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水生态学杂志 2008年第5期28卷 106-108页

作者：黄晓燕王丽珍云南大学生命科学学院云南昆明650091

以腹足纲,田螺科,螺蛳属(Margarya)的5种动物和中国圆田螺(对照)为研究对象,提取肝脏组织DNA,PcR扩增线粒体细胞色素c氧化酶i(cOi)基因,纯化后测序,并用DNAStar软件包对序列进行编辑,MEGA软件绘制基因N-J树和UPGMA系统树。结果表明:cOi... 详细信息

以腹足纲,田螺科,螺蛳属(Margarya)的5种动物和中国圆田螺(对照)为研究对象,提取肝脏组织DNA,PcR扩增线粒体细胞色素c氧化酶i(cOi)基因,纯化后测序,并用DNAStar软件包对序列进行编辑,MEGA软件绘制基因N-J树和UPGMA系统树。结果表明:cOi基因大小为636bp,系统树显示,螺蛳、滇池螺蛳、牟氏螺蛳、乳顶螺蛳共同组成一个大支,阳宗海螺蛳与上述动物的亲缘关系较远,成为螺蛳属中单独进化的类群;中国圆田螺与螺蛳属动物的遗传距离达0.404%～0.518%,亲缘关系很远。

关键词：螺蛳属细胞色素c氧化酶i 亲缘关系

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结直肠癌中cOXⅠ和cOX Ⅲ的表达及临床意义

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临床与实验病理学杂志 2014年第10期30卷 1094-1098页

作者：孟媛宋敏许斌辽宁省抚顺市中心医院病理科抚顺 113006 中国医科大学基础医学院病理学教研室中国医科大学附属第一医院病理科沈阳 110001

目的观察线粒体细胞色素c氧化酶Ⅰ(cytochrome coxidaseⅠ,cOXⅠ)和线粒体细胞色素c氧化酶Ⅲ(cytochrome coxidaseⅢ,cOXⅢ)在正常结直肠黏膜、结直肠高级别上皮内瘤变(原位癌)和结直肠癌组织中的表达,探讨cOXⅠ和cOXⅢ在结直肠癌早期... 详细信息

目的观察线粒体细胞色素c氧化酶Ⅰ(cytochrome coxidaseⅠ,cOXⅠ)和线粒体细胞色素c氧化酶Ⅲ(cytochrome coxidaseⅢ,cOXⅢ)在正常结直肠黏膜、结直肠高级别上皮内瘤变(原位癌)和结直肠癌组织中的表达,探讨cOXⅠ和cOXⅢ在结直肠癌早期诊断中的作用以及二者与结直肠癌患者预后的关系。方法采用免疫组化SP法检测20例结直肠正常黏膜、20例结直肠高级别上皮内瘤变(原位癌)和80例结直肠癌组织中cOXⅠ和cOXⅢ的表达,并分析二者表达与结直肠癌临床病理特征及患者预后的关系。结果 cOXⅠ和cOXⅢ在正常结直肠黏膜中的阳性率分别为75.0%(15/20)和70.0%(14/20),在结直肠高级别上皮内瘤变(原位癌)组织中的阳性率为35.0%(7/20)和25.0%(5/20),在结直肠癌组织中的阳性率为36.2%(29/80)和26.2%(21/80);cOXⅠ和cOXⅢ在正常结直肠黏膜和结直肠高级别上皮内瘤变(原位癌)中的阳性率差异有统计学意义(χ2=6.465,P=0.011;χ2=8.120,P=0.004),cOXⅠ和cOXⅢ在正常结直肠黏膜和结直肠癌组织中的阳性率差异有统计学意义(χ2=9.75,P=0.002;χ2=13.46,PcOXⅠ的阳性率与结直肠癌组织学分级、临床分期相关;组织学分级越低,cOXⅠ阳性率越高,Ⅲ+Ⅳ结直肠癌组中cOXⅠ阳性率低于Ⅰ+Ⅱ组。cOXⅢ的阳性率与结直肠癌临床分期相关,Ⅲ+Ⅳ期结直肠癌组中cOXⅢ阳性率低于Ⅰ+Ⅱ期组。Kaplan-Meier生存分析表明cOXⅠ和cOXⅢ表达与结直肠癌患者预后相关(P=0.008,P=0.017)。结论 cOXⅠ和cOXⅢ高表达与结直肠癌组织学分级、临床分期、预后密切相关,联合检测二者表达可作为结直肠癌早期诊断及判断其生物学行为的重要指标。

关键词：结直肠肿瘤细胞色素c氧化酶i 细胞色素c氧化酶Ⅲ 免疫组织化学

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部分中国鲤科（鲃亚科及野鲮亚科）的DNA条形码分析

部分中国鲤科（鲃亚科及野鲮亚科）的DNA条形码分析

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作者：黄镇宇暨南大学

学位级别：硕士

鲤科(cyprinidae)隶属于硬骨鱼纲(Osteichthyes)辐鳍亚纲(Actinopterygii)鲤形目(cypriniformes)鲤亚目(cyprinoidei),广泛分布于亚欧大陆、日本、东印度群岛、非洲以及北美洲,在全球淡水捕捞业及养殖业中均占着较大比重,具有可观的经... 详细信息

鲤科(cyprinidae)隶属于硬骨鱼纲(Osteichthyes)辐鳍亚纲(Actinopterygii)鲤形目(cypriniformes)鲤亚目(cyprinoidei),广泛分布于亚欧大陆、日本、东印度群岛、非洲以及北美洲,在全球淡水捕捞业及养殖业中均占着较大比重,具有可观的经济价值。近年内,受环境污染、生境破坏和不适当的鱼类资源利用等因素影响,中国鲤科鱼类面临着低龄化、个体小型化及种群规模减少等问题,亟待相关的种质资源保护工作的开展。其中,作为鲤科的2类代表鱼类,鲃亚科(Barbinae)及野鲮亚科(Labeoninae)的部分物种种间形态相似,缺乏明显的分类特征,其物种鉴定容易发生错误。为探讨中国鲃亚科、野鲮亚科鱼类的分类地位,本研究测定了采自13省46种共计377尾样本的cOi序列并结合从Genbank数据库下载的6属8种共计27条序列进行相关的DNA条形码分析,结果如下。鲃亚科在基于k2p模型的邻接树上形成31个明显分支,分支间平均遗传距离(14.20%)约为分支内平均遗传距离(0.5%)的28.40倍。其中,北江光唇鱼(Acrossocheilus beijiangensis)、侧条光唇鱼(Acrossocheilus parallens)、带光唇鱼(Acrossocheilus cinctus)、光唇鱼(Acrossocheilus fasciatus)、温州光唇鱼(Acrossocheilus wenchowensis)、吉首光唇鱼(Acrossocheilus jishouensis)、南方白甲鱼(Onychostoma gerlachi)、细尾白甲鱼(Onychostoma lepturum)、白甲鱼(Onychostoma simaum)、高体白甲鱼(Onychostoma alticorpus)、卵形白甲鱼(Onychostoma ovalis)、云南光唇鱼(Acrossocheilus yunnanensis)、中华倒刺鲃(Spinibarbus sinensis)、云南倒刺鲃(Spinibarbus yunnanensis)、倒刺鲃(Spinibarbus denticulatus)、鲈鲤(Percocypris pingi)、少鳞舟齿鱼(Scaphiodonichthys acanthopterus)、金线鲃(Sinocyclocheilus grahami)、黑脊倒刺鲃(Spinibarbus caldwelli)、光倒刺鲃(Spinibarbus hollandi)、大鳞四须鲃(Barbodes vernayi)、细尾长臀鲃(Mystacoleucus lepturus)、长臀鲃(Mystacoleucus marginatus)、斑尾小鲃(Puntius sophore)、中国结鱼(Tor sinensis)、异斑小鲃(Puntius ticto)、史尼氏小鲃(Puntius snyderi)等27种鱼类均独立形成单个分支,支持其分类有效性。其余种类出现混杂分布,推测长鳍光唇鱼(Acrossocheilus longipinnis)和虹彩光唇鱼(Acrossocheilus iridescens)属同种异名,细身光唇鱼(Acrossocheilus elongatus)和细长白甲鱼(Onychostoma elongatum)属同种异名,从Genbank数据库下载的后鳍吻孔鲃(Poropuntius opisthopterus)序列和云南吻孔鲃(Poropuntius huangchuchieni)则存在以下可能:1)属于同一物种。2)属于不同物种,从Genbank下载的疏斑小鲃(Puntius paucimaculatus)序列PunpauYunN1可能隶属条纹小鲃(Puntius semifasciolatus)。此外,中国结鱼进一步分成2组,组间的遗传距离达到5.50%,高于一般物种的种内遗传距离(2%),表明其中存在隐藏的多样性。野鲮亚科在基于k2p模型的邻接树上形成了18个明显分支,分支间的平均遗传距离(12.29%)约为分支内平均遗传距离(0.29%)的42.38倍。其中卷口鱼(Ptychidio jordani)、泉水鱼(Semilabeo prochilus)、岩鲮(Semilabeo notabilis)、直口鲮(Rectoris posehensis)、巴马缨鱼(Pseudocrossocheilus bamaensis)、双珠盘鮈(Discogobio bismargaritus)、长鰾盘鮈(Discogobio macrophysallidos)、云南盘鮈(Discogobio yunnanensis)、洞庭华鲮(Bangana tungting)、华鲮(Si

关键词：鲃亚科野鲮亚科 DNA条形码细胞色素c氧化酶i 中国水系

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中国及邻近地区常见鲉形目鱼类DNA条形码研究

中国及邻近地区常见鲉形目鱼类DNA条形码研究

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作者：杨喜书暨南大学

学位级别：硕士

鲉形目（Scorpaeniformes）种类繁多、分布广泛,是世界海洋生物多样性的重要组成部分,同时也是我国乃至世界海洋渔业的重要资源。随着海洋过度捕捞、环境污染及其它人为因素的影响,很多鲉形目种类出现资源衰退的现象。另外,近缘种间形... 详细信息

鲉形目（Scorpaeniformes）种类繁多、分布广泛,是世界海洋生物多样性的重要组成部分,同时也是我国乃至世界海洋渔业的重要资源。随着海洋过度捕捞、环境污染及其它人为因素的影响,很多鲉形目种类出现资源衰退的现象。另外,近缘种间形态十分相似,使得传统形态分类存在较大困难,因此仅按照传统的形态学方法难以对物种进行准确的鉴定;同时,常有因部分鲉形目刺毒鱼类误触刺伤而引起中毒的情况发生,因而对鲉形目物种进行准确的鉴定是解决以上问题的基础。近些年来,基于线粒体cOi基因序列的DNA条形码已发展成为动物物种鉴定的有效工具。为此,本文测定了采集于中国近海常见鲉形目鱼类cOi基因序列,并结合GenBank中下载的鲉形目鱼类同源序列共计6亚目15科57属118种,探讨常见鲉形目鱼类的物种有效性,旨在丰富中国鲉形目鱼类DNA条形码数据库,为今后鲉形目鱼类准确快速地鉴定提供参考依据,结果如下:在534条平均长度为621 bp（552～652 bp）的序列中共发现335个变异位点,其中217个变异位点来自于密码子第三位（64.78%）。118种形态学鉴定的种类在NJ树中主要延展出了116个分支。其中的105个分支由105个种各自聚类形成种的单系分支,占所有种的88.98%;另外有11个分支由13个种组成,出现种类混杂的情况。116个分支的分支内平均遗传距离为0.41%（0～1.65%）;分支间平均遗传距离为22.28%,分支间的遗传分歧约为分支内遗传分歧的54倍。基于K2P替代模型的亚目内和亚目间平均遗传距离分别为12.67%（4.10%1.42%）和23.30%（22.39%4.09%）;科内和科间平均遗传距离分别为11.35%（0.36%8.96%）和21.52%（18.14%3.77%）;属内和属间平均遗传距离分别为4.01%（0～15.39%）和20.02%（12.95%5.75%）;种内和种间平均遗传距离分别为0.81%（0～17.98%）和9.94%（0.47%2.70%）,种间遗传距离约为种内遗传距离的12.27倍,种间种内差异相对明显。除去样本数量为1的种类外（33种）,超过96%的种类其种内分歧小于2%,超过89%的种类其种内分歧小于1%;另外有3个种类的种内遗传距离大于2%阈值。表明鲉形目中绝大部分种类均能满足2%阈值的参考标准。ABGD分析中强烈支持划分为112组,与形态学鉴定的118种相近。上述结果表明DNA条形码能对鲉形目绝大部分种类（>88%）进行有效的鉴定,但对于高阶分类水平不能很好的区分。研究结果支持将斑头鱼（Agaammus agrammus）归为六线鱼属（Hexagrammos）的观点;认为绿鳍鱼（chelidonichthys kumu）和小眼绿鳍鱼（chelidonichthys spinosus）为同种异名,为绿鳍鱼（***）;根据相关文献及本研究中在分子水平上出现较大的分歧,推测来自于南海海域的印度鲬（Platycephalus indicus）存在隐存种;环纹蓑鲉（Pterois lunulata）和肩斑蓑鲉（***）亲缘关系较近,环纹蓑鲉可能从肩斑蓑鲉中分化出来;杂交可能使得原本存在着谱系拣选不彻底的两个种类:铠平鲉（Sebastes hubbsi）和长棘平鲉（Sebastes longispinis）出现更小的遗传分歧。部分种类可能受到人为因素、种间杂交导致基因渗透或者近期辐射进化等因素的影响而出现了聚类混乱的情况,今后应结合多个分子标记进行深入探讨。

关键词：鱼类鉴定线粒体基因 DNA条形码细胞色素c氧化酶i 同种异名隐存种

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DNA条形码技术在鸟类物种鉴定中的应用

DNA条形码技术在鸟类物种鉴定中的应用

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中国畜牧兽医学会信息技术分会第十届学术研讨会

作者： Zheney Makay 赵玲娜金红岩隋修馄梁琳薛晓娟李刚中国农业科学院北京畜牧兽医研究所动物营养学国家重点实验室农业部兽用药物与兽医生物技术北京科学观测实验站

使用羽毛进行鸟类物种鉴定可以简化鸟类基因组DNA的样品处理,特别是当鸟的年龄或大小导致血液或组织样品DNA提取困难时。羽毛可以用来提取高质量的基因组DNA。首先,对羽毛羽根和近端部分进行裂解处理,再用AxyPrep体液病毒DNA/RNA小量试... 详细信息

使用羽毛进行鸟类物种鉴定可以简化鸟类基因组DNA的样品处理,特别是当鸟的年龄或大小导致血液或组织样品DNA提取困难时。羽毛可以用来提取高质量的基因组DNA。首先,对羽毛羽根和近端部分进行裂解处理,再用AxyPrep体液病毒DNA/RNA小量试剂盒提取基因组DNA。然后用特异性引物进行PcR扩增,得到线粒体细胞色素c氧化酶i序列片段,测序后通过BLAST鉴定鸟类物种。用这种方法对超过40个样本进行分析,鉴定出到6个鸟类物种。本实验方法也可应用于其他鸟类物种的鉴定,能广泛用于鸟类相关研究。

关键词：禽流感羽毛 DNA条形码技术野生鸟类品种鉴定细胞色素c氧化酶i

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