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基于木材化学组分的银杏系统进化问题研究

光谱学与光谱分析 2009年第6期29卷 1512-1516页

作者：巩其亮胡爱华邢世岩王芳山东农业大学林学院山东泰安271018

采用傅里叶变换红外光谱(FTIR)法测定了银杏、苏铁、毛白杨等22个针阔树种木材的红外光谱,分析了指纹区内吸收峰数目差异以及纤维素、木质素两种物质的特征吸收峰位置和相对强度的变化规律,进而探讨了银杏的系统进化问题。结果表明:银... 详细信息

采用傅里叶变换红外光谱(FTIR)法测定了银杏、苏铁、毛白杨等22个针阔树种木材的红外光谱,分析了指纹区内吸收峰数目差异以及纤维素、木质素两种物质的特征吸收峰位置和相对强度的变化规律,进而探讨了银杏的系统进化问题。结果表明:银杏的红外光谱与苏铁差异较大,与松杉类等针叶树种比较相似,说明银杏在木材的化学组成上较苏铁更为进化,与松杉类等针叶树有较近的亲缘关系;银杏木材木质素的含量较一般针叶树高,这可能是一种遗留下来的古老性状;银杏木材中含有较多的紫丁香基木质素,表明银杏有向阔叶树进化的趋势。

关键词： FTIR 银杏木材系统进化

广东省千灯湖拟柱孢藻(Cylindrospermopsis raciborskii)的形态和产毒能力的株间差异及系统进化

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湖泊科学 2020年第1期32卷 144-153,I0003页

作者：路琰雷敏婷叶金梅雷腊梅韩博平暨南大学生命科学技术学院生态学系

拟柱孢藻(Cylindrospermopsis raciborskii)是一种入侵蓝藻,能够产生拟柱孢藻毒素(cylindrospermopsin,CYN),严重危害人类健康.现有研究表明该藻已在我国广泛分布,更是华南地区常见的水华蓝藻,但目前对其产毒和起源还缺乏了解.本研究以... 详细信息

拟柱孢藻(Cylindrospermopsis raciborskii)是一种入侵蓝藻,能够产生拟柱孢藻毒素(cylindrospermopsin,CYN),严重危害人类健康.现有研究表明该藻已在我国广泛分布,更是华南地区常见的水华蓝藻,但目前对其产毒和起源还缺乏了解.本研究以中国广东省千灯湖分离出的10株拟柱孢藻为材料,对它们的生长、形态和产毒特性进行了观测,并构建了基于nif H和rpo C1基因的双基因系统进化树.结果表明,10株拟柱孢藻藻丝体形态均呈笔直型,除QDH1藻株外,其他的拟柱孢藻均可产生端生异形胞,厚壁孢子也常有出现;10藻株丝体的平均长度在41.0~77.7μm之间,宽度在2.433~3.125μm之间,它们的长宽比值差异显著.10藻株的比生长速率差异极显著,为0.075~0.174 d-1.检测发现10株藻中仅QDH7藻株可检测到6个CYN合成酶基因,液相色谱串联质谱法(LC-MS/MS)分析表明该藻株主要产生deoxy-CYN异构体,其浓度可达1745.19 ng/mL.系统进化分析表明千灯湖的拟柱孢藻与澳大利亚、欧洲和国内其他地区的藻株同源性较高,但基于rpo C1和nif H基因不能区分千灯湖的产毒藻株和非产毒藻株.本研究证实了广东省水体中存在产毒拟柱孢藻,需防范这类新型产毒蓝藻水华所带来的生态风险.

关键词：拟柱孢藻千灯湖产毒特性系统进化

新疆3种雅罗鱼线粒体DNA控制区序列的差异和系统进化关系

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Acta Genetica Sinica 2004年第9期31卷 970-975页

作者：胡文革段子渊王金富盛金良马润林石河子大学生物工程学院石河子832003 中国科学院遗传与发育生物学研究所北京100101 石河子大学动物科技学院石河子832003

对分布在新疆的准噶尔雅罗鱼 (Leuciscusmerzbacheri)、贝加尔雅罗鱼 (Leuciscusleuciscusbaicalensis)和高体雅罗鱼 (Leuciscusidus) 3个鱼种共 2 4尾个体的线粒体DNAD loop控制区核苷酸序列进行了测定 ,获得 2 4条长度为 6 6 7～ 6 6 ... 详细信息

对分布在新疆的准噶尔雅罗鱼 (Leuciscusmerzbacheri)、贝加尔雅罗鱼 (Leuciscusleuciscusbaicalensis)和高体雅罗鱼 (Leuciscusidus) 3个鱼种共 2 4尾个体的线粒体DNAD loop控制区核苷酸序列进行了测定 ,获得 2 4条长度为 6 6 7～ 6 6 9bp的同源基因序列。 3种雅罗鱼之间的序列差异在 6 39%～ 9 89%之间 ,贝加尔雅罗鱼与高体雅罗鱼种间序列同源性高 ,变异程度小 ;贝加尔雅罗鱼与准噶尔雅罗鱼种间序列同源性最低 ,变异程度最大。所采集的贝加尔雅罗鱼两个地理群体 (赛里木湖和额尔齐斯河 )内mtDNA的平均核苷酸碱基序列差异为 1 0 7%和 1 0 8% ;两群体间的序列差异为 1 0 7% ,显示两个地理群体间无明显分化。DNA序列数据显示 ,这 3种鱼类线粒体DNAD loop序列变异丰富 ,2 4尾个体呈现独自的单倍型。同源基因序列平均含AT碱基 6 4 1% ,GC碱基 35 9% ,显示准噶尔雅罗鱼、贝加尔雅罗鱼、高体雅罗鱼的线粒体DNAD loop区核苷酸组成的不均一性。分子系统树提示 ,贝加尔雅罗鱼与高体雅罗鱼亲缘关系较近 ,准噶尔雅罗鱼是 3种雅罗鱼中较古老的鱼种。

关键词：雅罗鱼线粒体DNA D—loop控制区系统进化

利用DNA条形码COI基因分析我国重要贝类系统进化关系

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中国水产科学 2018年第4期25卷 847-857页

作者：赵庆吴彪刘志鸿刘寒苗孙秀俊周丽青张高伟杨爱国农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所水产科学国家级实验教学示范中心上海海洋大学海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室青岛海洋科学与技术国家实验室

DNA条形码旨在通过PCR技术获得一段DNA序列,在物种水平上对现存生物类群和未知生物材料进行识别和鉴定。线粒体细胞色素C氧化酶I(COI)基因是常用DNA条形码基因之一,为研究COI基因作为DNA条形码在贝类系统进化中的评估效果,本文利用PCR... 详细信息

DNA条形码旨在通过PCR技术获得一段DNA序列,在物种水平上对现存生物类群和未知生物材料进行识别和鉴定。线粒体细胞色素C氧化酶I(COI)基因是常用DNA条形码基因之一,为研究COI基因作为DNA条形码在贝类系统进化中的评估效果,本文利用PCR技术扩增获得了60个贝类物种的353条COI基因序列,通过聚类法构建了neighbor-joining(NJ)进化树,同时还对7个物种不同地理群体的遗传进化情况进行了分析。结果表明,选用的COI基因引物在大多数贝类中通用性较强,除在珍珠贝目中的扩增效率只有10%以外,在整个研究中扩增效率达到82.7%;60个物种中除太平洋潜泥蛤(Panopea abrupta)、沼蛤(Limnoperna fortunei)和魁蚶(Scapharca broughtoni)等8个物种在进化树中的进化地位与传统系统分类具有一定差别外,其他物种的聚类关系与传统分类基本一致;对7个物种、共26个地理群体的聚类分析发现,COI基因基本能对同一物种的不同地理群体进行聚类,只有极个别群体或群体中的某个个体存在聚类混乱现象。综上所述,COI基因在一定程度上适用于贝类物种鉴别和系统发育研究,丰富了COI基因在物种鉴别应用中的科学数据。

关键词： DNA条形码线粒体COI 贝类系统进化

基于COⅠ基因序列的长腹剑水蚤系统进化关系

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海洋学报 2018年第6期40卷 92-103页

作者：王兴霞徐磊王亮根陈骁郑媛媛王雪辉杜飞雁中国水产科学研究院南海水产研究所广东广州510300 上海海洋大学海洋科学学院上海201306 广东省渔业生态环境重点实验室广东广州510300 农业部南海渔业资源开发利用重点实验室广东广州510300 华南农业大学海洋学院广东广州510642 汕头大学理学院广东汕头515063

长腹剑水蚤属(Oithona)是广泛分布于海洋近岸和外海海域的中小型桡足类中最为丰富的类群之一,由于个体小且形态差异微小,通过传统的形态学分类法对其进行准确鉴定难度较大。本文对南海分布的长腹剑水蚤属内的5个种,即瘦长腹剑水蚤(***)... 详细信息

长腹剑水蚤属(Oithona)是广泛分布于海洋近岸和外海海域的中小型桡足类中最为丰富的类群之一,由于个体小且形态差异微小,通过传统的形态学分类法对其进行准确鉴定难度较大。本文对南海分布的长腹剑水蚤属内的5个种,即瘦长腹剑水蚤(***)、羽长腹剑水蚤(***)、刺长腹剑水蚤(***)、伪长腹剑水蚤(***)和长刺长腹剑水蚤(***)线粒体COⅠ基因序列以及DNA数据库中长腹剑水蚤属其他地区种类COⅠ基因序列进行比较分析,使用ABGD(Automatic Barcode Gap Discovery)和GMYC(Generalized Mixed Yule Coalescent)模型进行物种界定,分析种间种内遗传距离,并构建系统进化关系。结果显示ABGD和GMYC模型均可以很好地对长腹剑水蚤进行种类划分;种内遗传距离为0.0%~1.6%,种间遗传距离为17.7%~44.5%(Kimura 2-parameter双参数模型),表明种间出现较高的分化;贝叶斯系统树和最大似然树进化树结果均表明,简长腹剑水蚤(***)与其他种类相距较远,羽长腹剑水蚤和拟长腹剑水蚤(***)中存在隐种的分化,分别是我国南海海域和地中海的羽长腹剑水蚤以及朝鲜海峡和北海的拟长腹剑水蚤,种间遗传距离分别为18.6%、22.9%。

关键词：系统进化长腹剑水蚤 COⅠ基因 DNA分类

油桐尺蛾核型多角体病毒lef-8基因结构及系统进化分析

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林业科学研究 2015年第2期28卷 230-235页

作者：罗辑周国英朱积余中南林业科技大学林学院湖南长沙410004 广西壮族自治区林业科学研究院广西南宁530002

lef-8基因作为杆状病毒重要的早期表达基因,编码病毒RNA聚合酶的最大亚基。本文通过对油桐尺蛾核型多角体病毒lef-8基因进行测序,对其基因结构及其在杆状病毒中的系统进化进行了分析。发现lef-8基因在油桐尺蛾核型多角体病毒中编码区长2... 详细信息

lef-8基因作为杆状病毒重要的早期表达基因,编码病毒RNA聚合酶的最大亚基。本文通过对油桐尺蛾核型多角体病毒lef-8基因进行测序,对其基因结构及其在杆状病毒中的系统进化进行了分析。发现lef-8基因在油桐尺蛾核型多角体病毒中编码区长2 634 bp,编码877个氨基酸。在5’-UTR区具有可能为其启动子及转录起始位点的信号序列,在3’-UTR区具有加尾信号序列,但这些序列的具体功能还有待进一步研究。其蛋白序列与常见的模式NPV同源性较低,但具有共同的签名序列。通过对杆状病毒lef-8基因的系统进化分析,发现颗粒体病毒和核型多角体病毒明显分为两支,而核型多角体病毒中又明显分为4个分支,其进化关系在很大程度上与其寄主的进化关系相关。

关键词：油桐尺蛾核型多角体病毒杆状病毒 lef-8基因基因结构系统进化

大庆湿地可培养噬藻体的分离及其相关基因的系统进化分析

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微生物学报 2016年第5期56卷 824-834页

作者：李伟李睿瑞荆瑞勇张海军胡鹏飞王丽艳黑龙江八一农垦大学生命科学技术学院黑龙江大庆163319

【目的】揭示大庆湿地可培养蓝藻噬菌体遗传基因多样性,分析其系统进化地位,为噬藻体生态学研究提供数据支持。【方法】以鱼腥藻(Anabaena PCC7120)为宿主,采用液体富集和双层平板法分离大庆湿地水体中可培养的噬藻体,提取噬藻体混合液... 详细信息

【目的】揭示大庆湿地可培养蓝藻噬菌体遗传基因多样性,分析其系统进化地位,为噬藻体生态学研究提供数据支持。【方法】以鱼腥藻(Anabaena PCC7120)为宿主,采用液体富集和双层平板法分离大庆湿地水体中可培养的噬藻体,提取噬藻体混合液的DNA,PCR扩增噬藻体编码衣壳组装蛋白的g20基因和编码T7型短尾病毒的核糖体聚合酶的pol基因,克隆测序,构建系统进化树,明确可培养噬藻体相关基因的系统进化地位。【结果】克隆测序获得1条g20基因序列,4条pol基因序列。系统进化分析表明,获得g20序列隶属于可培养噬藻体类群(Clusterδ)中。而3条pol基因与我国吉林碱性稻田水体噬藻体类群(PG-Pol-I和PG-Pol-II)更相近,另一条pol序列形成独立的进化分枝。【结论】这是首次调查大庆湿地水体侵染鱼腥藻的可培养噬藻体的g20和pol基因,初步确认以鱼腥藻(Anabaena PCC7120)为宿主的可培养噬藻体g20基因归属于Clusterδ中,而大庆湿地可培养噬藻体的pol基因与我国大安稻田水体pol基因相近。

关键词：大庆湿地可培养噬藻体鱼腥藻系统进化

眶棘鲈属鱼类DNA条形码及分子系统进化研究

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仲恺农业工程学院学报 2022年第2期35卷 20-25页

作者：陈厚桦陈震翰陈玉佩叶嘉文李培源林蠡梁日深仲恺农业工程学院动物科技学院广东广州510225 广东省水环境与水产品安全工程技术研究中心广东广州510225 广州市水产病害与水禽养殖重点实验室广东广州510225

为在分子层面分析我国眶棘鲈属(Scolopsis)鱼类系统进化关系,同时探讨COⅠ基因作为DNA条形码在眶棘鲈属鱼类物种鉴定的适用性.本研究对采集的9种眶棘鲈COⅠ基因部分序列进行PCR扩增及测序,结合GenBank下载的5种眶棘鲈COⅠ基因序列共同分... 详细信息

为在分子层面分析我国眶棘鲈属(Scolopsis)鱼类系统进化关系,同时探讨COⅠ基因作为DNA条形码在眶棘鲈属鱼类物种鉴定的适用性.本研究对采集的9种眶棘鲈COⅠ基因部分序列进行PCR扩增及测序,结合GenBank下载的5种眶棘鲈COⅠ基因序列共同分析.结果表明,14种眶棘鲈的种内平均遗传距离为:0.0025;种间平均遗传距离为0.1794,种间距离是种内的71.76倍.在分子系统进化树上,14种眶棘鲈主要形成3个分支:分支Ⅰ包含4种眶棘鲈,这4种眶棘鲈眶下骨均具大棘,与形态学分类结果一致;分支Ⅱ包含4种眶棘鲈,分支Ⅲ包含6种眶棘鲈,但进化树部分节点的支持率相对较低,表明COⅠ基因在眶棘鲈属鱼类中可作为有效的DNA条形码基因以区分物种,但不一定适合用于分子系统进化分析.另外,部分资料中认为是同种异名的条纹眶棘鲈(Scolopsis taeniopterus)与双斑眶棘鲈(Scolopsis bimaculata)、单带眶棘鲈(Scolopsis monogramma),彼氏眶棘鲈(Scolopsis affinis)与黄带眶棘鲈(Scolopsis aurata),本研究COⅠ遗传距离分别为0.160、0.118和0.122,均远大于Hebert推荐的区分不同物种的最小遗传距离2%,各自应分别为独立物种.

关键词：眶棘鲈属 COⅠ基因系统进化

绵羊Cytb基因序列多态性及系统进化研究(英文)

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Acta Genetica Sinica 2006年第12期33卷 1081-1086页

作者：王昕马月辉陈宏西北农林科技大学动物科技学院杨凌712100 中国农业科学院畜牧研究所北京100094

以8个中国地方绵羊品种和1个外来品种的20个个体为研究对象,通过对Cytb基因的全序列测定,结果表明:绵羊的单倍型多样性为97.1%。所有序列的平均碱基组成为27.1%T,28.5%C,31.4%A及13.0%G,G+C含量为41.5%,核苷酸多样性为0.602%。在所有序... 详细信息

以8个中国地方绵羊品种和1个外来品种的20个个体为研究对象,通过对Cytb基因的全序列测定,结果表明:绵羊的单倍型多样性为97.1%。所有序列的平均碱基组成为27.1%T,28.5%C,31.4%A及13.0%G,G+C含量为41.5%,核苷酸多样性为0.602%。在所有序列中共检测到43个变异位点,其中包括40处转换和3处颠换。Fu’s中性检验表明差异不显著(0.10>P>0.05),说明绵羊群体未发生群体扩张事件。NJ、ME及UPGMA聚类结果均表明,我国绵羊可分为3个单倍型组,这提示我国绵羊有3个母系起源。

关键词：绵羊 Cyt 6 系统进化