检索结果-南通市图书馆

系统发育基因组学——重建生命之树的一条迷人途径

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

遗传 2006年第11期28卷 1445-1450页

作者：于黎张亚平云南大学生物资源保护与利用重点实验室昆明650091 中国科学院昆明动物研究所细胞与分子进化重点实验室昆明650023

生物基因组计划的相继启动对系统发育学研究的发展产生了深远影响。将基因组学和系统发育学结合起来的“系统发育基因组学”在这一背景下应运而生,这门崭新交叉学科的出现成为重建“生命之树”的一条迷人途径。文章重点围绕系统发育基... 详细信息

生物基因组计划的相继启动对系统发育学研究的发展产生了深远影响。将基因组学和系统发育学结合起来的“系统发育基因组学”在这一背景下应运而生,这门崭新交叉学科的出现成为重建“生命之树”的一条迷人途径。文章重点围绕系统发育基因组学的概念以及分析方法进行扼要介绍,并探讨了它目前潜在的问题以及将来有待发展和完善的地方。

关键词：系统发育学基因组学系统发育基因组学罕有基因组改变全基因组改变

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

系统发育基因组学方法研究进展

中国科学：生命科学 2019年第4期49卷 456-471页

作者：李佳璇梁丹张鹏中山大学生命科学学院广州510006

系统发育基因组学是系统发育学与基因组学融合产生的一个交叉学科,主要通过分析基因组水平的大规模分子数据来解析生物之间的系统进化关系.本文简述了5种常用的基于高通量测序技术的系统发育基因组学数据获取方法:扩增子测序(targeted a... 详细信息

系统发育基因组学是系统发育学与基因组学融合产生的一个交叉学科,主要通过分析基因组水平的大规模分子数据来解析生物之间的系统进化关系.本文简述了5种常用的基于高通量测序技术的系统发育基因组学数据获取方法:扩增子测序(targeted amplicon sequencing)、转录组测序(transcriptome sequencing)、简化基因组测序(reduced-representation sequencing)、目标序列捕获(target sequence capture)和低覆盖度的全基因组测序(low coverage whole-genome shotgun sequencing),归纳比较了每种方法的特点、适用范围、成本花费等.此外,本文还简述了系统发育基因组学数据分析中的5个基本步骤:数据预处理与组装、直系同源基因的鉴定、序列比对、数据质量控制和系统发育树的构建,并对这5个步骤的分析要点与常用软件的特点做了归纳.虽然系统发育基因组学分析是重建生命之树的一条必由之路,当前它也面临着一系列的问题:如大量数据的分析导致计算量与时间花费大幅增加、系统误差的影响会随着数据量增大而变得更为明显、不同数据集可能会给出高支持率但不一致的结果.最后,本文综合国内外学者的最新研究成果,对这些问题进行了讨论并给出了相应的建议.

关键词：高通量测序系统发育基因组学系统发育分析系统误差系统发育信号

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

基因树冲突与系统发育基因组学研究

植物分类学报 2008年第6期46卷 795-807页

作者：邹新慧葛颂系统与进化植物学国家重点实验室中国科学院植物研究所北京100093

随着越来越多的基因序列被运用于系统发育重建中,随之产生的基因树冲突已成为分子系统发育研究中日益突出的问题。因此,在分子系统发育研究中,应正确理解基因树和物种树之间的差异,充分注意和分析基因树冲突的原因,正确解释分子系统发... 详细信息

随着越来越多的基因序列被运用于系统发育重建中,随之产生的基因树冲突已成为分子系统发育研究中日益突出的问题。因此,在分子系统发育研究中,应正确理解基因树和物种树之间的差异,充分注意和分析基因树冲突的原因,正确解释分子系统发育的结果。本文通过一些典型实例分析了在多基因系统发育研究中引发基因树冲突的三类主要原因:随机误差、系统误差和生物学因素。在此基础上,对近年来兴起的系统发育基因组学进行了介绍,并以稻属Oryza研究为例,阐述了系统发育基因组学方法在解决基因树冲突以及系统发育研究中的优势和应用价值,并进一步探讨了解决基因树冲突的策略和方法,以期为分子系统发育研究提供一些启示和帮助。

关键词：基因树冲突基因树分子系统发育学系统发育基因组学物种树

鼠疫耶尔森氏菌的进化研究:从系统发育学到系统发育基因组学

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国科学:生命科学 2013年第1期43卷 23-30页

作者：崔玉军宋亚军杨瑞馥军事医学科学院微生物流行病研究所病原微生物生物安全国家重点实验室

20世纪90年代末起,基因组学在细菌研究中应用越来越广泛,尤其在进化领域,取得了一系列革命性的发现.本文以鼠疫耶尔森氏菌进化研究为例,介绍了从利用基因组中少数特定片段(等位基因)多态性进行分析的传统系统发育学,到基于大量菌株全基... 详细信息

20世纪90年代末起,基因组学在细菌研究中应用越来越广泛,尤其在进化领域,取得了一系列革命性的发现.本文以鼠疫耶尔森氏菌进化研究为例,介绍了从利用基因组中少数特定片段(等位基因)多态性进行分析的传统系统发育学,到基于大量菌株全基因组序列进行系统发育基因组学的研究发展历程,回顾讨论了基因组学技术的进步为鼠疫菌进化研究领域带来的成果.

关键词：鼠疫菌进化基因组学系统发育学系统发育基因组学

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

叶绿体系统发育基因组学的研究进展

植物分类与资源学报 2011年第4期33卷 365-375页

作者：张韵洁李德铢中国科学院昆明植物研究所生物多样性与生物地理学重点实验室云南昆明650201

系统发育基因组学是由系统发育研究和基因组学相结合产生的一门崭新的交叉学科。近年来,在植物系统发育研究中,基于叶绿体基因组的系统发育基因组学研究优势渐显端倪,为一些分类困难类群的系统学问题提出了解决方案,但同时也存在某些问... 详细信息

系统发育基因组学是由系统发育研究和基因组学相结合产生的一门崭新的交叉学科。近年来,在植物系统发育研究中,基于叶绿体基因组的系统发育基因组学研究优势渐显端倪,为一些分类困难类群的系统学问题提出了解决方案,但同时也存在某些问题。本文结合近年来叶绿体系统发育基因组学研究中的一些典型实例,讨论了叶绿体系统发育基因组学在植物系统关系重建中的价值和应用前景,并针对其存在问题进行了探讨,其中也涉及了新一代测序技术对叶绿体系统发育基因组学的影响。

关键词：系统发育基因组学叶绿体基因组新一代测序技术长枝吸引

不同组装软件在系统发育基因组学中的应用比较

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

河北大学学报（自然科学版） 2023年第2期43卷 171-178页

作者：王耀卓张文强张俊霞河北大学生命科学学院生命科学与绿色发展研究院河北省动物系统学与应用重点实验室河北保定071002

为了筛选出最适合于超级保守元件(ultra-conserved elements,UCE)序列组装的软件,分别使用5款组装软件SPAdes、ABySS、Velvet、Trinity和Minia对17个UCE捕获测序文库进行组装.结果发现:5款组装软件对UCE数据的组装结果不同,Trinity组装... 详细信息

为了筛选出最适合于超级保守元件(ultra-conserved elements,UCE)序列组装的软件,分别使用5款组装软件SPAdes、ABySS、Velvet、Trinity和Minia对17个UCE捕获测序文库进行组装.结果发现:5款组装软件对UCE数据的组装结果不同,Trinity组装所耗时间明显比其他软件长;SPAdes和Trinity的组装结果较好,得到的可观长度的重叠群(contigs)总数较多,产生的长片段(>250 bp)contigs较其他3款软件更多,但是SPAdes捕获到的UCE数量最多,因此,相比于其他4款组装软件,SPAdes更适合UCE数据的组装.本研究为基于UCE的系统发育基因组学分析提供了参考.

关键词：数据分析超级保守元件系统发育基因组学

链霉菌属系统发育基因组学及其比较系统发育分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

链霉菌属系统发育基因组学及其比较系统发育分析

作者：王敏云南大学

学位级别：硕士

链霉菌是陆生微生物种群的主要组成部分,也是原核微生物中最大一个类群,物种多样性丰富。因其是多种生物活性代谢产物的主要来源,链霉菌属多年来一直是原核微生物资源研究和挖掘的重点类群。早期,因为专利的需求以及统一分类鉴定标准的... 详细信息

链霉菌是陆生微生物种群的主要组成部分,也是原核微生物中最大一个类群,物种多样性丰富。因其是多种生物活性代谢产物的主要来源,链霉菌属多年来一直是原核微生物资源研究和挖掘的重点类群。早期,因为专利的需求以及统一分类鉴定标准的缺失,大量链霉菌新物种被描述,直接导致了该类群物种过度分类的问题。由于链霉菌属的物种数量庞大和基因组的特殊性（基因组较大且次生代谢基因簇结构复杂）,现有的分析方法难以对其进行直系同源基因推断,进而导致无法获得该类群的基于Super Matrix的基因组系统发育树。为解决这一问题,本论文设计了一种新的直系同源基因推断算法—MGFinder。MGFinder算法基于直系同源基因概念的理论基础,利用网络分析方法,对链霉菌属现有的382个全基因组序列进行基因家族分析。经过可行性分析和一系列的参数测试调整,MGFinder可获得39个直系同源基因家族,有效的解决了链霉菌属基因组直系同源基因推断问题。基于推断的直系同源基因家族,对链霉菌属物种进行系统发育分析,从基因组的角度揭示了链霉菌属物种之间的系统进化关系。同时,综合全基因组相关指数（overall genome-related indexs,OGRIs）、系统发育与表型特征比较分析结果,根据国际原核生物命名法,29个链霉菌物种被建议重分类为后异质同种异名词（synonyms）,进一步的改善了链霉菌属过度分类的问题。链霉菌的形态发育是该类群的重要特征,因此研究其形态发育上的演化过程对于理解链霉菌的系统演化具有重要意义。本论文从形态发育相关基因出发,利用比较系统发育分析的方法,比较了形态发育基因的系统发育历史与基于基因组的物种系统发育历史,揭示了链霉菌属在形态发育上的演化历史及其与该类群物种的系统进化之间的关系。

关键词：链霉菌属系统发育基因组学直系同源基因推断全基因组相关指数形态发育比较系统发育分析

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

基于网络分析的梭菌属系统发育基因组学研究

基于网络分析的梭菌属系统发育基因组学研究

作者：李聪健云南大学

学位级别：硕士

梭菌属中的物种之间存在着巨大的异质性。基于16S r RNA序列的系统发育研究表明狭义梭菌属为真正的梭菌属。在狭义梭菌属中包含着一些重要的与植物相关的物种,比如非共生固氮菌。同时,植物内生环境宏基因组分析表明狭义梭菌属物种是内... 详细信息

梭菌属中的物种之间存在着巨大的异质性。基于16S r RNA序列的系统发育研究表明狭义梭菌属为真正的梭菌属。在狭义梭菌属中包含着一些重要的与植物相关的物种,比如非共生固氮菌。同时,植物内生环境宏基因组分析表明狭义梭菌属物种是内生菌群落中的主要成员之一。然而,内生梭菌的研究还是停留在几个物种中。本研究从滇重楼根茎中分离并鉴定出9株内生梭菌,经过基因组比较和系统发育分析,确定这9株新分离的菌株都属于狭义梭菌属。为了进一步探究内生梭菌基因组特征及多样性,本论文比较分析了内生与非内生梭菌基因组以及梭菌属ABE发酵(acetone-butanol-ethanol fermentation)通路相关酶基因的系统发育。结果表明内生与非内生环境下的梭菌菌株在基因组成上并无明显差异;ABE发酵通路中相较于产丁酸和产醇类的代谢通路,产乙酸的通路更为保守,与物种的演化更一致。近年来,从基因组层面重新审视梭菌属物种的系统发育关系备受关注。直系同源推断是系统发育基因组分析的基础。现有的直系同源推断主要是基于基因之间的序列同源关系,而基因家族之间更上层的关系在很大程度上是被忽视的。本论文开发设计了一种新的直系同源基因推断方法——OGProfiler,该方法基于社区发现算法,对基因的序列相似性网络进行层级制的分割聚类,在推断直系同源基因家族的同时,构建基因家族之间的高层次关系网络。通过基准数据集以及与Ortho Finder预测结果的比较两个方面验证了OGProfiler预测结果的可靠性。借助OGProfiler对梭菌属基因组完成了直系同源基因重新推断和基因家族关系网络构建。在单拷贝直系同源基因预测中,基于比较系统发育分析方法,发现OGProfiler与Ortho Finder并无明显差异。在基因家族关系网络中,结合基因家族功能注释结果,发现梭菌属中功能相同或相似的基因家族之间往往在序列上也存在着关联性。

关键词：梭菌属内生梭菌层级制聚类直系同源基因推断系统发育基因组学

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

天门冬科洛林亚科系统发育基因组学研究

天门冬科洛林亚科系统发育基因组学研究

作者：孟然吉首大学

学位级别：硕士

洛林亚科(Nolinoideae)隶属于天门冬目(Asparagales)天门冬科(Asparagaceae),包含七个主要类群,即黄精族、铃兰族、沿阶草族、原洛林科、原假叶树科、原龙血树科和原杨莎草科。该亚科是一个以分子系统发育结果所界定的类群,其中的物种... 详细信息

洛林亚科(Nolinoideae)隶属于天门冬目(Asparagales)天门冬科(Asparagaceae),包含七个主要类群,即黄精族、铃兰族、沿阶草族、原洛林科、原假叶树科、原龙血树科和原杨莎草科。该亚科是一个以分子系统发育结果所界定的类群,其中的物种形态性状分化严重,同时存在从草本到高大灌木等形态各异的类群,广泛分布于世界各地。目前洛林亚科内的系统发育研究主要基于叶绿体基因片段和核基因片段,亚科内部各个分支的系统框架一直没有解决。本研究通过系统发育基因组学,选取洛林亚科内七个族中15个具有代表性的物种进行转录组测序,重建洛林亚科系统发育框架,并收集各物种对应的形态性状基于全新的系统发育框架进行祖先状态重建,探究形态特征演化历程对洛林亚科内复杂的系统关系的意义。主要研究结果如下:1、利用二代测序技术,对洛林亚科七个族15个代表样品,基于Illumina Hiseq2000平台进行转录组测序,考虑到洛林亚科中多个类群具有重要的药用和观赏价值,因此对各组转录组数据进行全面详细的功能注释。其中NR注释结果检验了转录组数据集的质量的稳定性。此外本研究中同样囊括了GO注释、KEGG注释等常用的注释信息。夏须草(Theropogon pallidus)、凤凰蜘蛛抱蛋(Aspidistra fenghuangensis)、Eriospermum lanceifolium等物种的转录组数据首次报道,其中凤凰蜘蛛抱蛋为武陵山地区特有物种。2、本研究基于海量的转录组数据,通过精准的直系同源基因数据集筛选步骤,共筛选出2124组氨基酸直系同源基因集,以及对应的蛋白编码序列基因集。并采用三种系统发育框架重建策略:最大似然法、贝叶斯法和溯祖理论。通过对物种树和联合基因树的拓扑结构比较,发现用三种分析方法重建的系统框架中夏须草属的系统位置存在冲突。单基因树(最大似然法)拓扑结构的统计,确定物种树在构建过程中受到了严重的基因树拓扑结构冲突的影响,并且进一步确定了洛林亚科内存在复杂的起源演化机制。因此,物种树的拓扑结构对洛林亚科内各类群真实的系统关系反应缺乏置信度。联合基因树的拓扑结构充分真实的反映了洛林亚科内七个主要类群的系统框架:(1):原杨莎草科(Eriospermaceae),(2)原龙血树科(Dracaenaceae),(3)原假叶树科(Ruscaceae s.s.),(4)原洛林科(Nolinaceae),(5)沿阶草族(Ophiopogoneae),(6)铃兰族(Convallarieae),(7)黄精族(Polygonateae)。原杨莎草科以其稳定的基部第一个分支的系统位置做为外类群,原龙血树科、原假叶树科与原洛林科形成阶梯状依次分布与洛林亚科系统框架的基部,其中原龙血树科作为木本类群中最先分化的类群,假叶树则嵌在龙血树类和原洛林科之间;黄精族、铃兰族和沿阶草族三个草本类群在系统框架中聚为一个单系分支,沿阶草族作为第一个分支,铃兰族随后分化,并与黄精族成为姊妹类群。此外,夏须草属长期以来存在的系统发育学争议已经得到初步解决,其被归置于沿阶草族中;黄精族的单系地位也再次得到了验证,所有的系统发育重建策略均支持鹿药属的系统位置被收敛于黄精族中。3、通过广泛收集洛林亚科内重要的形态性状(生活型、花的着生位置、花序类型、根状茎类型、变态茎类型),通过可靠的系统发育框架(联合基因树)对洛林亚科的祖先状态进行了重建,但其中性状镶嵌分布现象较多,因此并未成功确定亚科重要性状的祖先状态。凸显出洛林亚科中形态学特征对于各类群间系统关系缺乏足够的佐证意义。

关键词：洛林亚科系统发育基因组学系统框架转录组物种树