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青海省自然疫源性病区小型兽类空间分布及分子鉴定研究

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中华地方病学杂志 2020年第2期39卷 93-98页

作者：李海龙魏有文何建赵延梅杨汉青马英青海省地方病预防控制所鼠疫预防控制科西宁811602

目的了解青海省自然疫源性病区小型兽类空间分布,并以线粒体细胞色素c氧化酶亚基I(cOI)基因作为分子标记,对捕获的小型兽类进行分子水平的物种鉴定。方法 2009 - 2016年,在青海省6个州的16个市(县),采集小型兽类标本为研究对象,分析小... 详细信息

目的了解青海省自然疫源性病区小型兽类空间分布,并以线粒体细胞色素c氧化酶亚基I(cOI)基因作为分子标记,对捕获的小型兽类进行分子水平的物种鉴定。方法 2009 - 2016年,在青海省6个州的16个市(县),采集小型兽类标本为研究对象,分析小型兽类地区分布、不同海拔分布、生态环境类型分布;采用PcR扩增小型兽类的cOI基因部分片段序列(长度约650 bp),并进行同源性比较、遗传距离和系统发育分析。结果共捕获小型兽类1 631只,分别隶属于3目7科21属30种;其中啮齿动物926只,分别隶属于5科19属25种,占56.78%。格尔木市采集的小型兽类数量最多(313只),2 800 ~ cOI基因,同源性比对与目标序列一致。种内遗传距离为0.01% ~ 2.90%,种间遗传距离为4.00% ~ 12.00%,种间遗传距离大于种内遗传距离;属间遗传距离为13.00% ~ 21.00%,科间遗传距离为22.00% ~ 25.00%。邻接法(NJ)系统发育树显示,同种个体聚为有很高支持度的单一分支共形成20个,置信度为98% ~ 100%。结论青海省小型兽类空间分布受地区、海拔、生态环境等自然地理因素的综合影响,且分子鉴定法可弥补形态学鉴定中的不足。

关键词：小型兽类细胞色素c氧化酶亚基ⅰ 分子鉴定

基于双重PcR技术的鹿茸及其伪品DNA指纹特征和鉴定

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吉林大学学报（医学版） 2018年第4期44卷 839-844页

作者：高丽君何程远李盈诺巴宏宇李梓僮夏薇李明成苑广信张丽华艾金霞北华大学医学检验学院临床血液与体液检验教研室吉林吉林132013 北华大学药学院药物分析教研室吉林吉林132013 吉林雷宁食品药品检测技术服务有限公司吉林吉林132013

目的:分析鹿茸线粒体细胞色素b(cytb)和细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(cOⅠ)基因特异性,建立双重PcR技术鉴别鹿茸真伪的分子指纹特征。方法:利用碱变性法提取梅花鹿茸、马鹿茸、驯鹿茸和新西兰鹿茸的基因组DNA,应用引物设计软件Premier 5.0针对... 详细信息

目的:分析鹿茸线粒体细胞色素b(cytb)和细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(cOⅠ)基因特异性,建立双重PcR技术鉴别鹿茸真伪的分子指纹特征。方法:利用碱变性法提取梅花鹿茸、马鹿茸、驯鹿茸和新西兰鹿茸的基因组DNA,应用引物设计软件Premier 5.0针对cytb和cOⅠ分别设计特异性引物(分别为cytb 1、2和cOⅠ1、2、3),采用单一及双重引物分别进行PcR扩增,筛选特异性强的引物,确定最佳PcR反应条件。结果:采用碱变性法提取的鹿茸基因组DNA片段长度为23 000bp,DNA纯度即A(260)/A(280)为1.80±0.02;应用单一引物进行PcR扩增无法鉴定鹿茸的真伪,而引物cytb 1和cOⅠ1组合后,解链温度为58℃时,梅花鹿茸(吉林、安徽)、马鹿茸均能扩增出395和525bp大小的2个片段,而驯鹿茸和新西兰鹿茸均未能扩增出相应片段;采用该提取方法及最优化的PcR反应条件,对市售样品进行检测,检测结果与实际情况完全一致。结论:双重PcR技术可从分子水平鉴别鹿茸的真伪,该方法特异性高、实用性强,且简便快捷,在鹿茸真伪鉴别方面具有较高的应用价值。

关键词：鹿茸细胞色素b 细胞色素c氧化酶亚基ⅰ 双重聚合酶链反应 DNA指纹

利用cOⅠ基因鉴别长三角地区常见嗜尸性蝇类

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法医学杂志 2021年第5期37卷 611-614,626页

作者：徐旺王禹王嫚王颖慧王江峰苏州大学法医学系江苏苏州215000

目的利用线粒体细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(cytochrome c oxidase subunitⅠ,cOⅠ)基因序列对长三角地区常见嗜尸性蝇类物种进行分子鉴定并验证其可靠性。方法于野外放置的大型家猪尸体上采集并经实验室多代培养、遗传稳定的长三角地区常见... 详细信息

目的利用线粒体细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(cytochrome c oxidase subunitⅠ,cOⅠ)基因序列对长三角地区常见嗜尸性蝇类物种进行分子鉴定并验证其可靠性。方法于野外放置的大型家猪尸体上采集并经实验室多代培养、遗传稳定的长三角地区常见嗜尸性蝇类共3科6属7个物种,提取全基因组DNA后扩增cOⅠ基因片段,正反向测序后拼接,通过Mega 7.0.26等软件分析扩增片段的碱基组成和种间进化分歧率,并采用邻接(neighbor joining,NJ)法和非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)构建长三角地区常见嗜尸性蝇类cOⅠ基因序列的系统发育树。结果不同蝇类物种的平均碱基组成为A(30.14%)、T(38.23%)、c(15.98%)、G(15.65%)。种间进化分歧率在2.2%~15.3%,最低在大头金蝇和肥躯金蝇之间,最高在厩腐蝇和棕尾别麻蝇之间。结论利用cOⅠ基因能够较好地鉴别长三角地区的常见嗜尸性蝇类物种。

关键词：法医昆虫学细胞色素c氧化酶亚基ⅰ 种属鉴别嗜尸性蝇类长三角地区

以线粒体cOⅠ基因探讨萧氏松茎象的分类地位

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江西农业大学学报 2013年第5期35卷 906-913页

作者：栾丰刚丁俊杰何龙喜王建国江西农业大学农学院江西南昌330045 江西省林业有害生物防治检疫局江西南昌330038

用蛋白酶K消化法提取萧氏松茎象总DNA,并对细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(cytochrome c oxidaseⅠgene,cOⅠ)序列分析发现,cOⅠ序列4种核苷酸量平均为A=30.2%,c=17.3%,G=15.4%,T=37.0%。将所获得的5个不同地区萧氏松茎象个体cOⅠ序列排序后,比... 详细信息

用蛋白酶K消化法提取萧氏松茎象总DNA,并对细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(cytochrome c oxidaseⅠgene,cOⅠ)序列分析发现,cOⅠ序列4种核苷酸量平均为A=30.2%,c=17.3%,G=15.4%,T=37.0%。将所获得的5个不同地区萧氏松茎象个体cOⅠ序列排序后,比较形成了一个含1 209个位点的矩阵,其中1 174个不变位点,35个变异位点,所占比例为2.89%,序列的A+T含量较高。遗传距离、核酸和氨基酸变异及系统发育树分析表明:萧氏松茎象与树皮象属亲缘关系最近,且分子水平上萧氏松茎象与树皮象属之间较之树皮象属内种间无明显差异,对目前的分类地位提出质疑。

关键词：细胞色素c氧化酶亚基ⅰ 萧氏松茎象分类系统学

橡实象虫等25种昆虫线粒体cOⅠ基因的遗传多样性及系统进化分析

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蚕业科学 2011年第6期37卷 985-992页

作者：杨瑞生钟亮姜义仁石生林刘彦群夏润玺秦利沈阳农业大学生物科学技术学院沈阳110866

橡实象虫(curculio arakawai)是象甲科中危害柞树种子和嫩芽的重要害虫。为探讨利用线粒体细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(cOⅠ)基因的特定区段作为DNA条形码快速准确识别橡实象虫的可行性,克隆了3个橡实象虫线粒体cOⅠ基因5'端长度约556 bp的片... 详细信息

橡实象虫(curculio arakawai)是象甲科中危害柞树种子和嫩芽的重要害虫。为探讨利用线粒体细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(cOⅠ)基因的特定区段作为DNA条形码快速准确识别橡实象虫的可行性,克隆了3个橡实象虫线粒体cOⅠ基因5'端长度约556 bp的片段(GenBank登录号:JN258957,JN258958,JN258959),并与鞘翅目、鳞翅目、双翅目共24种昆虫的同源片段进行碱基组成多样性和系统进化分析。序列分析结果显示:橡实象虫与其它24种昆虫的cOⅠ基因序列呈现丰富的遗传多样性,碱基位点的变异率为48.2%,序列平均差异为19.7%;cOⅠ基因序列的AT含量(69.9%)明显高于Gc含量(30.1%),存在显著的AT使用倾向性;碱基替换模式颠换大于转换,碱基替换数与物种两两遗传距离呈明显的线性关系;cOⅠ基因序列的碱基变异速率较快的位点主要集中在序列中间区域的210～390 bp。基于cOⅠ基因序列构建的NJ、ME和MP系统进化树均显示橡实象虫与鞘翅目象甲科(curculionidae)昆虫的进化关系最近,聚在一起形成一个分支,鳞翅目等其它昆虫聚在一起形成另外一个分支;橡实象虫与鞘翅目象甲科Kyklioacalles属昆虫间遗传距离最小,与鳞翅目丝角蝶科Macrosoma sp.属昆虫间的遗传距离最大。根据cOⅠ基因序列的多样性,能将橡实象虫明显地与其它昆虫区分开。

关键词：柞树害虫橡实象虫细胞色素c氧化酶亚基ⅰ 遗传多样性系统进化

云南部分地区牛羊体表寄生蜱的形态及分子鉴定

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畜牧与兽医 2023年第10期55卷 56-60页

作者：陈俊蓉徐翠蓉谢昕言邹丰才贺君君杨建发云南农业大学动物医学院云南昆明650201

为了解云南部分地区牛羊体表寄生蜱的种类,对云南6个地区采集的445只蜱的形态进行观察,并采用PcR技术对虫体的细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(coxⅠ)基因序列进行扩增,于NcBI-BLAST在线比对有效序列,利用MEGA 6.0软件构建系统进化树。结果显示:... 详细信息

为了解云南部分地区牛羊体表寄生蜱的种类,对云南6个地区采集的445只蜱的形态进行观察,并采用PcR技术对虫体的细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(coxⅠ)基因序列进行扩增,于NcBI-BLAST在线比对有效序列,利用MEGA 6.0软件构建系统进化树。结果显示:经形态学特征初步鉴定,采集的蜱属为扇头蜱属(Rhipicephalus)。coxⅠ基因序列比对分析显示,研究中所获分离株与微小扇头蜱(Rhipicephalus microplus)同源性达100%,系统进化分析显示分离株与微小扇头蜱处于同一分支。本研究可为云南牛羊体表寄生蜱的种类鉴定和防治提供参考。

关键词：细胞色素c氧化酶亚基ⅰ 微小扇头蜱云南牛羊种属鉴定

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大眼鳜3个野生群体的形态特征及遗传多样性研究

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大眼鳜3个野生群体的形态特征及遗传多样性研究

作者：郭健康贵州大学

学位级别：硕士

大眼鳜(Siniperca kneri)隶属鲈形目(Perciformes)、鮨科(Serranida)、鳜亚科(Sinipercinae)、鳜属(Siniperca),俗称桂花鱼、白桂等,分布于中国长江、淮河及其以南水系,为中国南方特有种,其生长速度稍慢于翘嘴鳜(Siniperca chuatsi),而快于其它鳜类,其肉质细腻、味道鲜美、营养丰富,是我国重要的名优养殖鱼类。贵州位于滇东高原到湘西丘陵之间的过渡地带,地处长江和珠江的上游,属典型的喀斯特山地地貌,大眼鳜广泛分布于长江流域的乌江、赤水河,锦江河、松桃河、清水江,珠江流域的都柳江和红水河,是当地重要的野生经济鱼类,资源正受到严重威胁。目前,我省国家级水产种质资源保护区内野生大眼鳜群体仍缺乏最基本的形态学参数,遗传结构及多样性等背景资料仍知之甚少,资源优势未发挥其应有的经济效益。本文基于传统形态学数据和框架测量数据、线粒体DNA细胞色素c氧化酶亚基ⅰ基因(cytochrome coxidase subunit I,cOI)片段、控制区全序列及核DNA ITS-1(First ribosomal internal transcribed spacer,ITS-1)全序列,对我省属长江水系和珠江水系大眼鳜三个种群的形态差异性和遗传多样性进行研究。本研究主要结果如下:1、结合传统形态学法和框架分析法,运用多元分析方法对贵州境内乌江沿河段、锦江铜仁段、北盘江关岭段大眼鳜3个群体的形态差异进行了比较研究。结果表明:可数现状中,铜仁群体与沿河群体只在臀鳍条数上存在差异极显著;铜仁群体与关岭群体在胸鳍数、臀鳍数和尾鳍数上存在极显著差异;沿河群体与关岭群体在胸鳍数、腹鳍数和尾鳍数上存在极显著差异。比例性状显示,铜仁群体眼最小,吻部最长,身体最矮;沿河群体眼最大,且左右两眼间的距离最近,体型最薄,尾柄最短;关岭群体的体型最高而且最厚,吻最短,眼间距最大,尾柄最长。聚类分析中,铜仁群体与沿河群体首先聚在一起,表明他们外部形态较为接近,而关岭群体单独聚为一支。以逐步分析方法建立了3个大眼鳜群体的判别函数,综合判别准确率达91.2%。主成分筛选出在头部、吻长、躯干部和尾部这些与摄食和游泳密切相关的性状,其差异与比例性状在3个群体间差异的结果一致。综合研究结果显示:铜仁群体与沿河群体外形较为相似,而他们与关岭群体形态差异较大,地理分布的距离远近和环境差异是其外形变异的驱动因子。2、采用PcR技术对169尾个体的线粒体DNA cOI基因进行扩增、测序,获得的序列长度为1512bp。分析显示:碱基A、T、c、G的平均含量分别为24.9%、28.6%、28.7%、17.8%,其中A+T(53.5%)含量高于G+c(46.5%)含量。169个样本共检测到5个多态位点,并定义了5种单倍型。对贵州的大眼鳜群体cOI基因与洞庭湖大眼鳜cOI基因序列进行序列差异分析,结果显示两者之间存在10个变异位点,集中在1268nt-1456nt之间。大眼鳜3个群体间4种碱基在密码子3个位点上的使用频率无差别,与洞庭湖大眼鳜相比,密码子第一位上的4种碱基含量差别不大,密码子第二位上T含量(40.9%)高于后者(39.9%),而A和c含量则低于后者;与洞庭湖翘嘴鳜比较差别很小,但与斑鳜、暗鳜、长体鳜和波纹鳜4种鳜鱼比较,在密码子第一位和第三位存在不同差异,特别是暗鳜和波纹鳜密码子第三位中A含量(30.0%)明显低于贵州的大眼鳜(31.8%),而波纹鳜G(8.9%)明显高于后者(7.3%)。大眼鳜3个群体的平均单倍型多样性为0.395,平均核苷酸多样性为0.00029,遗传多样性贫乏。3、运用PcR技术和DNA测序技术对大眼鳜3个群体的线粒体DNA控制区序列进行分析,结果显示:3个群体的序列长度为828-833bp,序列差异小;群体间各碱基含量差异很小,其中A含量最高,G含量最低,A+T含量都明显高于c+G含量;沿河群体检测到13个碱基替换,其他两个群体无碱基的替换;3个群体存在13个多态位点,并定义了5种单倍型,Hap1为3个群体共享单倍型,代表174个个样本,占总样本数的92%;沿河大眼鳜群体的单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性指数(Pi)都高于其他两个群体。总体上看大眼鳜3个群体的遗传多样性贫乏,铜仁大眼鳜群体与沿河大眼鳜群体有一定的基因交流,遗传分化水平适中,而关岭大眼鳜群体与它们因地理阻隔缺乏交流。4、大眼鳜3个群体共151个体的ITS-1序列分析结果显示:3个大眼鳜群体存在序列长度多态性,主要有753bp和755bp两种类型,Gc(72.8%)平均含量远高于AT含量(27.3);共检测到6个多态位点,产生6种单倍型;3个群体各自都表现出较低的遗传多样性水平,从总体上看,单倍型多样性指数为0.622,表明贵州大眼鳜

关键词：大眼鳜形态差异细胞色素c氧化酶亚基ⅰ 第一内转录间隔区控制区遗传多样性

牛羊梨形虫PcR-RFLP分类方法的建立及部分标志基因的克隆与测序

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牛羊梨形虫PCR-RFLP分类方法的建立及部分标志基因的克隆与测序

作者：徐宗可中国农业科学院

学位级别：硕士

梨形虫是经由蜱传播的血液寄生原虫,包括泰勒虫和巴贝斯虫,在世界热带和亚热带地区广泛流行,使动物患巴贝斯虫病和泰勒虫病。牛巴贝斯虫病病原有牛巴贝斯虫、卵形巴贝斯虫、巴贝斯虫未定种、大巴贝斯虫、双芽巴贝斯虫、分歧巴贝斯虫。... 详细信息

梨形虫是经由蜱传播的血液寄生原虫,包括泰勒虫和巴贝斯虫,在世界热带和亚热带地区广泛流行,使动物患巴贝斯虫病和泰勒虫病。牛巴贝斯虫病病原有牛巴贝斯虫、卵形巴贝斯虫、巴贝斯虫未定种、大巴贝斯虫、双芽巴贝斯虫、分歧巴贝斯虫。牛泰勒虫病病原有环形泰勒虫、瑟氏泰勒虫、中华泰勒虫、小泰勒虫和突变泰勒虫。梨形虫病一般呈急性过程,通常表现贫血、血红蛋白尿和黄疸。本病在世界各地流行,且死亡率高,给畜牧业和国民经济造成巨大损失。本实验利用实验室保存的梨形虫虫种,对梨形虫的标志基因(18S、co I和cyt b)进行初步探索,并应用co I和cyt b对巴贝斯虫和泰勒虫进行系统发育关系分析,验证几个在传统分类地位上有争议的梨形虫虫种。主要的研究内容包括以下几个方面:1.从NcBI数据库中调取梨形虫18S rRNA基因的序列,保存为FASTA格式并用cLUSTAL-X软件对序列进行比对分析,缺省参数。每一条比对的序列都在1.7Kb左右。然后,选择不同的限制性内切酶,对梨形虫18S rRNA基因的PcR扩增产物进行酶切分析。通过酶切图谱的不同而达到鉴定不同巴贝斯虫和泰勒虫虫种的目的。为梨形虫的分类和流行病学调查提供了新的方法。2.利用实验保存的梨形虫虫种,提取虫种的基因组DNA,运用PcR方法扩增梨形虫的co I和cyt b基因,经测序分析后构建系统进化树,并进行亲缘关系比较。结果显示:我国梨形虫coI基因序列的同源性在99.6%—38.1%之间,巴贝斯虫co I基因之间的同源性在98.9%—74.1%之间,泰勒虫co I基因之间的同源性在98.6%—38.1%之间。其中泰勒虫co I基因之间的差异性较巴贝斯虫大。我国梨形虫cyt b基因序列的同源性在37.2%—99.4%之间,泰勒虫之间的同源性在52.5%—99.4%之间,巴贝斯虫之间的同源性在83.8%—97.9%之间。其中巴贝斯虫之间的同源性比较高。在遗传进化关系上梨形虫和疟原虫之间的亲缘关系比较近,处于一个大的分支上;与草履虫之间的进化关系比较远,处于不同的分枝上。该结果与传统的利用18S rRNA基因序列建立的系统发育树基本符合。

关键词：梨形虫泰勒虫巴贝斯虫细胞色素c氧化酶亚基ⅰ 细胞色素b 系统进化树

基于cOI基因分析盘羊、塔什库尔干羊的遗传多样性和系统进化

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生物技术 2018年第2期28卷 158-163,177页

作者：王世锋安文玉詹建立张秀英王玉涛阿布都热合曼.吐尔逊喀什大学生命与地理科学学院叶尔羌绿洲生态与生物资源研究重点实验室新疆喀什844000 喀什市第十一中学新疆喀什844000

[目的]从线粒体细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(cytochrome c oxidase subumitⅠ,cOI)基因水平探讨盘羊对家绵羊有无遗传贡献,了解盘羊和塔什库尔干羊遗传多样性和系统进化。[方法]采用粪便DNA提取法、PcR和测序方法对3只盘羊和68只塔什库尔干羊... 详细信息

[目的]从线粒体细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(cytochrome c oxidase subumitⅠ,cOI)基因水平探讨盘羊对家绵羊有无遗传贡献,了解盘羊和塔什库尔干羊遗传多样性和系统进化。[方法]采用粪便DNA提取法、PcR和测序方法对3只盘羊和68只塔什库尔干羊共71个样品的线粒体cOI基因全序列进行分析。[结果]塔什库尔干羊单倍型多样度为0.890±0.001 1,核苷酸多样性为0.00421,表明塔什库尔干羊遗传多样性较为丰富;系统发育分析表明,塔什库尔干羊有4个母系起源,分别是A、B、c和E世系。[结论]欧洲摩弗伦羊对塔什库尔干羊世系B有遗传贡献,基于线粒体cOI基因分析,尚未发现盘羊对塔什库尔干羊有遗传贡献的分子证据。

关键词：盘羊细胞色素c氧化酶亚基ⅰ 系统进化