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九疑山兔线粒体基因组组装及系统进化分析

畜牧兽医学报 2024年

作者：李聪聪黄子珂黄念旎马诗语刘晗肖志标宋果蒋亮彭为波杨联熙郭云涛黄生强湖南农业大学动物科学技术学院宁远县畜牧水产事务中心湖南伊普吕农牧科技有限公司中科基因生物科技(江苏)有限公司

旨在对九疑山兔线粒体基因组进行组装，探究其系统进化和分类地位。本研究采用高通量测序技术对20只150日龄九疑山兔的耳组织进行了全基因组测序，利用生物信息学软件对线粒体基因组进行组装，并对获得的线粒体基因组进行序列分析、基... 详细信息

旨在对九疑山兔线粒体基因组进行组装，探究其系统进化和分类地位。本研究采用高通量测序技术对20只150日龄九疑山兔的耳组织进行了全基因组测序，利用生物信息学软件对线粒体基因组进行组装，并对获得的线粒体基因组进行序列分析、基因预测和注释，随后基于已发表的家兔、野兔、经济动物和模式动物的线粒体基因组序列进行多序列比对和系统进化分析，对研究群体的多态性位点进行鉴定。组装获得长度为17 306 bp的九疑山兔线粒体基因组全序列，其碱基组成、基因分布与已发表的5个家兔品种的线粒体基因组基本一致。基于D-loop区的系统进化分析表明九疑山兔与福建黄兔进化关系较近，而与欧洲穴兔、沂蒙毛兔、川白獭兔和新西兰白兔较远。通过其与14种野兔及11种经济/模式动物的种间系统进化分析表明九疑山兔与欧洲野兔、海南兔和白靴兔亲缘关系较近，与其他野兔和经济/模式动物较远。研究群体的线粒体基因组保守区共鉴定到了12个突变位点，其中有3个突变的群体等位基因频率大于0.8，为多态性位点。本研究组装获得了首个九疑山兔的完整线粒体基因组序列，明确了九疑山兔与其它品种家兔、野兔和常见经济/模式动物的亲缘关系和分类地位，为九疑山兔的种质资源利用和品种选育等研究提供了基础数据。

关键词：九疑山兔线粒体基因组高通量测序系统进化

我国蓑鲉亚科鱼类DNA条形码及分子系统进化研究

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海洋渔业 2024年

作者：程静陈玉佩叶嘉文陈厚桦陈震翰梁日深上海农林职业技术学院仲恺农业工程学院动物科技学院

为从分子水平分析我国蓑鲉亚科（Pteroninae）鱼类分类关系，本研究通过PCR扩增及测序获得了我国8种蓑鲉亚科鱼类COI基因部分序列，结合GenBank下载的6种蓑鲉，最后共14种40个个体线粒体COI基因序列，利用MEGA X计算了序列信息和遗传距... 详细信息

为从分子水平分析我国蓑鲉亚科（Pteroninae）鱼类分类关系，本研究通过PCR扩增及测序获得了我国8种蓑鲉亚科鱼类COI基因部分序列，结合GenBank下载的6种蓑鲉，最后共14种40个个体线粒体COI基因序列，利用MEGA X计算了序列信息和遗传距离，利用基于最大似然法和邻接法构建分子系统进化树。结果表明：除盔蓑鲉（Ebosia bleekeri）和安狭蓑鲉（Pteroidichthys amboinensis）只有一个样本外，其余12种蓑鲉亚科鱼类的种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的69.17倍，显示COI基因可作为蓑鲉亚科鱼类的有效DNA条形码基因。进化树上，蓑鲉亚科部分属并未能聚成属间单系，其中蓑鲉属（Pterois）与短鳍蓑鮋属（Dendrochirus）在进化树上形成多个分支。在蓑鲉属中，翱翔蓑鲉（Pterois volitans）与斑鳍蓑鲉（Pterois miles）聚为一支，两者关系较近，但COI遗传距离为0.042，大于Hebert推荐的0.020作为最小区分物种的遗传距离，支持两者为独立物种的观点。触须蓑鲉（Pterois antennata）、辐蓑鲉（Pterois radiate）和黑颊蓑鲉（Pteois mombasae）聚为一支，独立于翱翔蓑鲉与斑鳍蓑鲉的分支之外，并与短鳍蓑鮋属（Dendrochirus）的花斑短鳍蓑鮋(Dendrochirus zebra)以及盔蓑鲉属Ebosia的种类聚在一起，与近期有关蓑鲉亚科各种属分子聚类研究结果相似。但这三种蓑鲉是否可以从蓑鲉属中独立出来归为Pteropterus属，还需要后续更多的蓑鲉亚科鱼类样品共同研究验证。

关键词：蓑鲉亚科 COI基因 DNA条形码系统进化

中国蓑鲉亚科鱼类DNA条形码及分子系统进化研究

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海洋渔业 2024年第3期46卷 257-265页

作者：程静陈玉佩叶嘉文陈厚桦陈震翰梁日深上海农林职业技术学院上海201600 仲恺农业工程学院动物科技学院广州510225

为从分子水平分析我国蓑鲉亚科鱼类分类关系,通过PCR扩增及测序获得了我国8种蓑鲉亚科鱼类COⅠ基因部分序列,结合GenBank下载的6种蓑鲉,共计14种40个个体线粒体COⅠ基因序列,利用MEGA X计算了序列信息和遗传距离,利用基于最大似然法和... 详细信息

为从分子水平分析我国蓑鲉亚科鱼类分类关系,通过PCR扩增及测序获得了我国8种蓑鲉亚科鱼类COⅠ基因部分序列,结合GenBank下载的6种蓑鲉,共计14种40个个体线粒体COⅠ基因序列,利用MEGA X计算了序列信息和遗传距离,利用基于最大似然法和邻接法构建分子系统进化树。结果显示:除盔蓑鲉(Ebosia bleekeri)和安狭蓑鲉(Pteroidichthys amboinensis)只有一个样本无法测定外,其余12种蓑鲉亚科鱼类的种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的69.17倍,显示COⅠ基因可作为蓑鲉亚科鱼类的有效DNA条形码基因。进化树上,蓑鲉亚科部分属并未能聚成属间单系,其中蓑鲉属(Pterois)与短鳍蓑鲉属(Dendrochirus)在进化树上形成多个分支。在蓑鲉属中,翱翔蓑鲉(***)与斑鳍蓑鲉(***)聚为一支,两者关系较近,但COⅠ遗传距离为0.042,大于Hebert推荐的0.020作为最小区分物种的遗传距离,支持两者为两个独立物种的观点;触须蓑鲉(***)、辐蓑鲉(***)和黑颊蓑鲉(***)聚为一支,独立于翱翔蓑鲉与斑鳍蓑鲉的分支之外,并与短鳍蓑鲉属(Dendrochirus)的花斑短鳍蓑鲉(***)以及盔蓑鲉属(Ebosia)的种类聚在一起,与近期有关蓑鲉亚科各种属分子聚类研究结果相似;但这3种蓑鲉是否可以从蓑鲉属中独立出来归为Pteropterus属,还需要后续更多的蓑鲉亚科鱼类样品研究验证。

关键词：蓑鲉亚科 COⅠ基因 DNA条形码系统进化

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鱼类褪黑素合成酶系编码基因的系统进化与生理功能

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中山大学学报(自然科学版)(中英文) 2024年

作者：卞超张新辉张凯魏汉银何哲文正勇黄玉石琼深圳大学生命与海洋科学学院水产基因组学实验室深圳市华大海洋研究院内江师范学院生命科学学院/长江上游鱼类资源保护与利用四川省重点实验室中国科学院水生生物研究所

褪黑素是一种小分子神经递质，主要在脊椎动物的松果腺中合成与分泌，到达机体各部位来参与调控生物节律、生殖、生长与发育等生理过程。在鱼类中，松果腺是一个复合体，主要由类光感细胞构成，具有感光与内分泌双重功能。褪黑素的生物... 详细信息

褪黑素是一种小分子神经递质，主要在脊椎动物的松果腺中合成与分泌，到达机体各部位来参与调控生物节律、生殖、生长与发育等生理过程。在鱼类中，松果腺是一个复合体，主要由类光感细胞构成，具有感光与内分泌双重功能。褪黑素的生物合成从色氨酸开始，涉及色氨酸羟化酶（TPH）、芳香族L-氨基酸脱羧酶（AAAD）、芳香烷胺-N-乙酰转移酶（AANAT）和乙酰色胺甲基转移酶（ASMT）。前期，我们通过对众多脊椎动物开展比较基因组学研究，发现这4个褪黑素合成酶系编码基因的系统进化与脊椎动物的物种进化基本一致，表明这些基因（同褪黑素一样）都很保守。有意思的是，在鱼类中各催化酶基因拷贝数出现显著增加，但四倍体与二倍体鱼中的拷贝数并不一定是2∶1，这是因为鱼类基因组复制后存在部分基因丢失的现象。此外，在大多数鱼类基因组中还鉴定到一些新基因，譬如aaad-like和asmt-like，可能拥有新的功能；有的催化酶基因缺失、出现移码突变或假基因化，可提升物种对特殊生境（诸如洞穴或深海）的生存适应性。本综述主要以我们团队近十年来的相关工作为主线，综合简介鱼类褪黑素合成酶系编码基因的系统进化与生理功能，以期深入理解褪黑素对鱼类生殖内分泌活动的影响，为进一步促进鱼类性腺发育、人工繁殖和分子育种等提供指导和支撑。

关键词：褪黑素褪黑素合成酶系统进化生理功能适应机制

黄颈亚马逊鹦鹉线粒体基因组全序列分析及系统进化

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基因组学与应用生物学 2024年第6期43卷 1066-1077页

作者：陈云霞黄娅琳侯森林周用武南京警察学院刑事科学技术学院南京警察学院野生动植物物证技术国家林业和草原局重点实验室

黄颈亚马逊鹦鹉(Amazona auropalliata)属于《濒危野生动植物种国际贸易公约》附录Ⅱ监管物种。为了更好地了解黄颈亚马逊鹦鹉的起源、进化以及在鹦形目中的系统发育地位，本研究使用一代直接测序法获得了黄颈亚马逊鹦鹉的线粒体基因组... 详细信息

黄颈亚马逊鹦鹉(Amazona auropalliata)属于《濒危野生动植物种国际贸易公约》附录Ⅱ监管物种。为了更好地了解黄颈亚马逊鹦鹉的起源、进化以及在鹦形目中的系统发育地位，本研究使用一代直接测序法获得了黄颈亚马逊鹦鹉的线粒体基因组序列，全长18 679 bp,并针对全序列进行了结构分析。结果表明，黄颈亚马逊鹦鹉线粒体基因组中碱基含量具有明显的AT偏好性，包含13个蛋白编码基因、 22个tRNA编码基因和2个rRNA编码基因，除了nad6在L链上以外，其他的蛋白编码基因都在H链上。黄颈亚马逊鹦鹉线粒体基因组有基因重叠现象且排列紧密，重叠序列长度范围从1 bp到6 bp,总长度共17 bp,共计8处；基因间隔序列的长度范围从1 bp到40 bp,总长度共154 bp,共计24处，有7处基因排列无间隙。基于线粒体基因序列分析发现，除了tRNA中trnC、trnF、trnG和trnH缺少反密码子环，trnP和trnQ缺少TΨC环，trnL-Ⅰ、trnS-Ⅱ和trnW呈短棒状，其他tRNA具有经典的三叶草二级结构。采用最大似然法(maximum likelihood method, ML)和近邻相接法(neighbor-joining method, NJ)对40种鹦形目物种线粒体全基因组序列构建系统进化树，结果表明黄颈亚马逊鹦鹉与黄冠亚马逊鹦鹉(Amazona ochrocephala)的亲缘关系最近。

关键词：黄颈亚马逊鹦鹉线粒体基因组结构特征系统进化

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拉兹洛系统进化管理理论述评

系统科学学报 2024年第1期32卷 17-23页

作者：纪光欣赵霞中国石油大学(华东)马克思主义学院山东青岛 266580

欧文·拉兹洛在系统科学、复杂性科学基础上构建出系统进化哲学,并据此阐释企业组织及其与外部环境之间的系统进化,提出了他称之为"第三代管理思想"的进化管理理论,阐述了进化管理的组织、战略与经营原则,倡导以组织重构为主的进化管理... 详细信息

欧文·拉兹洛在系统科学、复杂性科学基础上构建出系统进化哲学,并据此阐释企业组织及其与外部环境之间的系统进化,提出了他称之为"第三代管理思想"的进化管理理论,阐述了进化管理的组织、战略与经营原则,倡导以组织重构为主的进化管理实践应用,呼唤建立"进化理性"的管理新思维.这既表征着系统科学对现代管理学的深刻影响,也反映着当代组织及其管理变革的趋势.

关键词：系统进化管理进化管理商务知识组织重构

东方蜜蜂微孢子虫RRDRP的分子特性及系统进化分析

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福建农林大学学报（自然科学版） 2024年第3期53卷 371-376页

作者：张凯遥冯佩林宓诗雨郭思佳张艺琼荆欣陈大福郭睿付中民福建农林大学蜂学与生物医药学院福建农林大学天然生物毒素国家地方联合工程实验室福建省蜂疗研究所福建福州350002

【目的】通过对东方蜜蜂微孢子虫和其他物种的Rad18-like重组与DNA修复蛋白(Rad18-like recombination and DNA repair protein,RRDRP)进行系统进化分析,为进一步研究其功能提供理论依据。【方法】利用Protparam、ProtScale和SWISS-model等软件分析RRDRP的理化性质、亲水性和三级结构。利用SignalP 4.1 Server、NetPhos 3.1 Server、TMHMM和SOPMA等软件预测RRDRP的信号肽、磷酸化位点、跨膜结构域及二级结构。使用PSORTⅡ软件预测RRDRP蛋白的亚细胞定位。使用MEME软件预测东方蜜蜂微孢子虫和其他物种RRDRP的保守基序。通过Mega 11.0软件对东方蜜蜂微孢子虫和其他物种的RRDRP进行氨基酸序列多重比对,并采用邻接法构建系统进化树。【结果】东方蜜蜂微孢子虫RRDRP基因含有2928个核苷酸,可编码975个氨基酸,分子质量约11.50 ku,脂溶系数93.58,等电点6.63,分子式C_(5135)H_(8253)N_(1377)O_(1545)S_(34),平均亲水系数为-0.627,可同时定位于细胞核、细胞质、过氧化物酶体和细胞骨架;RRDRP包含55个磷酸化位点、678个α-螺旋、99条延长链、22个β-转角及176个无规则卷曲;RRDRP不含信号肽与跨膜结构域。东方蜜蜂微孢子虫、兔脑炎微孢子虫、颗粒病微粒子虫等11个物种的RRDRP中均含有5个相同的保守基序(Motif 1、Motif 2、Motif 3、Motif 4和Motif 5)。东方蜜蜂微孢子虫与颗粒病微粒子虫在进化树上聚为一支,同源性较高。【结论】东方蜜蜂微孢子虫RRDRP是潜在的亲水性蛋白和胞内蛋白,在东方蜜蜂微孢子虫以及其他微孢子虫和真菌中高度保守。【目的】通过对东方蜜蜂微孢子虫和其他物种的Rad18-like重组与DNA修复蛋白(Rad18-like recombination and DNA repair protein, RRDRP)进行系统进化分析,为进一步研究其功能提供理论依据。【方法】利用Protparam、ProtScale和SWISS-model等软件分析RRDRP的理化性质、亲水性和三级结构。利用SignalP 4.1 Server、NetPhos 3.1 Server、TMHMM和SOPMA等软件预测RRDRP的信号肽、磷酸化位点、跨膜结构域及二级结构。使用PSORT Ⅱ软件预测RRDRP蛋白的亚细胞定位。使用MEME软件预测东方蜜蜂微孢子虫和其他物种RRDRP的保守基序。通过Mega 11.0软件对东方蜜蜂微孢子虫和其他物种的RRDRP进行氨基酸序列多重比对,并采用邻接法构建系统进化树。【结果】东方蜜蜂微孢子虫RRDRP基因含有2 928个核苷酸,可编码975个氨基酸,分子质量约11.50 ku,脂溶系数93.58,等电点6.63,分子式C5135H8253N1377O1545S34,平均亲水系数为-0.627,可同时定位于细胞核、细胞质、过氧化物酶体和细胞骨架;RRDRP包含55个磷酸化位点、678个α-螺旋、99条延长链、22个β-转角及176个无规则卷曲;RRDRP不含信号肽与跨膜结构域。东方蜜蜂微孢子虫、兔脑炎微孢子虫、颗粒病微粒子虫等11个物种的RRDRP中均含有5个相同的保守基序(Motif 1、Motif 2、Motif 3、Motif 4和Motif 5)。东方蜜蜂微孢子虫与颗粒病微粒子虫在进化树上聚为一支,同源性较高。【结论】东方蜜蜂微孢子虫RRDRP是潜在的亲水性蛋白和胞内蛋白,在东方蜜蜂微孢子虫以及其他微孢子虫和真菌中高度保守。

关键词：东方蜜蜂微孢子虫染色体结构维持蛋白 Rad18-like重组和DNA修复蛋白分子特性系统进化

河八王叶绿体基因组的结构特征与系统进化分析

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现代园艺 2024年第11期47卷 5-7页

作者：苗小荣李娟云黎东海韩聪颖牛俊奇玉林师范学院生物与制药学院广西玉林537000 玉林师范学院创新创业学院广西玉林537000

河八王具有分蘖力强、抗倒伏、抗病能力强等优良性状,是甘蔗杂交育种的优良亲本。为了分析河八王在禾本科中的系统进化地位,采用第二代高通量测定技术对河八王的叶绿体基因组进行测序、组装和注释,分析其结构特征和系统进化关系。结果显... 详细信息

河八王具有分蘖力强、抗倒伏、抗病能力强等优良性状,是甘蔗杂交育种的优良亲本。为了分析河八王在禾本科中的系统进化地位,采用第二代高通量测定技术对河八王的叶绿体基因组进行测序、组装和注释,分析其结构特征和系统进化关系。结果显示,河八王叶绿体基因组全长141218 bp,NCBI注册号为ON807673;具有2个反向重复序列IRA和IRB(22794 bp)、长单拷贝区(LSC,83095 bp)和短单拷贝区(SSC,12535 bp);具有103个蛋白质编码基因、8个r RNA和38个t RNA;具有114个SSR位点,三核苷酸重复类型最多,五核苷酸重复最少;系统进化表明,河八王与甘蔗属的甘蔗和甜根子草的亲缘关系最近。本研究结果为河八王种质鉴定和谱系地理分析提供了理论依据。

关键词：河八王叶绿体基因 SSR 系统进化

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基于3个基因16种胡椒鲷分子系统进化关系

水产科学 2024年第2期43卷 234-242页

作者：程静张癸新陈厚桦杨森李培源陈静仪梁日深上海农林职业技术学院上海201600 仲恺农业工程学院动物科技学院广东广州510225

为从分子水平分析胡椒鲷属鱼类分子系统分类关系,澄清物种分类争议,采集印度-西太平洋分布的胡椒鲷鱼类16种,利用PCR扩增及测序方法获得这16种鱼类线粒体Cyt b及核RAG2、S7标记序列,基于最大似然法与贝叶斯法构建分子系统进化关系。结... 详细信息

为从分子水平分析胡椒鲷属鱼类分子系统分类关系,澄清物种分类争议,采集印度-西太平洋分布的胡椒鲷鱼类16种,利用PCR扩增及测序方法获得这16种鱼类线粒体Cyt b及核RAG2、S7标记序列,基于最大似然法与贝叶斯法构建分子系统进化关系。结果显示:16种鱼类Cyt b同源序列为657 bp,编码219个氨基酸;RAG2同源序列为726 bp,编码243个氨基酸;S7基因同源序列为729 bp,序列存在大量碱基插入与缺失。以大斑石鲈及断斑石鲈为外类群构建分子系统进化树,进化树上胡椒鲷鱼类主要分为3个分支,分支Ⅰ胡椒鲷具鲜艳的体色与斑纹,分支Ⅱ与分支Ⅲ胡椒鲷色彩单一,无鲜艳斑纹,与形态分类结果相似。少棘胡椒鲷属在进化树上并未形成独立的分支,而是位于胡椒鲷属内部。比较分析少棘胡椒鲷属、胡椒鲷属鱼类鳍棘数目与各物种在进化树上的分类关系,并未发现鳍棘数目与物种亲缘关系存在相关性。研究结果表明,在胡椒鲷类群中,背鳍鳍棘数可作为形态上区分不同胡椒鲷种类的指标,但未必能作为胡椒鲷鱼类亲缘关系远近的划分依据。结果支持目前大多数分子分类研究结果,少棘胡椒鲷鱼类应归为胡椒鲷属。

关键词：胡椒鲷系统进化线粒体DNA 核DNA