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中华烧伤与创面修复杂志 2024年第6期40卷 594-599页

作者：杨灵璟吕叶辉林涧上海健康医学院创面防治研究所上海2201318 上海健康医学院基础医学院上海2201318 上海健康医学院附属崇明医院骨科修复重建中心上海202150

近年来,外泌体携带的非编码rna(ncrna)已被证明在创面修复的多个阶段中起重要的调控作用。外泌体可以将ncrna运输到不同的靶细胞或组织中,并调节靶基因以及下游分子的表达。而竞争性内源性rna(cerna)假说的提出则提示rna可通过竞争共同... 详细信息

近年来,外泌体携带的非编码rna(ncrna)已被证明在创面修复的多个阶段中起重要的调控作用。外泌体可以将ncrna运输到不同的靶细胞或组织中,并调节靶基因以及下游分子的表达。而竞争性内源性rna(cerna)假说的提出则提示rna可通过竞争共同的应答元件搭建更为精细和复杂的基因调控网。因此,该综述聚焦外泌体携带的长链ncrna和环状rna,并讨论它们分别作为cerna在创面修复的炎症、细胞增殖与组织重塑等阶段中所起的调控作用,同时归纳了外泌体携带的ncrna作为无细胞疗法的可行性,以期为创面的临床治疗提供理论基础。

关键词：伤口愈合皮肤外泌体 rna,长链非编码环状rna 竞争性内源性rna调控网络

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基于TCGA数据库构建三阴性乳腺癌预后相关的cerna调控网络及分析

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现代检验医学杂志 2023年第1期38卷 83-88,106页

作者：肖姗姗李越周艳阳何谦西安交通大学第二附属医院检验科西安710004 空军军医大学唐都医院儿科西安710038

目的通过分析癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库构建三阴性乳腺癌(triple negative breast cancer,TNBC)预后相关的竞争性内源性核糖核酸(competitive endogenous rna,cerna)调控网络。方法从TCGA数据库中下载TNBC lncrna表达rnaseq数据,对TNBC患者的mrna,mirna和lncrna进行差异表达分析,并进一步行生存分析,得到与乳腺癌有明显差异表达同时也对生存有相关性的mrna,mirna和lncrna。同时构建lncrna-mirna-mrna相关cerna调控网,再对生存相关lncrna所相关的mrna进一步功能富集和注释,并构建蛋白质互作网络最终用关键基因通过人类蛋白质图谱(the human protein atlas,HPA)数据库进行验证。结果在TCGA中共找到TNBC差异表达mrna 2331个、差异mirna 100个和差异lncrna 1269个。cerna调控网中的mrna在细胞黏附、唾液分泌和血小板活化、用于IgA产生的肠道免疫网络、补体和凝血级联反应等信号通路中明显富集。生存分析中,1个差异mrna(NMUR1),1个差异表达mirna(hsa-miR-6832-3p),2个差异表达的lncrna(AC104809,LINC01297)的表达量均与TNBC患者的预后相关,差异具有统计学意义(Prna-mirna-mrna调控网络,筛选得到生存相关的差异mrna,mirna和lncrna为TNBC发病机制的研究和诊疗生物标志物的探索提供参考依据。

关键词：三阴性乳腺癌癌症基因组图谱竞争性内源性rna调控网络

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中华泌尿外科杂志 2021年第12期42卷 925-931页

作者：王站郭浩蔡燚赵扬王旭王文达郑国洋张玉石中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院泌尿外科100730 中南大学湘雅医院泌尿外科长沙410008

目的分析结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤(TSC-RAML)的环状rna(circrna)表达谱,构建竞争性内源性rna(cerna)调控网络。方法根据2012年国际结节性硬化症共识小组确定的TSC诊断标准,收集2017年1月至2019年1月北京协和医院收治的TSC-AM... 详细信息

目的分析结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤(TSC-RAML)的环状rna(circrna)表达谱,构建竞争性内源性rna(cerna)调控网络。方法根据2012年国际结节性硬化症共识小组确定的TSC诊断标准,收集2017年1月至2019年1月北京协和医院收治的TSC-AML患者的肿瘤组织及配对的正常肾组织各3例,分别利用circrna、mirna芯片技术和二代测序检测3对配对样本的circrna、mirna和mrna并确定差异分子。分别对差异性circrna分子的来源基因和mrna分子做基因本体学(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。基于差异性circrna、mirna和mrna,分别建立上调和下调的cerna调控网络。结果共筛选出330个上调和336个下调的差异性circrna,8个上调和7个下调的mirna,800个上调和1130个下调的mrna。通过GO和KEGG富集分析,发现包括脂代谢、黏着斑和矿物质吸收等多条通路存在异常。最终确立以hsa_circ_0092022、hsa_circ_0076859、hsa_circ_0033388引导的上调和由hsa_circ_0000374、hsa_circ_0000141、hsa_circ_0072665、hsa_circ_0009503、hsa_circ_0000009引导的下调cerna网络。结论TSC-RAML与配对的正常肾组织之间存在多个差异性表达的circrna分子。cerna调控网络可能参与TSC-RAML的发生和发展。

关键词：结节性硬化症肾血管平滑肌脂肪瘤环状rna 竞争性内源性rna调控网络

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