检索结果-南通市图书馆

现代经济信息 2017年第14期 330-330页

作者：王丽娟河北大学生命科学学院

20世纪末,细胞信号转导通路领域突飞猛进,取得了全面的进展,这也成为了癌症靶向治疗的基础。在探索、积累这些细胞信号通路信息的过程中,科学家们付出了卓绝的努力,而为了把这些数目庞大的信息应用于临床,他们同样也付出了不懈努力。然... 详细信息

20世纪末,细胞信号转导通路领域突飞猛进,取得了全面的进展,这也成为了癌症靶向治疗的基础。在探索、积累这些细胞信号通路信息的过程中,科学家们付出了卓绝的努力,而为了把这些数目庞大的信息应用于临床,他们同样也付出了不懈努力。然而,其中绝大部分努力都以失败告终,究其原因,可能是因为没有充分认识到信号通路的繁冗和复杂性。

关键词：基因系统生物抗癌药物

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细胞信号转导网络模型简化的一种混合推理方法

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中国科学院研究生院学报 2008年第3期25卷 355-366页

作者：贾建芳刘太元岳红王宏中北大学信息与通信工程学院太原030051 中国科学院自动化研究所

细胞信号转导网络的结构复杂,规模庞大,建立的数学模型维数高,变量多,具有高度非线性.在复杂系统分析设计中,模型简化始终是主要的研究问题之一.本文提出一种基于混合推理方法的模型简化策略,利用代谢控制分析、敏感性分析、主元分析和... 详细信息

细胞信号转导网络的结构复杂,规模庞大,建立的数学模型维数高,变量多,具有高度非线性.在复杂系统分析设计中,模型简化始终是主要的研究问题之一.本文提出一种基于混合推理方法的模型简化策略,利用代谢控制分析、敏感性分析、主元分析和通量分析相结合,降低系统模型维数,减少生化反应个数,简化系统结构.以NF-κB信号转导网络作为研究对象,原模型由24个常微分方程和64个参数组成,简化模型则包括17个常微分方程,1个代数方程和52个参数.仿真结果表明,简化模型能够准确地预测系统的动态特性,为模型分析和参数辨识提供方便,验证了模型简化策略的有效性.

关键词：细胞信号转导网络模型简化混合推理方法系统生物

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生物过程的形式化建模及仿真

生物过程的形式化建模及仿真

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作者：濮阳上海交通大学

学位级别：硕士

近年来，生物学的迅猛发展惊动了全世界。尤其在分子生物学和基因学方面，已由实验获得了大量的数据，如蛋白质的网络结构和人类基因组草图，单靠人力几乎不可能从中推出一套与整个数据集相吻合的假说。此外，生物学家往往通过实验来获... 详细信息

近年来，生物学的迅猛发展惊动了全世界。尤其在分子生物学和基因学方面，已由实验获得了大量的数据，如蛋白质的网络结构和人类基因组草图，单靠人力几乎不可能从中推出一套与整个数据集相吻合的假说。此外，生物学家往往通过实验来获得生物系统在各种特定条件下的反应结果，但是生物实验的代价高昂，一定程度上对生物学的发展产生了阻碍作用。为了帮助克服这些困难，计算机科学进了生物界，并且发挥着越来越大的作用，如遗传信息的自动处理、DNA计算机的实现、生物酶促反应的模拟等。最常见例子的是计算机作为辅助工具，对生物分子过程进行建模和分析，为生物学家提供一个友好的接口进行模拟实验。在大多数生物分子系统中，大量分子构成了循环影响的复杂状态，用一个计算模型来描述这样的系统，就能预测并系统地解释某些情况下极为复杂的动态行为。生物学家只需输入相应的数据，由计算机进行虚拟反应，预测实验结果，从而对生物学的研究产生极为深远的影响。然而用计算机模拟生物系统并不像人们想象得那么容易。首先，计算机科学和生物学的表达机制有巨大差异;其次，生物系统的实际复杂度超过世界上任何一台计算机;再者，模拟和预测生物系统的动态行为

关键词：进程演算系统生物 π-演算膜计算

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在内部参数波动和外部噪声干扰下的基因调控网络鲁棒控制器的设计

在内部参数波动和外部噪声干扰下的基因调控网络鲁棒控制器的设计

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作者：朱云涛山东科技大学

学位级别：硕士

一个好的基因调控网络,就是要有足够的鲁棒性,即有足够的能力来抵抗基因突变、外部环境的变化对细胞功能发挥的影响,有足够的能力来过滤和衰减各种随机噪声,使得基因的表达正常进行。因此,如何设计一个好的基因调控网络来抵抗更多的内... 详细信息

一个好的基因调控网络,就是要有足够的鲁棒性,即有足够的能力来抵抗基因突变、外部环境的变化对细胞功能发挥的影响,有足够的能力来过滤和衰减各种随机噪声,使得基因的表达正常进行。因此,如何设计一个好的基因调控网络来抵抗更多的内部参数波动和外部噪声是系统生物学的一个很重要的课题。由于基因调控网络的复杂性以及各种调控机制相互交叉共同发挥作用,所以,到目前为止,仍然没有一个好的方法来揭示基因调控网络是如何衰减分子噪声以保证基因性状完整遗传和放大分子噪声以实现物种的多样化。本文借助于随机能稳性和随机H∞滤波理论,主要从下面三点对基因调控网络进行研究：第一：将由内部波动产生的内部噪声看成依赖于状态的随机过程,基因调控网络容忍内部分子噪声的鲁棒性由随机系统的Lyapunov稳定性理论给出;基因调控网络衰减和放大外部噪声将用H∞滤波理论来评估,即将基因调控网络看做一个类滤波器,那么基因调控网络将容许低频率的信号通过和过滤高频率的信号从而达到调控的目的。并且,从线性基因调控网络推广到了非线性基因调控网络,分别给出了对应的理论。第二：借助随机最优控制的有关理论,给出了内部参数波动下的基因调控网络在最优输入下的最优性能指标和在外部噪声干扰下的基因调控网络在最坏干扰下的最优控制。第三：对一个经典的基因调控网络模型建立了随机微分方程的动态模型,然后利用MATLAB对基因调控网络进行了仿真模拟。仿真图和理论预测的结果相一致,验证了理论的有效性和正确性。

关键词：系统生物基因调控网络分子噪声鲁棒性 Hamilton-Jacobi(HJI)方程仿真模拟

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基于蒙特卡洛方法的信号转导网络鲁棒性分析

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计算机仿真 2007年第10期24卷 295-299页

作者：贾建芳刘太元岳红王宏中国科学院自动化研究所

细胞信号转导网络内部结构的复杂性和动力学参数的不确定性影响着系统的动态特性,如何定量地确定系统特性与参数变化的关系,已经成为系统生物研究的重要问题之一。为了研究NF-κB信号转导网络的鲁棒性,应用蒙特卡洛(Monte-Carlo)随机模... 详细信息

细胞信号转导网络内部结构的复杂性和动力学参数的不确定性影响着系统的动态特性,如何定量地确定系统特性与参数变化的关系,已经成为系统生物研究的重要问题之一。为了研究NF-κB信号转导网络的鲁棒性,应用蒙特卡洛(Monte-Carlo)随机模拟方法,假设参数在其变化范围内服从某一随机分布,通过对模型参数进行随机采样,系统地研究了系统输出NF-κBn关于64个速率参数变化和阶跃输入信号IKK幅值变化的鲁棒性。仿真结果表明,6个鲁棒性较弱的参数k1、k34、k61、k28、k36、k29极大地影响着系统输出NF-κBn的振荡特性,说明这些参数是NF-κB信号转导网络的关键速率常数;同时,输入阶跃信号IKK幅值的变化对系统输出NF-κBn的振荡特性产生了巨大影响。

关键词：信号转导网络鲁棒性分析蒙特卡洛方法系统生物

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