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第二代测序技术检测1例假肥大型肌营养不良家系Dystrophin基因突变

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临床检验杂志 2014年第3期32卷 185-187页

作者：林颖蒋涛季修庆成建罗春玉马定远许争峰南京医科大学附属南京妇幼保健院产前诊断研究室南京210004

目的探讨第二代测序(NGS)技术检测假肥大型肌营养不良患者的可行性。方法用NGS技术检测1例假肥大型肌营养不良(DMD)患者,并用Sanger测序技术对患者基因型进行验证,同时检测家系其他成员基因型。结果 NGS技术结果表明,该患者DMD基因编码... 详细信息

目的探讨第二代测序(NGS)技术检测假肥大型肌营养不良患者的可行性。方法用NGS技术检测1例假肥大型肌营养不良(DMD)患者,并用Sanger测序技术对患者基因型进行验证,同时检测家系其他成员基因型。结果 NGS技术结果表明,该患者DMD基因编码区第55号外显子存在1个移码突变c.8087delT(***2696ArgfsX30),为致病性突变;同时该患者还存在3个错义突变***2937Gln、***1745His和***882Gly,均为已知多态性变异;Sanger测序技术进一步证实了该点突变的存在,同时发现患者母亲为该突变的携带者,患者父亲和妹妹未见该突变。结论 NGS技术可用于DMD基因突变检测,为DMD临床遗传咨询和治疗提供了依据。

关键词：第二代测序假肥大型肌营养不良 DMD基因家系

基于第二代测序技术的条斑紫菜(Pyropia yezoensis)贝壳丝状体附生菌群研究

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海洋与湖沼 2016年第5期47卷 990-996页

作者：盖珊珊张伟东辽宁师范大学生命科学学院大连116081

条斑紫菜(Pyropia yezoensis)贝壳丝状体黄斑病给育苗产业造成危害,但目前对健康状态下的菌群结构及其发病后变化仍缺乏认识。本研究基于第二代测序技术和16S r RNA序列分析,对健康和患病丝状体的细菌组成与变化进行比较。测序共产生1.... 详细信息

条斑紫菜(Pyropia yezoensis)贝壳丝状体黄斑病给育苗产业造成危害,但目前对健康状态下的菌群结构及其发病后变化仍缺乏认识。本研究基于第二代测序技术和16S r RNA序列分析,对健康和患病丝状体的细菌组成与变化进行比较。测序共产生1.6Gb配对末端序列,获得了第一个高通量的条斑紫菜贝壳丝状体细菌群落数据集。通过数据分析共识别出7,833种可操作分类单元(operational taxonomic units,OTUs),比对确定为18个细菌门。相对于健康样本,黄斑病丝状体样本的微生物多样性显著增加。主坐标分析和非加权组平均法(unweighted pair group method using arithmetic average,UPGMA)聚类均将健康和黄斑病丝状体分成不同的组,且健康组样本间的距离明显小于黄斑病组。上述结果说明,健康贝壳丝状体保持着相似的微生物群落结构,而患病后的丝状体则发生了不同的变化;健康样本和黄斑病样本组间差异显著的细菌属有39个,其中29个在健康样本中的相对丰度明显高于病患组样本。本研究从菌群生态角度分析了健康贝壳丝状体微生物菌群结构、发病后菌群的变化及其对丝状体生长的潜在作用,为丝状体病害的检测和预防提供有价值的信息。

关键词：条斑紫菜第二代测序贝壳丝状体黄斑病 16S rRNA 菌群

代谢综合征的发育程序化:利用第二代测序技术分析母胎高果糖摄取对子代大鼠转录组的影响（英文）

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生理学报 2016年第5期68卷 557-567页

作者：赵咏梅田佑霖吕史提吴芎历李伟嘉华瑜高雄长庚医院生物医学转化研究所高雄83301 高雄长庚医院儿童肾脏科高雄83301 高雄长庚医院泌尿科高雄83301

临床证据显示高果糖摄取与代谢综合征现象产生有高度相关性,然而关于母体在怀孕与哺乳期高果糖摄取对子代代谢综合征的发育程序化影响的研究却相对缺乏。本研究利用第二代测序(next-generation sequencing)技术分析母鼠高果糖摄取对新... 详细信息

临床证据显示高果糖摄取与代谢综合征现象产生有高度相关性,然而关于母体在怀孕与哺乳期高果糖摄取对子代代谢综合征的发育程序化影响的研究却相对缺乏。本研究利用第二代测序(next-generation sequencing)技术分析母鼠高果糖摄取对新生第一天、离乳后一天(出生后三周)、以及成年期(出生后三个月)子代大鼠脑部、心脏、肾脏与膀胱四个器官转录组的影响。结果显示:(1)母鼠在怀孕与哺乳期高果糖摄取,会程序化胎鼠使其于成年期产生代谢综合征;(2)同时,在仔鼠脑部、心脏、肾脏与膀胱四个器官引起不同程度的转录组变化;(3)在新生第一天子代大鼠,有两个基因,分别是Errfi1与Ctgf,同时在四个器官中表现受到影响,此现象在子代离乳与成年期则消失;(4)参与果糖代谢、糖酵解及糖异生、脂肪代谢、以及胰岛素信号传导通路的基因转录也受到不同程度影响,此现象在新生第一天尤为显著。该结果提示,可利用第二代测序技术寻找不同年龄层子代器官特异性受母体高果糖摄取影响的基因转录变化,进而研发代谢综合征发育程序化在不同器官引起病变的可能机制与治疗策略。

关键词：发育程序化代谢综合征第二代测序转录组

应用第二代测序对一个范可尼贫血家系进行基因突变检测和产前诊断

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中华医学遗传学杂志 2015年第2期32卷 204-207页

作者：龚珠文余永国张其刚顾学范上海交通大学医学院附属新华医院上海市儿科医学研究所内分泌、遗传代谢病研究室 200092

目的对一例范可尼贫血（Fanconi anemia，FA）先证者在母亲再次怀孕时采用第二代测序技术结合Sanger测序验证的方法进行快速诊断，并应用于产前诊断。方法采用全基因外显子组高通量测序方法，分析全基因组外显子数据，在FA相关基因中发... 详细信息

目的对一例范可尼贫血（Fanconi anemia，FA）先证者在母亲再次怀孕时采用第二代测序技术结合Sanger测序验证的方法进行快速诊断，并应用于产前诊断。方法采用全基因外显子组高通量测序方法，分析全基因组外显子数据，在FA相关基因中发现FANCA基因有两个低频致病突变，随后对可疑致病突变进行Sanger测序验证，再对孕母抽取羊水，细胞培养并提取基因组DNA，对FANCA基因做突变检测。结果检测到先证者在FANCA基因中携带母源性e．989_995del（p．H330LfsX2）和父源性C．3971C＞T（p．P1324L）突变，胎儿与先证者均携带此两种突变。结论应用第二代测序技术对一例范可尼贫血患者进行快速亚型分型及基因突变检测，加快了对该患者家系再次生育的产前诊断速度。

关键词：范尼克贫血 FANCA基因第二代测序产前诊断

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基于第二代测序技术的亚洲象食性分析

Journal of Resources and Ecology 2023年第3期14卷 616-630页

作者：彭晓旭孙亚宽陈颖 Aliana NORRIS 时坤北京林业大学野生动物研究所生态与自然保护学院北京100083 香港大学生物科学学院中国香港999077 北京市海淀区陆桥生态中心北京100085

研究大型食草动物的食物组成和偏好,不仅有助于理解大型食草动物在生态系统中发挥的重要作用,而且有助于评估种群的生存能力及其栖息地质量。本研究于旱季(2–4月)在中国云南南滚河国家级自然保护区进行,以确定该地区的一个亚洲象小种... 详细信息

研究大型食草动物的食物组成和偏好,不仅有助于理解大型食草动物在生态系统中发挥的重要作用,而且有助于评估种群的生存能力及其栖息地质量。本研究于旱季(2–4月)在中国云南南滚河国家级自然保护区进行,以确定该地区的一个亚洲象小种群的觅食偏好。通过样线调查和相机陷阱调查,我们观察记录到大象采食了31种植物。通过对野外收集到的亚洲象粪便样本中的rbcL基因进行第二代测序,在象粪样本中共发现90个物种。在所有样本中,科水平上检出率最高的依次为禾本科(Poaceae,47.69%)、桑科(Moraceae,21.25%)和芭蕉科(Musaceae,11.24%),在物种水平检出率大于1%的只有9种。我们还分析了性别、年龄组和个体之间的食物组成是否存在差异,结果发现,只在个体之间存在显著差异。这项研究为亚洲象的觅食偏好提供了有价值的见解,有助于进一步了解自然保护区内大象与其栖息地之间的相互作用,并为该地区和国内其他亚洲象分布区的物种保护管理决策提供科技支撑。研究建议,生境恢复和食物源基地建设项目可考虑种植本研究发现的9种丰度较高的核心植物种类,不建议在食物源基地建设中选择大象喜食的农作物,应考虑将种植园转移到相对远离村寨的地区,以减少可能的经济损失。

关键词：亚洲象食性第二代测序南滚河国家级自然保护区

利用目标基因捕获结合第二代测序技术发现腹主动脉瘤致病基因突变

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中国动脉硬化杂志 2015年第2期23卷 153-155页

作者：郭俊蔡伦李小燕王绿娅杜杰首都医科大学附属北京安贞医院北京市心肺血管疾病研究所心血管重塑相关疾病教育部重点实验室北京市100029

目的建立目标基因捕获结合第二代测序技术对腹主动脉瘤患者原纤维蛋白1(FBN1)基因进行突变筛查,探讨腹主动脉瘤与FBN1基因突变的关系。方法提取4例腹主动脉瘤患者外周血全基因组DNA,利用Gen Cap目标基因捕获技术,设计FBN1的65个外显子... 详细信息

目的建立目标基因捕获结合第二代测序技术对腹主动脉瘤患者原纤维蛋白1(FBN1)基因进行突变筛查,探讨腹主动脉瘤与FBN1基因突变的关系。方法提取4例腹主动脉瘤患者外周血全基因组DNA,利用Gen Cap目标基因捕获技术,设计FBN1的65个外显子区域特异性捕获探针,与基因组DNA文库进行杂交,将目标基因组区域的DNA片段进行富集后,再利用Illumina Hi Seq2000第二代测序仪进行测序,通过数据分析,确定突变位点,用Sanger测序法对突变位点进行验证。结果设计合成的目标基因特异性捕获探针可有效地捕捉并富集基因组DNA的目标靶片段。4例患者目标区域平均测序深度为448.15~536.61,99.5%~99.7%目标区域覆盖度。经过数据分析及Sanger测序验证发现1个新的错义突变c.2753 C>G(***918Arg),db SNP137数据库、千人基因组及内部800名正常汉族人数据库均无此突变。经SIFT预测为有害突变。结论本研究所建立的Gen Cap目标基因捕获技术结合Illumina Hi Seq2000第二代测序技术成功地发现了FBN1的新突变。该方法快速而有效,对腹主动脉瘤分子病因学有更好的认识。

关键词：腹主动脉瘤原纤维蛋白1 目标基因捕获第二代测序

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第二代测序技术与无创产前诊断

分子诊断与治疗杂志 2014年第3期6卷 198-203页

作者：赵馨何天文尹爱华广州医科大学附属广东省妇儿医院产前诊断与遗传病诊疗中心广东广州510010

孕妇外周血中胎儿游离DNA(cell free fetal DNA,cffDNA)的发现开辟了无创产前诊断的新篇章,借助各种分子诊断技术针对cffDNA进行胎儿染色体疾病、遗传性疾病以妊娠相关疾病的研究迅速成为热点。以高通量、自动化为显著特征的第二代测序(... 详细信息

孕妇外周血中胎儿游离DNA(cell free fetal DNA,cffDNA)的发现开辟了无创产前诊断的新篇章,借助各种分子诊断技术针对cffDNA进行胎儿染色体疾病、遗传性疾病以妊娠相关疾病的研究迅速成为热点。以高通量、自动化为显著特征的第二代测序(next-generation sequencing,NGS)技术诞生,极大加速了cffDNA的实验室研究进展。目前基于NGS平台,建立的胎儿21/18/13三体综合征的产前基因诊断技术已应用于临床,其他如性染色体非整倍体、双胎妊娠染色体非整倍体、胎儿染色体结构异常疾病以及孟德尔单基因遗传病的研究也因NGS的出现获得了显著的进步。本文就NGS的基本原理、cffDNA的生理特性及NGS在无创产前诊断研究中的进展进行综述。

关键词：无创产前诊断胎儿游离DNA 第二代测序

基于第二代测序技术研究温补脾肾法治疗脾肾阳虚型溃疡性结肠炎的分子机制

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基于第二代测序技术研究温补脾肾法治疗脾肾阳虚型溃疡性结肠炎的...

作者：刘永华甘肃中医药大学

学位级别：硕士

目的基于第二代高通量测序技术筛选脾肾阳虚型溃疡性结肠炎大鼠结肠组织差异表达基因,观察脾肾阳虚型溃疡性结肠炎大鼠的趋化因子信号通路中CXCL1、CXCL2、CXCR2、CXCL6、CCL7、CCL12等趋化因子的基因和基质金属蛋白酶MMP3、MMP8、MMP1... 详细信息

目的基于第二代高通量测序技术筛选脾肾阳虚型溃疡性结肠炎大鼠结肠组织差异表达基因,观察脾肾阳虚型溃疡性结肠炎大鼠的趋化因子信号通路中CXCL1、CXCL2、CXCR2、CXCL6、CCL7、CCL12等趋化因子的基因和基质金属蛋白酶MMP3、MMP8、MMP13在结肠组织中表达的变化,以及温补脾肾法方药对以上因子表达的影响,筛选脾肾阳虚型UC的特异性靶点,并作为诊断标志物、治疗效果及预后判断的客观化指标。6方法SPF级Wistar大鼠96只雌雄各半分开按照随机数字表法分空白组、模型组、中药高、中、低剂量组、SASP组雌雄各8只,除外空白组,其余各组造模成功后分组给药治疗(模型组不给药)。取材后用肉眼观察结肠组织形态,分别选取空白组大鼠结肠组织与模型组大鼠病变部位结肠组织进行高通量测序,以及基因差异表达分析、差异表达基因GO富集分析和Pathway富集分析,Real Time-qPCR法检测CXCL1、CXCL2、CXCR2、CXCL6、CCL7、CCL12等趋化因子及MMP3、MMP8、MMP13基因的表达,免疫印迹法检测大鼠结肠组织中MMP3、MMP8、MMP13蛋白质的表达。结果1.空白组大鼠与模型组大鼠相应结肠组织基因的差异性表达分析:与模型组大鼠相比较,根据q-value≦0.05,Fold-change≧1.5筛选出空白组大鼠差异表达的基因216个,其中下调166个和上调84个。相对于模型组大鼠大鼠,表达下调的基因明显多于表达上调的基因,表达下调的基因数目是表达上调的1.96(166/84)倍。2.差异表达基因的GO及Pathyway分析:将筛选出来的差异表达基因进行生物过程(biological process,BP)、细胞成分(cellular component,CC)、分子功能(molecular function,MF)三个层次的统计分析,其中BP 3158个、CC 1863个、MF 695个。同时发现相关的信号通路。***-qPCR法检测大鼠结肠组织CXCL1、CXCL2、CXCR2、CXCL6、CCL7、CCL12mRNA相对表达量:与空白组结肠组织比较,模型组中CXCL1、CXCL2、CXCR2、CXCL6、CCL7、CCL12基因表达量明显提高,差异具有统计学意义(P测序结果一致。***-qPCR法检测大鼠结肠组织MMP3、MMP8、MMP13 mRNA的相对表达量:与空白组相比较,模型组结肠组织中MMP3、MMP8、MMP13基因表达上调,具有显著的差异性,差异具有统计学意义(P测序结果一致。5.免疫印迹法检测大鼠结肠组织MMP3、MMP8、MMP13蛋白质的表达:Western blot法检测结果显示:与空白组相比较,模型组的MMP3、MMP8、MMP13蛋白质相对表达量均增多,具有显著的差异,差异具有统计学意义(P测序结果一致。结论1.本研究采用的脾肾阳虚型UC大鼠病证结合模型具有可行性、合理性及科学性;第二代测序技术是中医客观化研究的重要手段之一。2.脾肾阳虚型溃疡性结肠炎趋化因子信号通路中CXCL1、CXCL2、CXCR2、CXCL6、CCL7、CCL12基因表达显著上调,可作为UC黏膜炎症活动的客观指标。具有温补脾肾功效的理中汤合四神丸复方中药颗粒可以有效下调以上因子的表达。3.温补脾肾法能显著下调脾肾阳虚型UC大鼠结肠黏膜中过度表达的MMP3、MMP8、MMP13基因和蛋白,亦可作为诊断UC的特异性标志物及治疗UC的疗效评估指标。

关键词：第二代测序溃疡性结肠炎趋化因子基质金属蛋白酶温补脾肾法

第二代测序技术用于全膝关节置换术后假体周围感染诊断的临床价值

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浙江医学 2021年第14期43卷 1541-1544页

作者：董伊隆钱约男李一民刘良乐蔡春元温州医科大学附属第三医院骨科 325200 温州医科大学附属第三医院影像科 325200

目的探讨第二代测序技术(NGS)用于全膝关节置换术后假体周围感染(PJI)诊断的临床价值。方法收集2017年1月1日至2019年12月1日温州医科大学附属第三医院就诊的全膝关节置换术后临床怀疑为PJI的15例患者的关节液,进行细菌培养和NGS检测。... 详细信息

目的探讨第二代测序技术(NGS)用于全膝关节置换术后假体周围感染(PJI)诊断的临床价值。方法收集2017年1月1日至2019年12月1日温州医科大学附属第三医院就诊的全膝关节置换术后临床怀疑为PJI的15例患者的关节液,进行细菌培养和NGS检测。NGS检测经DNA提取、文库构建及测序,最后进行数据处理与分析来寻找病原菌,并与细菌培养结果进行比较分析。结果15例患者的关节液细菌培养阳性10例,阴性5例。NGS检测15例患者关节液中均发现细菌,10例患者细菌菌属与细菌培养结果一致,其中9例的优势菌群(丰度最高)与细菌培养结果一致。关节液细菌培养阳性的10例标本中,NGS检测细菌属种类(15种)多于细菌培养检出的细菌属种类(10种),差异有统计学意义(P=0.042)。细菌培养阴性的5例标本NGS均检出细菌。结论NGS检测是一种PJI快速、准确的诊断方法,能检出常规细菌培养以外的细菌,特别对于细菌培养阴性的标本更具诊断意义。

关键词：第二代测序细菌培养假体周围感染诊断