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广谱细菌性病原体监测方法建立

中国公共卫生 2013年第7期29卷 1074-1075页

作者：刘敏赵卓姚文清孙海波毛玲玲雷露刘学升辽宁省疾病预防控制中心传染与感染性疾病控制所沈阳110005

通过细菌的16S rRNA序列分析对细菌进行鉴定与分类是目前细菌鉴定最有效的方法之一,尤其适用于复杂疫情的快速筛查与检验[1]。但是,现有的16S rRNA扩增引物大多具有种属亲嗜性,在模板浓度较低时难以获得阳性扩增结果,

关键词：细菌性病原体监测方法 RNA扩增广谱细菌鉴定序列分析 rRNA 快速筛查

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细菌性病原体内病毒蛋白的预测和研究

上海第二工业大学学报 2016年第3期33卷 231-235页

作者：王彤薛建新孔亮亮上海第二工业大学计算机与信息工程学院上海201209

确定细菌性病原体内某种未知蛋白质是否属于病毒蛋白非常重要。如果是病毒蛋白,研究其在病原体内的致病机制能有助于设计出抗病毒药物。特别是,近几年发现大量的病毒蛋白质序列,如果仍用传统的物理化学方法去测定非常困难,找到能自动预... 详细信息

确定细菌性病原体内某种未知蛋白质是否属于病毒蛋白非常重要。如果是病毒蛋白,研究其在病原体内的致病机制能有助于设计出抗病毒药物。特别是,近几年发现大量的病毒蛋白质序列,如果仍用传统的物理化学方法去测定非常困难,找到能自动预测细菌性病毒蛋白的方法迫在眉睫。首先采用基因本体论(Gene Ontology,GO)和特定位点记分矩阵(Position-Specific Score Matrix,PSSM)的组合特征表达方法编码蛋白质序列,接着采用流形学习方法对编码后的高维蛋白质特征向量进行维数约简。然后把约简后的特征向量,输入K近邻(K Nearest Neighbor,KNN)分类器进行训练,利用训练好的分类器预测未知蛋白是否为病毒蛋白。最后,采用Jackknife测试方法检验预测准确率,测试结果表明上述方法是十分有效的,能解决细菌性病原体中病毒蛋白预测这个复杂的问题。

关键词：细菌性病原体病毒蛋白预测

云南省贡山地区小型兽类几种细菌性病原体携带现况调查

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寄生虫与医学昆虫学报 2018年第1期25卷 12-17页

作者：李伶俐左曙青杜春红彭红红赵秋敏代科张久松安徽医科大学安徽合肥230022 军事科学院军事医学研究院微生物流行病研究所病原微生物生物安全国家重点实验室媒介生物危害和自然疫源性疾病北京市重点实验室北京100071 云南省地方病防治所云南大理671000

为掌握云南贡山地区野生小型兽类的种类和主要细菌性病原体的携带情况,于2014—2015年在该地区诱捕野生小型兽类,进行种类鉴定,解剖取肺、脾等组织。采用巢式PCR对无形体Anaplasmataceae、恙虫病东方体Orientia tsutsugamushi、斑点热... 详细信息

为掌握云南贡山地区野生小型兽类的种类和主要细菌性病原体的携带情况,于2014—2015年在该地区诱捕野生小型兽类,进行种类鉴定,解剖取肺、脾等组织。采用巢式PCR对无形体Anaplasmataceae、恙虫病东方体Orientia tsutsugamushi、斑点热群立克次体(Spotted fever group rickettsiae,SFGR)以及莱姆病螺旋体Lyme disease spirochete等4类病原体进行检测。结果共捕获小兽759只,涉及14属35种,优势属为姬鼠属(29.1%)和绒鼠属(17.4%)。对其中541份标本进行无形体PCR检测,结果显示:12份新埃立克体(Candidatus Neoehrlichia mikurensis)阳性,来自姬鼠、绒鼠、鼩鼱和白腹鼠;2份沃尔巴克氏体Wolbachia阳性,来源于鼩鼱和灰腹鼠;3份巴尔通体Bartonella阳性,来源于绒鼠和大足鼠。采用56 k Da基因片段引物对恙虫病东方体进行检测,发现4份阳性标本。其中2份与Boryong血清型菌株同源性最高,均为97.0%;1份与Karp血清型同源性最高,为86.0%;另一份与Kato-related血清型同源性最高,为86.0%,系统发生树显示,其与Kato-related位于同一分支。提示这两份标本可能是恙虫病东方体Karp血清型和Kato-related血清型菌株的变异株。

关键词：贡山小型兽类细菌性病原体 PCR

2017年北京市房山区食源性疾病细菌性病原体监测

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首都公共卫生 2019年第4期13卷 192-195页

作者：张冬然黄少平张萌萌赵霞周彦明李爱军北京市房山区疾病预防控制中心

目的了解北京市房山区食源性疾病细菌性病原体的特征及变化趋势,为食源性疾病提供病原学确证。方法房山区食源性疾病病原学监测哨点医院对符合病例定义的患者采集粪便标本进行病原学检测,患者信息录入“食源性疾病监测报告系统”。结果... 详细信息

目的了解北京市房山区食源性疾病细菌性病原体的特征及变化趋势,为食源性疾病提供病原学确证。方法房山区食源性疾病病原学监测哨点医院对符合病例定义的患者采集粪便标本进行病原学检测,患者信息录入“食源性疾病监测报告系统”。结果监测病例373例,检出阳性菌株病例104例,阳性率为27. 88%,分离菌株118株,其中弯曲菌检出率最高,为13. 88%;副溶血弧菌与致泻性大肠埃希氏菌不同季节检出率差异有统计学意义;副溶血弧菌检出率在职业分布中差异有统计学意义;可疑食品种类主要为肉及其肉制品,其次为水果蔬菜类。结论房山区疑似食源性腹泻病例主要致病菌为弯曲菌及致泻性大肠埃希氏菌,应继续加强食源性疾病监测,加强重点人群宣教,降低食源性疾病的发生。

关键词：食源性疾病细菌性病原体房山区

几种抗菌药物对鱼类细菌性病原体的抑制效果比较试验（Ⅰ）

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湖北渔业 1990年第1期 31-32页

作者：黄森王茂林

杭州市急性腹泻患者粪便细菌性病原体检测分析

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浙江预防医学 2012年第4期24卷 32-33页

作者：樊爱军陈晓陈瑜浙江大学医学院第一附属医院浙江杭州310000 杭州市中医院

感染性腹泻是一种常见病和多发病,是婴幼儿死亡的重要因素[1,2]。因此,快速准确地检测病原体,对于腹泻的诊治、预防控制和有效处置突发公共卫生事件等都具有十分重要的意义。为掌握杭州市急性腹泻的流行特征及细菌性病原体分布特点,为... 详细信息

感染性腹泻是一种常见病和多发病,是婴幼儿死亡的重要因素[1,2]。因此,快速准确地检测病原体,对于腹泻的诊治、预防控制和有效处置突发公共卫生事件等都具有十分重要的意义。为掌握杭州市急性腹泻的流行特征及细菌性病原体分布特点,为制定预防措施和临床治疗提供参考依据,

关键词：细菌性病原体急性腹泻患者检测分析杭州市突发公共卫生事件粪便预防控制感染性腹泻

青岛地区急性呼吸道感染患者人博卡病毒流行病学及遗传学特征研究

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青岛地区急性呼吸道感染患者人博卡病毒流行病学及遗传学特征研究

作者：王文静青岛大学

学位级别：硕士

目的:人博卡病毒(Human bocavirus,HBo V)的高检出率被认为与急性呼吸道感染疾病密切相关。本文以青岛市急性呼吸道感染住院患者为研究对象,监测其重要病毒病原体,建立HBo V感染者病毒、细菌性病原体感染谱,探索其特异性临床特征。深入... 详细信息

目的:人博卡病毒(Human bocavirus,HBo V)的高检出率被认为与急性呼吸道感染疾病密切相关。本文以青岛市急性呼吸道感染住院患者为研究对象,监测其重要病毒病原体,建立HBo V感染者病毒、细菌性病原体感染谱,探索其特异性临床特征。深入了解青岛市HBo V呼吸道感染流行病学及遗传学特征,将为青岛地区HBo V相关呼吸道感染的预防和控制、临床诊断和治疗、分子流行病学研究以及急性呼吸道感染的预防和治疗提供基础数据和科学依据。方法:本研究收集了2018年1月至2019年12月期间青岛大学附属医院西海岸院区和青岛大学附属医院崂山院区急性呼吸道感染患者的呼吸道样本共2340份。采用多重实时荧光聚合酶链反应(Multiplex real-time fluorescence polymerase chain reaction,RT-PCR)方法对所有样本进行病毒性病原体检测后,对HBo V检出阳性样本再使用RT-PCR方法进行细菌性病原体检测。结合患者的人口学资料和临床数据信息,分析HBo V的流行病学特征及相关临床表现。通过巢式聚合酶链反应(Nested polymerase chain reaction,nested PCR)对HBo V阳性样本VP1/VP2基因片段进行了扩增和测序,利用生物信息学方法进行核苷酸测序分析、系统发育分析、选择压力分析和分子进化分析。结果:1.流行病学特征及临床表现分析结果:(1)2340份呼吸道样本共检出138份HBo V阳性样本,男女比例1.8:1,年龄按照病原体检测仅检出HBo V的病例106例(76.81%)。HBo V与其他病毒混合感染病例32例(23.19%),其中仅混合感染一种病毒25例,混合感染两种病毒7例。(4)HBo V样本中检出细菌性病原体103例(74.6%),其中仅混合感染一种细菌性病原体41例,混合感染两种细菌性病原体40例,混合感染三种细菌性病原体18例,混合四种细菌性病原体感染4例。(5)临床数据分析表明,HBo V感染患者中常见的呼吸道感染临床症状主要是咳嗽、发烧。(6)单一HBo V感染组与混合HBo V感染组比较,中性粒细胞、腺苷脱氢酶、肌酸激酶、胱抑素和碳酸氢盐水平值间的差异有统计学意义(P细菌性病原体感染与不存在细菌性病原体感染的HBo V患者组相比,红细胞计数和甘油三酯水平值之间差异具有统计学意义(P病原体。2.HBo V感染对机体产生的不良影响需进一步研究。3.本研究所得临床株与流行参考株高度同源,遗传变异度较低。4.HBo V虽基本处于负向选择作用,仍存在少量正向选择作用影响,对其监测仍然不可放松警惕。

关键词：急性呼吸道感染人博卡病毒流行病学遗传学细菌性病原体