伯克霍尔德菌属、乳杆菌属、嗜冷杆菌属、泛菌属、哈夫尼亚-肥杆菌属、柠檬酸杆菌属、沙雷氏菌属等组成。基于OTU水平,可将臭鳜鱼样品聚类为发酵前期(0~2 d)、发酵中期(4~8 d)和发酵后期(10~16 d)。发酵中、后期优势菌群丰度均高于发酵前期,乳杆菌属细菌在发酵中、后期占绝对优势,且以清酒乳杆菌为主,相对丰度最高达43.43%,对臭鳜鱼的风味品质形成可能起到重要作用。臭鳜鱼发酵过程中的细菌群落功能主要集中在氨基酸转运和代谢、碳水化合物转运和代谢方面,不同发酵阶段样品功能组成较为相似。通过研究臭鳜鱼发酵过程中细菌群落结构变化规律和代谢功能,以期为臭鳜鱼中微生物资源的开发与应用提供理论依据。

关键词：臭鳜鱼高通量测序发酵过程细菌群落结构功能预测

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高寒黑土区不同轮作模式对马铃薯根际土壤细菌群落结构与功能的影响

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江苏农业学报 2025年第2期41卷 286-295页

作者：王籽懿韩伟金鸿飚黄修梅李明内蒙古农业大学内蒙古呼和浩特010019 雪川农业集团股份有限公司河北张家口075000 呼伦贝尔市农牧科学研究所内蒙古呼伦贝尔021000

为明确不同轮作模式对马铃薯根际土壤细菌群落的影响,本研究以马铃薯-小麦-甜菜-马铃薯(A处理)、马铃薯-水飞蓟-小麦-马铃薯(B处理)、小麦-甜菜-小麦-马铃薯(C处理),油菜-小麦-甜菜-马铃薯(D处理),小麦-油菜-大麦-马铃薯(E处理)和油菜-... 详细信息

为明确不同轮作模式对马铃薯根际土壤细菌群落的影响,本研究以马铃薯-小麦-甜菜-马铃薯(A处理)、马铃薯-水飞蓟-小麦-马铃薯(B处理)、小麦-甜菜-小麦-马铃薯(C处理),油菜-小麦-甜菜-马铃薯(D处理),小麦-油菜-大麦-马铃薯(E处理)和油菜-小麦-马铃薯-马铃薯(CK,对照)6种种植模式为研究对象,采用细菌16S区的高通量测序技术,对比分析当地6种种植模式对马铃薯根际土壤细菌群落结构和功能的影响。结果表明,6种轮作模式的土壤样本共获得36420个扩增子序列变异(ASV),划分为45门、119纲、298目、451科、790属和357种。不同轮作模式马铃薯根际土壤主要优势菌群同为变形菌门、酸杆菌门、拟杆菌门、芽单胞菌门、放线菌门、浮霉菌门、疣微菌门、绿弯菌门、黏球菌门、髌骨菌门,但主要优势菌群的相对丰度在不同轮作模式中存在差异。与CK相比,轮作明显提高了细菌中酸杆菌门和芽单胞菌门细菌的相对丰度,而放线菌门细菌相对丰度明显降低,溶杆菌属细菌以及与碳、氮相关的功能菌相对丰度升高。组间群落差异分析(LEfSe)结果表明,在细菌群落中共鉴定出38个差异物种。通过基因功能预测发现,一级功能中新陈代谢的相对丰度最大(62.04%~62.46%),相对丰度大于1.0%的二级功能代谢通路有19类,其中碳水化合物代谢的相对丰度最高(12.93%~13.29%)。综上所述,轮作改变了土壤细菌群落结构,提高了土壤细菌中的优势功能菌,其中以小麦-甜菜-小麦-马铃薯轮作模式效果最好,更适宜高寒黑土区马铃薯产业的可持续发展。

关键词：高寒黑土区轮作模式马铃薯根际土壤细菌群落结构细菌群落功能

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关帝山针叶林土壤细菌群落结构特征

林业科学 2017年第2期53卷 89-99页

作者：乔沙沙周永娜刘晋仙景炬辉贾彤李毳杨欣柴宝峰山西大学黄土高原研究所太原030006 山西大学生物技术研究所太原030006 山西财经大学环境经济学院太原030006

【目的】分析环境与空间因素在寒温性针叶林土壤细菌群落构建中的作用,为区域森林生态系统管理措施的制定提供理论依据。【方法】利用Illumina高通量测序技术分析关帝山庞泉沟自然保护区华北落叶松林(Lp)、青杄林(Pw)以及油松林(Pt)4个... 详细信息

【目的】分析环境与空间因素在寒温性针叶林土壤细菌群落构建中的作用,为区域森林生态系统管理措施的制定提供理论依据。【方法】利用Illumina高通量测序技术分析关帝山庞泉沟自然保护区华北落叶松林(Lp)、青杄林(Pw)以及油松林(Pt)4个土壤细菌群落(LpMC1、LpMC2、PwMC和PtMC)的结构,同时测定土壤理化性质和土壤酶活性,探讨细菌群落结构与森林类型和土壤环境因子的相关性。【结果】1)在该区域的森林土壤细菌群落中,变形菌门、拟杆菌门、放线菌门、疣微菌门、浮霉菌门、酸杆菌门、厚壁菌门、芽单胞菌门、绿弯菌门、衣原体门和硝化螺旋菌门为优势细菌群。2)优势细菌类群相对丰度和土壤环境因子的RDA分析表明,土壤含水率、碳氮比、pH以及土壤酶活性是影响土壤细菌群落结构的重要因子。其中,变形菌门中的大部分类群和拟杆菌门更适于生活在酸性、湿度大、营养状况良好的土壤中,主要碳源是易分解性碳;放线菌门、浮霉菌门和绿弯菌门则在碱性、干旱、营养贫瘠的土壤中更占优势,主要分解顽固性碳。3)Alpha多样性分析结果表明,土壤细菌群落多样性在4个样地间存在差异,在营养贫瘠的油松林样地土壤中细菌群落(PtMC)丰富度低,多样性高;而在营养丰富的高海拔华北落叶松样地中细菌群落(LpMC1)丰富度高,多样性低。4)细菌群落Beta多样性分析结果表明,青杄林和油松林的土壤细菌群落(PwMC与PtMC)、高海拔华北落叶松林和低海拔华北落叶松林的土壤细菌群落(LpMC1与LpMC2)结构分别具有相似性。【结论】受环境选择和扩散限制的共同影响,不同针叶林土壤细菌群落结构和物种多样性具有显著差异。据此,可通过制定不同的育林措施,改变林下土壤环境,进而优化土壤细菌群落结构;提高土壤碳汇,促进土壤氮、硫、磷等营养物质的循环,提高土壤肥力。

关键词：环境选择扩散限制关帝山针叶林高通量测序细菌群落结构

生物质炭影响下土壤呼吸温度敏感性及细菌群落结构的变化

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环境科学 2020年第11期41卷 5185-5192页

作者：曹坤坤张沙沙胡学玉黄洋中国地质大学(武汉)环境学院武汉430078

为探究生物质炭对土壤呼吸及微生物群落结构的影响,在不同生物质炭用量及不同温度条件下进行室内土壤培养试验,分析土壤CO2释放规律、不同有机碳组分的变化以及土壤细菌群落结构特征.结果表明:(1)生物质炭处理对各温度条件下的土壤呼吸... 详细信息

为探究生物质炭对土壤呼吸及微生物群落结构的影响,在不同生物质炭用量及不同温度条件下进行室内土壤培养试验,分析土壤CO2释放规律、不同有机碳组分的变化以及土壤细菌群落结构特征.结果表明:(1)生物质炭处理对各温度条件下的土壤呼吸均表现为前期激发和后期抑制的效应,且在培养14 d之后,生物质炭处理显著降低了土壤呼吸温度敏感性Q10值.(2)就土壤有机碳而言,未添加生物质炭的CK处理土壤惰性有机碳含量的下降幅度随温度升高而增大,对温度变化较敏感,但生物质炭的输入显著降低了土壤惰性有机碳的温度敏感性,使各温度条件下土壤惰性有机碳的降幅收窄,且降幅并未随温度的升高而增大.(3)16S rDNA高通量测序结果显示,至培养末期,CK处理土壤中马赛菌属(Massilia)的相对丰度随温度升高而降低,且生物质炭的输入显著提高了马赛菌属的温度敏感性,使其相对丰度随温度升高降幅增大.与马赛菌属相反,CK处理土壤中嗜盐囊菌属(Haliangium)的相对丰度随温度的升高显著增加,生物质炭的输入降低了其温度敏感性,使温度梯度间相对丰度差异不显著.本研究表明,生物质炭的输入可显著降低土壤呼吸温度敏感性,这与土壤惰性有机碳温度敏感性的降低及马赛菌属和嗜盐囊菌属相对丰度的改变有关.

关键词：生物质炭(BC) 土壤呼吸温度敏感性土壤有机碳组分细菌群落结构

浓香型白酒窖底泥和窖壁泥细菌群落结构差异性分析

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食品科学 2023年第18期44卷 223-230页

作者：曾波邹永芳饶家权王晓平文静黄治国四川轻化工大学酿酒生物技术及应用四川省重点实验室四川宜宾644000 舍得酒业股份有限公司四川射洪629000 中国轻工业酿酒生物技术及智能制造重点实验室四川宜宾644000

为了解浓香型白酒窖底泥和窖壁泥细菌群落与理化因子的差异,分析窖泥的5项理化指标,采用高通量测序技术研究细菌群落结构,并进行相关性分析。结果表明:窖底泥的pH值、过氧化氢酶活性显著高于窖壁泥(P<0.05),窖底泥的铵态氮含量显著低于... 详细信息

为了解浓香型白酒窖底泥和窖壁泥细菌群落与理化因子的差异,分析窖泥的5项理化指标,采用高通量测序技术研究细菌群落结构,并进行相关性分析。结果表明:窖底泥的pH值、过氧化氢酶活性显著高于窖壁泥(P细菌群落存在差异,pH值是对窖底泥中细菌群落影响力度最大的理化指标,Hydrogenispora是窖底泥的标志性菌属,窖壁泥中参与酸代谢的酶相对丰度更高。说明窖底和窖壁细菌群落存在空间差异,对白酒发酵具有重要影响。

关键词：浓香型白酒窖底泥窖壁泥理化指标细菌群落结构