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鸡COL14A1基因的生物信息学分析及组织表达谱研究

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黑龙江畜牧兽医 2022年第21期 64-68,138页

作者：马岩超张露洁蔡春霞李建增韩露吉进卿张彦华田亚东韩瑞丽王永才河南农业大学动物科技学院郑州450046 河南省畜牧总站郑州450008

为了分析肉鸡肢体内外翻畸形(valgus-varus deformity,VVD)致病候选基因COL14A1的生物信息学功能和组织表达谱,试验以6只35日龄的哈伯德肉鸡作为试验对象(正常组3只,VVD组3只),采用在线软件分析COL14A1基因核苷酸序列同源性、蛋白质基... 详细信息

为了分析肉鸡肢体内外翻畸形(valgus-varus deformity,VVD)致病候选基因COL14A1的生物信息学功能和组织表达谱,试验以6只35日龄的哈伯德肉鸡作为试验对象(正常组3只,VVD组3只),采用在线软件分析COL14A1基因核苷酸序列同源性、蛋白质基本理化性质和结构特征,利用实时荧光定量PCR法检测COL14A1基因在不同组织中的相对表达量,并绘制组织表达谱。结果表明:鸡COL14A1基因核苷酸序列和绿头鸭、日本鹌鹑的同源性最高;COL14A1蛋白理论等电点为5.25,不稳定指数为36.72,平均亲水性分值为-0.344分;COL14A1蛋白不存在跨膜结构,信号肽预测值为0.9862分,大于阈值0.5分;二级结构中的α-螺旋、β-转角、无规则卷曲和延伸链占比分别为17.27%、4.56%、55.88%、22.30%,其中无规则卷曲和延伸链占比较多;三级结构中存在着大量的无规则卷曲和延伸链;COL14A1基因在腿肌组织中相对表达量最低,在软骨和法氏囊组织中的相对表达量较高,并且VVD组肉鸡法氏囊组织相对表达量极显著低于正常组(P组织中的差异表达可能是导致肉鸡发生VVD的关键原因。

关键词：鸡肢体内翻外翻畸形 COL14A1基因生物信息学分析组织表达谱

牦牛GSTK1基因序列特征分析及其组织表达谱构建

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西南民族大学学报（自然科学版） 2022年第6期48卷 598-605页

作者：潘帮婷熊显荣于海玲杨满珍胡宇磊朱艳锦费熙熙李键西南民族大学畜牧兽医学院四川成都610041 青藏高原动物遗传资源保护与利用教育部重点实验室四川成都610041 动物科学国家民委重点实验室四川成都610041

旨在探讨谷胱甘肽硫转移酶K1(Glutathione S-Transferase Kappa1,GSTK1)基因序列特征.以牦牛为试验对象,通过RT-PCR技术扩增GSTK1基因序列并分析生物信息学,采用RT-qPCR技术构建其在牦牛不同组织中的表达谱.ORF分析显示,牦牛GSTK1基因... 详细信息

旨在探讨谷胱甘肽硫转移酶K1(Glutathione S-Transferase Kappa1,GSTK1)基因序列特征.以牦牛为试验对象,通过RT-PCR技术扩增GSTK1基因序列并分析生物信息学,采用RT-qPCR技术构建其在牦牛不同组织中的表达谱.ORF分析显示,牦牛GSTK1基因编码区为618 bp,编码氨基酸为205个.系统发育树分析显示,牦牛与野牦牛(99.68%)、黄牛(99.68%)和野牛(99.40%)之间的同源性最高,与北极熊(87.63%)、野猪(87.25%)和马(87.01%)之间的同源性最低.蛋白预测分析显示,GSTK1蛋白为不稳定的亲水蛋白,存在12个磷酸化位点.高级结构预测分析显示,GSTK1蛋白的主要成分为α-螺旋(50.73%)、无规卷曲(40.00%)和延伸链(9.27%).组织表达分析发现GSTK1在所检测牦牛卵巢、小肠、脾、肝、肾、肌肉、肺和心组织中均有表达,其中表达量最高的组织是肝,表达量最低的组织是脾和心,且与其他组织差异显著(P组织表达谱,为进一步挖掘牦牛GSTK1基因的功能提供参考依据.

关键词：牦牛 GSTK1基因序列特征生物信息学组织表达谱

大鼠脑红蛋白基因编码区的克隆、多态性分析及该基因组织表达谱研究

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Acta Genetica Sinica 2001年第11期28卷 997-1001页

作者：张成岗李林邓美玉谢芳王春丽周婉琼王航雁贺福初军事医学科学院放射医学研究所北京100850 中国人民解放军总医院小儿内科北京100853

参考人和小鼠脑红蛋白 (Neuroglobin,NGB)的cDNA序列设计简并引物 ,用RT -PCR方法从大鼠脑组织中扩增出大鼠NGB基因编码区的cDNA序列。该序列与小鼠NGB基因编码区的序列同源性为 96% ,与人NGB基因编码区的序列同源性为 88%。进一步分析... 详细信息

参考人和小鼠脑红蛋白 (Neuroglobin,NGB)的cDNA序列设计简并引物 ,用RT -PCR方法从大鼠脑组织中扩增出大鼠NGB基因编码区的cDNA序列。该序列与小鼠NGB基因编码区的序列同源性为 96% ,与人NGB基因编码区的序列同源性为 88%。进一步分析表明 ,大鼠NGB基因编码区存在多个多态性位点 :1 1 3t c[L38P],1 33a g[N45D],388a g[R1 30G],41 7t c。该序列已被GenBank接受 ,登录号为AF3332 4 5。RT -PCR分析表明 ,该基因在大鼠脑、肝、肾、心肌和骨骼肌中均有较高水平表达 ,提示了其功能上的重要性。

关键词：大鼠脑红蛋白多态性组织表达谱基因克隆

UBC家族新成员UBF基因的组织表达谱研究

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中国应用生理学杂志 2004年第1期20卷 66-69,T005页

作者：崔春萍张咏鱼咏涛李玉珍耿煜赵士富北京放射医学研究所基因组学与蛋白质组学研究室北京100850

目的和方法 :提取人胎肝和HL 6 0细胞总RNA ,采用RT PCR的方法 ,从中扩增UBF基因 ,并对扩增产物进行测序 ,从而证实UBF基因的天然存在性 ;采用原位杂交的方法研究UBF在 5月龄胎儿的不同组织及HL 6 0细胞中的表达谱及亚细胞定位。结果 ... 详细信息

目的和方法 :提取人胎肝和HL 6 0细胞总RNA ,采用RT PCR的方法 ,从中扩增UBF基因 ,并对扩增产物进行测序 ,从而证实UBF基因的天然存在性 ;采用原位杂交的方法研究UBF在 5月龄胎儿的不同组织及HL 6 0细胞中的表达谱及亚细胞定位。结果 :从胎肝和HL 6 0细胞中均扩增得到了完整的UBF基因 ,且其序列与注册序列完全一致 ;原位杂交结果显示UBF在人胚胎多种组织中表达 ,其中胎骨骼肌表达最强 ,胎肾最弱。结论 :UBF基因 ,作为Ubc家族的一个新成员 ,在人胚胎的骨骼肌、肝脏、肾脏、心脏和肺中均有表达 ,且骨骼肌中的表达最强。

关键词： UBC家族 UBF基因组织表达谱原位杂交 RT-PCR 泛素

褐牙鲆白化相关基因zfp123的组织表达谱与蛋白结构分析

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应用与环境生物学报 2008年第6期14卷 779-782页

作者：王家庆侯林齐遵利李代宗钟尉方姚锋河北农业大学海洋学院秦皇岛066003 辽宁师范大学生命科学学院大连116029

C2H2锌指是真核细胞中最常见的DNA结合模体.对通过mRNA差异显示技术和克隆测序,在褐牙鲆中获得的一条白化相关锌指蛋白基因zfp123,进行了电子表达谱与实验验证表达谱的比较分析及该蛋白序列的一、二级和三级结构分析.电子表达谱分析分... 详细信息

C2H2锌指是真核细胞中最常见的DNA结合模体.对通过mRNA差异显示技术和克隆测序,在褐牙鲆中获得的一条白化相关锌指蛋白基因zfp123,进行了电子表达谱与实验验证表达谱的比较分析及该蛋白序列的一、二级和三级结构分析.电子表达谱分析分别对与ZFP123有较高同源性的斑马鱼、家鼠和猪的zfand5a(zfp123)基因各个组织表达情况进行了比较分析;一、二级结构分析发现其具有多个保守的基序和结构域;同源建模显示其具有一个"C-X(2-4)-C-X11-C-X2-C"结构的锌指样三级结构.ZFP可以介导靶基因的转录调控,抑制或激活特定基因的表达;对DNA进行修饰,如人造限制性内切酶、重组酶、抗病毒感染等.锌指蛋白应用前景广阔,研究价值显著,是未来基因治疗的革命性的工具.

关键词：褐牙鲆白化相关基凶组织表达谱蛋白结构

鸡下丘脑高丰度差异性表达let-7a的组织表达谱及其功能分析

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农业生物技术学报 2013年第3期21卷 313-319页

作者：王乐乐李国喜康相涛张锁孙桂荣河南农业大学牧医工程学院河南省家禽种质资源创新工程研究中心

前期对固始鸡1日龄和36周龄下丘脑miRNA的Solexa测序分析表明,let-7a为鸡(Gallus domesticus)下丘脑发育过程高丰度差异性表达miRNA。为全面了解鸡let-7a的功能,采用实时定量PCR检测了1日龄和36周龄固始鸡两个发育阶段13种组织中let-7a... 详细信息

前期对固始鸡1日龄和36周龄下丘脑miRNA的Solexa测序分析表明,let-7a为鸡(Gallus domesticus)下丘脑发育过程高丰度差异性表达miRNA。为全面了解鸡let-7a的功能,采用实时定量PCR检测了1日龄和36周龄固始鸡两个发育阶段13种组织中let-7a的表达情况。结果表明:let-7a在所检测的组织中呈广泛性表达,其在下丘脑中的表达趋势与高通量测序结果一致;1日龄时,let-7a在下丘脑和肾脏中高丰度表达,在肺中低丰度表达,其他组织中适度表达;36周龄时,let-7a在各组织中的表达量都较低,除了在肺中的表达量较1日龄上升外,其余各组织的表达量都下降。同时,采用两种算法预测了let-7a的靶基因,并对107个共有靶基因进行了基因本体功能(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,结果显示:靶基因主要在生物学过程调节相关的生物学过程中富集,尤其是与矿物质和磷代谢相关的调节过程;且在粘着斑、细胞外基质受体互作、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路等3个通路中显著富集(P<0.01)。这些结果为进一步研究let-7a功能提供了有益线索。

关键词：鸡 let-7a 组织表达谱功能预测

猪miR-192/-215的组织表达谱及其关键靶基因分析

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中国农业科学 2015年第11期48卷 2251-2261页

作者：吴正常殷学梅孙丽夏日炜霍永久吴圣龙包文斌扬州大学动物科学与技术学院

【目的】在前期通过Illumina Solexa高通量测序技术并结合荧光定量验证筛选出断奶仔猪***18菌株感染下表达量极显著上调的micro RNAs—miR-192和miR-215的基础上,为了解miR-192和miR-215的组织表达情况,进一步筛选确定miR-192和miR-215... 详细信息

【目的】在前期通过Illumina Solexa高通量测序技术并结合荧光定量验证筛选出断奶仔猪***18菌株感染下表达量极显著上调的micro RNAs—miR-192和miR-215的基础上,为了解miR-192和miR-215的组织表达情况,进一步筛选确定miR-192和miR-215靶向调控*** F18菌株感染的关键靶基因,为探讨miR-192和miR-215调控断奶仔猪*** F18感染的分子调控机制奠定基础。【方法】试验采用Real-time PCR方法检测miR-192和miR-215在35日龄梅山仔猪各个组织中的分布情况,同时利用MEGA 5.0分析了其保守性,Target Scan预测miR-192和miR-215的靶基因,并对靶基因分别进行Gene Ontology和Pathway通路的富集分析,进一步利用DAVID对靶基因蛋白进行功能分类,最后将预测的靶基因与课题组前期筛选出的断奶仔猪*** F18感染抗性相关的调控基因取交集。【结果】miR-192和miR-215在35日龄梅山仔猪十二指肠和空肠中均高度表达,二者成熟序列在脊椎动物中高度保守。miR-192和miR-215对应的靶基因相同,具有156个靶基因,只在轴突导向通路(axon guidance pathway)显著富集(P-value<0.05)以及25个GO功能中显著富集(P-value<0.05)。靶基因蛋白按功能分为12类,其中信号转导功能的磷蛋白(phosphoprotein)和DNA结合蛋白(dna-binding)占主要部分。靶基因与前期筛选的*** F18感染抗性相关的调控基因(GEO登录号:GSE26854)取交集,发现DLG5、ALCAM、FRMD4B、MIPOL1和ZFHX3等5个基因为miR-192和miR-215的重要靶基因,其中DLG5为维持小肠上皮细胞结构完整性的重要因子。【结论】miR-192与miR-215是参与维持断奶仔猪肠道正常功能与抗F18大肠杆菌感染的重要因子,DLG5可能是miR-192和miR-215靶向调控*** F18菌株感染中关键的靶基因,今后需要进一步验证其能否作为梅山猪抗F18大肠杆菌的有效遗传标记。

关键词：猪 miR-192 miR-215 组织表达谱靶基因 E.coli F18

黑色素瘤抗原编码基因家族新成员MAGE-D1的组织表达谱研究

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中国生物化学与分子生物学报 2002年第2期18卷 165-171页

作者：张成岗贺福初军事医学科学院放射医学研究所北京100850

MAGE D1是黑色素瘤抗原编码基因家族 (MAGE)中MAGE D亚家族的新成员 .为了研究该基因的性质及其可能功能 ,采用Northernblot和Dotblot杂交技术研究了其组织表达谱 .结果发现 ,该基因在多种肿瘤组织和正常组织中均广泛表达 .在所检测的 ... 详细信息

MAGE D1是黑色素瘤抗原编码基因家族 (MAGE)中MAGE D亚家族的新成员 .为了研究该基因的性质及其可能功能 ,采用Northernblot和Dotblot杂交技术研究了其组织表达谱 .结果发现 ,该基因在多种肿瘤组织和正常组织中均广泛表达 .在所检测的 4 8种肿瘤组织中 ,经与对应正常组织进行比较发现 ,该基因在 13种肿瘤组织中的表达显著增高 ,而在 7种肿瘤组织中的表达则显著降低 .进一步分析提示该基因在多种胚胎组织中的表达高于成年组织 .由于MAGE A、 B、 C亚家族均具有在肿瘤组织睾丸中特异表达的特点 ,而作为MAGE D亚家族成员的MAGE D1并非在肿瘤组织中特异表达 ,提示需要对MAGE基因家族进行深入的功能研究 .

关键词：黑色素瘤抗原编码基因家族 MAGE-D1 组织表达谱

松墨天牛OBP基因MaltOBP2和MaltOBP6的克隆、序列分析及组织表达谱和原核表达研究

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昆虫学报 2015年第5期58卷 496-506页

作者：钱凯冯波巫诩亮劳冲沈幼莲杜永均温州医科大学健康与环境生态研究所浙江温州325035 慈溪市森林病虫防治检疫站浙江慈溪315300

【目的】本研究旨在探索松墨天牛Monochamus alternatus Hope在嗅觉识别寄主植物过程中扮演重要角色的气味结合蛋白(odorant binding proteins,OBPs)的结构及功能。【方法】利用生物信息学方法对得到的Malt OBP2和Malt OBP6基因序列和... 详细信息

【目的】本研究旨在探索松墨天牛Monochamus alternatus Hope在嗅觉识别寄主植物过程中扮演重要角色的气味结合蛋白(odorant binding proteins,OBPs)的结构及功能。【方法】利用生物信息学方法对得到的Malt OBP2和Malt OBP6基因序列和蛋白结构进行分析,并通过实时荧光定量PCR分析Malt OBP2和Malt OBP6在松墨天牛雄虫不同组织和时空中的表达差异,利用p ET32a(+)原核表达载体对Malt OBP2和Malt OBP6进行了诱导蛋白表达。【结果】本研究得到两个松墨天牛气味结合蛋白基因——Malt OBP2(Gen Bank登录号:KP120891)和Malt OBP6(Gen Bank登录号:KP120892),ORF长度分别为402 bp和408 bp,翻译的氨基酸序列均含有4个保守的半胱氨酸位点,表明得到的两个OBP基因的编码蛋白均属于Minus-C OBP亚家族;推导的两个OBP蛋白均有6个α螺旋区域,且α螺旋区域在两个蛋白的位置非常相似,但是两个OBP蛋白推测的配体结合位点和位点极性却完全不同。组织表达模式表明,Malt OBP2和Malt OBP6在成虫头部、触角、下颚(唇)须、腹部末端和足中均有表达,表达程度不一,但都在头部显著表达,触角中的表达量相比其他组织中较低或只是持平。发育表达结果表明,Malt OBP2在蛹触角中的表达量最高,而Malt OBP6在幼虫头部的表达量最高。本研究成功构建了原核表达载体p ET32aMalt OBP2和p ET32a-Malt OBP6,并进行了OBP蛋白诱导表达,低温(16℃和20℃)条件利于蛋白表达在上清液中,延长诱导表达时间(12 h)可以增加蛋白的表达量。【结论】本研究从松墨天牛体内得到了Minus-C OBP蛋白亚家族的两个基因Malt OBP2和Malt OBP6,通过配体结合位点推测它们具有不同的生理功能;通过组织表达谱结果推测这两个OBP基因在松墨天牛中的功能不仅仅局限于嗅觉识别,或还有味觉感受、化学感受等其他生理功能。本研究结果为两个OBP蛋白的结构和功能研究奠定了基础,为探索松墨天牛的化学感受机制提供了条件。

关键词：松墨天牛气味结合蛋白基因克隆组织表达谱蛋白结构原核表达